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문제 정의
- 그러나 아직까지 국내에서 발생하고 있는 PCV2에 대한 유전적 정보 등 원인체의 특성에 대한 연구는 미진한 상태이다. 따라서 본 연구에서는 국내 양돈장의 PMWS 발병 돈에서 분리된 PCV2 국내 분리주에 대한 유전자 염기서 열을 분석하여 그 정보를 제공하는 동시에 외국의 분리주와 비교분석하여 유전적 변이 여부를 조사함으로써 향후 PMWS 등 PCV2의 병원성 규명 등에 기초자료로 활용하고자 하였다.
제안 방법
- 3종의 PCV2 국내 분리주(PCK0101, PCK0201 및 PCK0203)에 대한 전체 유전자 엽기서열을 분석하기 위하여 제작된 8종의 primer pair를 이용하여 PCR를 실시\하였고, 이들 증폭된 유전자 단편의 염 기서 열을 분석한 후 DNASIS 프로그램으로 재배열하여 PCV2 국내 분리주에 대한 전체 유전자 염기서열지노를 작성하였다 (Fig. 1). 전체 유전자의 크기는 PCK0101 주는 1, 768개의 nucleotide로 구성되어 있고, PCK0201 및 PCK0203주는 ORF2 부위에 해딩-하는 1, 335번째 엽기서열에 1개의 nucleotide가 deletion되어 1, 767개의 nucleotideS- 구성되어 있었다.
- 먼저 1, 6, 7 및 8번 primer pair를 이용하여 각각 PCR 을 실시한 다음, 증폭된 DNA 단편들을 유전자염기서 열 분석에 제공하였고, 4종의 primer pair에 의해 증폭된 DNA로 완전한 판독이 곤란할 경우에는 보조적으로 2, 3, 4 및 5번 primer pair로 증폭한 DNA 단편을 이용하여 추가로 염기서열을 분석하였다. ORF2 유전자염기서 열 분석을 위한 DNA 증폭은 ORF2F/R primer pair를 합성하여 사용하였다 (Table 1).
- PCR로 증폭된 각 DNA는 Geneclean II kit(Bio101, USA) 사용하여 정제한 다음, -20oC에 보관하면서 염기서열 분석에 사용하였다. 염기서열 분석은 Taq Dye Primer Cycling kit(ABI, USA)와 ABI PRISM 377 sequencer(Perkin Elmer, USA )이용하여 각각의 염기서열을 판독한 다음, DNASIS 프로그램 (Hitachi ver 2.
- PCR 반응 조건은 94oC에서 5분간 1차 반응시킨 다음, 94oC에 45초, 55oC에 45초 및 72oC에 1분씩 30회 반복하여 반응시킨 후 최종 72oC에서 10분간 반응시켰다. PCS 증폭된 DNA는 각각 10 \kl씩 취하여 1.5% agarose gel을 이용하여 전기영동을 실시한 다음, ethidium bromide 용액(0.5 μg/ml)으로 염색 하여 자외선 하에서 특이밴드를 관찰하여 증폭 여부를 확인하였다 [30].
- 5)으로 분석하였다. PCV2 국내 분리주 3주에 대한 전체 유전자 염기서열은 Hamel 등[12]이 보고한 염기서열과 비교.분석하였으며, 또한 이미 보고된 미국, 캐나다, 프랑스, 독일, 스페인 분리주 및 GenBank에 수록된 한국, 중국 및 대만 분리주 등 총 9주(Table 2)에 대한 phylogenetic tree를 작성하여 유전적 상관관계를 분석하였다.
- PCV2 국내 분리주의 유전적 특성과 외국 분리주와의 상관성 여부를 알아보고자 PMWS 발병 돈의 조직 시료에서 분리한 PCV2에 대한 유전자 염기서열 분석을 실시하였다. 즉, 국내 분리주 7주 중 3주(PCK0101, PCK0201 및 PCK0203)는 전체 유전자 염기서열을, 나머지 4주(PCK9901, PCK2K01, PCK0102 및 PCK0202:느 분리주간에 비교적 변이가 심한 것으로 알려진 ORF2에 대한 유전자 염기서 열을 분석하여 그 결과를 각국의 PCV2 분 리주의 유전자 염기서 열(Table 2M 비교분석하였다.
- 국내 분리주의 유전 자염기서열 중 point mutation된 nucleotide의 위치나 종류는 대체적으로 일치하는 양상을 보였으며, 외국 분리주의 point mutation 양상과도 비교적 유사한 경향을 나타내었다. PCV2 분리주간의 유전적 상관관계를 알아보기 위하여 본 연구에서 분석한 국내 분리주 7주와 기존에 보고된 미국 분리주 2주[12, 25], 캐나다[22], 프랑스, 독일 및 스페인 분리주 각 1주[18] 및 GenBank로 부터 입수한 중국, 대만 및 한국 분리주의 ORF2 유전자염기서열에 대하여 phylogenetic analysis를 실시하였다(Fig. 3). 국내 분리주 7주와 미국.
- PCV2 전체 유전자의 분석은 Hamel 등[12]이 보고한 유전자염기서 열 (GenBank accession number AF027217) 을 참고하여 PCS 증폭된 각 유전자 단편의 염기서열을 분석, 조합하여 전체 유전자 염기서열의 분석이 가능하도록 8종의 primer pair를 합성하여 사용하였다(Table 1). 먼저 1, 6, 7 및 8번 primer pair를 이용하여 각각 PCR 을 실시한 다음, 증폭된 DNA 단편들을 유전자염기서 열 분석에 제공하였고, 4종의 primer pair에 의해 증폭된 DNA로 완전한 판독이 곤란할 경우에는 보조적으로 2, 3, 4 및 5번 primer pair로 증폭한 DNA 단편을 이용하여 추가로 염기서열을 분석하였다.
- PMWS 특이 증상을 보이는 국내 양돈장의 돼지로부터 분리한 PCV2 국내 분리주 7종에 대한 유전자 염기서열 을 분석하였다. 3종의 국내 분리주(PCK0101, PCK0201 및 PCK0203)에 대한 전체 유전자 염기서 열을 분석한 결과, 국내 분리주간에는 99.
- Tissue DNA premate reagent(Bioneer, Korea) kit을 이용하여 PCV2 감염 세포로부터 DNA를 추출하였으며, 추출한 DNA 10 μ/와각 primer 1 μ/(50 pmol> PCR 반응액 (AccuPower PCR Premix, Bioneer)에 첨가한 다음, PCR을 실시하였다. PCR 반응 조건은 94oC에서 5분간 1차 반응시킨 다음, 94oC에 45초, 55oC에 45초 및 72oC에 1분씩 30회 반복하여 반응시킨 후 최종 72oC에서 10분간 반응시켰다.
- PCV2 전체 유전자의 분석은 Hamel 등[12]이 보고한 유전자염기서 열 (GenBank accession number AF027217) 을 참고하여 PCS 증폭된 각 유전자 단편의 염기서열을 분석, 조합하여 전체 유전자 염기서열의 분석이 가능하도록 8종의 primer pair를 합성하여 사용하였다(Table 1). 먼저 1, 6, 7 및 8번 primer pair를 이용하여 각각 PCR 을 실시한 다음, 증폭된 DNA 단편들을 유전자염기서 열 분석에 제공하였고, 4종의 primer pair에 의해 증폭된 DNA로 완전한 판독이 곤란할 경우에는 보조적으로 2, 3, 4 및 5번 primer pair로 증폭한 DNA 단편을 이용하여 추가로 염기서열을 분석하였다. ORF2 유전자염기서 열 분석을 위한 DNA 증폭은 ORF2F/R primer pair를 합성하여 사용하였다 (Table 1).
- PCV2 국내 분리주 3주에 대한 전체 유전자 염기서열은 Hamel 등[12]이 보고한 염기서열과 비교.분석하였으며, 또한 이미 보고된 미국, 캐나다, 프랑스, 독일, 스페인 분리주 및 GenBank에 수록된 한국, 중국 및 대만 분리주 등 총 9주(Table 2)에 대한 phylogenetic tree를 작성하여 유전적 상관관계를 분석하였다. 아울러 PCV2의 유전자 중 비교적 변이가 심한 것으로 알려진 ORF2 유전자에 대해서는 국내 분리주 7주와 전술한 각국 분리주의 유전자 염기서열과 아미노산서 열을 비교 분석하고, 각각 phylogenetic tree를 작성하여 유전적 상관관계를 분석하였다.
- 세포배양 배지는 a-MEM 에 배지 1m/당 penicillin 100IU, streptomycin 100 |ig 및 lactalbumin hydrolysate 0.25% 되게 첨가한 다음, 56oC에서 30분간 비동화한 FCS 를 10% 되게 첨가하여 사용하였다.
- 분석하였으며, 또한 이미 보고된 미국, 캐나다, 프랑스, 독일, 스페인 분리주 및 GenBank에 수록된 한국, 중국 및 대만 분리주 등 총 9주(Table 2)에 대한 phylogenetic tree를 작성하여 유전적 상관관계를 분석하였다. 아울러 PCV2의 유전자 중 비교적 변이가 심한 것으로 알려진 ORF2 유전자에 대해서는 국내 분리주 7주와 전술한 각국 분리주의 유전자 염기서열과 아미노산서 열을 비교 분석하고, 각각 phylogenetic tree를 작성하여 유전적 상관관계를 분석하였다.
- PCR로 증폭된 각 DNA는 Geneclean II kit(Bio101, USA) 사용하여 정제한 다음, -20oC에 보관하면서 염기서열 분석에 사용하였다. 염기서열 분석은 Taq Dye Primer Cycling kit(ABI, USA)와 ABI PRISM 377 sequencer(Perkin Elmer, USA )이용하여 각각의 염기서열을 판독한 다음, DNASIS 프로그램 (Hitachi ver 2.5)으로 분석하였다. PCV2 국내 분리주 3주에 대한 전체 유전자 염기서열은 Hamel 등[12]이 보고한 염기서열과 비교.
- PCV2의 배양은 PCV가 감염되지 않은 돼지 신장세포주(nPK-15 cell) 이용하여박 등[1]의 방법에 따라 실시하였다. 즉, PCV2의 감염이 확인된 nPK-15 세포를 계대하여 37oC에서 1일간 배양하고, phosphate- buffered saline(PBS, pH 7.4Q로 2회 세척한 다음, 300 mM D-glucosamine이 함유된 a-minimum essential medium(a-MEM, Gibco BRL, USA) 첨가하여 37oC에서 30분간 처리하였다. 처리 즉시 PBS로 세척하고 10% 우태아혈청 (fetal calf serum, FCS, Moregate, USA) 이 함유된 세포배양 배지를 첨가하여 2일간 더 배양한 후에 세포를 수거하여 유전자 염기서열 분석용 DNA 추출에 공시하였다.
- PCV2 국내 분리주의 유전적 특성과 외국 분리주와의 상관성 여부를 알아보고자 PMWS 발병 돈의 조직 시료에서 분리한 PCV2에 대한 유전자 염기서열 분석을 실시하였다. 즉, 국내 분리주 7주 중 3주(PCK0101, PCK0201 및 PCK0203)는 전체 유전자 염기서열을, 나머지 4주(PCK9901, PCK2K01, PCK0102 및 PCK0202:느 분리주간에 비교적 변이가 심한 것으로 알려진 ORF2에 대한 유전자 염기서 열을 분석하여 그 결과를 각국의 PCV2 분 리주의 유전자 염기서 열(Table 2M 비교분석하였다. 전체 유전자 염기서열을 분석한 3종의 국내 분리주는 1, 767개(PCK0201 및 PCK0203) 및 1, 768개(PCK0101)의 nucleotide 구성되어 있었다.
- 4Q로 2회 세척한 다음, 300 mM D-glucosamine이 함유된 a-minimum essential medium(a-MEM, Gibco BRL, USA) 첨가하여 37oC에서 30분간 처리하였다. 처리 즉시 PBS로 세척하고 10% 우태아혈청 (fetal calf serum, FCS, Moregate, USA) 이 함유된 세포배양 배지를 첨가하여 2일간 더 배양한 후에 세포를 수거하여 유전자 염기서열 분석용 DNA 추출에 공시하였다.
대상 데이터
- 즉, 국내 분리주 7주 중 3주(PCK0101, PCK0201 및 PCK0203)는 전체 유전자 염기서열을, 나머지 4주(PCK9901, PCK2K01, PCK0102 및 PCK0202:느 분리주간에 비교적 변이가 심한 것으로 알려진 ORF2에 대한 유전자 염기서 열을 분석하여 그 결과를 각국의 PCV2 분 리주의 유전자 염기서 열(Table 2M 비교분석하였다. 전체 유전자 염기서열을 분석한 3종의 국내 분리주는 1, 767개(PCK0201 및 PCK0203) 및 1, 768개(PCK0101)의 nucleotide 구성되어 있었다. 또한 ORF2 유전자 염기서 열을 분석한 국내 분리주 4주 중 2주(PCK2K01 및 PCK0102:는 deletion된 부위가 없어 1, 768개의 nucleotide 로, 나머지 2주(PCK9901 및 PCK0202:는 동일한 부위에서 1개의 nucleotide가 deletion되어 있어 이들은 1, 767개의 nucleotid- 구성되어 있을 것으로 판단되었으며, 이러한 양상은 각국의 PCV2 분리주의 유전자 염기서열 을 비교분 석한 Fenaux 등[11]의 성적과도 일치하였다.
이론/모형
- 국내 분리주의 유전적 특성을 조사하기 위하여 박 등[1] 이 PMWS 감염 돈으로부터 분리한 분리주 7주를 공시 하여 3주(PCK0101, PCK0201 및 PCK0203)는 전체 유전자염 기서열을, 나머지 4주(PCK9901, PCK2K01, PCK0102 및 PCK0202:느 ORF2 유전자염기서열을 분석하였다. PCV2의 배양은 PCV가 감염되지 않은 돼지 신장세포주(nPK-15 cell) 이용하여박 등[1]의 방법에 따라 실시하였다. 즉, PCV2의 감염이 확인된 nPK-15 세포를 계대하여 37oC에서 1일간 배양하고, phosphate- buffered saline(PBS, pH 7.
성능/효과
- 전체 유전자의 크기는 PCK0101 주는 1, 768개의 nucleotide로 구성되어 있고, PCK0201 및 PCK0203주는 ORF2 부위에 해딩-하는 1, 335번째 엽기서열에 1개의 nucleotide가 deletion되어 1, 767개의 nucleotideS- 구성되어 있었다. 3종의 국내 분리 주간에는 전체 유전자염기 서열 중 5개 부위에서 염기서열의 차이가 발견되었으나 전체적으로 99.5% 이상의 높은 일치율을 나타내었다. 분리주 3주의 유전자 염 기 서 열을 AF027217 주 [11]와 비교한 결과, 각 분리주 별로 11-16개의 nucleotide가 point mutation되어 있는 것으로 확인되었다.
- PMWS 특이 증상을 보이는 국내 양돈장의 돼지로부터 분리한 PCV2 국내 분리주 7종에 대한 유전자 염기서열 을 분석하였다. 3종의 국내 분리주(PCK0101, PCK0201 및 PCK0203)에 대한 전체 유전자 염기서 열을 분석한 결과, 국내 분리주간에는 99.5% 이상의 높은 일치율을 나타내었으며, 미국분리주 (AF027217)와도 99% 이상의 높은 일치율을 나타내었다. 국내 분리주의 유전자 염기서 열을 미국 분리주(AF027217) 비교했을 때 각 분리주에 따라 11-16개 부위의 point mutation된 부위가 전체 유전자 염기서 열에서 확인되었다.
- 또한 ORF2 유전자 염기서 열을 분석한 국내 분리주 4주 중 2주(PCK2K01 및 PCK0102:는 deletion된 부위가 없어 1, 768개의 nucleotide 로, 나머지 2주(PCK9901 및 PCK0202:는 동일한 부위에서 1개의 nucleotide가 deletion되어 있어 이들은 1, 767개의 nucleotid- 구성되어 있을 것으로 판단되었으며, 이러한 양상은 각국의 PCV2 분리주의 유전자 염기서열 을 비교분 석한 Fenaux 등[11]의 성적과도 일치하였다. ORF1의 염기 서열은 국내 분리 주간에 99% 이상의 높은 일치율을 나타내었으며, 미국 분리주(AF027271)와는 2개 염기서열 위치(180 및 294번 염기서열)에서 point mutation이 확인되었으나 역시 99% 이상의 일치율을 나타내어 매우 안정된 양상을 나타내고 있었다. 이는 PCV2의 ORF1은 바이러스의 증식에 필수적인 replication- associated protein을 구성하고 있으므로 안정성이 높다는 보고[21, 22]와 일치하는 것이다.
- 각국의 PCV2 분리주와 국내 분리주 3주의 전체 유전자염기서열에 대한 phylogenetic treer 작성하여 상관관계를 분석한 결과(Fig. 2), 국내 분리주는 캐나다 분리주 및 미국 분리주와 99% 수준으로 가장 밀접한 유전적 상관관계를 나타내었으며, 스페인, 독일 및 대만 분리주와는 97% 수준의 다소 낮은 상관관계를 나타내었다. 한편 프랑스 및 중국 분리주는 양국의 분리 주간에는 99% 이상의 높은 상관관계를 나타내었으나 이들 양국분리주군과 국내 분리 주군과는 94% 수준의 비교적 낮은 상관관계를 나타내었다.
- 국내 분리 PCV2 7주의 ORF2 유전자 염기서열을 분석한 결과, 국내 분리주간에 일부 deletion 및 pointmutation에 의한 상이한 nucleotide 가 관찰되었으나 99% 이상의 높은 일치율을 나타내었다. 국내 분리주의 유전 자염기서열 중 point mutation된 nucleotide의 위치나 종류는 대체적으로 일치하는 양상을 보였으며, 외국 분리주의 point mutation 양상과도 비교적 유사한 경향을 나타내었다.
- 또한 최근 PMWS와 질병의 양상이 구별되는 돼지 피부염 및 신증 증후군 (porcine dermatitis and nephropathy syndrome, PDNS) 발병 예에서 분리된 PCV2의 경우도 ORF1의 염기 서열은 PMWS 관련 PCV2 분리주와 높은 일치율을 나타내고 있다는 보고[22] 와본 논문의 국내 분리주의 염기서열 분석 결과에서 ORF1의 염기서열이 매우 안정적임을 고려할 때 ORF1의 유전적 차이가 PCV2의 병원성 차이 등에 영향을 미칠 가능성은 매우 낮은 것으로 생각된다. 국내 분리주 7주에 대한 ORF2에 대한 유전자 염기서 열 분석 결과, 국내 분리주간에는 98% 이상의 높은 일치율을 나타내었고, 미국 분리주(AF027217)와도 97% 수준으로 일치하였다. 그러나 AF027217의 유전자 염기서 열과 비교한 결과, 각 분리주에 따라 9-13개의 point mutation을 확인할 수 있었으며, 변이된 염기서열 위치로 볼 때 9개 염기서열 위치즉, ORF2 유전자 염기서열 시작부위로부터 7번(T-G), 86번(A-T), 161번(6T), 312번 (T-G), 477/478번(T/A-G/C), 515번(C-G) 및 517/ 518번(G/C-C/G) 염기 서열 위치에서는 국내 분리주7 주가 동일하게 변이된 것으로 확인되어 이 부위의 변이는 국내 분리 주간의 공통적인 변이로 판단되었다.
- 국내 분리 PCV2 7주의 ORF2 유전자 염기서열을 분석한 결과, 국내 분리주간에 일부 deletion 및 pointmutation에 의한 상이한 nucleotide 가 관찰되었으나 99% 이상의 높은 일치율을 나타내었다. 국내 분리주의 유전 자염기서열 중 point mutation된 nucleotide의 위치나 종류는 대체적으로 일치하는 양상을 보였으며, 외국 분리주의 point mutation 양상과도 비교적 유사한 경향을 나타내었다. PCV2 분리주간의 유전적 상관관계를 알아보기 위하여 본 연구에서 분석한 국내 분리주 7주와 기존에 보고된 미국 분리주 2주[12, 25], 캐나다[22], 프랑스, 독일 및 스페인 분리주 각 1주[18] 및 GenBank로 부터 입수한 중국, 대만 및 한국 분리주의 ORF2 유전자염기서열에 대하여 phylogenetic analysis를 실시하였다(Fig.
- 국내 분리주 7주에 대한 ORF2에 대한 유전자 염기서 열 분석 결과, 국내 분리주간에는 98% 이상의 높은 일치율을 나타내었고, 미국 분리주(AF027217)와도 97% 수준으로 일치하였다. 그러나 AF027217의 유전자 염기서 열과 비교한 결과, 각 분리주에 따라 9-13개의 point mutation을 확인할 수 있었으며, 변이된 염기서열 위치로 볼 때 9개 염기서열 위치즉, ORF2 유전자 염기서열 시작부위로부터 7번(T-G), 86번(A-T), 161번(6T), 312번 (T-G), 477/478번(T/A-G/C), 515번(C-G) 및 517/ 518번(G/C-C/G) 염기 서열 위치에서는 국내 분리주7 주가 동일하게 변이된 것으로 확인되어 이 부위의 변이는 국내 분리 주간의 공통적인 변이로 판단되었다. 또한 분리주에 따라 202번(A-C)은 7주 중 4주, 302번(G- deletion)은 7주 중 5주, 334번(AiG:은 7주 중 3주, 403번 (C-T) 7주 중 2주 및 661번(GiA) 7주 중 5주에서 염기서열의 변이가 관찰되는 등 다양한 변이 양상 을 나타내었다.
- 중국 분리 주군과는 더 낮은 89% 수준의 상관관계를 나타내었다. 그러나 스페인과 대만 분리주 또는 프랑스와 중국 분리 주간에는 각각 96% 또는 98% 이상의 상관관계를 나타내어 국가별로 분리 주간에 일부 minor branch가 존재하는 것으로 확인되었다. ORF2 아미노산 서열 분석 결과도 일부 분리주간에 상동성에 다소 차이가 있을 뿐 유전자 염기서열 분석 결과와 유사한 양상을 나타내었다 (Fig.
- 또한 분리주에 따라 202번(A-C)은 7주 중 4주, 302번(G- deletion)은 7주 중 5주, 334번(AiG:은 7주 중 3주, 403번 (C-T) 7주 중 2주 및 661번(GiA) 7주 중 5주에서 염기서열의 변이가 관찰되는 등 다양한 변이 양상 을 나타내었다. 또한 변이 양상을 외국의 분리주와 비교한 결과, 국내 분리주의변이가 발생한 부위에는 외국분 리주 중 2개 이상의 분리주가 변이를 보이고 있는 부위임이 확인되어 PCV2 ORF2 유전자 염기서열의 변이가 비교적 일정한 부위에서 이루어지는 것으로 추정되었다. PCV2의 주요 구조단백질을 구성하고 있는 ORF2는 PCV2의 ORF 중에서 가장 변이가 심한 것으로 알려져 있고 [11, 12, 18], 이러한 ORF2의 변이가 PCV2의 숙주 동물에 대한 병원성과 연관이 있다는 견해가 일부 연구자에 의해 제기되고 있다.
- 5% 이상의 높은 일치율을 나타내었다. 분리주 3주의 유전자 염 기 서 열을 AF027217 주 [11]와 비교한 결과, 각 분리주 별로 11-16개의 nucleotide가 point mutation되어 있는 것으로 확인되었다. ORF]에 해당하는 염기서열(51-995 bp)의 경우는 180번 염기서열에서 2개 분리주(PCV0201 및 PCK0203)는 A가 G로 변이 되었고, 294번 염기서열에서는 국내 분리주 3주 공히 G 가 C로 point mutation되어 있었다.
- 반면에 PCV2의 genomee 1, 767-1, 768개의 핵산으로 구성되어 있으며, 6개 또는 11개의 ORF가 존재함이 확인되었다 [10, 12, 23, 25].이 중 PCV의 증식과 주요 구조단백질의 조성에 관계하는 ORF1과 ORFM] 대한유전자염기서 열 분석결과, ORF1의 경우 PCV1과 PCV2 간의 염기서열과 아미노산 배열 의 일치율이 각각 83%와 86%로 두바이러스 간에 항원적 연관성이 있음을 시사하고 있는 반면 ORF2의 경우에는 각각 67%와 65%=] 일치율을 나타내고 있어 이러한 유전적 차이가 PCV1과 달리 PCV2가 병원성을 나타내는데 중요한 역할을 하는 것으로 판단된다. [4, 17, 19, 26].
- 국내 분리주의 유전자 염기서 열을 미국 분리주(AF027217) 비교했을 때 각 분리주에 따라 11-16개 부위의 point mutation된 부위가 전체 유전자 염기서 열에서 확인되었다. 이러한 변이는 ORF1 유전자보다는 ORF2 유전자에서 주로 관찰되었으며, ORF2 유전자염기서열의 변이된 위치나 핵산은 국내 분 리주간에 대체적으로 일치되는 양상을 나타내었으며, 해당 변이 부위는 외국의 분리주에서도 흔히 변이가 관찰되는 부위로 확인되었다.
- 1). 전체 유전자의 크기는 PCK0101 주는 1, 768개의 nucleotide로 구성되어 있고, PCK0201 및 PCK0203주는 ORF2 부위에 해딩-하는 1, 335번째 엽기서열에 1개의 nucleotide가 deletion되어 1, 767개의 nucleotideS- 구성되어 있었다. 3종의 국내 분리 주간에는 전체 유전자염기 서열 중 5개 부위에서 염기서열의 차이가 발견되었으나 전체적으로 99.
- 대만분리주군 및 프랑스.중 국 분리주군 등과 같이 유전적 상관관계가 다소 상이한 minor branch가 존재하는 것으로 확인되었으며, 이러한 결과로 미루어 볼 때 한국의 PCV2는 북미에서 유래되었을 가능성이 높은 것으로 추정된다. 이 연구를 통하여 얻어진 PCV2 국내 분리주의 유전적 정보는 향후 진단법개발이나 병원성 규명 등에 유용할 것으로 판단된다.
- 대만 분리주군 및 프랑스.중국 분리 주군 으로 유전적 상관관계가 구분되는 일종의 minor branch 가 존재하는 것으로 나타났으며 (Fig. 3), 이러한 양상은 ORF2의 아미노산 서열 분석결과에서도 동일하게 확인 되었다(Fig. 4). 이는 Fenaux 등 [11]이 각국의 PCV2 분 리주에 대한 유전자염기서열을 비교분석한 결과, 각 지 역별 분리주간에 유전적 차이에 따른 여러 종의 minor branch가 존재하며, 특히 프랑스 분리주의 경우 다른 분리주들과 뚜렷히 구분된다는 보고와 일치하였다.
- 2), 국내 분리주는 캐나다 분리주 및 미국 분리주와 99% 수준으로 가장 밀접한 유전적 상관관계를 나타내었으며, 스페인, 독일 및 대만 분리주와는 97% 수준의 다소 낮은 상관관계를 나타내었다. 한편 프랑스 및 중국 분리주는 양국의 분리 주간에는 99% 이상의 높은 상관관계를 나타내었으나 이들 양국분리주군과 국내 분리 주군과는 94% 수준의 비교적 낮은 상관관계를 나타내었다.
후속연구
- 한편 각국의 PCV2 분리 주간에는 90% 이상의 높은 유전자 일치율을 나타내고 있어[5, 10, 23], 아직까지 새로운 genotype 이 존재한다는 증거는 없다. 그러나 유럽, 북미, 아시아 등 서로 다른 지역에서 분리된 PCV2 분리 주간에 일부 유전적 변이가 있는 것으로 보고되고 있으며 [12], 이러한 유전적 변이에 대한 정보는 PCV2 감염에 대한 진단, 병원성의 규명, 예방약의 개발 등 다양한 연구 분야에 중요한 자료가 될 것으로 생각된다. 국내에서도 PMWS 발병 돈의 병변 조직에서 PCV2의 감염이 확인되는 등 PMWS의 발병이 증가하고 있다.
- 이는 Fenaux 등 [11]이 각국의 PCV2 분 리주에 대한 유전자염기서열을 비교분석한 결과, 각 지 역별 분리주간에 유전적 차이에 따른 여러 종의 minor branch가 존재하며, 특히 프랑스 분리주의 경우 다른 분리주들과 뚜렷히 구분된다는 보고와 일치하였다. 본 논문에서 분석한 각국의 분리 주간의 유전적 상관관계는 국가간 돼지의 교역 상황과 밀접한 연관성이 있을 것으로 추정되나 더욱 정밀한 역학적인 분석이 필요할 것으로 생각된다. 한편 본 논문에서 분석한 PCV2 국내 분리주의 유전자 염기서열 정보는 PCR과 같은 PCV2 감염증의 유전자 진단에 있어 primer 작성 등에 중요한 정보가 될 것으로 판단되며, 향후 PCV2 감염증에 대한 병원성의 규명 등에도 활용가치가 매우 높을 것으로 판단된다.
- 중 국 분리주군 등과 같이 유전적 상관관계가 다소 상이한 minor branch가 존재하는 것으로 확인되었으며, 이러한 결과로 미루어 볼 때 한국의 PCV2는 북미에서 유래되었을 가능성이 높은 것으로 추정된다. 이 연구를 통하여 얻어진 PCV2 국내 분리주의 유전적 정보는 향후 진단법개발이나 병원성 규명 등에 유용할 것으로 판단된다.
- [8].이러한 보고로 보아 PCV2 역시 소형 DNA 바이러스로서 ORF2 염기 서열에 있어 소수의 point mutation이 병원성에 결정적인 영향을 미칠 가능성이 높으며, 이러한 변이가 국내에서 발생하고 있는 PMWS의 병원성이나 임상증상의 다양성과 연관이 있을 것으로 판단되나 이에 관해서는 향후 더 구명되어야 할 것으로 생각된다.
- 본 논문에서 분석한 각국의 분리 주간의 유전적 상관관계는 국가간 돼지의 교역 상황과 밀접한 연관성이 있을 것으로 추정되나 더욱 정밀한 역학적인 분석이 필요할 것으로 생각된다. 한편 본 논문에서 분석한 PCV2 국내 분리주의 유전자 염기서열 정보는 PCR과 같은 PCV2 감염증의 유전자 진단에 있어 primer 작성 등에 중요한 정보가 될 것으로 판단되며, 향후 PCV2 감염증에 대한 병원성의 규명 등에도 활용가치가 매우 높을 것으로 판단된다.
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