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문제 정의
- 한편 Jersek 등(11)도 repetitive extragenic palindromic sequence based PCR(REP-PCR) 과 enterobacterial repetitive infrequent consensus sequence based PCR(ERIC-PCR)은 원핵세포집단 내에서도 다양하게 분포하고 있는 짧은 길이의 반복성의 염기서열에 대해서 PCR을 적용하여 유전자 수준의 다양성에 근 거하여 균주 상호간의 감별이 가능하며 이들 기법의 감별능력은 기존의 PCR 기법보다도 우수하였다고 보고하였다. 따라서 서균의 염색체 DNA에 존재하는 REP 및 ERIC과 같은 반복성의 염기서열의 다양성에 근거하여 이들 유전자에 대한 primer를 작성하여 PCR을 수행한 후 나타난 증폭산물의 다양성에 근거하여 균주간의 유전학적 다양성 분석이 가능하다는 이론이다. 보고된 바와 같이 REP 염기서열은 반복성을 특징으로 하며 크기는 35 -40 bp에 해당하고, ERIC 염기서열은 크기가 124-127 bp로 REP 염기서열보다는 커다란 반복성의 유전자이며 균주 간에 공유성이 높은 것이 특징으로 알려져 있다.
- 이상과 같은 배경에 근거하여 우리의 연구에서는 전술한 논문(2)에서 보고하지 못하였던 나머지의 성적으로서 4M과 RA primer의 2종의 primer를 적용한 PCR 분석기법 중 RAPD 및 REP-PCR와 ERIC-PCR 기법을 수행했던 성적에 대해서 보고하고자 하며, 최종적으로 이미 보고한 논문의 성적에 추가하여 일반 실험실 여건에서 수행하였던 총 8종의 PCR 기법들이 확보한 고유한 감별능력 (DA)을 비교 및 평가하여, 국내 각종 동물과 사람에서 분리된 S. aureus 분리주의 유전자 수준의 분석에 가장 신뢰도 높고 감별능력이 뛰어난 분석기법을 선발하여 보고하는 바 이다.
제안 방법
- Hunter와 Gaston(9, 10)의 방법에 따라서 현재의 연구에서 활용한 8종의 유전자 분석기법 상호간의 결과성적을 토대로 하여 개별 분석기법들의 감별능력을 객관적인 수치로서 비교하고자 SID 방법을 적용하여 객관적인 수치로 결과를 산출하여 평가하는 방법을 적용하였다. 그리고 최종적인 SID 값이 0.
- RAPD, REP 및 ERIC-PCR을 위한 primer 등에 대한 정보는 역시 Jersek(ll)과 Zee 등(16)의 방법에 따라서 합성을 의뢰하여 사용하였다. PCR premix kit를 사용하였고, Applied-Biosystem PCR 장치를 사용하였다. 먼저 95℃에서 7분간 열변성 후에 42℃에서 1분간 합성하였고, 65℃에서 8분간 신장반응을 실시하였다.
- 국내 각종 동물 및 사람유래 S. aureus 균주에 대하여 먼저 ERIC-PCR을 수행하여 유전자 수준의 다양성을 조사하였으며 그 결과성적은 Fig. 1과 2에 나타낸 바와 같았다. 먼저 총 107주에 대한 ERIC-PCR을 수행한 종합분석 성적에서 공시균주들은 모두 10가지의 유전형으로 구분되었고, EM-type에는 14주(13.
- 국내 각종 동물과 사람유래 S. aureus 균주에 대하여 2종의 primer(4M 및 RA)를 각각 합성하여 RAPD를 수행하고 유전자 수준의 다양성을 분석하여 그 대표적인 성적을 Fig. 5과 Fig. 6에 각각 나타내었다. 먼저 4M primerS- 적용한 RAPD profile에서는 1~20개의 DNA band가 120 bp~3.
- 먼저 95℃에서 7분간 열변성 후에 42℃에서 1분간 합성하였고, 65℃에서 8분간 신장반응을 실시하였다. 그리고 추가로 94℃에서 1분간 열변성, 4TC에서 1분간 합성, 65℃에서 8분간 신장반응을 33회 반복 수행한 후, 최종적으로 65℃에서 8분간 신장반응을 추가하고 종결하도록 프로그램을 설정하였다. 증폭산물의 확인은 2% agarose gel을 사용하여 4 V/cm의 전압으로 2시간동안 전기영동하고 증폭산물의 다양성은 UV 조사장치를 사용하여 확인하고 사진 촬영하였다.
- 특히 REP-PCR 성적은 ERIC-PCR의 경우 더 많은 밴드로 구성되어 있어 시야로 분석하기에는 더욱 어려운 실정이었다. 따라서 전술한 3종의 PCR 기법의 성적은 시야로 분석하기에는 어려워 우리의 성적에서는 BiolD2+와 GelCompar II와 같은 전문분석용 프로그램을 적용하여 결과 성적을 분석하였고, 이들 프로그램이 산생한 수치도(dendrogram) 성적에 근거하여 Hunter와 Gaston(9, 10)의 SID를 산출하여 더 객관적이고 과학적인 분석을 실시하였다. 따라서 DNA 단편들이 많은 경우, 특히 사용하는 균주의 숫자가 많은 경우에는 전문분석 프로그램의 활용이 필수적인 것으로 보였다(5, 14, 15).
- 우리의 연구에서는 현재까지 S. aureus 균주에 대하여 일반 실험실 수준에서 가장 많이 그리고 널리 활용되고 있는 총 8종의 PCR에 기초한 유전자 분석기법들을 선발하여 국내의 다양한 동물종과 MRSA 를 포함한 사람유래 균주들에 대해서 각각 적용하였고, 그 결과 성적을 Table 2에 종합하였다. 먼저 ERIC-PCR 기법은 공시균주들을 총 10가지의 유전형으로 구분하였고, 14주(13.
- 그리고 추가로 94℃에서 1분간 열변성, 4TC에서 1분간 합성, 65℃에서 8분간 신장반응을 33회 반복 수행한 후, 최종적으로 65℃에서 8분간 신장반응을 추가하고 종결하도록 프로그램을 설정하였다. 증폭산물의 확인은 2% agarose gel을 사용하여 4 V/cm의 전압으로 2시간동안 전기영동하고 증폭산물의 다양성은 UV 조사장치를 사용하여 확인하고 사진 촬영하였다. 분자량의 확인 및 대조를 위한 molecular marker로서는 1 kb Plus DNA ladder(GibcoBRL, USA) 와 100 bp DNA ladder (Bioneer, Korea)를 동시에 사용하였다.
대상 데이터
- aureus) 균주는 김 등(1)과 우 등(2)이 이미 보고한 바 있는 균주들이며, 이들을 포함하여 모두 116주를 공시하였다. 그리고 S. aureus ATCC 25923, S. aureus NCTC 5663 및 S. aureus NCTC 9393과 S. epidermidis ATCC 12228 등은 각종 시험의 대조균주로 사용되었다.
- 증폭산물의 확인은 2% agarose gel을 사용하여 4 V/cm의 전압으로 2시간동안 전기영동하고 증폭산물의 다양성은 UV 조사장치를 사용하여 확인하고 사진 촬영하였다. 분자량의 확인 및 대조를 위한 molecular marker로서는 1 kb Plus DNA ladder(GibcoBRL, USA) 와 100 bp DNA ladder (Bioneer, Korea)를 동시에 사용하였다. RAPD, REP-PCR 및 ERIC-PCR 등의 개별 성적들은 Bio-ID2+ software를 사용하여 분석하였고 이들 성적에 기초하여 SID 값을 산출하고 감별능력을 평가하는 절차에 따랐다.
- 이 연구에 공시된 S. aureus 균주들은 우 등(2)이 1996년 이후로 전국의 도계장에서 수거한 계육에서 분리한 균주를 포함시켰고, 다양한 동물로부터 분리된 균주들은 주로 경북 북부지역에서 분리된 균주로 한우, 염소, 돼지, 실험용 마우스 및 닭 등의 동물에서 분리한 균주들이며, 이들 중 대부분은 임상증상 등이 발견되어 병성감정 의뢰된 동물에서 분리되었다. 특히 실험용마우스의 경우에는 사육과정에서 관찰된 화농소에서 분리된 균주이며, 사람유래 20주의 MRSA 및 MSSA(methicillin sensitive S.
- 이 연구에 사용된 균주들은 김 등(1)과 우 등(2)이 이미 보고한 바 있는 균주로서 균종감별은 표준실험실 진단법으로 기 확인된 균주들을 사용하였고, 추가로 동정이 필요한 균주들과 PCR 시험에서 재동정이 필요한 균주들에 대해서는 Bennett 등(6)과 MacFaddin(13)의 표준실험실 진단법에 따라서 균종감별을 확인한 후에 시험에 사용하였다.
- aureus 균주들은 우 등(2)이 1996년 이후로 전국의 도계장에서 수거한 계육에서 분리한 균주를 포함시켰고, 다양한 동물로부터 분리된 균주들은 주로 경북 북부지역에서 분리된 균주로 한우, 염소, 돼지, 실험용 마우스 및 닭 등의 동물에서 분리한 균주들이며, 이들 중 대부분은 임상증상 등이 발견되어 병성감정 의뢰된 동물에서 분리되었다. 특히 실험용마우스의 경우에는 사육과정에서 관찰된 화농소에서 분리된 균주이며, 사람유래 20주의 MRSA 및 MSSA(methicillin sensitive S. aureus) 균주는 김 등(1)과 우 등(2)이 이미 보고한 바 있는 균주들이며, 이들을 포함하여 모두 116주를 공시하였다. 그리고 S.
이론/모형
- RAPD, REP 및 ERIC-PCR을 위한 primer 등에 대한 정보는 역시 Jersek(ll)과 Zee 등(16)의 방법에 따라서 합성을 의뢰하여 사용하였다. PCR premix kit를 사용하였고, Applied-Biosystem PCR 장치를 사용하였다.
- 분자량의 확인 및 대조를 위한 molecular marker로서는 1 kb Plus DNA ladder(GibcoBRL, USA) 와 100 bp DNA ladder (Bioneer, Korea)를 동시에 사용하였다. RAPD, REP-PCR 및 ERIC-PCR 등의 개별 성적들은 Bio-ID2+ software를 사용하여 분석하였고 이들 성적에 기초하여 SID 값을 산출하고 감별능력을 평가하는 절차에 따랐다.
- 균종감별이 확인된 균주에 대해서만 genomic DNA의 추출과 정제는 Jersek(ll)과 Zee 등(16)의 방법에 준하여 실시하였고, lysozyme(Sigma, USA)과 lysostaphin(Sigma, USA)으로 처리하고 추가로 proteinase K(GibcoBRL, USA)로 소화시킨 후, phenol을 사용하는 DNA 주줄법으로 순수하게 주줄된 DNA를 PCR 시험에 사용하였다.
성능/효과
- 같은 방법으로 마우스유래 20주에 대한 RAPD 성적을 기초로 산출한 SID값은 0.853로, 소유래 균주의 성적보다는 비교적 우수한 감별능력을 보였다. 중국산 계육유래 균주(11주)에 대해서도 동일한 방법으로 SID 값을 산출하였던 바, SID 0.
- 874로 확인되었다. 결과적으로 우리의 연구에서 공시한 균주들의 경우에는 RA primer를 선택하기보다는 4M primer를 적용한 RAPD 기법이 보다 뛰어난 감별능력을 발현했던 것으로 확인되었다.
- 7%)로 가장 많은 균주가 이 그룹에 포함되었다. 결과적으로 이들 균주들의 개별성적 에 근거하여 작성된 덴드로그람 성적에 근거한 SID 값은 0.930으로 확인되었으며, 전체 균주에 대한 REP-PCR 성적이 가장 높은 SID 값을 확보한 것으로 조사되었다(Table 1).
- 930으로 확인되었다. 결국 0.930의 SID값은 ERIC-PCR 성적과는 비록 거의 차이가 없지만, 이제까지의 연구 성적에서는 가장 높은 SID값으로 확인되었다.
- 874로 확인되었다. 결국 4M primer와 RA primer의 양자의 primerS- 이용한 RAPD 기법 상호간의 비교에서는 4M primer를 적용한 성적(SID 0.915)이 RA primer를 적용한 성적 (SID 0.874)보다도 훨씬 더 우수한 감별능력을 확보하고 있는 것으로 조사되었다(Table 1).
- 894로 다소 저조하였다. 그리고 coa-gene PCR에서는 모두 10가지의 유전형으로 분류되었고 그 중 36주(33.0%)가 가장 대표적인 유전형에 포함되어 SID값은 0.883으로 조사되었다. 반면에 spa-gene PCRe 공시균주를 모두 11가지의 유전형으로 분류하였고 가장 대표적인 그룹에는 39주(34.
- 815로 확인되어 한우유래 균주들과 유사한 성적을 보였다. 그리고 마우스 유래 23주에 대해서도 마찬가지의 방법으로 분석을 하였던 바, 닭유래 균주와 동일하게 7가지(MA-MGI 유전형으로 분류되었고, MA-type에 7주(30.4%)가 포함되어 가장 지배적인 유전형으로 분류되었으며, SID 값은 0.870으로 비교적 높은 수치를 보였다.
- 한편 다양한 수준의 임상실험실에서 누구나 쉽게 적용할 수 있고 장비도 저렴하여 확보가 쉬운 편이기에 우 등(2)은 지금까지 알려진 종특이 유전자 중에서 많은 연구자들이 활용한 바 있는 coagulase 및 protein A gene을 이용한 PCR-restriction fragment length polymorphism(RFLP)을 수행하여 그 성적을 보고하였을 뿐만 아니라, aroA-gene에 대해서도 동일한 분석성적을 보고하였다. 그리고 보다 객관적인 분석방법으로서 Simpson's index of diversity (SID)를 산출하여 보기 쉽고, 알기 쉽게 수치로 변환하여 보여줌으로서 적용했던 PCR 기법 상호간의 감별능력을 쉽게 평가할 수 있었다.
- Hunter와 Gaston(9, 10)의 방법에 따라서 현재의 연구에서 활용한 8종의 유전자 분석기법 상호간의 결과성적을 토대로 하여 개별 분석기법들의 감별능력을 객관적인 수치로서 비교하고자 SID 방법을 적용하여 객관적인 수치로 결과를 산출하여 평가하는 방법을 적용하였다. 그리고 최종적인 SID 값이 0.900이상을 확보한 분석기법은 적용한 균주들 상호간에 대해서 충분한 감별 능력을 확보한 신뢰성 높은 분석기법으로 평가하였고, SID 값이 0.900 이하인 분석기법은 감별능력이 미흡한 기법으로 평가하였다.
- 929로 확인되었다. 그리고 현재의 연구에서 공시한 총 108 주 의 S. aureus 균주에 대하여 적용하였던 REP-PCR 기법은 모두 20가지 유전형으로 구분하였고, 대표적인 RB-type에는 모두 17주(15.7%)가 포함되었으며 SID값은 0.930으로 확인되었다. 결국 0.
- aureus 균주들의 유전자 수준의 분석기법으로서 그 신뢰도를 인정할 수 있는 충분한 감별능력을 확보한 분석 기법으로 평가할 수 있었다. 따라서 기 보고된 논문에서 보고된 PCR 기법들의 성적들(5종 기법 모두가 SID 값이 0.900 이하 수준이었음)과 비교할 경우 현재의 연구에서 수행한 PCR 기법들은 기 보고한 5종의 PCR 기법들보다는 DA가 더 우수함을 알 수 있었다.
- 그리고 다종다양하게 개발되어 있는 PCR 기법을 기초로 한 각종 분석기법들이 생산한 성적 상호간에는 결코 완전히 일치하지 않는다는 사실을 인식하는 것도 중요하다. 따라서 단일 방법에 의존하지 않고, 하나 이상의 다양한 분석기법을 적용하며, 그 성적들 상호간을 종합적으로 통계학적인 분석방법으로 보다 객관적이고, 과학적으로 비교, 분석할 경우에는 보다 신뢰성있고 공유할 수 있는 가치 높은 해석을 이끌어낼 수 있다는 사실을 우리의 연구성적을 통하여 확인할 수 있었다(4, 5, 9).
- 4%)가 가장 대표적인 유전형에 포함되었다. 따라서 이와 같은 성적에 기초하여 4M primer를 적용한 RgPD의 SID 값은 0.915로 확인되었고, RA primer를 선택한 RAPD의 SID 값은 0.874로 확인되었다. 결과적으로 우리의 연구에서 공시한 균주들의 경우에는 RA primer를 선택하기보다는 4M primer를 적용한 RAPD 기법이 보다 뛰어난 감별능력을 발현했던 것으로 확인되었다.
- 9%)나 포함되어 가장 지배적인 것으로 확인되었다. 또한 총 107주가 산생한 DNA profile을 기초로 덴드로그람을 작성하여 SID 값을 산출하였던 바, SID 0.929의 비교적 신뢰도 높은 값을 산출하였다. 이 값은 우리의 연구에서 수행한 PCR에 기초한 molecular typing 기법들 중에서는 가장 높은 SID 값으로 확인되었다(Table 1).
- 812로 확인되었다. 마지막으로 공시균주 전체 99주에 대해서 4M piimer를 이용한 RAPD profile에 근거하여 종합적으로 덴드로그람을 작성하여 균주 상호간에 대해서 유전자 수준의 감별능력을 평가하고자 SID 값을 산출하였던 바, 0915의 양호한 SID 값을 산출하였다.
- 758로서 역시 저조한 성적이었다. 마지막으로 모든 숙주유래의 총 98주에 대한 RA primer를 이용한 RAPD 성적을 토대로 작성한덴드로그람을 기초로 하여 산출한 SID 값은 0.874로 확인되었다. 결국 4M primer와 RA primer의 양자의 primerS- 이용한 RAPD 기법 상호간의 비교에서는 4M primer를 적용한 성적(SID 0.
- 마지막으로 현재의 연구에서 공시한 총 108주의 S. aureus 균주에 대한 종합적인 REP-PCR 성적에서 모두 20가지 유전형으로 세분되었고 RB-type에 모두 17주(15.7%)로 가장 많은 균주가 이 그룹에 포함되었다. 결과적으로 이들 균주들의 개별성적 에 근거하여 작성된 덴드로그람 성적에 근거한 SID 값은 0.
- aureus 균주에 대하여 일반 실험실 수준에서 가장 많이 그리고 널리 활용되고 있는 총 8종의 PCR에 기초한 유전자 분석기법들을 선발하여 국내의 다양한 동물종과 MRSA 를 포함한 사람유래 균주들에 대해서 각각 적용하였고, 그 결과 성적을 Table 2에 종합하였다. 먼저 ERIC-PCR 기법은 공시균주들을 총 10가지의 유전형으로 구분하였고, 14주(13.1 %)가 대표적인 그룹에 포함되었으며, 결과적으로 이 분석법의 SID 값은 0.929로 확인되었다. 그리고 현재의 연구에서 공시한 총 108 주 의 S.
- 3과 4에서 나타낸 바와 같았다. 먼저 소유래 균주들에 대하여 REP-PCR 성적에서 전체적으로 총 10가지의 유전형으로 세분되었으며 , RE-4 type에는 가장 많은 4주가 포함되었고, 소유래 균주의 SID 값은 0.838로 확인되었다. 한편 마우스 유래 20주의 성적은 약 >20%의 상동율 성적으로 총 16가지의 유전형으로 분류되었지만, SID 값은 0.
- 1과 2에 나타낸 바와 같았다. 먼저 총 107주에 대한 ERIC-PCR을 수행한 종합분석 성적에서 공시균주들은 모두 10가지의 유전형으로 구분되었고, EM-type에는 14주(13.1%)가 포함되어 가장 대표적인 유전형으로 분류되었으며, 이 그룹에는 사람유래의 6주(42.9%)나 포함되어 가장 지배적인 것으로 확인되었다. 또한 총 107주가 산생한 DNA profile을 기초로 덴드로그람을 작성하여 SID 값을 산출하였던 바, SID 0.
- 7). 먼저 한우유래 17주에 대한 SID 값을 계산하였던 바, 0.794로 확인되었고, 중국산 계육유래 균주의 경우에는 0.756으로 감별능력이 다소 미흡한 것으로 분석되었다. 또한 마우스유래 균주의 성적은 SID 0.
- 하지만 PFGE는 필자가 직접 수행해 본 경험에서도 알 수 있었듯이 많은 기술적 요소를 필요로 하며 또한 결과를 확보하기까지 많은 시간이 소요되는 단점을 갖고 있었다. 반면에 PCR에 기초한 분석기법은 PFGE에 비해 신속성과 편리성에 있어서는 뛰어난 장점을 확보하고 있다는 점을 직접 확인할 수 있었다(3, 5, 8).
- 반면에 RA primer를 이용한 RAPD 성적에서는 200 bp~2.5 kb의 범위에서 2-10개의 다양한 크기의 DNA band가 확인되었다(Fig. 7). 먼저 한우유래 17주에 대한 SID 값을 계산하였던 바, 0.
- 7%)가 가장 대표적인 유전형으로 구분되었다. 반면에 RA primer를 적용한 경우에는 모두 8 종 의 유전형으로 세분되었고, 그 중 19주(19.4%)가 가장 대표적인 유전형에 포함되었다. 따라서 이와 같은 성적에 기초하여 4M primer를 적용한 RgPD의 SID 값은 0.
- 883으로 조사되었다. 반면에 spa-gene PCRe 공시균주를 모두 11가지의 유전형으로 분류하였고 가장 대표적인 그룹에는 39주(34.8%)가 포함되는 것으로 분류하여 양자간에는 거의 유사한 성적을 보였지만, SID 값은 0.806으로 coa-gene PCR 보다도 저조하였다.
- 744로서 가장 낮은 성적이었다. 반면에 닭유래 12주에 대한 분석성적의 SID 값은 0.909로 가장 높은 SID 값을 나타내어, 결과적으로 RA primers- 사용한 RAPD의 경우 닭유래 균주에 대해서 가장 효율적인 분석방법으로 평가되었다. 그리고 MRSA 균주를 포함한 사람유래 S.
- 838으로 다소 높았다. 사람유래 24주는 모두 5가지의 유전형으로 구분되었으며, 덴드로그람 분석성적에 근거한 SID 값은 0.812로 확인되었다.
- 929의 비교적 신뢰도 높은 값을 산출하였다. 이 값은 우리의 연구에서 수행한 PCR에 기초한 molecular typing 기법들 중에서는 가장 높은 SID 값으로 확인되었다(Table 1). 한편, 축종별 성적에서 한우유래 균주에 대한 ERIC-PCR 성적의 SID 값은 0.
- 900 이상의 SID 값은 확보하여아 신뢰도가 인정되는 바람직한 분석기법으로 평가할 수 있다고 하였다. 이들의 기준에 근거하면 우리의 연구에서 수행했던 분석기법들 중에서 단지 REP-PCR(SID 0.930), ERIC-PCR(SID 0.929) 및 RAPD(4M primer: SID 0.915) 기법만이 공시한 다양한 출처유래의 S. aureus 균주들의 유전자 수준의 분석기법으로서 그 신뢰도를 인정할 수 있는 충분한 감별능력을 확보한 분석 기법으로 평가할 수 있었다. 따라서 기 보고된 논문에서 보고된 PCR 기법들의 성적들(5종 기법 모두가 SID 값이 0.
- 853로, 소유래 균주의 성적보다는 비교적 우수한 감별능력을 보였다. 중국산 계육유래 균주(11주)에 대해서도 동일한 방법으로 SID 값을 산출하였던 바, SID 0.782로 감별능력이 다소 미흡하였으며, 국내산 계육과 오리육에서 분리된 균주(11주)에 대한 SID 값은 0.909로서 가장 높은 감별능력을 보여주었다. 그리고 중국산 및 국내산 계육유래 22주에 대한 종합성적의 SID 값은 0.
- 특히 사람유래 33주의 S. aureus와 MRSA에 대하여 ERIC-PCR을 실시하고, 동일한 접근방법으로 분석했을 때 총 10가지(HA~HJ)의 유전형으로 분류되었으며, HB-type에는 8주(24.4%) 가 포함되어 가장 지배적인 유전형으로 분류되었고, SID 값은 0.890로서 숙주별 균주에 대한 SID 값 중에서는 가장 높은 성적을 보였다.
- 이들 중 최근 집중적으로 보고되고 있는 pulsed-field gel electrophoresis(PFGE) 기법은 많은 병원과 실험실에서 활용되고 있으며, 정확하고 신뢰도 높은 감별능력으로 많은 연구자들에 의해서 인정받고 있는 실정이다(4, 11, 16). 필자도 Salmonella pullorum 균에 대해서 적용하였던바, 높은 감별능력을 확인할 수 있었다. 하지만 PFGE는 필자가 직접 수행해 본 경험에서도 알 수 있었듯이 많은 기술적 요소를 필요로 하며 또한 결과를 확보하기까지 많은 시간이 소요되는 단점을 갖고 있었다.
- 한편 RAPD 기법에 대해서도 전술된 방법과 동일한 방법으로 SID 값을 산출하고 감별능력을 비교하였을 때, 4M primer를 사용한 RAPD 기법의 경우 공시균주들을 모두 14종의 유전형으로 구분하였으며, 그 중 15주(14.7%)가 가장 대표적인 유전형으로 구분되었다. 반면에 RA primer를 적용한 경우에는 모두 8 종 의 유전형으로 세분되었고, 그 중 19주(19.
- 이 값은 우리의 연구에서 수행한 PCR에 기초한 molecular typing 기법들 중에서는 가장 높은 SID 값으로 확인되었다(Table 1). 한편, 축종별 성적에서 한우유래 균주에 대한 ERIC-PCR 성적의 SID 값은 0.823으로 확인되었고, 닭과 오리유래 24주에서는 총 7가지(CMA~CMG) 유전형으로 구분되었으며 CME-type에 총 8주(33.3%)가 포함되어 가장 다적인 유전형으로 확인되었다. 그리고 닭유래 균주에 대한 SID 값은 0.
후속연구
- S. aureus는 물론이며 다양한 병원성 미생물에 대해서 유전자 수준의 감별분석을 위해 이상적인 분석기법이라면 쉽고, 신속하며, 감별능과 재현성이 뛰어난 분석기법이라야 할 것으로 알고 있다. 아울러 광범위한 분야에서 다양한 실험실에서 적용이 가능하다면 더욱 좋을 것이며, 또한 실험실 상호간이나 국가 상호간에 확보된 성적에 대해서도 쉽게 비교할 수 있다면 지극히 바람직한 분석기법이라 사료된다.
- 앞으로 동일한 균주에 대해서 PFGE 성적까지도 수행한 후 우리가 수행했던 총 8종의 PCR 성적들이 확보한 DA보다도 PFGE가 과연 보다 우수한 DA를 발현할 수 있는지를 확인하는 것이 필요하다하겠다(4, 8, 14).
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