전 세계적으로 정보기술이 발달하고 인간유전체사업이 종료됨에 따라 대용량 생명과학과 정보기술이 접목된 생명정보학(Bioinformatics, 바이오인포매틱스)이 등장하여 지속적으로 발전하고 있다. 이러한 학문의 발전과 더불어 생명정보서비스를 위한 웹사이트가 구축되어 생명과학 연구자들에게 제공되고 있다. 전 세계의 수많은 생명정보서비스 웹사이트 중에서 연구자들이 가장 많이 활용하는 대표적인 웹사이트로는 우리나라의 포항공과대학교 생물학연구전문정보센터(BRIC), 한국과학기술정보연구원 바이오인포매틱스센터(CCBB), 한국생명공학연구원 국가생물자원정보관리센터(KOBIC), 미국의 국립생명공학정보센터(NCBI), 유럽의 생물정보학연구소(EBI), 일본의 DNA데이터은행(DDBJ) 등이 있다. 본 논문에서는 위의 6개 웹사이트의 콘텐트 현황 및 기능을 조사하여 비교.분석하였다. 또한 웹사이트를 이용하는 생명과학 연구자를 대상으로 이용현황 및 요구사항에 관하여 설문조사를 실시하였다.
전 세계적으로 정보기술이 발달하고 인간유전체사업이 종료됨에 따라 대용량 생명과학과 정보기술이 접목된 생명정보학(Bioinformatics, 바이오인포매틱스)이 등장하여 지속적으로 발전하고 있다. 이러한 학문의 발전과 더불어 생명정보서비스를 위한 웹사이트가 구축되어 생명과학 연구자들에게 제공되고 있다. 전 세계의 수많은 생명정보서비스 웹사이트 중에서 연구자들이 가장 많이 활용하는 대표적인 웹사이트로는 우리나라의 포항공과대학교 생물학연구전문정보센터(BRIC), 한국과학기술정보연구원 바이오인포매틱스센터(CCBB), 한국생명공학연구원 국가생물자원정보관리센터(KOBIC), 미국의 국립생명공학정보센터(NCBI), 유럽의 생물정보학연구소(EBI), 일본의 DNA데이터은행(DDBJ) 등이 있다. 본 논문에서는 위의 6개 웹사이트의 콘텐트 현황 및 기능을 조사하여 비교.분석하였다. 또한 웹사이트를 이용하는 생명과학 연구자를 대상으로 이용현황 및 요구사항에 관하여 설문조사를 실시하였다.
As the information technology is evolved and the human genome project is finalized over the world, the Bioinformatics - the integration of abundant Biological science and information technology - has shown up and is continuously being advanced. Together with the evolution of Bioinformatics, the webs...
As the information technology is evolved and the human genome project is finalized over the world, the Bioinformatics - the integration of abundant Biological science and information technology - has shown up and is continuously being advanced. Together with the evolution of Bioinformatics, the websites dealing with Bioinformation have been set up to provide relevant information to the Bioscientists. Among the numerous global websites, the preferred websites by the majority of domestic Bioscientists are BRIC (Biological Research Information Center) of POSTECH(Pohang University of Science and Technology) in Korea, CCBB(Center for Computational Biology and Bioinformatics) of KISTI(Korea Institute of Science and Technology Information), KOBIC(Korean Bioinformation Center) of KRIBB(Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology), NCBI(National Center for Biotechnology Information) in USA, EBI(European Bioinformatics Institute) in Europe and DDBJ(DNA Data Bank of Japan) in Japan. In this paper, the comparative analysis was executed by investigating contents status and functions of the above-mentioned 6 websites. In addition, questionnaire survey of Bioscience Researchers' utilization status and their needs to those 6 websites was conducted.
As the information technology is evolved and the human genome project is finalized over the world, the Bioinformatics - the integration of abundant Biological science and information technology - has shown up and is continuously being advanced. Together with the evolution of Bioinformatics, the websites dealing with Bioinformation have been set up to provide relevant information to the Bioscientists. Among the numerous global websites, the preferred websites by the majority of domestic Bioscientists are BRIC (Biological Research Information Center) of POSTECH(Pohang University of Science and Technology) in Korea, CCBB(Center for Computational Biology and Bioinformatics) of KISTI(Korea Institute of Science and Technology Information), KOBIC(Korean Bioinformation Center) of KRIBB(Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology), NCBI(National Center for Biotechnology Information) in USA, EBI(European Bioinformatics Institute) in Europe and DDBJ(DNA Data Bank of Japan) in Japan. In this paper, the comparative analysis was executed by investigating contents status and functions of the above-mentioned 6 websites. In addition, questionnaire survey of Bioscience Researchers' utilization status and their needs to those 6 websites was conducted.
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문제 정의
본 논문에서는 생명정보 분야 웹사이트 서비스에 대한 비교 · 분석을 위하여 첫째, 생명과학 분야 정보를 축적과 서비스 및 커뮤니티의 중요성과 필요성 등에 관한 연구결과를 살펴보았다.
제안 방법
둘째, 국내 · 외 대표적인 생명정보 분야 웹사이트인 포항공대 생물학연구정보센터(BRIC: Bio logical Research Information Center), 한국과학기술정보연구원 바이오인포매틱스센터(CCBB: Center for Computational Biology and Bioinformatics), 한국생명공학연구원 국가생물자원정보관리센터(KOBIC: Korean Bioinformation Center), 미국의 국립생명공학정보센터(NCBI: National Center for Biotechnology Information), 유럽의 생물정보학연구소(EBI: European Bioinformatics Insritute), 일본의 DNA데이터은행(DDBJ: DNA Data Bank of Japan)에 대한 웹사이트 기능, 콘텐트 등을 조사하여 비교 · 분석하였다.
Entrez는 간단한 불리언 질의를 이용해 서열이나 문헌정보 텍스트 검색이 가능하다. 또한 서열 데이터에서 관련 초록 데이터로, 혹은 단백질 서열에서 해당 DNA 서열로의 이동할 수 있는 상호참조를 제공하여 관련 레코드에 쉽게 접근할 수 있도록 하였다. 이 외에도 유전자 서열과 관련된 생물 종정보, 유사서열 검색도구, 중복 제거한 서열 DB, PubMed 논문, 돌연변이 분석 정보 등을 제공하고 있다.
셋째, 생명과학을 전공하 는석 · 박사과정 학생들을 대상으로 생명정보 분야 웹사이트 서비스 이용에 관한 요구사항 파악을 위한 설문 조사를 실시하였다.
이상과 같이 국내 · 외 생명과학 분야를 대표하는 6개 웹사이트의 콘텐트 및 대표적인 기능 등의 현황을 조사 · 분석하였다.
제안한 온라인 커뮤니티 서비스의 주요 기능으로 인문사회계열 연구자들에게 초점을 맞추어 ‘연구성과물 관리 기능’, ‘이슈 리포트 게시 기능’, ‘연구사업 정보 통합 제공 기능’ 등을 제안하였다.
대상 데이터
CCBB에서는 유전자/단백질 정보뿐만 아니라 생명자원정보 및 인체영상정보 등 생명 관련 콘텐트를 망라하여 서비스하고 있다. CCBB 전체 콘텐트 중에서 사용자의 59.4%는 바이오인포매틱스(유전자/단백질) 콘텐트를 이용하고 있었으며, 사용자의 40.6%는 생물자원 및 기타정보를 이용하고 있었다. 생물자원 및 기타 콘텐트는 웹사이트별로 통계를 분석하고 있으나 바이오인포매틱스 콘텐트는 CCBB 웹사이트에 종속된 데이터베이스로 구성되어 있기에 별도의 통계 분석 자료가 제공되지 않는다.
CCBB 회원수는 2006년 12월 기준으로 2,065명이다. <표 3>은 2,065명의 CCBB 회원의 학력별, 직종별, 권역별, 연령별, 성별 현황이다.
ORegAnno는 경험상 DNA 조절 지역을 정의하고, 유전자 전사 요소를 결합하고, 다양한 조절 기능 등에 관하여 커뮤니티 주도적으로 주석을 달아주는 데이터베이스이다. 본 데이터베이스에는 3만 145개의 레코드가 구축되어 있으며 각각의 레코드를 대상으로 사용자들이 주석을 달 수 있도록 구성하였다. ORegAnno는 DNA 조절에 관한 특정 분야에 적용되는 어노테이션 시스템으로 생명정보 분야 웹사이트에서 서비스되어야 하는 콘텐트의 하나가 될 수 있다.
생명정보서비스를 위한 웹사이트의 이용 및 요구사항 조사를 위한 설문조사는 2008년 11월 24일부터 12월 3일까지 10일 동안 KAIST 바이오 및 뇌공학과 바이오정보시스템연구실에 소속된 석박사 과정 학생들을 대상으로 실시하였다. 전체 30명중에서 21명이 평가 설문에 응답하여 70.
성능/효과
6개 웹사이트의 조사 · 분석 결과의 공통적인 특징은 생명과학 분야 연구자들의 연구를 지원하기 위한 데이터베이스와 분석도구를 개발하여 제공하고 있다는 것이었다.
CCBB에서 구축하여 웹사이트에서 제공하고 있는 생명정보 콘텐트는 에서 보는 바와 같이 데이터베이스 14종, 분석도구 14종, 미러사이트 4종, 생물자원 및 기타정보 21종 등 총 53종이다.
이정훈(2007)은 지식 공유에 영향을 주는 정보기술 온라인 커뮤니티의 특성과 신뢰에 관한 연구에서 온라인 커뮤니티에 관한 다양한 문헌 연구를 통해 회원 간 상호작용, 회원에 대한 보상, 커뮤니티 명성, 커뮤니티 콘텐트를 정보기술 중심 온라인 커뮤니티의 4가지 특성으로 도출하였다. 도출된 특성들 간의 관계 고찰 결과 정보기술 온라인 커뮤니티의 특성들 중 커뮤니티 신뢰와 관계가 있는 특성들은 커뮤니티 콘텐트, 회원 간 상호작용, 커뮤니티 명성 순으로 나타났다. 커뮤니티 콘텐트의 중요성 및 지식공유에 영향을 미치는 것이 커뮤니티 신뢰성이라는 것에 주목을 하였다.
또한, 생명과학 연구를 진행할 때 필요한 콘텐트 또는 환경은 무엇이냐는 질문에서는 에서 보는 바와 같이 유전자/단백질 데이터베이스가 필요하다는 응답이 31.8%, 의견 교환 및 공유를 위한 커뮤니티 공간이 필요하다는 응답이 27.3%, 논문 정보가 필요하다는 응답이 22.7%, 단백질/유전자 정보를 분석할 수 있는 분석도구가 필요하다는 응답이 18.2%로 나타났다.
<그림 3>은 BRIC이 구축하여 서비스하고 있는 연구동향 및 웹진 정보, 인력 정보, 연구자원 및 성과 정보 등의 분야별 콘텐트 현황이다. 연구지원 및 성과에 관한 콘텐트가 26.0%, 연구동향 및 웹진 정보가 43.1%, 인력 관련 정보가 30.1%인 것으로 조사되었다.
<그림 7>은 BRIC이 구축하여 서비스하고 있는 연구동향 및 웹진 정보, 인력 정보, 연구자원 및 성과 정보 등의 분야별 콘텐트의 2006년 이용현황이다. 콘텐트의 구축은 연구동향 및 웹진이 연구자원 및 성과 분야보다 17%정도 많았는데 이용 측면에서는 연구자원 및 성과부분이 연구동향 및 웹진보다 3%정도 많은 것으로 나타났다.
후속연구
생명과학 분야의 연구는 생명정보의 체계적 해석과 정보화를 통한 신약 개발, 먹거리 개발 등의 경제 효과 및 부가가치 창출에 기여할 수 있다. 그러므로 생명과학 연구의 효율성 증대를 위하여 본 논문에서 조사 분석한 웹사이트에서 제공하는 생명정보 데이터베이스와 분석 도구뿐만 아니라 생명과학 관련 정보수집 및 공유체제 확립, 학술정보 자원의 교환, 가상의 연구 및 학술 공간 등을 제공함으로써 연구자들이 연구 효율을 높일 수 있도록 웹사이트를 보완할 필요가 있다. 또한 국내 · 외 생명과학 연구결과를 망라하여 공동 활용하기 위하여 관련 연구자들끼리 유기적인 커뮤니티를 구축함으로써 생명과학 연구의 시너지 효과를 가져와야 할 필요성도 있다.
이런 생명정보 공유 및 교환을 위한 커뮤니티의 구성 및 운영이 가능한 생명정보 분야 웹사이트 서비스를 구축하여 연구자들에게 제공하려면 정보의 무단 복제 및 사용을 방지할 수 있는 정보 보호 정책을 수립하여 적용해야 하는 것과 연구자의 자발적인 참여를 위한 동기 부여를 어떻게 하느냐가 큰 과제이다. 기존 웹사이트 또는 새롭게 구축되는 웹사이트에서 이런 문제점이 어느 정도 해결되고 연구자들이 자발적으로 참여할 수 있는 동기 부여가 이루어진다면 국내 · 외 생명과학 연구 개발에 큰 기여를 할 수 있을 것으로 기대된다.
주제별 커뮤니티 서비스를 제안하였지만 특정분야가 아닌 인문사회 관련 연구성과물 관리가 주요 기능이었다. 이 연구는 생명정보 분야라는 특정 주제 기반 학술적인 커뮤니티를 겸한 웹사이트 구현에 도움을 줄 수 있을 것으로 사료된다.
커뮤니티 콘텐트의 중요성 및 지식공유에 영향을 미치는 것이 커뮤니티 신뢰성이라는 것에 주목을 하였다. 이 연구를 기반으로 저작권이 해결된 연구학술정보를 콘텐트로 제공하려는 오픈액세스 및 지식을 공유하려는 오픈 아카이빙 커뮤니티 개념 등을 접목하여 생명정보 분야 웹사이트 서비스를 실시한다면 생명과학 연구자들에게 많은 도움을 줄 수 있으리라 기대된다.
위의 응답 결과에서 볼 수 있듯이 생명과학 연구를 위해 이용하는 국내?외 웹사이트 중에서 연구자들이 필요로 하는 커뮤니티 공간을 제공하는 사이트는 거의 없었고, 이런 공간을 필요로 하는 이용자들의 요구는 많은 것으로 나타났다. 커뮤니티 기능과 각종 다양한 콘텐트를 제공하는 생명정보서비스 웹사이트가 구축되어 제공된다면 생명과학 분야 연구자들의 필요를 만족시켜 연구성과 창출에 기여할 것으로 사료된다.
질의응답
핵심어
질문
논문에서 추출한 답변
BRIC은 무엇을 제공하며, 어떤 역할도 수행하고 있나요?
생물학연구정보센터(BRIC: Biological Research Information Center)는 한국과학재단에서 지원하는 15개 연구정보센터 중의 하나로써 생물학 분야에서 국가 경쟁력 확보에 있어서 정보 및 분석도구의 중요성에 대한 인식을 바탕으로 1996년 1월에 포항공과대학교에 설립되었다. BRIC은 생물학 전반에 관련된 정보서비스를 인터넷을 통하여 제공하고 있으며 국내 생물학 연구자들의 정보 수집을 위한 공간 제공뿐만 아니라 연구자 간의 의견 교환이 가능한 온라인 포럼의 역할도 수행하고 있다. BRIC을 이용하는 연구자 스스로 생물학 연구정보의 교류 활성화와 더 나은 연구 환경을 만들기 위한 주체 역할을 담당하고 있다고 보아도 될 정도로 회원 수가 많고 활발한 활동을 하고 있다.
새로운 기술 또는 학문의 탄생이나 사고의 발상은 어떻게 나타나나요?
새로운 기술 또는 학문의 탄생이나 사고의 발상은 어떤 문제에 대해 새로운 해결 방안을 제시하거나 현상에 대한 재해석 또는 재발견으로 나타난다. 전 세계적으로 각 학문 분야의 연구가 활발히 진행되면서 특히 생명과학 분야에 관한 연구에는 많은 예산과 인력과 시간이 투자되고 있다.
바이오인포매틱스센터는 어떤 서비스를 실시하고 있나요?
바이오인포매틱스센터(CCBB: Center for Computational Biology and Bioinformatics)는 전산학적인 기술을 이용하여 생명현상을 연구하기 위하여, 생물학 관련 데이터베이스 구축 및 국내의 유전체/단백체 연구 수행을 위한 검색 및 분석 서비스를 제공하고자 과학기술부의 지원으로 2002년 1월에 KISTI 내에 설립되었다. CCBB는 생명정보 관련 데이터베이스 구축 및 분석도구를 개발하여 제공하는 IT 기반 생명정보 인프라 구축의 중심기관으로서 Genbank, PDB(Protein Data Bank), PIR(Protein Information Resource) 등을 비롯한 세계 주요 DB를 국내에서 이용할 수 있도록 자체적으로 구축함은 물론 BLAST, FASTA 등 다양한 서열 분석 서비스를 제공하여 국내 연구자들의 연구 수행에 필요한 광범위하고도 전문적인 서비스를 실시하고 있다.
참고문헌 (14)
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