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문제 정의
- DNA 컴퓨팅에서는 DNA의 생화학적인 특성에 의해 오류의 가능성이 항상 존재하며, 본 논문에서는 이를 최소화하기 위한 방법으로서 서열 생성 단계에서의 적합 화 기준을 제시하였다. 이렇게 수치화된 DNA 서열 집합의 적합도는 유전자 알고리즘을 통해 최적화되며, 그 결과 서열은 실제 DNA 컴퓨팅의 서열로서 이용되기에도 충분할 것으로 생각된다.
- 이러한 목적에 따라 여러 연구가 진행되고 있었고, 본 연구팀도 이미 NACST라는 DNA 컴퓨팅 시뮬레이터의 서열 생성 부분 개 발에서 이 문제를 고려하였다.[3L 본 논문에서는 NACST의 DNA 서열 생성 부분 올 좀 더 정확한 모델로 개선하고자 하였다. 2장에서는 분자 컴퓨터 시뮬레이터인 NACST에 대해서 간단히 설명을 하 고, 3장에서는 개선된 DNA 서열 생성 방법에 대해서 기술하였다.
- 그림 4에서 보는 바와 같이, 한 서열을 결합하는 양 끝단, 휘어지는 부분의 세 부분으로 나누고 양 끝단의 부분 서열(sub sequence)들을 비교하는데, 염기 서열이 휘기 위해서 최소한 5개 이상의 염기 서열이 필요하고, 상보 결합을 형성하여 안 정화되기 위해서 6개 이상의 염기 서열이 결합을 형성하여야 한다. 따라서 이 기준을 만족하는 경우가 발생하는지의 여부를 판단하였다. 역시 한 염기 서열에서 발생할 수 있는 모든 가능성을 고려하였다.
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