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SMS : SBML 문서관리기

SMS : An SBML Document Manager

한국정보과학회 04 봄 학술발표논문집(B), 2004 Apr., 2004년, pp.334 - 336  

임정곤 (충북대학교 경영정보학과) ,  김태경 (충북대학교 정보산업공학) ,  정태성 (충북대학교 정보산업공학) ,  조완섭 (충북대학교 경영정보학과)

초록
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최근 이슈가 되고 있는 시스템 생물학(Systems Biology)은 생물학적인 이론과 컴퓨터의 계산적인 모델링 그리고 실험의 상호 의존적인 통합으로써 특징 지워진다. 그 중 컴퓨터의 계산적인 모델링에 대한 연구가 무엇보다 중요한 비중을 차지하고 있다. 하지만 계산적인 모델링에서 여러 자원을 통합하기 위한 공통의 기반 구조나 표준에 대한 연구는 미흡한 실정이다. 이러한 문제점을 해결하기 위해 XML 기반의 형식을 갖춘 SBML(Systems Biology Markup Language)이 시스템 생물학의 표준으로 개발되어 연구 중에 있다. 현재 개발 중인 시뮬레이션데이터 분석을 위한 다양한 옹용 어플리케이션이 이미 SBML 문서를 지원하고 있다 본 연구에서는 시스템 생물학 분야에서 SBML 표준에 대한 중요성을 인식하여, 객체지향 바이오 데이터베이스로부터 질의의 결과를 SBML 문서로 변환하고, 반대로 SBML 문서를 객체지향 데이터베이스에 저장하는 변환기를 제안하고자 한다.

AI 본문요약
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문제 정의

  • SBML은 웅용 어플리케이션 사이에서 데이터의 교환 및 시각화를 위한 표준으로 사용 된다. 본 연구의 목적은 객체 DBMS를 이용하여 SBML 문서를 저장하고, 데이터 베이스에 대한 질의 결과를 SBML 문서 형태로 사용자 에게 제공하여 객체 DBMS와 SBML의 통합된 환경을 제공하는데 있다. 기존의 관계형 데이터베이스보다 객 체지향 데이터베이스를 이용하는 것은 XML 스키마[2] 기반인 SBML 스키마가 객체 모델을 지향 한다는 점에 서 양자간에 유사점이기 때문이다.
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