초록 ▼

인간 유전체 사업(Human Genome Project: HGP) 이 후 프로테옴(Proteome) 기술의 발전과 이를 뒷받침 할 정보 인프라의 구축의 필요성이 절실히 요구되어 국제적인 컨소시움인 HUPO(Human Proteome Organization)가 결성되는 등 유전체(Genome)뿐 아니라 단백질(Protein)을 대상으로 하는 연구의 중요성이 대두되었다.
단백질의 기능과 특성은 아미노산의 종류와 배열 순서에 의해 형성되는 입체 구조에 따라 결정되고 이러한 구조 및 기능을 기반으로 단백질을 분류할 수 있다. 단백질

인간 유전체 사업(Human Genome Project: HGP) 이 후 프로테옴(Proteome) 기술의 발전과 이를 뒷받침 할 정보 인프라의 구축의 필요성이 절실히 요구되어 국제적인 컨소시움인 HUPO(Human Proteome Organization)가 결성되는 등 유전체(Genome)뿐 아니라 단백질(Protein)을 대상으로 하는 연구의 중요성이 대두되었다.
단백질의 기능과 특성은 아미노산의 종류와 배열 순서에 의해 형성되는 입체 구조에 따라 결정되고 이러한 구조 및 기능을 기반으로 단백질을 분류할 수 있다. 단백질 분류에 대한 연구는 국제적으로 활발히 진행되고 있으나 국내는 미비한 실정이며 이에 대한 연구가 필요하다.
따라서 본 연구에서는 단백질의 2차 구조를 결정하는 요소인 torsion angle을 이용하여 단백질 2차 구조 분류 데이터베이스를 구축하고 이를 이용하여 웹 기반 단백질 2차 구조 분석 시스템을 구축한다.

Abstract ▼

The main contents and scope of the study is the following:
○ Analyze the conformational angle and secondary structural features of the known struct ures. These data make use of constructi on of prot ein secondary structure classification database.
○ Propose the file format that represent prote

The main contents and scope of the study is the following:
○ Analyze the conformational angle and secondary structural features of the known struct ures. These data make use of constructi on of prot ein secondary structure classification database.
○ Propose the file format that represent protein secondary structural elements, and implement the tool which convert PDB file to protein secondary structure format.
○ Construct web based protein secondary structure analysis syst em

목차 Contents

• 표지 ...1
• 제출문 ...5
• 보고서 요약서 ...6
• 요약문 ...7
• Summary ...9
• Contents ...11
• 목차 ...13
• 표차례 ...15
• 그림차례 ...16
• 제1장 연구개발 과제의 개요 ...18
• 제2장 국내외 기술개발현황 ...21
• 제1절 단백질 구조개요 ...21
• 제2절 단백질 2차 구조 ...23
• 1. α-나선(α-helix) ...23
• 2. β-평면(β-sheet) ...23
• 제3절 단백질 데이터베이스 ...25
• 1. 단백질 구조 데이터베이스 ...25
• 가. Protein Data Bank ...25
• 2. 단백질 분류 데이터베이스 ...27
• 가. SCOP ...28
• 나. CATH ...29
• 제4절 Torsion angle ...31
• 제5절 PDB 플랫파일 (flat file) ...34
• 제3장 연구개발 수행내용 및 결과 ...39
• 제1절 단백질 2차 구조 분석 시스템 ...39
• 1. 시스템 구성 ...39
• 2. 단백질 구조 분류 데이터베이스 ...41
• 가. 데이터베이스 설계 ...41
• 나. PDB 플랫파일 다운로드 ...42
• 다. 단백질 구조 정보 추출 ...43
• 라. Cα-only 및 DNA 구조 제거 ...46
• 마. 단백질 2차 구조 구성요소 분석 ...47
• 3. Torsion angle 파일 생성 ...49
• 제2절 웹 기반 단백질 2차 구조 분석 시스템 ...51
• 1. 데이터베이스 검색 ...51
• 2. 단백질 2차 구조 구성요소 분석 ...55
• 제4장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ...57
• 제5장 연구개발결과의 활용계획 ...59
• 제6장 참고문헌 ...60