초록

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단백질은 생명험상 유지에 필수기능을 담당하며 이러한 기능이 단백질의 3차 구조에 의해 결정되므로 단백질 3차 구조에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다. 본 논문에서는 단백질의 3차구조를 파악할 수 있는 Java3D 기반의 단백질 구조 뷰어인 PSAML Viewer에 관해서 기술한다. PSAML은 단백질의 2차구조와 2차구조 사이에서 발견되는 상호적인 관계를 이용하여 단백질 구조를 표현하는 방법이다. PSAML에 정의되어 있는 단백질 2차구조 $\alpha$-나선과 $\beta$-판상조각의 정보(서열, 길이, 공간상의 좌표)를 분석하여, 단백질 구조를 시각화한다. 이는 단백질 구조 정보를 보다 쉽게 이해하는데 도움을 줄 수 있다.

단백질은 생명험상 유지에 필수기능을 담당하며 이러한 기능이 단백질의 3차 구조에 의해 결정되므로 단백질 3차 구조에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다. 본 논문에서는 단백질의 3차구조를 파악할 수 있는 Java3D 기반의 단백질 구조 뷰어인 PSAML Viewer에 관해서 기술한다. PSAML은 단백질의 2차구조와 2차구조 사이에서 발견되는 상호적인 관계를 이용하여 단백질 구조를 표현하는 방법이다. PSAML에 정의되어 있는 단백질 2차구조 $\alpha$-나선과 $\beta$-판상조각의 정보(서열, 길이, 공간상의 좌표)를 분석하여, 단백질 구조를 시각화한다. 이는 단백질 구조 정보를 보다 쉽게 이해하는데 도움을 줄 수 있다.

AI 본문요약

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• 연구 주제
• 연구 방법
• 연구 결과

문제 정의

• 본 논문에서는 단백질 2차 구조 요소롤 기반으로 표현[5, 6]된 단백질간 구조를 Java3D[기를 이용한 단백질 3차 구조 뷰어인 PSAML Viewei■의 개발에 대하여 기술하고자 한다.
• 본 논문에서는 단백질 3차 구조를 보다 효과적으로 파악할 수 있는 Java3D 기반의 단백질 구조 뷰어에 대해서 기술하였다. PSAML Viewer는 사용자 편의를 위해 한글화된 인터페이 스를 제공하고 단백질의 3차 구조를 특성별로 파악할 수 있는 여러가지 구조 보기를 제공함으로써 단백질 3차 구조 파악이 보다 쉬워졌다.

제안 방법

• 3차원공간에서 단백질 2차 구조(나선, 원통, 화살표)를 표현 하고자 할 때, 위와 같은 과정을 반복하는데 있어 많은 계산을 필요로 한다. 중복올 피하고 효율적인 작업을 위해 이 프로그 램에서는 원점에서 단백질 2차 구조를 표현한 뒤에, 3차원공간 에서 벡터까 가지는 각도를 계산한 뒤에, Tranform을 적용시켜 원하는 공간에 위치하도록 구현했다.[그림 7]은 위 과정을 보여주는 예이다.

성능/효과

• PSAML(Protein Structure Abstraction Markup Language) 은 단백질의 2차구조와 2차구조 사이에서 발견되는 상호적인 관계를 이용하여 단백질 구조를 표현하는 방법을 제궁하는 PSA(Protein Structure Abstraction)를 기준으로 단백질 구조를 표준화된 문서 표현 양식인 XML을 이용하여 기술 할 수 있는 언어이다. 개발된 PSA 및 PSAML 기반으로 표현된 단백질 구 조 비교 방법은 2차구조의 특징과 2차구조 사이의 관계를 비교하여 효과적으로 두 단백질간의 유사한 부분 구조를 찾을 수 있다.

후속연구

• 향후 연구 과제로는 단백질의 3차 구조 뷰어의 속도를 좀더 개선하고, 2차 구조의 순서관계를 시각적으로 보이기 위하여 각 2차 구조에 대한 컬러링 기능을 제공할 예정이다.

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