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DNA스트링에 효율적인 써픽스 배열 구축 알고리즘

An Efficient Algorithm for Constructing Suffix Arrays for DNA String

한국정보과학회 2004년도 봄 학술발표논문집 Vol.31 No.1 (A), 2004 Apr., 2004년, pp.961 - 963  

조준하 (부산대학교 컴퓨터공학과) ,  박회진 (한양대학교 정보통신학) ,  김동규 (부산대학교 컴퓨터공학과)

초록

써픽스 배열은 텍스트의 써픽스들을 사전적 순서대로 저장하여 검색을 효율적으로 할 수 있는 자료구조이다. 생물학에서의 DNA 스트링과 같이 긴 텍스트에 대해 써픽스 배열을 이용하면 빠르게 검색할 수 있다. 써픽스 배열은 유사한 자료구조인 써픽스 트리에 비해 적은 공간을 차지하기 때문에 생물학에서 사용하는 긴 텍스트의 처리에 유리하다. 최근, 텍스트에서 바로 써픽스 배열을 선형시간에 구축하는 알고리즘들이 발표되었다. 그러나 이들 알고리즘은 정수 문자집합을 위한 알고리즘들이었다. 본 논문에서는 고정길이 문자집합에 대해 써픽스 배열을 빠르게 구축하는 알고리즘을 소개한다. 그리고 실험을 통해서 DNA 스트링과 같은 고정길이 문자집합에 대해서 다른 알고리즘들과 구축시간을 비교하여 속도 향상이 있음을 보인다.

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문제 정의

  • 이러한 알고리즘 돌은 DNA 스트링과 같이 스트링의 길이가 매우 길고, 스트링을 구성하는 문자 집합의 크기가 스트링의 길이에 비해 매우 작게 고정되어 있는 경우에 효율적이지 못하다. 따라서 본 논문에서는 고정길 이 문자 집합에 대해 효율적으로 써 픽스 배열을 구축하는 알고리즘을 소개하였다. 알고리즘을 실제로 구현하여 비교해 본 결과 앞서 설명한 것처럼 본 논문의.
  • 본 논문에서는 DNA 스트링과 같이 문자 집합의 크기가 고정되어 있을 때, 빠르게 써 픽스 배열을 구축하는 알고리즘 올 소개한다. 2장에서는 써 픽스 배열을 구축하는 새로운 알고리즘을 설명할 것이며, 3장에서는 실제로 구현하여 다른 알고리즘들과 비교한 결과를 살펴볼 것이다.
  • 따라서 본 논문에서는 고정길 이 문자 집합에 대해 효율적으로 써 픽스 배열을 구축하는 알고리즘을 소개하였다. 알고리즘을 실제로 구현하여 비교해 본 결과 앞서 설명한 것처럼 본 논문의. 알고리즘은 DNA 스트링과 같은 고정길이 문자 집합으로 구성된 스트링에 대해서 다른 선 형 써 픽스 배열 구축 알고리즘보다 25% - 38% 정도 더 빠르 게 써 픽스 배열을 구축하였다.
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