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단백질 이차 구조 기반의 단백질간 구조 비교

Pairwise Protein Structure comparison based on Protein Secondary Structure

한국정보과학회 02 가을 학술발표논문집(3), 2003 Apr., 2003년, pp.613 - 615  

김진홍 (울산대학교 컴퓨터ㆍ정보통신공학부) ,  안건태 (울산대학교 컴퓨터ㆍ정보통신공학부) ,  이수현 (창원대학교 컴퓨터공학과) ,  이명준 (울산대학교 컴퓨터ㆍ정보통신공학부)

초록
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단백질의 3차원 공간상의 구조는 단백질 기능을 파악하는데 중요한 정보를 제공하고 있다. 단백질간 구조 비교 방법은 기능적 또는 구조적으로 연관된 단백질 분류 및 단백질 모티프(motif)를 찾는데 유용하게 사용되고 있다. 본 논문에서는 단백질 이차 구조($\alpha$-나선구조와 $\beta$-병풍구조)와 그들 사이의 관계(각도, 거리, 길이, 수소결합)를 기반으로 표현된 두 단백질 구조에서 유사한 부분 구조를 찾는 방법에 대하여 기술한다. 제안된 단백질간 구조 사이의 유사한 부분구조를 찾는 방법은 두 단백질 구조론 이차 구조와 그들 사이의 관계를 이용하여 그래프를 형성한 후, 최대 유사 서브 그래프를 찾는 방법을 이용하여 유사한 부분구조를 찾을 수 있다.

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문제 정의

  • 본 논문에서는 단백질 이차 구조 요소를 기반으로 표현[7, 8]된 단백질 간 구조를 비교 방법에 대하여 기술한다. 제안된 방법은 두 단백질 구조를 이차 구조와 그들 사이의 관계를 이용하여 그래프를 생성한 후, 최대 유사 서브 그래프[9]를 찾는 방법을 이용하여 유사한 부분구조를 찾을 수 있다.
  • 본 논문에서는 단백질 이차 구조와 그들 사이의 관계를 이용하여 단백질 구조를 기술하는 PSAML 형태의 두 단백질 구조 데이터를 이용하여 두 단백질 구조 비교 방법에 대하여 기술하였다. 두 단백질 구조에서 유사한 부분 구조는 단백질 이차 구조의 정보(형태, 길이)와 그들 사이의 관계(각도, 거리, 길이)를 바탕으로 그래프 형태로 표현하여 최대 유사한 하위 그래프를 찾는 알고리즘을 이용하여 찾아진다.
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