초록

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RNA 분자의 이차 구조를 예측하고 예측된 구조를 분석, 평가하기 위하여 시각화하는 작업은 RNA의 구조에 대한 연구에 있어서 가장 필수적인 과정이다. 본 논문은 이차 구조를 시각화하는 알고리즘과 이를 구현한 프로그램을 소개한다. 이 알고리즘은 vector와 vector space를 이용하여 RNA 분자의 구조 요소가 배치될 방향과 공간을 나타낸다. 구조 요소가 겹치지 않도록 배치될 방향과 공간을 효율적으로 찾기 위하여, 구조 요소를 배치하는 순서에 관한 휴리스틱과 구조 요소를 배치하는 방법에 관한 휴리스틱을 사용한다. 기존의 시각화 알고리즘이 구조요소를 순차적으로 배치하면서 겹침 현상이 발생하면, 이를 제거 하기 위하여 이미 배치한 구조 요소들을 재배치 하거나 변형하는 것에 반하여, 이 알고리즘은 사용자의 판단이나 수작업에 의존하지 않고 겹침 현상이 거의 없는 이차 구조를 효율적으로 생성한다는 점에서 기존 방법을 많이 개선하였다.

RNA 분자의 이차 구조를 예측하고 예측된 구조를 분석, 평가하기 위하여 시각화하는 작업은 RNA의 구조에 대한 연구에 있어서 가장 필수적인 과정이다. 본 논문은 이차 구조를 시각화하는 알고리즘과 이를 구현한 프로그램을 소개한다. 이 알고리즘은 vector와 vector space를 이용하여 RNA 분자의 구조 요소가 배치될 방향과 공간을 나타낸다. 구조 요소가 겹치지 않도록 배치될 방향과 공간을 효율적으로 찾기 위하여, 구조 요소를 배치하는 순서에 관한 휴리스틱과 구조 요소를 배치하는 방법에 관한 휴리스틱을 사용한다. 기존의 시각화 알고리즘이 구조요소를 순차적으로 배치하면서 겹침 현상이 발생하면, 이를 제거 하기 위하여 이미 배치한 구조 요소들을 재배치 하거나 변형하는 것에 반하여, 이 알고리즘은 사용자의 판단이나 수작업에 의존하지 않고 겹침 현상이 거의 없는 이차 구조를 효율적으로 생성한다는 점에서 기존 방법을 많이 개선하였다.

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