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문제 정의
- 염색체의 각 SNP 위치에서 대립 형질이 모두 ‘0’ 혹은 모두 ‘1’로 이루어진 동질접합체이면 지노타입은 ‘0’ 혹은 ‘1’로 나타나고, 대립 형질이 ‘0’과 ‘1’ 모두 나타나는 이질접합체이면 지노타입은 ‘2‘로 나타난다. 목적은 n개의 지노타입에서 이질접합위치에 존재하는 대립유전자 쌍들을 0 혹은 1로 결정하는 것이다.
- 본 논문에서는 파시모니 모델을 적용하여 하플로 타입을 추론하는 방법을 제안한다. 파시모니 모델에서 하플로타입을 추론하는 방법의 목적은 모든 지노 타입에서 사용되어지는 하플로타입 패턴 수를 가장 최소화하는 것이다.
- 본 논문은 앞서 언급한 파시모니 모델에 기반한 새로운 알고리즘을 제시하고, 파시모니 모델의 다른 연구와 비교 분석한 결과를 보여준다.
- 유전자 알고리즘은 다양한 표본들을 얻기위해서 가능한 모든 해집합으로부터 무작위 추출을 통하여 초기 모집단을 구성한다. 전역의 가능한 초기 해로부터 최적 해에 더욱 근접하는 해를 탐색해 나가기 위해 해들이 가지는 우수한 부분들을 유지하여 더 좋은 해를 얻도록 편집한다. 이는 생물들이 자손 번식을 통해 자기와 닮은 개체를 생산하여 환경에 더욱 잘 적응하도록 진화시키는 것과 같은 맥락이다.
- 본 논문에서는 파시모니 모델을 적용하여 하플로 타입을 추론하는 방법을 제안한다. 파시모니 모델에서 하플로타입을 추론하는 방법의 목적은 모든 지노 타입에서 사용되어지는 하플로타입 패턴 수를 가장 최소화하는 것이다. 파시모니 문제는 Earl Hubell[5]에 의해 제안되어졌고, NP-hard 문제로 알려져있다.
가설 설정
- 1. 각 하플로타입 xk∈P'(1 ≤ k ≤ |P'|)가 선택되 어질 확률을 구한다.
- 2. 교배를 수행할 개체들은 확률에 의한 선택 메카니즘을 이용하여 결정한다. 이때 선택을 위해서 확률값 pr(Pj)을 이용하여 누적 확률 테이블인 룰렛 R(Pj)를 다음과 같이 구성한다.
- 4. k개의 자식 개체를 생성할때까지 2부터 반복한다.
- 6. V = ∅ 일때까지, 3번부터 반복한다.
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