돼지 델타코로나바이러스(PDCoV)는 신종 장내 돼지 코로나바이러스이며 자돈에 감염 시 장염과 설사를 유발하는 바이러스이다. 본 연구에서는, 이 바이러스의 검출을 위해 a nested reverse transcription(RT)-PCR 기법을 구축하였으며 이를 통해 국내 돼지에서 바이러스 항원 존재를 확인하고 특성을 분석하였다. 2014년 1월부터 2015년 12월까지 설사병 발생이 의심되는 국내 323곳의 농장으로부터 444개의 설사 샘플을 확보하여 국내 감염률을 조사하였다. 그 결과 국내 PDCoV 감염률은 20.05%로 상대적으로 낮았으며, PDCoV 단독감염(8.78%) 또는 PEDV와 혼합감염(8.11%)이 주 감염양상인 것으로 확인되었다. 또한 2016년 국내 유행주인 KOR/KNU16-07/2016에 대한 전장 ...
돼지 델타코로나바이러스(PDCoV)는 신종 장내 돼지 코로나바이러스이며 자돈에 감염 시 장염과 설사를 유발하는 바이러스이다. 본 연구에서는, 이 바이러스의 검출을 위해 a nested reverse transcription(RT)-PCR 기법을 구축하였으며 이를 통해 국내 돼지에서 바이러스 항원 존재를 확인하고 특성을 분석하였다. 2014년 1월부터 2015년 12월까지 설사병 발생이 의심되는 국내 323곳의 농장으로부터 444개의 설사 샘플을 확보하여 국내 감염률을 조사하였다. 그 결과 국내 PDCoV 감염률은 20.05%로 상대적으로 낮았으며, PDCoV 단독감염(8.78%) 또는 PEDV와 혼합감염(8.11%)이 주 감염양상인 것으로 확인되었다. 또한 2016년 국내 유행주인 KOR/KNU16-07/2016에 대한 전장 염기서열 분석을 실시하였고, 이 서열을 바탕으로 분자적 특성을 확인하였다. KNU16-07의 전체 유전자와 스파이크 단백질을 기반으로 한 계통수 분석 결과, 다른 국내주들과 함께 미국주로 분류되었다. 하지만 그 안에서도 국내주들 간에는 다른 가지로 분류되었으며 이는 바이러스가 야외에서 지속적으로 변이되고 있음을 시사하고 있다. 결과적으로, 국내 돼지 농장에서는 높은 치사율을 보이는 PDCoV가 관찰되지 않았으며 자돈에 가벼운 수준의 병원성을 나타내는 것을 확인하였다. 이러한 이유는 PDCoV가 돼지 유래가 아니며, 아직까지는 국내 환경에 완전히 적응하기 위한 과정에 있는 것으로 보인다. 이번 연구 결과들은 국내에서 유행하고 있는 PDCoV의 분자 역학적, 진화적 연구를 위한 향상된 통찰력을 제공할 것으로 사료된다.
돼지 델타코로나바이러스(PDCoV)는 신종 장내 돼지 코로나바이러스이며 자돈에 감염 시 장염과 설사를 유발하는 바이러스이다. 본 연구에서는, 이 바이러스의 검출을 위해 a nested reverse transcription(RT)-PCR 기법을 구축하였으며 이를 통해 국내 돼지에서 바이러스 항원 존재를 확인하고 특성을 분석하였다. 2014년 1월부터 2015년 12월까지 설사병 발생이 의심되는 국내 323곳의 농장으로부터 444개의 설사 샘플을 확보하여 국내 감염률을 조사하였다. 그 결과 국내 PDCoV 감염률은 20.05%로 상대적으로 낮았으며, PDCoV 단독감염(8.78%) 또는 PEDV와 혼합감염(8.11%)이 주 감염양상인 것으로 확인되었다. 또한 2016년 국내 유행주인 KOR/KNU16-07/2016에 대한 전장 염기서열 분석을 실시하였고, 이 서열을 바탕으로 분자적 특성을 확인하였다. KNU16-07의 전체 유전자와 스파이크 단백질을 기반으로 한 계통수 분석 결과, 다른 국내주들과 함께 미국주로 분류되었다. 하지만 그 안에서도 국내주들 간에는 다른 가지로 분류되었으며 이는 바이러스가 야외에서 지속적으로 변이되고 있음을 시사하고 있다. 결과적으로, 국내 돼지 농장에서는 높은 치사율을 보이는 PDCoV가 관찰되지 않았으며 자돈에 가벼운 수준의 병원성을 나타내는 것을 확인하였다. 이러한 이유는 PDCoV가 돼지 유래가 아니며, 아직까지는 국내 환경에 완전히 적응하기 위한 과정에 있는 것으로 보인다. 이번 연구 결과들은 국내에서 유행하고 있는 PDCoV의 분자 역학적, 진화적 연구를 위한 향상된 통찰력을 제공할 것으로 사료된다.
Porcine deltacoronavirus (PDCoV) is a newly emerged enterotropic swine coronavirus that causes enteritis and diarrhea in piglets. In the present study, a nested reverse transcription (RT)-PCR for the detection of PDCoV was developed to identify and characterize etiologic agent(s) associated with dia...
Porcine deltacoronavirus (PDCoV) is a newly emerged enterotropic swine coronavirus that causes enteritis and diarrhea in piglets. In the present study, a nested reverse transcription (RT)-PCR for the detection of PDCoV was developed to identify and characterize etiologic agent(s) associated with diarrheal diseases in piglets in South Korea. A PCR-based method was applied to investigate the presence of PDCoV in 444 diarrheic samples collected from 323 commercial pig farms from January 2014 to December 2015 in South Korea. The molecular-based survey indicated a relatively low prevalence of PDCoV (20.05%) in South Korea. Among those, the monoinfection of PDCoV (8.78%) and co-infection of PDCoV (8.11%) with porcine epidemic diarrhea (PEDV) were predominant in diarrheal samples. The complete genome of the representative strain, KOR/KNU16-07/2016, was sequenced and analyzed to characterize PDCoV currently prevalent in South Korea. Phylogenetic analysis of the entire genome and S protein gene of KNU16-07 demonstrated that it is most closely related to other Korean isolates grouped with the US strains. However, Korean PDCoVs formed different branches within the same cluster, implying continuous evolution in the field. Our data will provide insights into understanding the molecular epidemiology and evolutional characterization of PDCoV circulating in South Korea.
Porcine deltacoronavirus (PDCoV) is a newly emerged enterotropic swine coronavirus that causes enteritis and diarrhea in piglets. In the present study, a nested reverse transcription (RT)-PCR for the detection of PDCoV was developed to identify and characterize etiologic agent(s) associated with diarrheal diseases in piglets in South Korea. A PCR-based method was applied to investigate the presence of PDCoV in 444 diarrheic samples collected from 323 commercial pig farms from January 2014 to December 2015 in South Korea. The molecular-based survey indicated a relatively low prevalence of PDCoV (20.05%) in South Korea. Among those, the monoinfection of PDCoV (8.78%) and co-infection of PDCoV (8.11%) with porcine epidemic diarrhea (PEDV) were predominant in diarrheal samples. The complete genome of the representative strain, KOR/KNU16-07/2016, was sequenced and analyzed to characterize PDCoV currently prevalent in South Korea. Phylogenetic analysis of the entire genome and S protein gene of KNU16-07 demonstrated that it is most closely related to other Korean isolates grouped with the US strains. However, Korean PDCoVs formed different branches within the same cluster, implying continuous evolution in the field. Our data will provide insights into understanding the molecular epidemiology and evolutional characterization of PDCoV circulating in South Korea.
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