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시뮬레이션 데이터 공유 및 재 실험을 위한 Glyco-MGrid시스템

Glyco-MGrid System for Simulation Data Sharing and Re-simulation

한국정보과학회 07 종합학술대회논문집(B), 2007 June 25, 2007년, pp.358 - 362  

김동광 (건국대학교 신기술 융합학과) ,  정갑주 (건국대학교 신기술 융합학과) ,  이종현 (건국대학교 컴퓨터 공학학과) ,  최영진 (건국대학교 생명) ,  정선호 (건국대학교 생명) ,  황선태 (국민대학교 컴퓨터 공학과)

초록
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Glycomics와 Glycobiology는 Oligosaccharides와 Carbohydrate의 구조와 기능을 연구하기 위한 중요한 연구 방법이다. 현재 컴퓨터 시뮬레이션을 이용한 분자 모사 실험이 많은 연구 단체에 의해서 진행되고 있지만, 많은 컴퓨터 자원을 요구하는 문제로 인해서 활발하게 이루어 지지 않고 있는 실정이다. 현 시점에서 이러한 문제를 해결하기 위해서는 많은 자원과 오랜 시간을 소비해서 얻은 결과 데이터를 많은 과학자들에 의해서 공유하고 협업할 수 있는 시스템이 필요하다. Glyco-MGrid시스템은 분자 시뮬레이션 서비스 제공에 중점을 두고 있는 MGrid에서 생성되는 e-Clycomics 데이터들을 통합 관리하기 위한 사이버인프라스트럭쳐이다. 이 Glyco-MGrid는 분자 시뮬레이션의 결과를 통합 관리하기 위한 통합 데이터베이스 제공과 이를 통한 과학자들간의 협업을 지원하기 위해 그리드 기반의 e-Glycomics를 위한 공유, 통합 환경을 제공한다.

AI 본문요약
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문제 정의

  • 이 e-Glycomics 연구 방법은 Glycomics나 Glycobiology의실험을 통해서 얻을 수 있는 결과의 한계를 컴퓨터 시뮬레이션을 이용하는 방법으로 극복하는것을 목표로 하고 있다. Glyco-MG「id는 분자 컴퓨터 시뮬레이션 서비스를 제공하는 MG「id의 결과 데이터들을 통합 관리하고, 과학자들 간의 효과적인 협업을 제공하기 위한 통합 검색 및 공유를 제공하는 것을 목적으로 한다. 그러나 현재 e-Glycomics를 연구하는 기관에서의 데이터 관리 방법은 Relational Database와 File기반의 관리 방법으로는 효과적인 공유와 협업을 지원하지 못하고 있는 실정이다.
  • 프로젝트는 각각의 연구 분야에서 요구하는 특화된 특징을 반영하기 위해서 일반적인 분자 시뮬레이션들과 이를 관리하기 위한 연구 특성에 맞는 서비스들을 제공하는 것을 목표로 하고 있다. 분자 시뮬레이션을 주된 목적으로 진행 중인 프로젝트들과 다르게 BioSimG「id는 P「oteion의시뮬레이션 결과와 분석을 관리하기 위한 데이터베이스 구축을 목표로 하고 있으며, CombeCheme 화학 분야에서 데이터베이스의 공유를 통합 협업 시스템을 제공하는 것을 목표로 하는 프로젝트이다. Glyco-MG「id가 데이터베이스를 구축하고 이를 공유하려고 하는 데에 BioSimG「id와 비슷한 성격을 가지고 있다.
  • 이 e-Glycomics 연구 방법은 Glycomics나 Glycobiology의실험을 통해서 얻을 수 있는 결과의 한계를 컴퓨터 시뮬레이션을 이용하는 방법으로 극복하는것을 목표로 하고 있다. Glyco-MG「id는 분자 컴퓨터 시뮬레이션 서비스를 제공하는 MG「id의 결과 데이터들을 통합 관리하고, 과학자들 간의 효과적인 협업을 제공하기 위한 통합 검색 및 공유를 제공하는 것을 목적으로 한다.
  • 대표적인 연구 프로젝트로 Co「do「와 Nim「od[7-9]을 들 수 있다. 프로젝트는 각각의 연구 분야에서 요구하는 특화된 특징을 반영하기 위해서 일반적인 분자 시뮬레이션들과 이를 관리하기 위한 연구 특성에 맞는 서비스들을 제공하는 것을 목표로 하고 있다. 분자 시뮬레이션을 주된 목적으로 진행 중인 프로젝트들과 다르게 BioSimG「id는 P「oteion의시뮬레이션 결과와 분석을 관리하기 위한 데이터베이스 구축을 목표로 하고 있으며, CombeCheme 화학 분야에서 데이터베이스의 공유를 통합 협업 시스템을 제공하는 것을 목표로 하는 프로젝트이다.
  • 이렇게 얻어진 데이터들은 X-이GMA[12, 13]기반의 데이터베이스에 저장, 관리되며, 통합 검색을 통해서 과학자들간의 공동 연구를 지원한다. 이러한 Glyco-MGrid 시스템의 구축을 통해서 우리는 Biological 이ycoconjugate를 위한 분자, 컴퓨테이션정보들을 통합 관리하는 것을 목표로 한다.
  • 한계에 부딪히고 있다. 이를 해결하기 위해서 시뮬레이션을 통해서 얻은 결과들을 공유하고 효과적인 협업을 지원하기 위해서 본 논문에서는 Glyco-MGi「d시스템을 제안하였다.
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