[논문]프로테옴 라이브러리의 연합을 통한 이차원 전기영동데이터베이스 구축도구 개발

박진수; 정채영; 김종준; 김재원; 이창원; 배종민

프로테옴 라이브러리의 연합을 통한 이차원 전기영동데이터베이스 구축도구 개발
Development of a Tool for Building a 2-DE Database Based on the Federation of Proteome Libraries 원문보기

박진수 (경상대학교 컴퓨터과학과) , 정채영 (경상대학교 컴퓨터과학과) , 김종준 (경상대학교 컴퓨터과학과) , 김재원 (경상대학교 미생물학과) , 이창원 (경상대학교 미생물학과) , 배종민 (경상대학교 컴퓨터과학과)

인간 게놈프로젝트가 거의 완성되어 감에 따라서 해독된 유전자의 암호를 바탕으로 기능을 밝히는 연구가 많이 진행되고 있다. 그중에서 디스플레이 프로테오믹스에 관한 연구가 주목을 받으면서, 세계적으로 2-DE 데이터베이스가 많이 구축되었다. 이 데이터베이스를 구축하기 위해서는 자동화된 구축도구가 필요한데, 이 도구를 개발하기 위해서는 데이터베이스 통합이 필수적으로 요구된다. 본 논문에서는 생물학적 실험을 통하여 얻어진 펩티드 질량으로써, 다수의 펩티드 질량검색기를 통합하여 자동으로 단백질을 인식하고, 인식된 단백질에 대한 정보를 제공하는 다수의 프로테옴 관련 데이터베이스의 통합을 통해서 2-DE 데이터베이스를 자동으로 구축하는 도구와 데이터베이스 구축결과를 제시한다.

* AI 자동 식별 결과로 적합하지 않은 문장이 있을 수 있으니, 이용에 유의하시기 바랍니다.

문제 정의

둥합의 유형은 다양하게 설계뒨 수 있는네, 본 논문에서는 다 수의 프로테은 관련 데이터베이스블 몽합한으로서, 생물학적 실험에 의해서 생성된 펩티드 질량 값이 집합으로부.더 2-DE 데이터베이스블 자농으로 구축하고 사 용자에게 2-DE 日이 이니지 상에 펼쳐진 단백질에 대한 정보을 자동으로 검섘함 수 있도퓩 하는 노구에 대하여 논하였다.

제안 방법

이 도구들은 다수의 펩티드 질량 데이터베이스를 지원하고 있으며, 각각 고유의 랭힝 알고리즘을 사용하고 있어서, 추성되는 단백질의 순 서가 서루 나로게 나타나는 경우가 많이 있다' 따라시 사용자가 깁정하기 어려운 단백질의 경우에, 검색뇐 결과에 따르는 부수서인 생믈하적 징보룔 참고하기도 하고, 이됼 노구들에게 입릭되는 다양한 파라미터를 바꾸이서 다시 검색하기도 하고.(국 질외어 수정) 검색뇔 이른직 질뱧 값을 가진 데이더베이스를 변경시키 기도 하며, 각각의 인식도구율을 모누 개별적으로 실험하여 二 길과를 뭉합함으 호씨 주어진 질량 값에 대한 단백질을 길정한다. 춰악의 깅우에는 실험에서 얻은 짚냥 산 자체에 대한 오류가눙성 때문에 이를 다시 얻기 위하여 생물학식 실힘 윰 다시 하기노 한다,
이 중예서 일치되는 者율 우선걱으타. 王사하고, 다음으로 각 검색기에시 제시뉜 지수와 이몬직으투 계산뇐 질량 갔과 일치되는 비율을 소사한다. 만약 모든 질냥 검색기의 신과가 일치하면서 일치되는 질냥외 비율이 임게값을 넘으면 자동으로 해당되는 점에 대한 단백질이 결정되어서 2・DE 데이더베이스에 具 성보가 사동 으로 저장된다.
그렇지 않으면. 각 진량검색기가 제시한 상위 세 개의 결과를 묶 어서 부수적인 정보와 한께 사용자에게 제시하여 판단하게 한다. 이때 사용자 는 검새누구에 대한 질의를 수정하여 다시 실외를 보낸 수 있다.
수백 개외 프로테올 라이브러리률 몽함하는 문제는 프亨-테음 연구에시 증요한 문제로 대두되었다. 둥합의 유형은 다양하게 설계뒨 수 있는네, 본 논문에서는 다 수의 프로테은 관련 데이터베이스블 몽합한으로서, 생물학적 실험에 의해서 생성된 펩티드 질량 값이 집합으로부.더 2-DE 데이터베이스블 자농으로 구축하고 사 용자에게 2-DE 日이 이니지 상에 펼쳐진 단백질에 대한 정보을 자동으로 검섘함 수 있도퓩 하는 노구에 대하여 논하였다.
프.로테오믹스 연구방향 숭의 하나는 표준 gel양식을 사용해시 2차원전기영동 (2-Dimensional Electrophoresis, 2DE)으로 난백질을 분기한 다음, 이를 단백질 분석기술과 저오하여 2-DE g이 상에 나타난 모든 단백질을 게놈정보의 룩정 유 전자와 연걸시켜시 유선자.난백질 대응관게률 데이터베이스로 구축하는 자업이다.
본 논문에서는 다수이 펩티드줠량검색기룐 연합하고, 이를 뚱해서 인目된 단백查을 바탕으로 자체 구축한 임상병리 데이터베이스, 단백질서 연 데이터베이스, DNA 네이 터베 이스. 문헌정 보데이터 베이스률 뚱합하는 노구를 개발하여 2-DE 데이터 베이스률 구축한 결과롢 제시한다.
위에서 제시한 모든 과성을 자동화 할 수 있는 노구를 개발하기 위해서는 이듈 질냥검새도구 및 데이터베이스둄의 동항과 지역 데이터베이스외 사둥 구축이 이루어져야 한다. 본 온문에서 소개하는 노구는, 사용자가 2-DE 이미지 상의한 지을 益릭하고 느 점에 대한 펩티느 줠량을 입対하면, 위에서 나열한 과 청을 자농으로 수행하여 데이터베이스를 구축하고, 이미지 앱을 풍한 검색오 자 통으로 이루어지도폭 하는 것이다.
본 언구외 궁극적인 목표는 프로테오비스 기술을 사용하여, 질명상태에서만 북 이저으로 나다나는 난백질올 찾아내어, 진단마커로서 사용하거나, 신약개발의 대 상으호 삼는 것이다. 이를 위한 하나외 과정으로시 진병관련단백짐을 고속으로 탐색 발굴하기 위하여 프로테음 인식과성이 자등화되어야 하고, 인식된 결과는 데이터베이스에 저장와어야 한다, 본 논문에시는 다수외 펩티드 길랑검색기를 롱 합하여 자동으로 단백신올 인식하고. 펩티, 질량검색을 뭉헤서 시현된 단백질에 대한 정보导 제공하는 다수이 데이터 베이스의 동합을 통해서 2-DE 데이터베이 스윻 자동으로 구축한 결과와 그 개발도구를 제시한다.
라이브러리외 구 성올 나타낸다. 최초에 단백질 인식도구듈 각각에 대하여 스레드률 생성시켜시 분산검색을 시자한다. 그 견과고서 단백줠이 인식된 이후에는 나머지 데이터베이 스들에 대한 스稲드를 생성시켜서 필요한 정보를 수집한다
그링 5 애서 제시퉌 인터페이스는 MS-Fite 제공하는 것인데, 다든 인식기에서 필요로 하는 매개변수를 모두 포함하고 있기 때旺에 그대로 사승할 수 있나. 팹리드 진 봏에 대응되는 단백질이 인식되면, SWISS-PRQT과 TrEMBL의 단백질 서열 테 이터베이스에 접근하여 그 난백질에 내한 정보를 수짐화었고, GmBank에 접근해 서 二L 단백질에 대응되는 DNA 정보를 연결하였다. 리고 해당 난백질에 .
이를 위한 하나외 과정으로시 진병관련단백짐을 고속으로 탐색 발굴하기 위하여 프로테음 인식과성이 자등화되어야 하고, 인식된 결과는 데이터베이스에 저장와어야 한다, 본 논문에시는 다수외 펩티드 길랑검색기를 롱 합하여 자동으로 단백신올 인식하고. 펩티, 질량검색을 뭉헤서 시현된 단백질에 대한 정보导 제공하는 다수이 데이터 베이스의 동합을 통해서 2-DE 데이터베이 스윻 자동으로 구축한 결과와 그 개발도구를 제시한다.

대상 데이터

ucsf. cdu/ucsfh tml3.4/m sfiL h tm), Peptldentthttpe/www.expasy.ch/tools/pcptidenl.html}, PcptideSearch(http://www, mann, embl-heiddbcrg.de/Services/PcptidcScarch/FR_ FeptideScarchF(>rmG4.html)듈 사용하였나. 이플 도구들이 사응하는 실량데이터베 이스든 주고 SWISS-PROT, TrEMBL (http://www.
리고 해당 난백질에 .빤한 문헌정보윤 수집하기 위하여 McdLinc(http://www.ncbi.nlmmih.gov/PubMed/)올 사용하었다. 분 도구의 구현에 사웅뇐 언어는 ASP와 Java이다

성능/효과

실힘에서 자등으호 단백질 인식하기 위하여, 상위 두 개의 난백질에 대한 일치 하는 질방 값의 비윤의 차이에 내한 임계값은 10%이상으로 했을 때 안정적인 단 빅실 인시이 되었다. 二L리고 약 10% 성도는 사용자외 판단이 피, 요하였다.

원문 보기

ScienceON 원문보기

*원문 PDF 파일 및 링크정보가 존재하지 않을 경우 KISTI DDS 시스템에서 제공하는 원문복사서비스를 사용할 수 있습니다.

내보내기 메뉴

내보내기 구분

파일저장
인쇄
메일전송

구성항목

기본정보
상세정보

관리번호, 논문명, 저널/프로시딩명, 저자 , 발행년, 권, 호, 시작페이지, 끝페이지, 발행기관

저장형식

Text(ASCII format)
Excel format
RefWorks Direct Export
RIS format (for Reference Manager, ProCite, EndNote), Scholar's Aids, Mendeley

메일정보

받는사람 (필수): @
보내는사람 (선택): @
제목
내용: KISTI 검색결과 이메일 서비스

안내

총 건의 자료가 검색되었습니다.

다운받으실 자료의 인덱스를 입력하세요. (1-10,000)

검색결과의 순서대로 최대 10,000건 까지 다운로드가 가능합니다.

데이타가 많을 경우 속도가 느려질 수 있습니다.(최대 2~3분 소요)

다운로드 파일은 UTF-8 형태로 저장됩니다.
파일의 내용이 제대로 보이지 않을실 때는 웹브라우저 상단의 보기 -> 인코딩 -> 자동선택 여부를 확인하십시오.

Text(ASCII format)
Excel format

표제어: PCR

동의어: Packet Collision Rate

용어 설명 출처 목록 (6)

용어 설명: PCR은 세균 특이성이 있는 primer를 이용하여 적은 수의 세균이 있을지라도 쉽게 검출할 수 있는 유용한 방법이며, 이를 이용하여 구강 내 치면세균막이나 타액에서 직접 세균을 검출할 수 있게 되었다[8].

AI-Helper ※ AI-Helper는 을 사용합니다.

AI-Helper

안녕하세요, AI-Helper입니다. 좌측 "선택된 텍스트"에서 텍스트를 선택하여 요약, 번역, 용어설명을 실행하세요.
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.

연합인증

프로테옴 라이브러리의 연합을 통한 이차원 전기영동데이터베이스 구축도구 개발
Development of a Tool for Building a 2-DE Database Based on the Federation of Proteome Libraries 원문보기

초록
AI-Helper