초록 ▼

본 발명은 진핵생물 또는 원핵생물의 게놈을 조립하는 방법을 제공한다. 봉 발명은 하플로타입 페이징(haplytype phasing) 및 메타게노믹스 어셈블리(metagenomics assembly)를 위한 방법을 제공한다. 본 발명은 고상 표면에 결합을 용이하게 하는 친화성 표지에 의해 중간체를 표지할 필요가 없도록 상기 작업을 수행하는 간소화된 방법을 제공한다. 본 발명은 또한 이종 메타게놈 샘플 또는 다수의 개체로부터 얻은 샘플에서 미지의 생물체에 대한 스캐폴드 정보, 연관 정보, 및 게놈 정보의 드 노보(de novo) 생성을

본 발명은 진핵생물 또는 원핵생물의 게놈을 조립하는 방법을 제공한다. 봉 발명은 하플로타입 페이징(haplytype phasing) 및 메타게노믹스 어셈블리(metagenomics assembly)를 위한 방법을 제공한다. 본 발명은 고상 표면에 결합을 용이하게 하는 친화성 표지에 의해 중간체를 표지할 필요가 없도록 상기 작업을 수행하는 간소화된 방법을 제공한다. 본 발명은 또한 이종 메타게놈 샘플 또는 다수의 개체로부터 얻은 샘플에서 미지의 생물체에 대한 스캐폴드 정보, 연관 정보, 및 게놈 정보의 드 노보(de novo) 생성을 위한 방법 및 조성물을 제공한다. 본 방법을 실시하여, 이종 샘플에서 배양이 되지 않거나 확인되지 않은 생물체의 전체 게놈의 드 노보 서열 분석, 또는 다수의 개체로부터 얻은 핵산을 포함하는 샘플에서 핵산 분자에 대한 연관 정보의 결정을 가능하게 할 수 있다.

대표청구항 ▼

이종 샘플에서 핵산 분자 다양성을 분석하는 방법으로서, a) 다양한 복수의 핵산을 포함하는 안정화된 핵산 샘플을 얻는 단계로서, 상기 핵산은, 상기 복수의 핵산 중 하나 이상의 구성원에 있어서, 제1 핵산 분절 및 제2 핵산 분절이 이들의 공통의 포스포디에스테르 골격과 무관하게 함께 유지되도록 안정화되어 있고, 상기 포스포디에스테르 골격은 상기 제1 핵산 분절과 상기 제2 핵산 분절 사이에서 절단되는 것인 단계;b) 상기 제1 핵산 분절 및 상기 제2 핵산 분절이 상기 다양한 복수의 핵산 중 공통의 핵산으로부터 발생하는 것으로서 식

이종 샘플에서 핵산 분자 다양성을 분석하는 방법으로서, a) 다양한 복수의 핵산을 포함하는 안정화된 핵산 샘플을 얻는 단계로서, 상기 핵산은, 상기 복수의 핵산 중 하나 이상의 구성원에 있어서, 제1 핵산 분절 및 제2 핵산 분절이 이들의 공통의 포스포디에스테르 골격과 무관하게 함께 유지되도록 안정화되어 있고, 상기 포스포디에스테르 골격은 상기 제1 핵산 분절과 상기 제2 핵산 분절 사이에서 절단되는 것인 단계;b) 상기 제1 핵산 분절 및 상기 제2 핵산 분절이 상기 다양한 복수의 핵산 중 공통의 핵산으로부터 발생하는 것으로서 식별될 수 있도록 상기 제1 핵산 분절 및 상기 제2 핵산 분절을 태그하는 단계; c) 적어도 상기 제1 핵산 분절 및 이의 태그의 식별 가능한 부분, 및 상기 제2 핵산 분절 및 이의 태그의 식별 가능한 부분을 서열 분석하는 단계; d) 상기 제1 핵산 분절 및 상기 제2 핵산 분절을 상기 태그에 상응하는 스캐폴드에 할당하여, 상기 다양한 복수의 핵산의 복수의 분절이 하나 이상의 스캐폴드에 할당되도록 하는 단계; 및 e) 얼마나 많은 스캐폴드가 생성되는지에 해당하는 수를 결정하는 단계로서, 생성된 스캐폴드의 수는 이종 샘플의 핵산 분자 다양성에 상응하는 것인 단계를 포함하는, 이종 샘플에서 핵산 분자 다양성을 분석하는 방법.