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차세대 염기서열 분석법을 사용한 벤자리(Parapristipoma trilineatum)의 microsatellite 마커의 개발 및 유전학적 특성 분석
Identification and Characterization of Polymorphic Microsatellite DNA Markers Using Next-generation Sequencing in Parapristipoma trilineatum 원문보기

생명과학회지 = Journal of life science, v.33 no.8, 2023년, pp.623 - 631  

동춘매 (국립수산과학원 생명공학과) ,  이미난 (국립수산과학원 생명공학과) ,  노재구 (국립수산과학원 제주연구소) ,  박진우 (국립수산과학원 제주연구소) ,  김영옥 (국립수산과학원 생명공학과) ,  김은미 (국립수산과학원 생명공학과)

초록
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본 연구는 차세대 염기서열 분석법(NGS)을 사용하여 벤자리의 microsatellite 마커를 개발하고, 개발한 마커를 사용하여 벤자리 집단의 유전학적 특성을 분석하기 위해 수행되었다. 차세대 염기서열 분석 장비인 Illumina Hiseq X ten을 사용하여 총 402,244,934개의 read들을 얻어 assembly를 실행한 결과, 전체의 약 0.33%에 해당하는 1,320,995개의 read들이 assembly 되었으며, 이 read들의 총 길이는 705,613,658 bp로 확인되었다. 크기가 640 bp 이상이 되는 contig는 952,326개로 나타났으며, 이 중 microsatellite 영역을 포함하는 contig를 151개(0.016%)로 1차 선별하고, PCR 증폭 여부를 통해 microsatellite 후보 34개를 2차로 선별하였다. 그 중 벤자리 집단의 마커로서 유용한 15개의 microsatellite 마커를 최종 선택하였다. 새로 개발한 15개의 microsatellite 마커를 사용하여 벤자리 집단을 대상으로 분석한 결과, 관찰된 유효 대립유전자 수(NA)는 평균 12(6~25)로 나타났다. 평균 관측치 이형접합도(HO)와 평균 기대치 이형접합도(HE)는 각각 0.750(0.530-0.873)와 0.793 (0.647-0.895)으로 나타냈으며, 이는 해산어의 평균 값인 0.79와 유사한 수치를 나타내었다. 따라서 본 연구에서 개발한 15개의 microsatellite 마커는 벤자리 집단의 유전학적 특성 분석에 유용할 것으로 사료된다.

Abstract ▼ AI-Helper 아이콘AI-Helper

This study was conducted to develop microsatellite markers in Parapristipoma trilineatum using next-generation sequencing. A total of 402,244,934 reads were generated on the Illumina Hiseq X Ten System, yielding 60,738,985,034 bp of sequences. The de novo assembly resulted in 1,320,995 contigs. A to...

주제어

#Genetic variability   #microsatellite loci   #microsatellite markers   #next generation   #Parapristipoma trilineatum  

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참고문헌 (46)

  1. Allendort, F. W., Luikart, G. and Aitken, S. N. 2013. Conservation and the genetics of populations. Wiley-Black- well, Oxford, U.K. 

  2. Barinova, A. A., Kumagai, K., Nakajima, M. and Taniguchi, N. 2002. Identification and characterization of microsatellite DNA markers developed in threeline grunt Para？pristipoma trilineatum. Fish Genet Breed Sci. 32, 27-32. 

  3. Botstein, D., White, R. L., Skolnick, M. and Davis, R.？W. 1980. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. Am. J.？Hum. Genet. 32, 314. 

    상세보기

  4. Cho, Y., McCouch, S., Kuiper, M., Kang, M. R., Pot, J.,？Groenen, J. and Eun, M. 1998. Integrated map of AFLP,？SSLP and RFLP markers using a recombinant inbred population of rice (Oryza sativa L.). Theor. Appl. Genet. 97, 370-380. 

    상세보기

  5. Cox, M. P., Peterson, D. A. and Biggs, P. J. 2010. SolexaQA:？At-a-glance quality assessment of Illumina second-generation sequencing data. BMC Bioinformatics 11, 485. 

    상세보기

  6. DeWoody, J. A. and Avise, J. C. 2000. Microsatellite variation in marine, freshwater and anadromous fishes compared with other animals. J. Fish Biol. 56, 461-473. 

    상세보기

  7. Dong, C. M., Lee, H. M., Lee, M. N., Noh, E. S., Nam,？B. H., Kim, Y. O. and Kim, E. M. 2022. Development？of new microsatellite DNA markers using next-generation？sequencing in pacific oyster Crassostrea gigas. Kor. J.？Malacol. 38, 129-138. 

  8. Dong, C. M., Lee, M. N., Kim, E. M., Park, J. Y., Kim,？G. D. and Noh, J. K. 2020. Development and genetic diversity analysis of microsatellite markers using next-generation sequencing in Seriola quinqueradiata. J. Life Sci.？30, 291-297. 

  9. Evans, B., Bartlett, J., Sweijd, N., Cook, P. and Elliott,？N. G. 2004. Loss of genetic variation at microsatellite loci？in hatchery produced abalone in Australia (Haliotis rubra)？and South Africa (Haliotis midae). Aquaculture 233, 109-127. 

    상세보기

  10. Excoffier, L., Laval, G. and Schneider, S. 2005. Arlequin？(ver.3.0): an integrated software package for population？genetics data analysis. Evol. Bioinform. Online 1, 47-50. 

  11. Feldheim, K. A., Jabado, R. W., Chapman, D. D., Cardenosa, D. and Maddox, J. D. 2020. Microsatellite primer development in elasmobranchs using next generation sequencing of enriched libraries. Mol. Biol. Rep. 47, 2669-2675. 

    상세보기

  12. Frankham, R., Ballow, J. D. and Briscoe, D. A. 2004. A？primer of conservation genetics. Cambridge University？Press, Cambridge, U.K. 

  13. Fukuda, Y., Okamura, A., Nishiyama, M., Kawakami, H.,？Kamaishi, T. and Yoshinaga, T. 2002. Granulomatosis of？cultured three-line grunt Parapristipoma trilineatcuamu？caused by an intracellul bacterium. Fish Pathol. 37, 119-124. 

  14. Gardner, M. G., Fitch, A. J., Bertozzi, T. and Lowe, A.？J. 2011. Rise of the machines-recommendations for ecologists when using next generation sequencing for microsatellite development. Mol. Ecol. Resour. 11, 1093-1101. 

    상세보기

  15. Garg, R., Patel, R. K., Tyagi, A. K. and Jain, M. 2011.？De novo assembly of chickpea transcriptome using short？reads for gene discovery and marker identification. DNA？Res. 18, 53-63. 

  16. Goudet, J. 1995. FSTAT (version 1.2): a computer program？to calculate F-statistics. J. Hered. 86, 485-486. 

  17. Kalinowski, S. T., Taper, M. L. and Marshall, T. C. 2007.？Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity？assignment. Mol. Ecol. 16, 1099-1106. 

  18. Kim, I. S., Lee, C. Y., Lee, C. L., Kim, Y. J., Kim, B.？J. and Kim, J. H. 2011. Illustrated book of Korean fishes.？Published by Kyo-Hak Publishing, Seoul, Korea. 326-327. 

  19. Kim, J. E., Hwang, J. A., Kim, H. S. and Lee, J. H. 2020.？Genetic variability comparison of wild and cultured far？eastern catfish (Silurus asotus) of Korea using microsatellite marker. Dev. Reprod. 24, 317-325. 

    원문보기 상세보기

  20. Kim, J. W., Kim, H. W., Huh, S. H. and Kwak, S. N. 2011.？Seasonal variation and species composition of fish species？in artificial reefs in the Shinyang-Ri coastal waters off Jeju？island, Korea. J. Kor. Soc. Fish. Tech. 47, 118-127. 

  21. Kim, K. H., Hong, S. W., Moon, H. N. and Yeo, I. K. 2018. Physiological responses of the chicken grunt Parapristipoma trilineatum to high water temperature stress.？Kor. J. Fish. Aquat. Sci. 51, 714-719. 

  22. Kim, K. S., Noh, C. H., Sade, A. and Bang, I. C. 2015.？Effectiveness of microsatellite markers for parentage analysis of giant grouper (Epinephelus lanceolatus). Kor. J.？Ich. 27, 10-15. 

  23. Kim, S. G., Morishima, K., Satoh, N., Fujioka, T., Saito,？S. and Arai, K. 2007. Parentage assignment in hatchery？population of brown sole Pleuronectes herzensteini by microsatellite DNA markers. Fish. Sci. 73, 1087-1093. 

    상세보기

  24. Kim, T. H., Kim, Y. K., Son, J. H., Chun, J. B. and Yoon,？Y. M. 2021. Utilization of whole genome re-sequencing？for large-indel markers development in malting barley.？Kor. J. Breed. Sci. 53, 266-276. 

    상세보기

  25. Kumagai, K., Barinova, A. A., Nakajima, M. and Taniguchi, N. 2004. Genetic diversity between Japanese and？Chinese threeline grunt (Parapristipoma trilineatum) examined by microsatellite DNA markers. Mar. Biotechnol. 6, 221-228. 

  26. Luo, R., Liu, B., Xie, Y., Li, Z., Huang, W., Yuan, J., He,？G., Chen, Y., Pan, Q., Liu, Y., Tang, J., Wu, G., Zhang,？H., Shi, Y., Liu, Y., Yu, C., Wang, B., Lu, Y., Han, C.,？Cheung, D. W., Yiu, S. M., Peng, S., Xiaoqian, Z., Liu,？G., Liao, X., Li, Y., Yang, H., Wang, J., Lam, T. W. and？Wang, J. 2012. SOAPdenovo2: an empirically improved？memory-efficient short-read de novo assembler. GigaScience 1, 18. 

    상세보기

  27. Mardis, E. R. 2008. Next-generation DNA sequencing？methods. Annu. Rev. Genom. Hum. Genet. 9, 387-402. 

  28. Martin, M. 2011. Cutadpat: cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads. EMBnet？J. 17, 10-12. 

  29. Ness, R. W., Siol, M. and Barrett, S. C. 2011. De novo？sequence assembly and charcacterization of the floral transcriptome in cross-and self-fertilizing plants. BMC Genomics 12, 298. 

  30. Norris, A. T., Bradley, D. G. and Cunningham, E. P. 2000.？Parentage and relatedness determination in farmed Atlantic salmon (Salmo salar) using microsatellite markers.？Aquaculture 182, 73-83. 

    상세보기

  31. Paetkau, D. 1999. Microsatellites obtained using strand extension: An enrichment protocol. Biotechniques 26, 690-697. 

    상세보기

  32. Park, C. J., Nam, W. S., Lee, M. S., Kang, J. Y. and Kim,？K. K. 2014. Microsatellite multiplex PCR method for selective breeding studies in Pacific abalone (Haliotis discus？hannai). Kor. J. Malacol. 30, 383-390. 

  33. Park, I. S. and Gil, H. W. 2019. Karyotypic analysis of？chicken grunt, Parapristipoma trilimeatum, small yellow？croaker, Larimichthys polyactis, and brown croaker, Miichthys miiuy. Dev. Reprod. 23, 73-78. 

    원문보기 상세보기

  34. Perez-Enriquez, R., Takagi, M. and Taniguchi, N. 1999.？Genetic variability and pedigree tracing of a hatchery-reared stock of red sea bream (Pagrus major) used for？stock enhancement, based on microsatellite DNA markers.？Aquaculture 173, 413-423. 

    상세보기

  35. Rousset, F. 2008. GENEPOP'007: a complete re-implementation of the GENEPOP software for Windows and？Linux. Mol. Ecol. Resour. 8, 103-106. 

  36. Rudnick, J. A. and Lacy, R. C. 2008. The impact of assumptions about founder relationships on the effectiveness？of captive breeding strategies. Conserv Gen. 9, 1439-1450. 

  37. Seong, K. T., Hwang, J. D., Han, I. S., Go, W. J., Suh,？Y. S. and Lee, J. Y. 2010. Characteristic for long-term？trends of temperature in the Koreans waters. J. Kor. Soc.？Mar. Environ. 16, 353-360. 

  38. Song, W. H. and Chung, S. M. 2019. Whole genome re-sequencing and development of SSR markers in oriental？melon. J. Plant Biotechnol. 46, 71-78. 

  39. Thiel, T., Michalek, W., Varshney, R. K. and Graner, A. 2003. Exploiting EST databases for the development and？characterization of gene-derived SSR-markers in barley？(Hordeum vulgare L.). Theor. Appl. Genet. 106, 411-422. 

    상세보기

  40. Untergrasser, A., Cutcutache, I., Koressaar, T., Ye, J.,？Faircloth, B. C., Remm, M. and Rozen, S. G. 2012.？Primer3 - new capabilities and interfaces. Nucleic Acids？Res. 40, e115. 

    상세보기

  41. Van Oosterhout, C., Hutchinson, W. F., Wills, D. P. M.？and Shipley, P. 2004. MICRO-CHECKER: software for？identifying and correcting genotyping errors in microsatellite data. Mol. Ecol. Notes 4, 535-538. 

    상세보기

  42. Wang, Z., Gerstein, M. and Snyder, M. 2009. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nat. Rev. Genet.？10, 57-63. 

    상세보기

  43. Watanabe, K. I. and Okazaki, T. 2000. Maturation and？spawning season of threeline grunt Parapristipoma trilineatum around mugi-oshima Island on the pacific coast？of tokushima prefecture, Japan. Nippon Suisan Gakk. 66, 631-638. 

  44. Yu, H., Xie, W., Wang, J., Xing, Y., Xu, C., Li, X., Xiao,？J. and Zhang, Q. 2011. Gains in QTL detection using an ultra-high density SNP map based on population sequencing relative to traditional RFLP/SSR markers. PLoS One？6, e17595. 

    상세보기

  45. Zalapa, J. E., Cuevas, H., Zhu, H., Steffan, S., Senalik,？D., Zeldin, E., McCown, B., Harbut, R. and Simon, P. 2012. Using next generation sequencing approaches to isolate simple sequence repeat (SSR) loci in the plant？sciences. Am. J. Bot. 99, 193-208. 

  46. Zhong, S., Su, Y., Mao, Y., Liu, M. and Wang, J. 2015.？Development of 20 microsatellite markers for kuruma？shrimp (Marsupenaeus japonicus) using illumina sequencing. Conserv. Genet. Resour. 7, 717-719. 

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