[논문]The mechanism of the self-assembly of associating DNA molecules under shear flow: Brownian dynamics simulation

Yeom, Min Sun; Lee, Jysoo

doi:10.1063/1.1896346

The mechanism of the self-assembly of associating DNA molecules under shear flow: Brownian dynamics simulation

The Journal of chemical physics, v.122 no.18, 2005년, pp.184905 -

Yeom, Min Sun (Korea Institute of Science and Technology Information Supercomputing Research Department, , Daejeon 305-806, Korea) , Lee, Jysoo (Korea Institute of Science and Technology Information Supercomputing Research Department, , Daejeon 305-806, Korea)

Abstract ▼ AI-Helper

A shear flow induces the assembly of DNAs with the sticky spots. In order to strictly interpret the mechanism of shear-induced DNA assembly, Brownian dynamics simulations with the bead-spring model were carried out for these molecules at various ranges of the Weissenberg numbers (We). We calculate a formation time and analyze the radial distribution function of end beads and the probability distribution of fractional extension at the formation time to understand the mechanism of shear-induced assembly. At low Weissenberg number the formation time, which is defined as an elapsed time until a multimer forms for the first time, decreases rapidly, reaching a plateau at We=1000. A shear flow changes the radial distribution of end beads, which is almost the same regardless of the Weissenberg number. A shear flow deforms and stretches the molecules and generates different distributions between end beads with a stickly spot. The fractional extension progresses rapidly in shear flow from a Gaussian-like distribution to a uniform distribution. The progress of the distribution of fractional extension increases the possibility of meeting of end beads. In shear flow, the inducement of the assembly mainly results from the progress of the probability distribution of fractional extension. We also calculate properties such as the radius of gyration, stretch, and so on. As the Weissenberg number increases, the radius of gyration at the formation time also increases rapidly, reaching a plateau at We=1000.

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표제어: PCR

동의어: Packet Collision Rate

용어 설명 출처 목록 (6)

용어 설명: PCR은 세균 특이성이 있는 primer를 이용하여 적은 수의 세균이 있을지라도 쉽게 검출할 수 있는 유용한 방법이며, 이를 이용하여 구강 내 치면세균막이나 타액에서 직접 세균을 검출할 수 있게 되었다[8].

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