결장, 직장암의 암발생 과정에 관계하는 유전자들을 확인하기 위하여 4608개의 유전자 검색이 가능한 cDNA microarray를 이용하여 12개의 결장, 직장암 조직과 정상 상피조직을 비교하였다. 모든 환자에서 서면동의를 획득하고 수술을 시행하여 조직을 얻었고, 암 및 정상 조직에서 m-RNA를 추출한 후에 hybridization을 시행하였다. 각각의 유전자와 임상소견과의 관계를 two-way clustering으로 분석하였고, 암조직에서 특이적으로 발현되는 유전자를 OMIM과 Pub Med를 이용하여 검색하여 10개의 group으로 나누었다. 임파선 전이에 특이적인 유전자는 supervised ...
결장, 직장암의 암발생 과정에 관계하는 유전자들을 확인하기 위하여 4608개의 유전자 검색이 가능한 cDNA microarray를 이용하여 12개의 결장, 직장암 조직과 정상 상피조직을 비교하였다. 모든 환자에서 서면동의를 획득하고 수술을 시행하여 조직을 얻었고, 암 및 정상 조직에서 m-RNA를 추출한 후에 hybridization을 시행하였다. 각각의 유전자와 임상소견과의 관계를 two-way clustering으로 분석하였고, 암조직에서 특이적으로 발현되는 유전자를 OMIM과 Pub Med를 이용하여 검색하여 10개의 group으로 나누었다. 임파선 전이에 특이적인 유전자는 supervised machine learning 방법을 이용하여 확인하였고, 몇 개의 유전자를 선택하여 발현을 RT-PCR로 확인하였다. 연구 결과 75% 이상(9/12)의 조직에서 122개의 유전자 이상을 발견하였다. 이중 77개는 up-regulation 되었고, 45개는 down-regulation 되었다. 유전자 기능에 따라 구분해 보면, 신호전달(19%), 대사(17%), 세포구조/운동(14%), 세포주기(13%) 그리고 세포 성장(13%)에 관계하는 유전자가 이상을 보였다. 또한 림프절 전이에 관계하는 특이적인 유전자가 발견되었는데 12례 중 10례에서 임파선 전이를 예측할 수 있었다. 이러한 유전자들은 향후 치료목표로 사용되리라 사료된다. 본 연구결과를 기존의 여러 보고들과 비교하였을 때 결장, 직장암에서 인종에 따른 유전자변이는 유사한 양상을 보였다 cDNA를 이용한 microarray는 결장, 직장암의 생물학적 특성을 이해하기 위한 새로운 분자생물학적 기초를 제공하는 것 이외에도 향후 진단과 치료에도 응용되리라 생각된다.
결장, 직장암의 암발생 과정에 관계하는 유전자들을 확인하기 위하여 4608개의 유전자 검색이 가능한 cDNA microarray를 이용하여 12개의 결장, 직장암 조직과 정상 상피조직을 비교하였다. 모든 환자에서 서면동의를 획득하고 수술을 시행하여 조직을 얻었고, 암 및 정상 조직에서 m-RNA를 추출한 후에 hybridization을 시행하였다. 각각의 유전자와 임상소견과의 관계를 two-way clustering으로 분석하였고, 암조직에서 특이적으로 발현되는 유전자를 OMIM과 Pub Med를 이용하여 검색하여 10개의 group으로 나누었다. 임파선 전이에 특이적인 유전자는 supervised machine learning 방법을 이용하여 확인하였고, 몇 개의 유전자를 선택하여 발현을 RT-PCR로 확인하였다. 연구 결과 75% 이상(9/12)의 조직에서 122개의 유전자 이상을 발견하였다. 이중 77개는 up-regulation 되었고, 45개는 down-regulation 되었다. 유전자 기능에 따라 구분해 보면, 신호전달(19%), 대사(17%), 세포구조/운동(14%), 세포주기(13%) 그리고 세포 성장(13%)에 관계하는 유전자가 이상을 보였다. 또한 림프절 전이에 관계하는 특이적인 유전자가 발견되었는데 12례 중 10례에서 임파선 전이를 예측할 수 있었다. 이러한 유전자들은 향후 치료목표로 사용되리라 사료된다. 본 연구결과를 기존의 여러 보고들과 비교하였을 때 결장, 직장암에서 인종에 따른 유전자변이는 유사한 양상을 보였다 cDNA를 이용한 microarray는 결장, 직장암의 생물학적 특성을 이해하기 위한 새로운 분자생물학적 기초를 제공하는 것 이외에도 향후 진단과 치료에도 응용되리라 생각된다.
To identify a set of genes involved in the development of colorectal carcinogenesis, we analysed gene-expression profiles of colorectal cancer cells from twelve tumors with corresponding noncancerous colonic epithelia by means of a CDNA microarray representing 4608 genes. We classified both samples ...
To identify a set of genes involved in the development of colorectal carcinogenesis, we analysed gene-expression profiles of colorectal cancer cells from twelve tumors with corresponding noncancerous colonic epithelia by means of a CDNA microarray representing 4608 genes. We classified both samples and genes by a two-way clustering analysis and identified genes that were differentially expressed between cancer and noncancerous tissues. Alterations in gene expression levels were confirmed by reverse-transcriptase PCR (RT-PCR) in selected genes. Gene expression profiles according to lymph node metastasis were evaluated with supervised learning technique. Expression change in more than 75% of the tumors was observed for 122 genes, i.e., 77 up-regulated and 45 down-regulated genes. The most frequently altered genes belonged to functional categories of signal transduction (19%), metabolism (17%), cell structure/motility (14%), cell cycle (13%) and gene protein expression (13%), The RT-PCR analysis of randomly selected genes showed consistent findings with those in cDNA microarray, which validate data. Furthermore, thirty genes were identified to be associated with lymph node metastasis comparing array data with clinicopathological ones. We could predict lymph node metastasis 10 out of 12 patients with cross-validation loops. When we compared our data with previous reports, we observed similar gene expression pattern and we did not find racial differences. These results provide not only a new molecular basis for understanding biological properties of colorectal cancer, but also useful resources for future development of therapeutic targets and diagnostic markers for colorectal cancer.
To identify a set of genes involved in the development of colorectal carcinogenesis, we analysed gene-expression profiles of colorectal cancer cells from twelve tumors with corresponding noncancerous colonic epithelia by means of a CDNA microarray representing 4608 genes. We classified both samples and genes by a two-way clustering analysis and identified genes that were differentially expressed between cancer and noncancerous tissues. Alterations in gene expression levels were confirmed by reverse-transcriptase PCR (RT-PCR) in selected genes. Gene expression profiles according to lymph node metastasis were evaluated with supervised learning technique. Expression change in more than 75% of the tumors was observed for 122 genes, i.e., 77 up-regulated and 45 down-regulated genes. The most frequently altered genes belonged to functional categories of signal transduction (19%), metabolism (17%), cell structure/motility (14%), cell cycle (13%) and gene protein expression (13%), The RT-PCR analysis of randomly selected genes showed consistent findings with those in cDNA microarray, which validate data. Furthermore, thirty genes were identified to be associated with lymph node metastasis comparing array data with clinicopathological ones. We could predict lymph node metastasis 10 out of 12 patients with cross-validation loops. When we compared our data with previous reports, we observed similar gene expression pattern and we did not find racial differences. These results provide not only a new molecular basis for understanding biological properties of colorectal cancer, but also useful resources for future development of therapeutic targets and diagnostic markers for colorectal cancer.
주제어
#Molecular Profiling Predict Lymph Node Metastasi Colorectal Cancer
학위논문 정보
저자
권혁찬
학위수여기관
The Graduate School of Dong-A University
학위구분
국내박사
학과
Medicine
발행연도
2002
총페이지
33p.
키워드
Molecular Profiling Predict Lymph Node Metastasi Colorectal Cancer
AI-Helper
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.