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Pig6 DNA probe를 기반으로 하는 Prevotella intermedia ATCC 49046 균주-특이 PCR primer 개발
Development of prevotella intermedia ATCC 49046 Strain-Specific PCR Primer Based on a Pig6 DNA Probe 원문보기

Korean journal of microbiology = 미생물학회지, v.42 no.2, 2006년, pp.89 - 94  

정승우 (조선대학교 치과대학 치주과학교실) ,  유소영 (조선대학교 치과대학 구강생화학교실) ,  강숙진 (조선대학교 치과대학 구강생화학교실) ,  김미광 (조선대학교 치과대학 구강생화학교실) ,  장현선 (조선대학교 치과대학 치주과학교실) ,  이광용 (조선대학교 치과대학 치의학과) ,  김병옥 (조선대학교 치과대학 치주과학교실) ,  국중기 (조선대학교 치과대학 구강생화학교실)

초록
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본 연구는 치주질환 병인론 연구에 빈번히 사용되는 Prevotella intermedia ATCC 49046 균주를 특이적으로 검출 및 동정할 수 있는 PCR primer를 개발하기 위하여 시행하였다. P. intermedia ATCC 49046 유전체 DNA를 추출하고, Hind III 제한효소를 이용하여 무작위 클로닝법으로 유전체 DNA 절편을 얻었다. Southern blot 분석법을 이용하여 DNA 절편의 특이성을 조사하였고, chain termination 법을 이용하여 핵산염기서열을 결정하였다. 이를 바탕으로 PCR primer를 설계하고, P. intermedia ATCC 49046에 대한 균주 특이성 및 검출 한계(민감도)를 조사하였다. Southern blot 분석 결과 Pig6 DNA probe는 서양인에서 분리 동정된 P. intermedia 균주와만 hybridization하였고, 한국인에서 분리 동정된 P. intermedia균주들과는 반응이 없었다. Pig6 DNA probe는 813 bp의 핵산염기로 구성되어 있었으며, 이를 바탕으로 설계된 Pig6-F3와 Pig6-R3 primer 쌍에 의해서는 서양 균주에 특이적인 PCR산물이 증폭되었다. Pig6-60F와 Pig6-770R primer 쌍에 의해서는 P. intermedia ATCC 49046 유전체 DNA에서만 특이적인 PCR 산물이 증폭되었다. 두 가지 primer 쌍들 각각에 대한 P. intermedia 유전체 DNA량의 검출 한계를 알아보기 위한 민감도실험 결과 두가지 primer 쌍들 모두 4 pg (약2000마리)까지 검출 가능하였다. 이상의 연구결과를 종합하면, Pig6-60F와 Pig6-770R primer쌍은 P. intermedia ATCC 49046을 균주 특이적으로 동정할 수 있어, 이 균주의 보존적 측면에서 유용하게 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

Abstract AI-Helper 아이콘AI-Helper

The purpose of this study is to develop the strain-specific PCR primers for the identification of prevotella inter-media ATCC 49046 which is frequently used in the pathogenesis studies of periodontitis. The Hind III-digested genomic DNA of P. intermedia ATCC 49046 were cloned by random cloning metho...

주제어

AI 본문요약
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문제 정의

  • intermedia ATCC 49046 유전체 DNA와만 반응하는 Pig6라고 명명된 DNA probe를 클로닝 하였다(미발표 자료). 연구는 한국인에서 분리 동정된 P. intermedia 균주들과 서양인에서 분리 동정된 균주들(/ intermedia ATCC 2561#P. intermedia ATCC 49046)의 유전체 DNA를 이용하여 Pig6 DNA probe의 P. intermedia 5* 대한 종특이성 여부를 검증하고, 종-특이 PCR primer 쌍을 개발하고자 시행하였다.
  • intermedia 균주들의 상동성이 있는 유전자와 상동성이 차이가 있어서 미약한 반응 띠가 생겼다는 것이 가장 타당하리라 생각된다. 이러한 가설을 검증하기 위해서, 다음 연구에서는 low stringency 조건과 hybridization 온도를 낮주어서 Southern blot hybridization을 시행하고자 한다.
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참고문헌 (16)

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