초록 ▼

본 연구의 목표는 분자생물학 실험 기술을 이용하는 대부분의 단위 실험실에서 보편적으로 행해지는 유전자 서열의 분석과 관리를 수행하는 소프트웨어를 개발하는 것이다. 특히 본 연구는 기존의 상용 소프트웨어들의 한계로 알려져 있는 분석의 시공간적 제약 및 데이터 공유의 어려움을 해소하기 위해 웹 기반에서 작동할 수 있는 소프트웨어를 제공함으로써, 단위 바이오 실험실에서 좀 더 편리하게 유전자 데이터 산물을 분석하고 관리할 수 있도록 제공하는 것을 목표로 한다. 본 과제의 수행 결과는 아래와 같다.
1. 제한효소 분석 및 ORF 검색

본 연구의 목표는 분자생물학 실험 기술을 이용하는 대부분의 단위 실험실에서 보편적으로 행해지는 유전자 서열의 분석과 관리를 수행하는 소프트웨어를 개발하는 것이다. 특히 본 연구는 기존의 상용 소프트웨어들의 한계로 알려져 있는 분석의 시공간적 제약 및 데이터 공유의 어려움을 해소하기 위해 웹 기반에서 작동할 수 있는 소프트웨어를 제공함으로써, 단위 바이오 실험실에서 좀 더 편리하게 유전자 데이터 산물을 분석하고 관리할 수 있도록 제공하는 것을 목표로 한다. 본 과제의 수행 결과는 아래와 같다.
1. 제한효소 분석 및 ORF 검색, Primer design 등에 사용되는 기본 분석 모듈을 모두 15종 개발 완료하였다.
2. 서열의 비교 분석을 위한 프로그램으로는 BLAST 알고리즘을 채용한 BL2SeqN 및 대량의 BLAST 처리를 위한 MultiBlast를 개발 완료하였으며, EMBOSS의 공개 소스를 이용하여 Matcher, Needle, Showalign, Water 등의 서열 비교 분석 프로그램에 대해 개발을 완료하였다.
3. 단백질 분석을 위한 프로그램으로는 hydrophobicity 검색 프로그램인 Hmonent 와 isoelectric point를 찾아주는 IEP, codon usage를 검색하는 Cusp, 주어진 단백질 서열에 대한 아미노산 서열의 통계를 처리하는 PepStats를 개발 완료하였다.
4. 서열의 편집 및 관리를 위한 소프트웨어 군으로는 서열 편집기인 SeqEditor를 개발하였고, 외부 DB에서 서열을 불러올 수 있는 SeqLoader와 분석된 서열을 체계적으로 관리할 수 있는 WorkBench 프로그램을 개발 완료하였다. 특히 WorkBench 프로그램의 경우 사용자가 자신의 서열 데이터 및 효소 데이터, Primer 데이터 등을 저장하고 관리할 수 있도록 설계하여 개발 하였으며, 그룹 사용자간 공유가 가능하도록 하였다.
5. 기타 실험실에서 자주 사용되는 소프트웨어 개발을 위해 sequencing data를 merge 할 수 있는 Merger 및 MegaMerger를 개발하였고, Palindrome 모티프를 검색해주는 Palindrom과 Silent mutation 검색 프로그램인 Silent, 입력 서열에서 벡터 부분을 제거해주는 Vectorstrip, dot plot을 작성하여 graphic으로 보여주는 Dottup 등을 개발 완료하였다.

Abstract ▼

Web-based sequence analysis software has many advantages over the standard sequence analysis softwares. For example, researchers can access the sequence data without the restriction of time and space, and can easily share the analysis data for communication between group researchers. Although severa

Web-based sequence analysis software has many advantages over the standard sequence analysis softwares. For example, researchers can access the sequence data without the restriction of time and space, and can easily share the analysis data for communication between group researchers. Although several web sites, including SeqWeb by Accelrys Inc. and BioNavigator by Entigen Corp., were developed to provide sequence analysis interface, they have not been widely used by molecular biologists because of the expensive cost and difficult interface.
We tried to develop the highly integrated sequence analysis package and completed the development of a total of 35 independent analysis modules. They includes restriction analysis, ORF search, translation, multi alignment, and several protein sequence analysis softwares. Moreover, we developed a novel software module called WorkBench to provide sequence data management and sharing function to molecular biologists.To maximize the availability of the developed software package, the web version of these softwares can be freely accessed from http://www.encyclon.net. It can also be downloaded under copy left license from http://www.ngic.re.kr.

목차 Contents

• 생물정보학 연구개발 사업;유전자 서열 분석 및 관리 통합 시스템 개발...1
• 제출문...2
• 보고서초록...3
• 요약문...4
• SUMMARY...7
• CONTENTS...8
• 목차...9
• 제 1 장 연구개발과제의 개요...10
• 제 2 장 국내외 기술개발 현황...11
• 제 3 장 연구개발수행 내용 및 결과...12
• 제 4 장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도...26
• 제 5 장 연구개발결과의 활용계획...30
• 제 6 장 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보...31
• 제 7 장 참고문헌...34
• 특정연구개발사업 연구결과 활용계획서...35