IPC분류정보
국가/구분 |
한국(KR)/등록특허
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국제특허분류(IPC9판) |
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출원번호 |
10-2004-0025946
(2004-04-14)
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공개번호 |
10-2004-0039242
(2004-05-10)
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등록번호 |
10-0573786-0000
(2006-04-18)
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DOI |
http://doi.org/10.8080/1020040025946
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발명자
/ 주소 |
- 장익수
/ 부산 금정구 구서동 부광금강 APT ***-****
- 김석만
/ 부산 금정구 구서*동 ***-** 우남센스빌 ****호
- 문은정
/ 부산 금정구 장전*동 ***-** */* 상록원룸 ***호
- 천무경
/ 부산 금정구 장전*동 ***-* 강촌원룸 ***호
- 허무영
/ 부산 부산진구 양정*동 현대아파트 ***-****
- 정광훈
/ 부산 금정구 구서*동 부광금강 APT ***-***
- 김해진
/ 대전광역시 유성구 화암동 **-* 기숙사 ***
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출원인 / 주소 |
- (주)엔솔테크 / 대전광역시 유성구 탑립동 ***
- 부산대학교 산학협력단 / 부산 금정구 장전동 산** 부산대학교 내
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대리인 / 주소 |
-
구성진
(KOO, SEONG JIN)
-
부산 연제구 거제*동 대한타워빌딩 ****-*(특허법인 부경)
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심사청구여부 |
있음 (2004-04-14) |
심사진행상태 |
등록결정(일반) |
법적상태 |
등록 |
초록
▼
본 발명은 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성분석방법에 관한 것으로, 상기한 목적을 달성하기 위한 본 발명은, 단백질데이타베이스에서 추출되는 자연구조를 나타내는 복수개의 훈련 단백질군과; 상기 훈련 단백질군을 스레딩을 통해 디코이(DECOY)구조를 형성함에 의해 형성된 훈련 디코이(DECOY)구조 단백질군과; 모든종류의 아미노산을 포함하고, 단백질의 구조결정에 영향을 미치는 여러가지 환경인자를 고려하여 에너지 정도를 양적으로 나타낸 에너지함수를 이용하여 계산된 에너지함수 파라메타와; 상기 훈련단백질군에 속하지 아니하는
본 발명은 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성분석방법에 관한 것으로, 상기한 목적을 달성하기 위한 본 발명은, 단백질데이타베이스에서 추출되는 자연구조를 나타내는 복수개의 훈련 단백질군과; 상기 훈련 단백질군을 스레딩을 통해 디코이(DECOY)구조를 형성함에 의해 형성된 훈련 디코이(DECOY)구조 단백질군과; 모든종류의 아미노산을 포함하고, 단백질의 구조결정에 영향을 미치는 여러가지 환경인자를 고려하여 에너지 정도를 양적으로 나타낸 에너지함수를 이용하여 계산된 에너지함수 파라메타와; 상기 훈련단백질군에 속하지 아니하는 자연타입 단백질과; 변이된 변이단백질/변이단백질군과; 상기 훈련단백질군을 이용하여 자연타입 단백질과, 변이단백질/변이단백질군에 대하여 형성시킨 신규 디코이 구조 단백질군;에서 에너지함수 파라메타를 이용하여 근사 분배함수를 구하고 이 분배함수를 통하여 비열식을 이용하여 온도변화에 따른 비열값을 측정하여 자연타입단백질과 변이단백질/변이단백질군의 최고비열값과 전이온도를 비교하는 것을 기술적 요지로 하고 있다. 따라서 임상을 거치지 않고도 미지의 변이 단백질이 질병을 일으키는지의 여부를 간단하게 확인할 수 있는 유용한 잇점이 있다.
대표청구항
▼
아미노산 서열구조와 X-선 결정법에 의한 3차 구조가 알려진 단백질데이타에서 추출되는 자연구조를 나타내는 복수개의 훈련 단백질군과;상기 훈련 단백질군 중 길이가 NA인 A 단백질과 길이가 NB인 B 단백질(NA≤NB)에서, 간격없이 단백질 A의 서열을 단백질 B의 첫번째 아미노산에서 부터 시작해서 NA번째 끝나는 구조에 대응시켜 A 단백질의 하나의 디코이(decoy)구조를 생성시키고, 단백질 A의 서열을 단백질 B의 두번째 아미노산에서 부터 시작해서 NA+1번째 끝나는 구조에 대응시켜 A 단백질의 다른 디코이(decoy)구조를 생성
아미노산 서열구조와 X-선 결정법에 의한 3차 구조가 알려진 단백질데이타에서 추출되는 자연구조를 나타내는 복수개의 훈련 단백질군과;상기 훈련 단백질군 중 길이가 NA인 A 단백질과 길이가 NB인 B 단백질(NA≤NB)에서, 간격없이 단백질 A의 서열을 단백질 B의 첫번째 아미노산에서 부터 시작해서 NA번째 끝나는 구조에 대응시켜 A 단백질의 하나의 디코이(decoy)구조를 생성시키고, 단백질 A의 서열을 단백질 B의 두번째 아미노산에서 부터 시작해서 NA+1번째 끝나는 구조에 대응시켜 A 단백질의 다른 디코이(decoy)구조를 생성시키고, 단백질 A의 서열을 단백질 B의 세번째 아미노산에서 부터 시작해서 NA+2번째 끝나는 구조에 대응시켜 A 단백질의 또 다른 디코이(decoy)구조를 생성시키는 방법을 반복함에 의해 훈련 단백질군에 포함된 자연구조 단백질 각각에 대하여 단백질의 디코이(decoy)구조를 형성함에 의해 형성된 훈련 디코이(decoy)구조 단백질군과;모든종류의 아미노산을 포함하고, ① 아미노산의 3가지 이차구조와 소수성 정도에 따른 3가지 분류로 구성된 국소환경, ② 두개의 아미노산에 대한 짝짓기 접촉(pairwise contact)으로 구성된 국소환경, ③ 아미노산의 3가지 이차구조와 소수성 정도에 따른 3가지 분류 및 두개의 아미노산에 대한 짝짓기 접촉(pairwise contact)을 포함하는 국소환경, ④ 아미노산의 3가지 이차구조와 소수성 정도에 따른 3가지분류 및 라마찬드란각을 포함한 국소환경, ⑤ 아미노산의 3가지 이차구조와 소수성 정도에 따른 3가지분류 및 라마찬드란각과 짝짓기 접촉을 동시에 포함하는 국소환경의 다섯 가지 국소환경으로 구성된 그룹 중, 하나의 국소환경이 포함되며, 서열 s가 구조 Γ에있을 때의 에너지 정도를 양적으로 나타낸 에너지함수 H(s,Γ)를 이용하고, 디코이 구조의 점수(H(s,ΓD)) - 자연구조의 점수(H(s,Γ)) > 0 인 조건을 이용하여 계산된 에너지 파라메타와; 상기 훈련단백질군에 속하지 아니하는 자연타입 단백질;상기 자연타입 단백질 서열에서 하나의 아미노산만이 변이된 변이단백질/변이단백질군과;상기 훈련단백질군을 이용하여 훈련 디코이 구조 단백질군에서 구한 동일한 방법으로 자연타입 단백질과, 변이단백질/변이단백질군을 각각 그 자신의 길이보다 같거나 긴 훈련단백질군에 대하여 형성시킨 신규 디코이(decoy) 구조 단백질군;에서 자연타입 단백질과 변이단백질/변이단백질군에 대하여, 상기에서 구한 에너지파라메타를 이용하여 아래의 수학식6으로 나타나는 근사 분배함수( approximate partition function)와 수학식7로 나타나는 비열(specific heat)을 이용하여 온도변화에 따른 비열을 측정하여 최고치를 나타내는 최고비열값에 대응하는 전이온도를 파악하고, 자연타입단백질과 변이단백질/변이단백질군의 최고비열값과 전이온도를 비교함에 의해 질병을 일으키는지의 유무가 판단되는 것을 특징으로 하는 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성 분석방법.여기서 k는 볼쯔만 상수이고, T는 임의의온도 제1항에 있어서, 아미노산의 3가지 이차구조와 소수성 정도에 따른 3가지 분류로 구성된 국소환경을 포함하는 경우의 에너지함수는 아래의 식으로 표현됨을 특징으로 하는 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성 분석방법.여기서 n(i,m)은 i 형태의 아미노산이 m 국소 환경에 놓여 있는 아미노산의 개수이며, ε(i,m)은 이 아미노산과 연관된 에너지파라메타이다.제1항에 있어서, 두개의 아미노산에 대한 짝짓기 접촉(pairwise contact)으로 구성된 국소환경을 포함하는 경우의 에너지함수는 아래의 식으로 표현됨을 특징으로 하는 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성 분석방법.여기서, n(i,j;k,l)은 짝짓기접촉(pairwise contact)을 이루는 식으로 연결된 i,j 형태의 아미노산이 k,l인 국소 환경에 놓여 있는 아미노산의 개수이고, ε(i,j;k,l)은 이 아미노산들과 연관된 에너지 파라메타이다. 제1항에 있어서, 아미노산의 3가지 이차구조와 소수성 정도에 따른 3가지 분류 및 두개의 아미노산에 대한 짝짓기 접촉(pairwise contact)으로 구성된 국소환경을 포함하는 경우의 에너지함수는 아래의 식으로 표현됨을 특징으로 하는 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성 분석방법.여기서, n(i,m)은 i 형태의 아미노산이 m 국소 환경에 놓여 있는 아미노산의 개수이며, ε(i,m)은 이 아미노산과 연관된 에너지파라메타이고, n(i,j;k,l)은 짝짓기접촉(pairwise contact)을 이루는 식으로 연결된 i,j 형태의 아미노산이 k,l인 국소 환경에 놓여 있는 아미노산의 개수이고, ε(i,j;k,l)은 이 아미노산들과 연관된 에너지 파라메타이다. 제1항에 있어서, 아미노산의 라마찬드란각을 고려한 국소환경을 포함하는 경우의 에너지함수는 아래의 식으로 표현됨을 특징으로 하는 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성 분석방법.여기서, n(i,m)은 i 형태의 아미노산이 Φ-Ψ행렬인 m 국소 환경에 놓여 있는 아미노산의 개수이며, ε(i,m)은 이 아미노산과 연관된 에너지파라메타이다. 제1항에 있어서, 아미노산의 라마찬드란각과 두개의 아미노산의 짝짓기 접촉(pairwise contact)을 고려한 국소환경을 포함하는 경우의 에너지함수는 아래의 식으로 표현됨을 특징으로 하는 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성 분석방법.여기서, n(i,m)은 i 형태의 아미노산이 Φ-Ψ행렬인 m 국소환경에 놓여 있는 아미노산의 개수이며, ε(i,m)은 이 아미노산과 연관된 에너지파라메타이고, n(i,j;k,l)은 짝짓기접촉(pairwise contact)을 이루는 식으로 연결된 i,j 형태의 아미노산이 k,l인 국소 환경에 놓여 있는 아미노산의 개수이고, ε(i,j;k,l)은 이 아미노산들과 연관된 에너지 파라메타이다. 제1항 내지 제6항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 훈련 단백질군은, PDB select와 WhatIF로 부터 가져온 단백질군 중 (1) 비표준 아미노산을 포함하지 않은 구조의 단백질이고, (2) 끊겨진 사슬이 존재하지 않은 구조의 단백질이고, (3) 변이된 구조가 없는 단백질임을 특징으로 하는 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성 분석방법.제1항 내지 제6항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 에너지파라메타는 신경망학습과 단백질 스레딩 테스트를 반복하여 계산됨을 특징으로 하는 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성 분석방법.제1항 내지 제6항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 에너지 파라메타는, 상기 훈련 디코이 구조가 H(s,ΓD) - H(s,Γ) > 0 인 조건을 모두 만족하도록 하는 값이 됨을 특징으로 하는 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성 분석방법.제1항 내지 제6항 중 어느 하나의 항에 있어서, H(s,ΓD) - H(s,Γ)을 만족하는 해인 에너지 파라메타는 (1) 주어진 단백질의 자연 구조의 점수는 반드시 그 자신의 자연 구조 위에서 일정한 아미노산의 조성비를 가진 무작위 서열의 평균 점수보다는 낮은 값을 가져야 하며, (2) 주어진 단백질의 자연 구조의 점수는 반드시 그 자신의 서열을 디코이 구조에 올린 평균 점수보다는 항상 낮은 값을 가져야 한다는 조건을 만족하는 점수부등식을 계산함에 의해 구해짐을 특징으로 하는 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성 분석방법.제2항에 있어서, 상기 국소환경을 고려한 에너지 파라메타는 180개가 구해짐을 특징으로 하는 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성 분석방법.제3항에 있어서, 상기 국소환경을 고려한 에너지 파라메타는 16,290가 구해짐을 특징으로 하는 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성 분석방법.제4항에 있어서, 상기 국소환경을 고려한 에너지 파라메타는 16,470개가 구해짐을 특징으로 하는 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성 분석방법.제5항에 있어서, 상기 국소환경을 고려한 에너지 파라메타는 14,580개가 구해짐을 특징으로 하는 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성 분석방법.제6항에 있어서, 상기 국소환경을 고려한 에너지 파라메타는 30,870개가 구해짐을 특징으로 하는 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성 분석방법.<
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