[논문]표고버섯 품종 '산마루2호'를 구분할 수 있는 CAPS marker 개발

문수윤; 이화용; 가강현; 구창덕; 류호진

doi:10.14480/jm.2018.16.1.51

표고버섯 품종 '산마루2호'를 구분할 수 있는 CAPS marker 개발
Development of a CAPS marker for the identification of the Lentinula edodes cultivar, 'Sanmaru 2ho' 원문보기

Journal of mushrooms = 한국버섯학회지, v.16 no.1, 2018년, pp.51 - 56

문수윤 (충북대학교 생물학과) , 이화용 (충북대학교 생물학과) , 가강현 (국립산림과학원 화학미생물과) , 구창덕 (충북대학교 산림학과) , 류호진 (충북대학교 생물학과)

초록
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우리나라에서 표고버섯은 소비자의 선호도가 매우 높고, 전체 임산버섯 생산량의 약 97.7%를 차지하고 있는 매우 중요한 단기소득임산물중 하나이다. 이러한 표고버섯은 최근 신품종의 개발이 활발히 이루어지고 있어, 육종가의 권리 보호를 위하여 품종을 구분할 수 있는 분자마커 개발이 요구되고 있다. 본 연구에서는 신품종 '산마루2호'를 37개의 표고버섯 품종으로부터 구분할 수 있는 CAPS 마커를 개발하였다. '산마루2호'의 유전체에서 Scaffold 2번 1803483에 위치한 단일염기 다형성(SNP)이 확인되었고, 이 SNP를 포함하여 증폭한 DNA는 제한효소 Hhal에 의하여 특이적으로 절단되지 않아 다른 표고버섯 품종들과 구분되었다.

Abstract ▼ AI-Helper

In Korea, the oak mushroom (Lentinula edodes) is highly preferred by consumers in the food industry and makes up about 97.7% of the total forest mushroom production. This indicates that the oak mushroom is an important non-timber forest product in Korea. Recently, the breeding and development of new cultivars of L. edodes have been actively initiated, and the development of molecular markers that are able to identify and discriminate the new cultivars is crucial for protecting the breeder's rights. This study was carried out to develop a cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) marker for the identification and discrimination of a new cultivar, Sanmaru 2ho from the 37 other oak mushroom cultivars. A single nucleotide polymorphism (SNP) was identified at the $1,803,483^{rd}$ position of scaffold2 in the genome of Sanmaru 2ho. The amplified DNA containing the SNP of Sanmaru 2ho was uniquely not cleaved by the restriction enzyme, Hha I, and thus Sanmaru 2ho was successfully distinguished from the other oak mushroom cultivars.

주제어

AI 본문요약
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문제 정의

, 2007). 최근 표고버섯의 유전체 정보가 밝혀져, 이를 이용한 분자마 커의 개발이 증가할 것이라 생각된다, 본 연구에서는 표고버섯의 전장유전체 정보를 바탕으로 국내에서 개발된 37개 표고버섯 품종으로부터 ‘산마루2호’의 구분이 가능한 CAPS 마커를 개발하였다. 개발된 CAPS 마커는
제안 방법
- ‘산마루2호’의 구분을 위한 CAPS 마커 개발에 적합한 SNP와 Indel의 동정은 Hiseq 2500 platform을 이용하여 분석한 시험품종들의 전장유전체 정보와 Shim 등 (2016) 이 분석한 표고버섯 유전체 정보를 비교하여 수행하였다. ‘산마루2호’에만 존재하는 Indel은 동정이 되지 않았고 SNP는 8개가 동정되었다(Table 2).
대상 데이터
- ‘산마루2호’를 구분할 수 있는 CAPS마커를 개발하기 위하여 국내에서 개발된 38 개 표고버섯 품종(Table 1)과 표고버섯 표준유전체 분석 균주인 B17 (Shim et al., 2016)을 이용하였다.
데이터처리
- 후)중합효소 연쇄반응">중합효소연쇄반응 후 이 서열들을 sanger sequencing (Cosmogenetech, Seoul, Korea)을 수행하여 변이를 확인하였을 때, 표고버섯 표준유전체의 Scaffold 2 번 1803483의 염기서열 C가 ‘산마루2호’에서 T로 변한 SNP를 가장 적합한 서열로 판단하였다(Table 3). 이 서열을 RL-LE-129로 명명하고 마커 서열로 이용하였다.

성능/효과

이를">1). 이를 이용하여, 38개 시험품종으로 확대하여 검증하였을 때, ‘산마루2호’에서만 제한효소 HhalⅠ의 인식부위가 존재하지 않아 산마루2호의 PCR산물만 절단되지 않는 것을 확인하였다(Fig. 2). 따라서 마커서열인 RL-LE-129을 증폭하고, 제한효소 HhalⅠ을 처리하여 ‘산마루2호’를 구분할 수 있는 CAPS 마커를 개발 하였다.
2). 따라서 마커서열인 RL-LE-129을 증폭하고, 제한효소 HhalⅠ을 처리하여 ‘산마루2호’를 구분할 수 있는 CAPS 마커를 개발 하였다.

후속연구

후)‘산마루 2호’의">‘산마루2호’의 구분이 가능한 CAPS 마커를 개발하였다. 개발된 CAPS 마커는 산마루2호를 다른 품종으로부터 보호하는 과학적 근거가 될 것이다.

질의응답

핵심어	질문	논문에서 추출한 답변
	표고버섯이란 무엇인가?	표고버섯은 Agaricales 목 Omphalotaceae과 Lentinula 속으로 (International Mycological Association, 2018) 산림 내 쓰러진 참나무류 등의 활엽수에서 서식하는 백색부 후균이다. 표고는 한국, 중국, 일본 등 아시아 국가에서 일반적으로 재배되는 식용버섯으로(Bak et al, 2013), β- glucan인 렌티난 등을 함유하고 있어 항암효과가 뛰어난 것으로 알려져 있다(Ng and Yap, 2002; Rop et al.
	표고의 효능은?	표고버섯은 Agaricales 목 Omphalotaceae과 Lentinula 속으로 (International Mycological Association, 2018) 산림 내 쓰러진 참나무류 등의 활엽수에서 서식하는 백색부 후균이다. 표고는 한국, 중국, 일본 등 아시아 국가에서 일반적으로 재배되는 식용버섯으로(Bak et al, 2013), β- glucan인 렌티난 등을 함유하고 있어 항암효과가 뛰어난 것으로 알려져 있다(Ng and Yap, 2002; Rop et al., 2009; Bisen et al.
	국내 표고버섯 수입, 수출량 현황은?	2016년 국내 표고버섯의 생산량은 건표고가 약 1,036 톤, 생표고가 약 22,433 톤 으로 총 약 23,469 톤 이며(Korea Forest Service, 2017), 수출량은 약 175 톤, 그리고 수입량은 약 17,165 톤이었다(KATI, 2017). 특히 2003년 약 1,926 톤이었던 표고버 섯의 수입량은, 2016년 약 17,165 톤으로 약 9배 정도 증가했으며, 수출량은 2003년 약 374 톤에서 2016년 약 175 톤으로 감소하였다(KATI, 2017). 국내에서 표고버섯의 소비가 대폭 증가하였으며, 대부분 수입에 의존하는 것을 알 수 있다.

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표제어: PCR

동의어: Packet Collision Rate

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용어 설명: PCR은 세균 특이성이 있는 primer를 이용하여 적은 수의 세균이 있을지라도 쉽게 검출할 수 있는 유용한 방법이며, 이를 이용하여 구강 내 치면세균막이나 타액에서 직접 세균을 검출할 수 있게 되었다[8].

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