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단백질 구조 비교를 위한 이차구조의 상관관계 계산
Calculation of Relation between Secondary Structures for Protein Structure Comparison 원문보기

2003봄 학술발표논문집(A):Proceedings of The 30th KISS Spring Conference(한국정보과학회), 2003 Apr., 2003년, pp.890 - 892  

조민수 (창원대학교 컴퓨터·정보통신공학부) ,  안건태 (울산대학교 컴퓨터·정보통신공학부) ,  이명준 (울산대학교 컴퓨터·정보통신공학부) ,  이수현 (창원대학교 컴퓨터·정보통신공학부)

초록
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단백질 구조의 표현 방법을 정형화하고 호환성 및 상호작용성을 향상하기 위하여 단백질의 이차구조 구성요소와 그들 사이의 관계를 이용하여 단백질 구조를 기술하는 PSA가 제안되었다. 본 논문에서는 PSA에서 정의된 단백질의 이차구조 사이에 정의된 요소 중에서 네 가지의 각도관계와 다섯 가지의 거리관계를 계산하는 방법에 대하여 기술하였으며, 이를 자바로 구현하여 그 결과를 확인하였다. 본 논문에서 제안한 방법은 단백질의 이차구조 사이의 상관관계를 포함하는 PSAML 데이터로부터 단백질의 구조 및 유사성을 비교하기 위한 단백질 구조비교 시스템에서 사용할 수 있다.

AI 본문요약
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문제 정의

  • PSAML 데이터는 단백질 구조를 구성하는 2차구조와 그들 사이의 상관관계를 이용하여 단백질 구조를 추상화하여 표현할 수 있는 방법을 제공한다, 2차구조들 사이의 상관관계에는 각도, 거리, 길이 등이 포함되며, 이들 상관관계는 2차구조의 3차원적인 좌표 데이터로부터 계산되기 때문에 관점에 따라 다양한 계산방법이 존재한다. 본 논문에서는 PDB에서 제공하는 데이터 형식을 PSAML 형식으로 변환하는데 있어 2차구조들 사이의 상관관계를 계산하는 방법을 기술한다. 본 논문에서 제안하는 방법은 PDB로부터 PSAML로의 변환도구[3]의 구현에 적용푈 수 있다.
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