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문제 정의
- 본 연구에서는 B-Raf protein 의 active site 에서 receptor-ligand 의 결합에너지를 측정하는 과정에서 π–π interaction 때문에 정확하게 측정하기 어려운 문제점을 양자역학 계산을 통해서 정확도를 높이는 방법을 살펴보았다. Gaussian 을 이용한 양자역학 에너지 계산은 π–π interaction 같은 정확한 에너지 계산이 어려운 구조의 문제점을 해결하는데 도움을 줄 수 있다.
- 이번 연구에서는 scoring function 에 단백질과 리간드의 방향족 고리 화합물의 사이의 π-π interaction energy 을 고려하여 리간드의 활성도를 정확하게 예측하고 정확도를 향상시키는 것이다. 연구에 사용된 표적 단백질은 B-raf 로 그 저해제로 실험적으로 알려진 benzimidazoles drivatives 를 리간드로 사용하여 실질적인 실험 값과 예측된 에너지 값의 연관성을 보고자 하였다. (그림 1) B-Raf 는 성장 신호 전달 단백질 인산화 효소인 Raf kinase family 의 하나로 세포 분열, 분화 등에 영향을 주는 MAP kinase/ERKs 신호경로를 조절하는 역할을 한다.
- 이번 연구에서는 scoring function 에 단백질과 리간드의 방향족 고리 화합물의 사이의 π-π interaction energy 을 고려하여 리간드의 활성도를 정확하게 예측하고 정확도를 향상시키는 것이다.
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