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문제 정의
- 본 논문에서는 관계형 데이터베이스 기반으로 Genbank 파일을 파싱하여 저장을 수행하는 시스템을 개발하였다.
- 이 경우 BioJava 라이브러리만으로는 파싱이 불가능하며, 따라서 이를 위해 클래스를 수정, 개선하였다. 본 논문에서는 새롭게 작성한 함수를 이용하여 반복 없는 키워드와 마찬가지로 반복되는 키워드에 해당하는 내용을 파싱 할 수 있도록 하였다.
- 본 논문에서는 유전체 데이터베이스의 구축을 위해 가장 먼저 GenBank 플랫 파일을 파싱하는 작업을 수행하였다. 이러한 파싱 작업을 위해 BioJava 라이브러리를 이용하였는데, BioJava[9]는 생물학 데이터 처리를 위한 Java 룰을 제공하기 위한 공개 표준 프로젝트이다.
- 본 논문에서는 유전체 데이터의 효율적인 관리 및 저장을 위하여 관계형 데이터베이스 기반의 유전체 데이터베이스 시스템과 변환기들을 개발하였다. 특히 일정하지 않은 형태의 Genbank 파일 포맷에 대한 관계형 데이터베이스 스키마를 정의하였고, 파싱 기능이 완벽하지 못한 BioJava 라이브러리를 수정하여 기존의 변환기에서는 제공하지 못하는 대량의 반복되는 키워드에 대한 파싱 작업을 수행하였다.
- AGAVE[11] 포맷을 BSML 포맷으로 변환하기 위하여 AGAVE와 BSML 각각에 대한 표준 DTD가 요구된다. 이러한 점을 해결하기 위하여 본 논문에서는 EMBL-EBI에서 개발한 XEMBL Viewer의 AGAVE 파일과 BSML 파일의 DTD를 비교 분석하고, 분석한 결과를 기반으로 하여 변환 작업을 수행하였다. 우선 변환을 수행하기 전 AGAVE의 DTD와 BSML의 DTD 를 비교하여 엘리먼트와 어트리뷰트 및 각각의 항목들을 분석하고 일치하는 항목으로 매핑한다.
- 이번 절에서는 다양한 생물학 데이터 포맷끼리의 변환을 수행하는 변환 소프트웨어에 대해 살펴보겠다.
- 최근의 바이오 서열데이터의 표준으로 각광 받고 있는 BSML에 대하여 간단히 소개하고, 본 연구와 관련하여 최근 동향을 살 펴본다.
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