초록 ▼

생물학에서 필요로 하는 정보처리, 즉, 생체정보처리를 위한 기초연구로서, 기본이 되는 핵산 상동성 검색 알고리즘들을 고찰하여 비교 분석하고, 대표적인 알고리즘을 구현하여 상동성 검색에 영향을 주는 두가지 파라메터로 테스트하였다. 상동성 검색 알고리즘은 속도와 출력결과의 생물학적 의미, 두가지 면에서의 개선을 위해 계속 연구되고 있으나, 궁극적으로는 생물학적 의미에 접근하는 결과를 낼 수 있도록 연구되어야 하고, 이를 위해서는 생물학 파라메터라고 할 수 있는, Gap 값과 상동성(유사성) 매트릭스를 생물학적 진화(혹은 변이) 모델에

생물학에서 필요로 하는 정보처리, 즉, 생체정보처리를 위한 기초연구로서, 기본이 되는 핵산 상동성 검색 알고리즘들을 고찰하여 비교 분석하고, 대표적인 알고리즘을 구현하여 상동성 검색에 영향을 주는 두가지 파라메터로 테스트하였다. 상동성 검색 알고리즘은 속도와 출력결과의 생물학적 의미, 두가지 면에서의 개선을 위해 계속 연구되고 있으나, 궁극적으로는 생물학적 의미에 접근하는 결과를 낼 수 있도록 연구되어야 하고, 이를 위해서는 생물학 파라메터라고 할 수 있는, Gap 값과 상동성(유사성) 매트릭스를 생물학적 진화(혹은 변이) 모델에 적합하도록 개선·개발해야 한다. 본 연구에서는, 알고리즘 분석을 통해 생체정보처리를 위해 요구되는 추후의 연구방향을 설정하였고, 구현한 알고리즘으로 이들 파라메터를 테스트하여 이들이 상동성 정렬에 미치는 절대적인 영향을 확인하고 개선하기 위한 연구방향을 설정하였다. 본 연구를 통해 구축한 기본 개발 환경하에서, 이러한 생물학 파라메터의 개선 연구와 알고리즘 개발 연구를 통해 필요한 상동성분석 시스템을 구축하고, 국내 생물학자들과의 사용 및 연구협의를 위한 유기적 시스템을 구성할 수 있을 것이다.

목차 Contents

• 제1장 서론...13
• 제2장 기본 알고리즘 분석 연구...16
• 제1절 정체상동성 검색과 국부상동성 검색...16
• 제2절 최적화 상동성검색과 근사상동성 검색...19
• 제3절 상동성 파라메터...21
• 제4절 핵상 신호배열 검색...24
• 제3장 일대일 상동성검색 알고리즘...26
• 제1절 일대일 상동성검색 알고리즘의 구현...26
• 제2절 상동성 결과이 중요도 분석...29
• 제4장 결론 및 고찰...45
• 참고문헌...47