Matrix Assisted Laser Desorption /Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry를 이용한 혈액 및 다른 체액에서 분리된 그람 양성 간균의 동정 Identification of Gram-positive rods isolated from blood and other body fluids using Matrix Assisted Laser Desorption /Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry원문보기
배경: 그람 양성 간균은 임상 검체에서 흔히 분리되지만 오염균이나 상재균으로 간주되기 쉬우며 심지어 혈액이나 다른 무균적인 체액에서도 그러하다. 따라서 그것들을 다른 그람 양성 간균으로부터 감별해내는 것은 중요하지만 동정에 적합한 상업적 키트나 시스템의 부재로 쉽지가 않다. 본 연구의 목적은 혈액이나 다른 체액으로부터 분리된 그람 양성 간균을 동정하고 두가지 다른 ...
배경: 그람 양성 간균은 임상 검체에서 흔히 분리되지만 오염균이나 상재균으로 간주되기 쉬우며 심지어 혈액이나 다른 무균적인 체액에서도 그러하다. 따라서 그것들을 다른 그람 양성 간균으로부터 감별해내는 것은 중요하지만 동정에 적합한 상업적 키트나 시스템의 부재로 쉽지가 않다. 본 연구의 목적은 혈액이나 다른 체액으로부터 분리된 그람 양성 간균을 동정하고 두가지 다른 MALDI-TOF MS 시스템인 Bruker Biotyper과 Biomerieux Vitek MS를 이용하여 그것들의 분포를 살펴보는 것이다.
방법: Bacillus 속이나 그람 양성 간균으로 추측되는 총 248개의 균주가 본 연구에서 수행되었다. 본 연구자는 임상 미생물 검사실에서 행해지는 일상적인 동정 과정에 따라 그람 염색과 콜로니 형태를 이용하여 Bacillus 속이나 그람 양성 간균으로 동정하였다. 그리고 두가지 MALDI-TOF mass spectrometry 시스템을 이용하여 종수준까지 동정하고자 하였다. Bruker Biotyper와 Biomerieux Vitek MS 간 동정이 되지 않거나 불일치한 동정결과를 보이는 경우 추가적으로 16s rRNA sequencing을 이용하여 종수준까지 동정하고자 하였다.
결과: 총 248 주중에서 Biotyper의 경우 216주(87.1%)가 종수준에서, 224주 (90.3%)가 속수준에서, 8주(3.2%)가 의심스러운 결과로 동정이 되었다. 16주(6.5%)는 신뢰할 수 없는 결과로서 나타내어 동정이 되지 않았다. Vitek MS의 경우에는 214주(61.5%)가 종수준에서, 237주(95.6%)가 속수준에서, 3주(1.2%)가 의심스러운 결과로 동정이 되었다. 8주(3.2%)는 동정이 되지 않았다. 248 주중 Biotyper 또는 Vitek MS로 동정이 되지 않는 19주(7.7%)를 제외하고 Biotyper와 Vitek MS간에 168주(73.4%)가 종수준에서, 229주(93.3%)가 속수준에서 일치율을 보였다. 일치하는 229주중 Bacillus cereus group이 81개로 가장 흔히 분리되었으며 그다음 적은 수로 Bacillus subtilis group이 44개, Corynebacterium striatum이 13개, Bacillus pumilus가 8개, 기타 83개가 분리되었다. 22주(9.6%)는 속수준에서 조차도 일치하지 않았다. 248주중 두 장비간 불일치하거나 Biotyper 또는 Vitek MS에서 동정이 되지 않는 41주(16.5%)는 16s rRNA sequencing을 이용하여 속수준까지 동정하고자 하였다. 41주중 33주(80.5%)가 종수준에서 동정이 되었고 8주는 염기서열 분석에 실패하였다.
결론: 본 연구자는 MALDI-TOF mass spectrometry를 이용하여 그람 양성 간균으로 추측되는 많은 임상 균주들을 동정할 수 있었다. 이 기술은 그람 양성 간균의 신속하고도 정확한 동정에 아주 유용하였다.
배경: 그람 양성 간균은 임상 검체에서 흔히 분리되지만 오염균이나 상재균으로 간주되기 쉬우며 심지어 혈액이나 다른 무균적인 체액에서도 그러하다. 따라서 그것들을 다른 그람 양성 간균으로부터 감별해내는 것은 중요하지만 동정에 적합한 상업적 키트나 시스템의 부재로 쉽지가 않다. 본 연구의 목적은 혈액이나 다른 체액으로부터 분리된 그람 양성 간균을 동정하고 두가지 다른 MALDI-TOF MS 시스템인 Bruker Biotyper과 Biomerieux Vitek MS를 이용하여 그것들의 분포를 살펴보는 것이다.
방법: Bacillus 속이나 그람 양성 간균으로 추측되는 총 248개의 균주가 본 연구에서 수행되었다. 본 연구자는 임상 미생물 검사실에서 행해지는 일상적인 동정 과정에 따라 그람 염색과 콜로니 형태를 이용하여 Bacillus 속이나 그람 양성 간균으로 동정하였다. 그리고 두가지 MALDI-TOF mass spectrometry 시스템을 이용하여 종수준까지 동정하고자 하였다. Bruker Biotyper와 Biomerieux Vitek MS 간 동정이 되지 않거나 불일치한 동정결과를 보이는 경우 추가적으로 16s rRNA sequencing을 이용하여 종수준까지 동정하고자 하였다.
결과: 총 248 주중에서 Biotyper의 경우 216주(87.1%)가 종수준에서, 224주 (90.3%)가 속수준에서, 8주(3.2%)가 의심스러운 결과로 동정이 되었다. 16주(6.5%)는 신뢰할 수 없는 결과로서 나타내어 동정이 되지 않았다. Vitek MS의 경우에는 214주(61.5%)가 종수준에서, 237주(95.6%)가 속수준에서, 3주(1.2%)가 의심스러운 결과로 동정이 되었다. 8주(3.2%)는 동정이 되지 않았다. 248 주중 Biotyper 또는 Vitek MS로 동정이 되지 않는 19주(7.7%)를 제외하고 Biotyper와 Vitek MS간에 168주(73.4%)가 종수준에서, 229주(93.3%)가 속수준에서 일치율을 보였다. 일치하는 229주중 Bacillus cereus group이 81개로 가장 흔히 분리되었으며 그다음 적은 수로 Bacillus subtilis group이 44개, Corynebacterium striatum이 13개, Bacillus pumilus가 8개, 기타 83개가 분리되었다. 22주(9.6%)는 속수준에서 조차도 일치하지 않았다. 248주중 두 장비간 불일치하거나 Biotyper 또는 Vitek MS에서 동정이 되지 않는 41주(16.5%)는 16s rRNA sequencing을 이용하여 속수준까지 동정하고자 하였다. 41주중 33주(80.5%)가 종수준에서 동정이 되었고 8주는 염기서열 분석에 실패하였다.
결론: 본 연구자는 MALDI-TOF mass spectrometry를 이용하여 그람 양성 간균으로 추측되는 많은 임상 균주들을 동정할 수 있었다. 이 기술은 그람 양성 간균의 신속하고도 정확한 동정에 아주 유용하였다.
Background: Gram-positive rods are commonly isolated from clinical specimens and are considered contaminants or normal flora even though they are recovered from blood or other normally sterile body fluids. It is important to differentiate them from other gram-positive rods, but it is not easy becaus...
Background: Gram-positive rods are commonly isolated from clinical specimens and are considered contaminants or normal flora even though they are recovered from blood or other normally sterile body fluids. It is important to differentiate them from other gram-positive rods, but it is not easy because there is no proper commercial kit or system to identify them. The aims of this study were to identify Gram-positive rods isolated from blood and other body fluids and to evaluate their distribution using two another system of MALDI-TOF Mass Spectrometry, Bruker Biotyper and Biomerieux Vitek MS.
Methods: A total 248 of clinical strains suspected to be Bacillus species or Gram-positive rods were included in this study. We identify them as Bacillus or Gram-positive rods using Gram staining and colony morphology according to routine procedures in a clinical microbiology laboratory. We tried to identify them to the species level using two system of MALDI-TOF Mass Spectrometry. In case of unidentified or discordanced results between Bruker Biotyper and Biomerieux Vitek MS, additionally we tried to identify them to the species level using 16s rRNA sequencing.
Results: Of 248 strains, in case of Biotyper, 216 (87.1%) were identified to the species level, 224 (90.3%) were genus level, 8 (3.2%) were suspicious identification; 16 (6.5%) strains were no identification that is represented by 'no reliable identification', respectively. In case of Vitek MS, 214 (61.5%) were identified to the species level, 237 (95.6%) were identified to the genus level, 3 (1.2%) were suspicious identification; 8 (3.2%) strains were no identification, respectively. Of 248 strains, concordances between Biotyper and Vitek MS were 168 (73.4%) to the species level, 229 (93.3%) to the genus level , except for no identification of 19 (7.7%) both Biotyper or Vitek MS.
Among 229 strains, Bacillus cereus group (N=81) was the most common, with smaller numbers of Bacillus subtilis group (N=44), Corynebacterium striatum (N=13), Bacillus pumilus (N=8), and others (N=83). 22 (9.6%) strains weren't concordanced even to the genus level. Of 248 strains, 41 (16.5%), in case of discordanced identification or no identification both Biotyper or Vitek MS were tried to identify to the species level by 16s rRNA sequencing. Among 41 strains, 33 (80.5%) were identified to the species level, 8 (19.5%) were failed sequencing.
Conclusions: We could identify many clinical strains suspected to be gram-positive rods to the species level using MALDI-TOF Mass Spectrometry. This technique was valuable for rapid and accurate identification of gram-positive rods.
Background: Gram-positive rods are commonly isolated from clinical specimens and are considered contaminants or normal flora even though they are recovered from blood or other normally sterile body fluids. It is important to differentiate them from other gram-positive rods, but it is not easy because there is no proper commercial kit or system to identify them. The aims of this study were to identify Gram-positive rods isolated from blood and other body fluids and to evaluate their distribution using two another system of MALDI-TOF Mass Spectrometry, Bruker Biotyper and Biomerieux Vitek MS.
Methods: A total 248 of clinical strains suspected to be Bacillus species or Gram-positive rods were included in this study. We identify them as Bacillus or Gram-positive rods using Gram staining and colony morphology according to routine procedures in a clinical microbiology laboratory. We tried to identify them to the species level using two system of MALDI-TOF Mass Spectrometry. In case of unidentified or discordanced results between Bruker Biotyper and Biomerieux Vitek MS, additionally we tried to identify them to the species level using 16s rRNA sequencing.
Results: Of 248 strains, in case of Biotyper, 216 (87.1%) were identified to the species level, 224 (90.3%) were genus level, 8 (3.2%) were suspicious identification; 16 (6.5%) strains were no identification that is represented by 'no reliable identification', respectively. In case of Vitek MS, 214 (61.5%) were identified to the species level, 237 (95.6%) were identified to the genus level, 3 (1.2%) were suspicious identification; 8 (3.2%) strains were no identification, respectively. Of 248 strains, concordances between Biotyper and Vitek MS were 168 (73.4%) to the species level, 229 (93.3%) to the genus level , except for no identification of 19 (7.7%) both Biotyper or Vitek MS.
Among 229 strains, Bacillus cereus group (N=81) was the most common, with smaller numbers of Bacillus subtilis group (N=44), Corynebacterium striatum (N=13), Bacillus pumilus (N=8), and others (N=83). 22 (9.6%) strains weren't concordanced even to the genus level. Of 248 strains, 41 (16.5%), in case of discordanced identification or no identification both Biotyper or Vitek MS were tried to identify to the species level by 16s rRNA sequencing. Among 41 strains, 33 (80.5%) were identified to the species level, 8 (19.5%) were failed sequencing.
Conclusions: We could identify many clinical strains suspected to be gram-positive rods to the species level using MALDI-TOF Mass Spectrometry. This technique was valuable for rapid and accurate identification of gram-positive rods.
주제어
#Gram-positive rods
#Identification
#MALDI-TOF Mass Spectrometry
#16s rRNA sequencing
학위논문 정보
저자
최수재
학위수여기관
인제대학교 일반대학원
학위구분
국내석사
학과
식의약생명공학과 임상병리학
지도교수
이동석
발행연도
2014
총페이지
29 p.
키워드
Gram-positive rods,
Identification,
MALDI-TOF Mass Spectrometry,
16s rRNA sequencing
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