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DNA 염기서열의 색인기반 검색 기법 개발
Index-based Retrieval of DNA sequences 원문보기

보고서 정보
주관연구기관 한국과학기술정보연구원
Korea Institute of Science and Technology Information
보고서유형최종보고서
발행국가대한민국
언어 한국어
발행년월2004-11
주관부처 국무조정실
사업 관리 기관 과학기술부
Ministry of Science & Technology
등록번호 TRKO200800000668
DB 구축일자 2013-04-18
키워드 바이오인포매틱스.색인.DNA.서열 검색.Bioinformatics.Indexing.DNA.Sequence Retrieval.Homology.

초록 ▼

본 연구개발의 목적은 DNA 염기 서열의 색인기반 검색 기법의 개발로서, 대용량 데이터베이스에서 신규 DNA 염기 서열과 가장 유사한 서열을 가지는 데이터베이스내의 유전자를 보다 신속하고, 정확하게 검색하는 것이다. 이번 연구 과제에서 얻은 성과는 다음과 같다.

(1) 기존 서열 비교 시스템의 한계 극복
(2) 색인기반 DNA 염기서열검색시스템 개발과 웹 서비스 토대 마련
(3) DNA 염기서열에 대한 색인 기법 개발

DNA 염기서열의 색인기반 검색 시스템의 구축으로 상동성이 높은 유전자 서열

Abstract

목차 Contents

  • I. 서 론 ... 12
  • 1. 연구사업의 필요성 및 목적 ... 12
  • 2. 연구사업의 목표 및 내용 ... 13
  • 3. 연구방법 및 추진체계 ... 16
  • Ⅱ . DNA 염기서열의 색인 기반 검색 기법 ... 20
  • 1. 색인 기반 검색 기법 ... 20
  • (1) N-gram 색인 기법 ... 20
  • (2) 벡터 공간 모델에 기반한 검색 기법 ... 22
  • 2. 실험환경 ... 25
  • 3. 실험 및 결과 ... 26
  • (1) 테스트 컬렉션 구축 ... 26
  • (2) 테스트 질의 집합 구축 ... 30
  • (3) 검색 적합성 판정 ... 33
  • (4) 11-gram 에서의 적재 성능 측정 ... 34
  • (5) 11-gram 에서의 검색속도 측정 ... 38
  • (6) 벡터공간 모델의 최적 서열길이 정규화 공식 실험 ... 42
  • (7) N-gram 방식에 따른 서열 적재성능 비교 ... 50
  • (8) N-gram 방식에 따른 서열 검색성능 비교 ... 53
  • 4. 결론 및 고찰 ... 60
  • (1) DNA 염기서열을 위한 색인 방법 ... 60
  • (2) N-gram 기반 DNA 염기서열 검색 모델에 대한 고찰 ... 61
  • Ⅲ. 결론 및 향후 연구 방향 ... 66
  • 1. 전체 목표달성도 ... 66
  • 2. 성과의 활용가능성 및 기대되는 파급효과 ... 67
  • 참고문헌 ... 69
  • 부록 ... 70

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참고문헌 (25)

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