초록 ▼

1. 환경오염 지역으로부터 메타게놈 라이브러리 구축
낙동강 유역 오염 퇴적토양과 부산 사상공단 하천 오염물 침전토양으로부터 메타게놈을 분리하여 fosmid vector를 이용한 메타게놈 라이브러리 작성하는 것을 목표로 한다. 이때 분리한 메타게놈 DNA의 크기와 양은 agarose gel에서 정량된 standard와 비교하여 평가하고 20 kb이상의 메타게놈 DNA만을 선발하여 라이브러리 작성에 사용하고 토양에 존재하는 미생물 유전체 3,000 Mb 염기쌍을 커버할 수 있는 메타게놈 라이브러리 클론을 확보하고 사업단에 제출한다

1. 환경오염 지역으로부터 메타게놈 라이브러리 구축
낙동강 유역 오염 퇴적토양과 부산 사상공단 하천 오염물 침전토양으로부터 메타게놈을 분리하여 fosmid vector를 이용한 메타게놈 라이브러리 작성하는 것을 목표로 한다. 이때 분리한 메타게놈 DNA의 크기와 양은 agarose gel에서 정량된 standard와 비교하여 평가하고 20 kb이상의 메타게놈 DNA만을 선발하여 라이브러리 작성에 사용하고 토양에 존재하는 미생물 유전체 3,000 Mb 염기쌍을 커버할 수 있는 메타게놈 라이브러리 클론을 확보하고 사업단에 제출한다.
2. Quorum sensing 조절 활성 클론 탐색
Quorum sensing 조절활성 클론을 확보하기 위해서 본 연구에서는 indicator strain인 Chromobacterium violaceum KCTC2897, Chromobacterium violaceum CV026과 Agrobcterium tumefaciens NT1을 이용하여 autoinducer 생산 억제 또는 autoinducer 생산 촉진 클론을 탐색하거나 또는 GFP 발현을 통한 리포터 strain인 Escherichia coli JB525 균주와 메타게놈 라이브러리 클론을 혼합 배양하여 fluorescent activated cell sorter (FACS)를 이용한 형광을 검출하는 방법으로 활성 클론을 선발한다. 그리고 다른 방법으로는 식물병원 세균인 Ralstonia solanacearum이 생산하는 지질계 autoinducer인 3-OH PAME에 대한 활성 클론을 선발한다. 3-OH PAME에 대한 활성 클론은 직접적인 혼합 배양 또는 순수한 3-OH PAME을 사용하여 활성클론을 탐색한다.

Abstract ▼

1. Construction of metagenomic library from contaminated soil
Aims of this research was to isolate metagenome DNA from contaminated soil and to construct metagenomic library using a fosmid vector. Isolated metagenome DNA was estimated as more than 30 kb through comparison with calculated standard

1. Construction of metagenomic library from contaminated soil
Aims of this research was to isolate metagenome DNA from contaminated soil and to construct metagenomic library using a fosmid vector. Isolated metagenome DNA was estimated as more than 30 kb through comparison with calculated standard and subsequently used for metagenomic library construction. In this research, we aimed to construct metagenomic library clones containing 3 gigabase-scale microbial genomic DNA and the metagenomic library were submitted to Microbial Genomic & Application Center.
2. Screening of quorum sensing regulation active clones
In this research, indicator strains as Chromobacterium violaceum KCTC2897, Chromobacterium violaceum CV026 and Agrobcterium tumefaciens NT1 were used for screening of quorum sensing active clones. Also, reporter strains depending on GFP expression such as Escherichia coli JB525 was used for fluorescent activated cell sorter (FACS) method by co-culture with metagenomic library clones. Also, we selected metagenome-derived clones hydrolyzing 3-OH PAME, the autoinducer in plant pathogen Ralstonia solanacearum for biofilm formation.

목차 Contents

• 제출문 ... 1
• 보고서 요약서 ... 2
• 요약문 ... 3
• SUMMARY ... 8
• 목차 ... 14
• 제 1 장 연구개발과제의 개요 ... 15
• 제1절 연구개발의 필요성 ... 15
• 제 2 장 국내외 기술개발 현황 ... 20
• 제1절 국외 타 연구기관의 연구개발 실적 ... 21
• 제2절 국내 타 연구기관의 연구개발 실적 ... 22
• 제 3 장 연구개발수행 내용 및 결과 ... 23
• 제1절 메타게놈 라이브러리 구축 ... 24
• 제2절 Quorum sensing 조절활성 클론 확보 및 유전자의 분석 ... 26
• 제3절 Autoinducer 분해 활성 클론 분석 ... 30
• 제4절 Chloramphenicol reactivation 및 분해활성 클론 분석 ... 37
• 제5절 Wax 합성관련 메타게놈 클론 분석 ... 48
• 제 4 장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ... 56
• ◆ 목표달성도 ... 56
• ◇ 관련분야에의 기여도 ... 57
• 제 5 장 연구개발결과의 활용계획 ... 58
• 제 6 장 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 59
• 제 7 장 연구시설·장비 현황 ... 61
• 제 8 장 참고문헌 ... 62