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Transcriptome analyses suggest minimal effects of Shank3 dosage on directional gene expression changes in the mouse striatum 원문보기

Animal cells and systems, v.23 no.4, 2019년, pp.270 - 274  

Lee, Yeunkum (Department of Neuroscience, College of Medicine, Korea University, Seoul, South Korea) ,  Kang, Hyojin (Division of National Supercomputing, KISTI, Daejeon, South Korea) ,  Jin, Chunmei (Department of Neuroscience, College of Medicine, Korea University, Seoul, South Korea) ,  Zhang, Yinhua (Department of Neuroscience, College of Medicine, Korea University, Seoul, South Korea) ,  Kim, Yoonhee (Department of Neuroscience, College of Medicine, Korea University, Seoul, South Korea) ,  Han, Kihoon (Department of Neuroscience, College of Medicine, Korea University, Seoul, South Korea)

초록이 없습니다.

참고문헌 (17)

  1. Grabrucker, S., Proepper, C., Mangus, K., Eckert, M., Chhabra, R., Schmeisser, M.J., Boeckers, T.M., Grabrucker, A.M.. The PSD protein ProSAP2/Shank3 displays synapto-nuclear shuttling which is deregulated in a schizophrenia-associated mutation. Experimental neurology, vol.253, 126-137.

  2. Han, Kihoon, Holder Jr., J. Lloyd, Schaaf, Christian P., Lu, Hui, Chen, Hongmei, Kang, Hyojin, Tang, Jianrong, Wu, Zhenyu, Hao, Shuang, Cheung, Sau Wai, Yu, Peng, Sun, Hao, Breman, Amy M., Patel, Ankita, Lu, Hui-Chen, Zoghbi, Huda Y.. SHANK3 overexpression causes manic-like behavior with unique pharmacogenetic properties. Nature, vol.503, no.7474, 72-77.

  3. Huang, Da Wei, Sherman, Brad T, Lempicki, Richard A. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources. Nature protocols, vol.4, no.1, 44-57.

  4. Jin, Chunmei, Kang, Hyojin, Kim, Shinhyun, Zhang, Yinhua, Lee, Yeunkum, Kim, Yoonhee, Han, Kihoon. Transcriptome analysis of Shank3 -overexpressing mice reveals unique molecular changes in the hypothalamus. Molecular brain, vol.11, 71-.

  5. Jin, Chunmei, Kang, Hyojin, Ryu, Jae Ryun, Kim, Shinhyun, Zhang, Yinhua, Lee, Yeunkum, Kim, Yoonhee, Han, Kihoon. Integrative Brain Transcriptome Analysis Reveals Region-Specific and Broad Molecular Changes in Shank3 -Overexpressing Mice. Frontiers in molecular neuroscience, vol.11, 250-.

  6. Kim, Yoonhee, Zhang, Yinhua, Pang, Kaifang, Kang, Hyojin, Park, Heejoo, Lee, Yeunkum, Lee, Bokyoung, Lee, Heon-Jeong, Kim, Won-Ki, Geum, Dongho, Han, Kihoon. Bipolar Disorder Associated microRNA, miR-1908-5p, Regulates the Expression of Genes Functioning in Neuronal Glutamatergic Synapses. Experimental neurobiology : en, vol.25, no.6, 296-306.

  7. Lee, Yeunkum, Kim, Sun Gyun, Lee, Bokyoung, Zhang, Yinhua, Kim, Yoonhee, Kim, Shinhyun, Kim, Eunjoon, Kang, Hyojin, Han, Kihoon. Striatal Transcriptome and Interactome Analysis of Shank3 -overexpressing Mice Reveals the Connectivity between Shank3 and mTORC1 Signaling. Frontiers in molecular neuroscience, vol.10, 201-.

  8. Lee, Bokyoung, Zhang, Yinhua, Kim, Yoonhee, Kim, Shinhyun, Lee, Yeunkum, Han, Kihoon. Age-dependent decrease of GAD65/67 mRNAs but normal densities of GABAergic interneurons in the brain regions of Shank3-overexpressing manic mouse model. Neuroscience letters, vol.649, 48-54.

  9. Love, Michael I, Huber, Wolfgang, Anders, Simon. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2. Genome biology, vol.15, no.12, 550-.

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  11. Patro, Rob, Duggal, Geet, Love, Michael I, Irizarry, Rafael A, Kingsford, Carl. Salmon : fast and bias-aware quantification of transcript expression using dual-phase inference. Nature methods, vol.14, no.4, 417-419.

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  14. J Cell Sci Sheng M 1851 113 11 2000 10.1242/jcs.113.11.1851 

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  16. Subramanian, Aravind, Tamayo, Pablo, Mootha, Vamsi K., Mukherjee, Sayan, Ebert, Benjamin L., Gillette, Michael A., Paulovich, Amanda, Pomeroy, Scott L., Golub, Todd R., Lander, Eric S., Mesirov, Jill P.. Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol.102, no.43, 15545-15550.

  17. Toro, R., Konyukh, M., Delorme, R., Leblond, C., Chaste, P., Fauchereau, F., Coleman, M., Leboyer, M., Gillberg, C., Bourgeron, T.. Key role for gene dosage and synaptic homeostasis in autism spectrum disorders. Trends in genetics, vol.26, no.8, 363-372.

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