[보고서]남극 고유생물의 저온적응 기작 규명과 활용가치 발굴

박현

보고서 정보

주관연구기관

극지연구소
Korea Polar Research Institute

연구책임자

박현

참여연구자

강승현 , 고혜연 , 김덕규 , 김보미 , 김진형 , 김한우 , 박미라 , 박선하 , 박애경 , 박하주 , 신승철 , 안도환 , 안인혜 , 이성구 , 이정은 , 이준혁 , 이창우 , 이형석 , 조성미 , 김현우 , 오태진 , 김우택 , 최종일 , 설우준 , 박하증 , 전숭종

보고서유형

최종보고서

발행국가

대한민국

언어

한국어

발행년월

2017-02

과제시작연도

2016

주관부처

미래창조과학부
Ministry of Science, ICT and Future Planning

등록번호

TRKO201700000924

과제고유번호

1525006300

사업명

극지연구소연구운영비지원

DB 구축일자

2017-09-20

키워드

저온적응.유전체.전사체.단백체.저온효소.실용화.cold adaptation.genome.transcriptome.proteome.cold-active enzyme.application.

DOI

https://doi.org/10.23000/TRKO201700000924

표 Global statistics of the N. coriiceps genome assembly.
표 Statistics for each DNA library. Ten categories of DNA libraries with various insert sizes for three platform sequencers were constructed.
표 Insert size of each paired-end libraries. The range of paired-end insert sizes was estimated by mapping the reads onto the assembled genome sequence.
표 Statistics of genome assembly and gap filling.
표 Sequencing statistics of transcriptome analysis of each organ of N. coriiceps using two sequencer platforms.
표 Assembly results of transcriptome analysis of each organ of N. coriiceps.
표 Genome annotation statics.
표 General statistics of gene in N. coriiceps.
표 Known repetitive and transposable elements in the N. coriiceps genome.
표 Number of tRNA in the N. coriiceps nuclear genome.
표 Shared orthologous gene clusters among six fishes.
표 GO terms overrepresented in dN/dS analysis.
표 Sequencing reads used in analysis of RNA-Seq under stresses.
표 The result of RNA-seq. Detail gene list are shown in Table S16 - S22.
표 Upregulated genes in blood under both cold and heat stress.
표 GO enrichment test in blood under cold stress.
표 Top blood-specific genes and their transcript percentages in whole blood transcriptomes.
표 Down-regulated genes in blood under cold stress.
표 Downregulated genes in blood under heat stress.
표 Genome-wide analysis of protein-coding genes in N. coriiceps.
표 Heat shock response in N. coriiceps.
표 RNA-Seq analysis of N. coriiceps blood, brain, and skin tissues under cold and heat stress.
표 Contig characteristics. A, The contig length distribution shows that small size contig were incorporated into other contig. B, Contig coverage.
표 Comparison of the assembled genome with 6 BACs sequences
표 Gene ontology (GO) distribution after BlastX analysis for N.
표 Cladogram representing phylogenetic relationship between selected 5,039 orthologous genes of six fishes
표 Sequence alignment of heat shock factor-1.
표 Significantly overrepresented GO terms under heat and cold stress among upregulated genes from blood.
표 Tissue-specific expression of genes related to the HSR.
표 Significantly overrepresented GO terms under heat and cold stress among downregulated genes from blood and gene expression included in heme binding (GO : 0020037).
표 Toxicity of nitric oxide and superoxide.
표 41 GO terms focused on 7 GO terms in the gene ontology hierarchy.
표 Statistics for each DNA library.
표 Sequencing and assembly results of transcriptome analysis of T. japonicus.
표 Sequencing statistics of RNA-seq analysis of T. kingsejongensis.
표 Statistics of genome assembly.
표 General statistics of genes in T. kingsejongensis.
표 Tigriopus kingsejongensis genome completeness reports with the other arthropod genomes.
표 Summary of orthologous gene clusters in the 11 representative species.
표 Image of an adult Tigriopus kingsejongensis specimen.
표 Estimation of the T. kingsejongensis genome size based on 33-mer analysis.
표 Scaffold and contig size distributions of T. kingsejongensis. The percentage of the assembly included (y-axis) in contigs or scaffolds of a minimum size (x-axis, log scale) is shown for the contig (red) and scaffold (blue).
표 Comparative genome analyses of the T. kingsejongensis genome.
표 Tigriopus kingsejongensis-specific adaptive evolution. a Global mean w distribution by GO categories of T. kingsejongensis and T. japonicus
표 발달단계별 스테로이드 호르몬 수용체의 Expression value
표 Steroid hormone인 ecdysone과 estradiol의 구조
표 Steroid hormone 과 nuclear receptor의 신호
표 Schematic diagram showing biosynthetic pathways of sesquiterpenoid hormones in arthropods
표 Tik-EcR full ORF (1,674 bp, 557 amino acids)
표 Multiple deduced amino acid alignment of Tik-EcR with other arthropoda EcRs.
표 세 개의 스테로이드 호르몬의 domain 구조 분석.
표 Phylogenetic tree of steroid hormone receptors.
표 성숙 정도와 성별에 따른 T. kingsejongensis
표 Relative copy numbers of thee steroid hormone receptors from T. kingsejongensis
표 T. kingsejongensis의 암컷의 발달단계별 3개의 스테로이드 호르몬의 발현량
표 Effects of three hormones on the transcription of three receptor genes.
표 발달단계별 세 개의 스테로이드 호르몬 수용체의 Expression value
표 Lists of the determined organellar genomes of Antarctic plants
표 Collection of Antarctic moss and genomic DNA extraction
표 The map of Chloroplast DNA of Sanionica uncinata
표 Phylogenetic tree constructed based on the sequences of protein-coding genes of bryophytes including S.uncinata
표 The map of Chloroplast DNA of Coloabanthus quitensis
표 Phylogenetic tree constructed based on the sequences of full sequences of chloroplast DNA of Caryophyllaceae species
표 The map of mitochondrial genomic DNA from Antarctic mosses
표 Phylogenetic position of Syntrichia filaris determined by Maximum Parsimony analysis based on combined analysis with amino acids sequences of 31 mitochondrial genes common in all taxa.
표 Summary of assembly and annotation of transcriptome analysis of Coloabnthus quitensis
표 List of an antifreeze protein (AFP) and a polygalacturonase inhibiting-like proteins (PGIP) homologous from C. quitensis transcriptome data.
표 Real-time qRT-PCR analysis of DaCBF7.
표 (a) Gel retardation assay of DaCBF7
표 (a) Subcellular localization of DaCBF4 and DaCBF7.
표 Classification of gene ontology of unigenes of Colobanthus quitensis
표 Classification of unigenes of Colobanthus quitnensis according to KEGG Ortholog terms of uni Colobanthus quitensis
표 Gene set enrichment analysis of differentially expressed gene groups of Colobanthus quitnensis
표 qRT-PCR analysis of differentially expressed genes Colobanthus quitnensis
표 Neighbor-Joining tree of six KOPRI culture collection strains (two Chlamydomonas sp. and four Chloromonas sp.) inferred from 18S rRNA seqeunces (1190 nt, 38 taxa).
표 Phylogenetic relationship of AFP and PGIP homologous contigs from C. quitensis transcriptome data with the other plant proteins
표 RT-PCR analysis of CqPGIP1 (contig42834) expression in leaves treated with cold stress. Gene expression of CqPGIP1 was more strongly induced under sub-zero temperature (-2-0°C) increased with days
표 Normalized expression level of all 17 ice-binding protein (IBP) transcripts according to temperature changes
표 Neighbor-Joining tree of IBP amino acid sequences including 13 newly analyzed IBPs from six KOPRI strains
표 Type 2 IBP gene screening using cDNA from six KORPI strains.
표 Highly conserved TXT motifs discovered in all of type 2 IBP proteins.
표 (a) Genomic Southern blot analysis. Total leaf genomic DNA was isolated from wild-type and T2 Ubi:DaCBF7, Ubi:DaADF transgenic rice plants.
표 (a) Comparison of cold-stress tolerance between wild-type (WT) and Ubi:DaCBF7 transgenic plants
표 (a) Comparison of Drought tolerance of WT and Ubi:DaCBF7 transgenic (lines #1 and #10) plants
표 Tolerance to high-salinity conditions of WT and transgenic plant lines #1 and #10.
표 (a) Transcriptome analysis with RNA-seq of the cold-stress response of Ubi:DaCBF7 transgenic plants
표 qRT-PCR and gel retardation analyses of five DaCBF7-induced target genes in Ubi:DaCBF7 transgenic rice plants.
표 pEarleygate203 plant transformation vector. The Gateway cassettes in each vector include attR1, a chloramphenicol resistance gene (CmR), the ccdB killer gene and attR2.
표 RT-PCR analysis of IBP1 (contig690), IBP2 (contig816) and IBP3 (contig2971) transcriptional expression in leaves treated with cold stress
표 Phenotype of transgenic plants overexpressing IBP1, 2 and 3 proteins from Chloromonas sp. KSF032.
표 Relative ion leakage contents compared to 0℃ temperature condition.
표 형질전환 벼 식물체들의 포장재배
표 RT-PCR을 통한 형질전환 벼에서 DaGolS 과다발현 확인
표 야생종과 DaGolS 형질전환 식물체의 생장비교
표 야생종과 DaCBF4 과다발현 T4 식물체의 건조 스트레스 내성 검증
표 야생종과 DaCBF4 과다발현 T4 식물체의 저온 스트레스 내성 검증
표 야생종과 DaCBF4 과다발현 식물체(T4 세대)의 저온 스트레스에 대한 생존 율 비교
표 야생종과 DaGolS 과다발현 T2 식물체의 건조 스트레스에 대한 저항성 비교
표 야생종과 DaADF 과다발현 T4 식물체의 저온 스트레스 내성 검증
표 야생종과 DaCBF4 과다발현 식물체(T4 세대)의 저온 스트레스에 대한 생존 율 비교
표 야생종(WT)과 DaCBF4 형질전환 식물체에서의 target 유전자 qRT-PCR 분 석
표 Lacinutrix 유전체의 assembly 통계
표 유전체의 유전자 통계
표 Cold shock 과 heat shock protein genes
표 Neighbour-joining phylogenetic tree [10-13]
표 4종의 Lacinutrix의 유전자 비교
표 4종의 Lacinutrix 유전체의 구조를 비교하기 위해 Genomic alignment는 NUCmer를 사용하였으며, Mummerplot를 통하여 그래프를 그렸다.
표 Lacinutrix.의 central metabolism과 respiration 경로로, 침전물에서 살고 있는 미생물에서는 없는 것은 빨간 화살표로 침전물에서 살고 있는 미생물에만 있는 것은 하 얀색 화살표로 표시되어 있다.
표 4종의 Lacinutrix type strains의 유전자 그룹을 보여주는 벤다이어 그램
표 남극어류의 moronecidin 아미노산 서열
표 미생물과 배양조건
표 남극 어류와 온대 어류의 moronecidin의 활성
표 저온미생물에 대한 항생능력 확인
표 온도에 따른 활성의 변화 확인
표 온도에 따른 활성의 변화 확인
표 염에 대한 저항성 확인
표 남극 어류의 moronecidin의 펩타이드 서열과 다른 어종의 단백질서열 비교.
표 남극 어류의 moronecidin의 펩타이드 서열과 다른 어종의 단백질 서열을 이용 하여 phylogenetic tree 분석
표 펩타이드의 구조가 amphipathic peptide임을 확인함.
표 bass에 비해서 적은 독성이 있음을 확임함.
표 Growth curves of Psychrobacter sp. PAMC 21119 at different temperatures.
표 Identification of differential abundances of proteins in Psychrobacter sp.
표 Functional classification of 60 protein spots selected for protein identification by mass spectrometry/mass spectrometry (MS/MS) analysis.
표 Proteins with significant differential abundances sorted by COG categories.
표 Venn diagram showing differentially expressed genes and proteins of Psychrobacter sp. PAMC 21119.
표 Depiction of low temperature-dependent molecular states in Psychrobacter sp. PAMC 21119
표 Amino acid composition of cold-shock protein (Csp) isoforms in Psychrobacter sp. PAMC 21119.
표 Colorimetric assay for assessing cellular metabolic activity in Psychrobacter sp. 21119.
표 Kinetic parameters and substrate specificities of the wild type and mutant Tt_ASDs. Data represent the mean (±SE) of duplicate measurements.
표 Construction of pET21a-Laccase.
표 Amino acid sequences of the small laccase gene.
표 PCR amplification of small laccase gene from P lanococcus donghaensis.
표 Alignment of the deduced amino acid sequence of PdSLAC with its homologues.
$SDS-PAGE analysis of PdSLAC. M, molecular mass marker; lane 1, soluble protein fraction from supernatant of sonication for induced cell; lane 2. insoluble protein fraction from sediment of sonication for induced cells.$ 표 SDS-PAGE analysis of PdSLAC. M, molecular mass marker; lane 1, soluble protein fraction from supernatant of sonication for induced cell; lane 2. insoluble protein fraction from sediment of sonication for induced cells.
표 purification of recombinant small laccase from Planococcus donghaensis: Lane 1 represent the protein staining bands of molecular markers and purified enzyme.
표 Effect of temperature on the activity of small recombinant laccase from P. donghaensis.
표 Effect of pH on the activity of recombinant small laccase from P. donghaensis.
표 Alignment of the deduced amino acid sequence of Tt_ASD with its homologues.
표 SDS-PAGE and gel filtration analysis of recombinant Tt_ASD.
표 UV-visible absorption spectra of recombinant Tt_ASD.
표 Effects of pH and temperature on the enzyme activity.
표 Thermostability of recombinant Tt_ASD.
표 Michaelis-Menten kinetics data for Tt_ASD.
표 3-D structure model the Aldose Sugar Dehydrogenase from Thermus thermophilus HJ6.
표 Structural comparison of three sugar dehydrogenases (Tt_ASD, Pa_ASD and Ac_sGDH).
표 The orientation of the cartoon model is rotated 90 around the horizontal axis on the panel.
표 Close-up view showing the catalytic and ligand binding site. Residues involved in PQQ and glucose binding are shown as stick models using the same color code as shown in panel
표 Cartoon representation of the superimposed wild-type PAMO (Green) and mutant Gln93Asn/Pro94Asp (Blue) structures [7].
표 Central Composite Design (CCD) for screening of important variables for protease production
표 Analysis of variance of the experimental result of the ANOVA
표 저온활성 효소,
표 세계 효소 시장 성장 추이 및 전망,
표 plate를 이용한 프로티아제 활성 측정
표 RSM 분석 결과
표 온도, pH 조건에서 아밀라아제 활성 측정 결과
표 온도, pH 조건에서 재조합된 아밀라아제 활성 측정
표 NGS 분석장비
표 (A) 정제된 재조합 FfIBP 단백질의 SDS-PAGE 분석 결과 (B) FfIBP 의 얼음 결합에 의한 독특한 얼음결정 형성 사진 (C) 재조합 FfIBP와 LeIBP 의 TH 활성 비교 데이타.
표 (A) FfIBP의 삼차구조 형태. B-face가 얼음결합. (B) FfIBP와 다른 IBP들 과 의 아미노산 서열 비교.
표 FfIBP와 LeIBP 의 얼음결합 부위 면적의 비교 (A) FfIBP의 얼음결합 형태, FfIBP의 얼음결합 면적은 620 Å2 (B) LeIBP의 얼음결합 형태, LeIBP의 얼음결합 면적 은 410 Å2
표 CpsUbiX 단백질의 구조 (A) CpsUbiX 단백질의 전자 현미경 사진 모습 (B) CpsUbiX 의 X-선 결정 구조 모습.
표 CpsUbiX 단량체 구조. (A) FMN 이 결합된 CpsUbiX 구조 (cyan color)와 FMN 이 결합되지 않은 CpsUbiX 구조 (green color) 비교를 통해 C-말단 부위의 구조 변화 모습 (B) CpsUbiX C-말단 부위의 잔기가 (아미노산 번호 195-206) FMN의 결합 및 효소 활성 부위의 재구성에 중요한 역할을 한다
표 FMN 결합에 의한 CpsUbiX의 C-말단 부위의 구조변화가 생체막 타겟팅에 영 향을 준다.
표 지방산 결합단백질의 아미노산 서열 비교와 젠투 펭귄의 지방산 결합단백질 구조 모습 (A) 여러 가지 타입의 젠투 펭귄 지방산 결합단백질 (pFABP) 과 인간 지방산 결합단백 질 (hFABP) 의 아미노산 서열 비교 (B) 기질이 결합되지 않은 pFABP4 단백질의 삼차 구조 (C) Linoleate 가 결합된 pFABP4 단백질의 구조 모습 (D) Palmitate 가 결합된 pFABP5 단백질의 구조 모습
표 Linoleate 가 결합된 pFABP4와 결합되지 않은 pFABP 간의 구조적 비교
표 pFABP4와 pFABP5의 기질 결합 특성
표 pFABP4와 pFABP5의 기질 결합 유형
표 OdoMMSDH (methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase from Oceanimonas doudoroffii) 효소의 이량체 구조 모습
표 OdoMMSDH 구조에서 효소 활성잔기인 Cys280 와 공유결합으로 연결된 (S)-thiohemiacetal intermediate (A) 와 (R)-thiohemiacetal intermediate (B) 의 모델 구 조를 통해 기질 결합 부위 예측
표 (A) 48 kDa 크기의 CYP105P2 정제 (B) 과발현 된 CYP105P2의 스펙트럼, 산화된 CYP105P2, 실선; CO-reduce CYP105P2, 점선.
표 CYP105P2의 삼차구조 모습 (A) Heme 분자와 같이 정제된 biphenyl 모양 기 질의 결합 형태 (B) CYP105P2와 유사 단백질의 아미노산 서열 비교
표 입체 모델 중첩을 통한 기질 (biphenyl compound) 이 결합된 CYP105P2와 기 질이 결합하지 않은 CYP105P1 (PDB code 3E5J)의 비교
표 CYP105P2의 기질 결합 부위.
표 CYP153D17 효소의 삼차구조 모습
표 다양한 alkane과 fatty acid에 따른 스펙트럼 곡선
표 (A) Dodencane-like 기질이 CYP153D17의 기질 결합 주머니에 있는 모습 (B) CYP153D17의 잔기들과 dodecane-like 기질과 결합하고 있는 상세한 모습
표 CYP153D17 효소 구조와 알려진 유사 단백질들인 P450pyr (PDB code, 3RWL; blue) 와 phytanic acid-bound CYP124 (PDB code, 2WM4; salmon) 구조비교
표 Colwellia psychrerythraea PAS 도메인 단백질 타깃
표 새로 선정된 타겟의 PAS domain의 분리 정제 결과
표 결정 형성인자인 MBP와 키메라를 구성한 타깃 단백질 List
표 Spo0A의 중합체 형성 모델 비교.
표 PAS 도메인의 구조.
표 결정의 탈수로 회절 현상이 향상됨.
표 Colwellia psychrerythraea UbiA의 상동성 모델.
표 Colwellia psychrerythraea UbiX의 기질 결합모델.
표 OdoMMSDH의 thiohemiacetal intermediate 상태를 컴퓨터 시뮬레이션을 통해 모델링한 구조.
표 (A) A ribbon model of DddC tetramer showing docked CoA binding.
표 Analytical size exclusion chromatography of OdoMMSDH (residues 1– 498;calculated molecular weight of 54.0 kDa for polypeptide chain) showed that OdoMMSDH exists as a dimer in solution.
표 활성화된 Spo0A와 비활성화된 Spo0A의 MD 시뮬레이션 결과를 RMSF (root mean square fluctuation)로 변환한 결과, 활성화된 단백질에서 α4-helix가 현저 히 안정화되는 것을 알 수 있다
표 증합체 모델을 단백질의 리본그림으로 비교하였다.
표 저온성 esterase (PsyEst9) 발현을 위한 저온성 샤페론 GroELS의 공발현 시스 템
표 대장균 DnaK와 PAMC27137 균주 유래의 DnaK2와의 상동성 분석 및 DnaK2 의 단백질 구조 모델링
표 최종 정제 단계인 Gel permeation chromatography의 정제 결과. (a) DnaK-1; (b) DnaK-2; (c) chromatogram during elution of the protein
표 재조합 LacDnaK-1과 LacDnaK-2의 ATPase 활성 검정
표 Co-chaperone (DnaJ, GrpE)에 의한 LacDnaK의 ATPase 활성변화. (좌) DnaJ의 농도에 따른 효과; (우) GrpE의 농도에 따른 효과
표 NTP 특이적인 활성도 측정
표 Co-chaperone에 따른 NTP 특이적 활성도의 변화
표 (A) DnaK의 농도에 따른 chaperone 활성도 변화 (B) Co-chaperone에 따른 chaperone 활성도의 효과
표 저온성 세균 Psychrobacter sp PAMC21119 균주의 분자 샤페론 GroELS의 아 미노산 서열 상동성 비교
표 재조합 대장균을 이용한 저온성 샤페론 발현에 따른 저온(10도씨)에서의 생장 속도 영향 결과.
표 저온성 chaperonin 공발현에 따른 목적 단백질 (PsyEst9 esterase)의 가용성 검증. (10°C와 30°C에서 유도발현)
표 저온성 chaperonin 공발현에 따른 재조합 단백질, PsyEst9, 의 비활성 검증 (10°C와 30°C에서 유도발현 비교)
표 최종 정제 단계 (GPC)에서 PsyGroELS와 효소 PsyEst9 복합체의 SDS-PAGE 검증
표 다양한 샤페론 공발현 시스템에 의해 발현된 효소 Lip21119의 효소학적 특성 분석.
표 Sphingomonas sp. PAMC26617 균주 유래의 SpGH5 (A) 와 SpGH9 (B)의 단 백질 구조 기반의 상동성 분석: TtGH5, Thermotoga maritima 유래의 GH5; ThGH9, Clostridium thermocellum 유래의 GH9 (cellohydrolase)
표 대장균에서 샤페론 공발현에 의해 생산된 Sphingomonas sp. PAMC26617 유래 의 저온성 glycosyl hydrolase family 5 (SpGH5)의 활성 검증: 저온성 샤페론 공발현 벡 터, pGro21119,의 동시 발현에 의해 활성형 효소 단백질의 생산 효율 증가
표 Sphingomonas sp. PAMC26617 유래저온성 glycosyl hydrolase family 5의 효 소학적 특성
표 극지 유래 저온성 cellulase 와 호열성 cellulase의 상동석 분석 및 활성 관련 주요 아미노산 잔기
표 저온성 (SpGH5)및 호열성 (TtGH5) cellulase의 단백질 삼차구조의 비교 (A), 저온성 및 호열성 단백질의 전체 구조 비교 및 활성 부위 (B), 호열성 cellulase의 기질 결합 부위와 활성 부위 (C), 열안정성에 기여하는 단백질 구조 부위 예측
표 대장균에서 발현 생산된 저온성 cellulase의 야생형 및 돌연변이형 단백질의 SDS-PAGE 분석
표 야생형과 돌연변이형의 다양한 기질 및 온도에 대한 활성 변화
표 Summary of pyrosequencing results and statistical analysis of microbial communities during microcosm experiments (AK1-75 soil)
표 Summary of pyrosequencing results and statistical analysis of microbial communities during microcosm experiments (KS2-1 soil)
표 Summary of pyrosequencing results and statistical analysis of microbial communities during microcosm experiments (KS1-3 soil)
표 Selected microbial genera with abundance level for over 2% among total reads
표 Selected microbial genera with abundance level for over 3% among total reads (KS2-1)
표 Selected microbial genera with abundance level for over 3% among total reads (KS1-3)
표 Isolated microorganism from the Alaska and Antarctic soil samples
표 Expression analysis of the degradative genes for lignin and lignin-derived compounds on Pseudomonas sp. PAMC 26793 transcriptome
표 Temporal variation of soil temperature at a depth of approximately 20 cm. The site for temperature measurement was 75 m away from the sampling site (AK1-75) for tundra soil.
표 Temporal variation of soil temperature at a depth of approximately 5 cm. The sites for temperature measurement were three spots around the sampling site (KS1-3).
표 Time-course changes in humic substances content (humic acids and fulvic acids) determined by direct weighting during microcosm experiments at 0℃: Two frozen soil samples (SPF and PF) were homogenized and incubated at 0℃ for 108 days.
표 Time-course changes in humic substances content (humic acids and fulvic acids) determined by direct weighting during microcosm experiments at 5℃ or 8℃:
표 Time-course changes in humic substances content (humic acids and fulvic acids) determined by direct weighting during microcosm experiments at 5℃.
표 Gel permeation chromatography for humic acids and fulvic acids, extracted during AK1-75 soil microcosm experiments
표 Gel permeation chromatography for humic acids and fulvic acids, extracted during KS2-1 soil microcosm experiments
표 Shifts analysis of taxonomic composition during microcosm experiments.
표 UniFrac distance-based Jackknife clustering of bacterial (A) and archaeal (B) communities associated with different incubation time from different sampling depths
표 Microbial community analysis of Antarctic (KS2-1 and KS1-3) and Korean (SNU) soil samples.
표 Shifts analysis of taxonomic composition during microcosm experiments.
표 Shifts analysis of taxonomic composition during microcosm experiments.
표 Shifts analysis of taxonomic composition during microcosm experiments.
표 UniFrac distance-based Jackknife clustering of bacterial (A), archaeal (B), and fungal (C) communities associated with different incubation time from different soil samples.
표 Shifts analysis of taxonomic composition during bacteria culture experiments.
표 Temperature effects on humic acids utilization by Alaskan and Antarctic isolates
표 Multiple sequence alignment of bacterial LMCO genes.
표 Growth comparison of Pseudomonas sp. PAMC 26793 and its mutants on humic acids and fulvic acids at 15℃
표 Growth comparison of Pseudomonas sp. PAMC 26793 on humic acids and fulvic acids at 15℃
표 eggNOG functional classification of genes differentially expressed from HA-induced PAMC 26793 cells
표 Catabolic pathways for degradation of lignin-derived small molecular compounds.
표 Quantitative reverse transcriptase PCR analysis of PAMC 26793 cells.
표 Zymogram analysis of laccase activity in laccase from Trametes versicolor (lane 1) and Pseudomonas sp. PAMC 26793 (lane 2).
표 Humification of mono-aromatic compounds by fungal laccase.
표 Pyrolysis-GC/MS analysis for humic acids (NHA) and fulvic acids (NFA)
표 Proposed humic substances-degradative pathway
표 Effect of humic acids (NHA) and fulvic acids (NFA) on root growth of Arabidopsis.
표 Effect of humic acids (NHA) and fulvic acids (NFA) on Stereocaulon alpinum.
표 Effect of humic acids (NHA) and fulvic acids (NFA) on Aluacomnium turgidum M3.
표 연구수행 내용의 1차 년도 추진전략
표 연구수행 내용의 2차 년도 추진전략
표 연구수행 내용의 3차 년도 추진전략
표 각 토양 샘플별 배지 도말 개수
표 극지토양에서의 isolation된 곰팡이들의 identification
표 4개의 antifungal agent에 대한 각각의 MIC 농도결과.
표 TER와 ITZ의 synergy 작용을 보기 위한 24 well plate 모식도
표 2개의 antifungal synergy test에 대한 MIC 결과.
표 PAMC 27299 genome features
표 Pedobacter sp. PAMC 27299 genome CAZy database BLAST 결과
표 25종의 Pedobacter genome의 CAZy family 분포
표 흡광도를 이용한 KS1-2의 metagenomic DNA 질적 및 양적 측정
표 남극 KS 1-2 토양의 metagenome sequencing 결과
표 남극 KS 1-2 토양과 제주도 metagenome의 CAZy 분석 결과
표 식물 바이오매스 분해에 공통적으로 발견되는 module 5개의 정리와 그 예시
표 KS 1-2의 metagenome order별 식물 바이오매스 분해 module의 유전자 개수
표 남극 (KS 1-2)과 제주 비자나무 쇄설물 (wood detritus) metagenome
표 제주 비자나무 쇄설물 (wood detritus) metagenome 분석 결과 및 CAZymes
표 제주 비자나무 쇄설물 (wood detritus) metagenome order별 식물바이오매스 분해 module의유전자 개수
표 GC-MS로부터 얻은 Day-0,3,7의 13[C]O2 / 12[C]O2 (%) 값들.
표 공동연구 소유의 raman microspectroscopy (좌)와 세포내 미생물 특성을 포함한 raman spectrum 예시(우).
표 Raman microspectroscopy로 관측되는 single cell(좌)와 광학 핀셋을 이 용한 미생물 분리 모식도(우).
표 Long-read assembled contig들 중 키틴질 분해 관련 유전자 분포 모식 도.
표 환경 유전체 군집분석과 유전체분석 pipeline.
표 4개의 배지 조건에 spreading을 마친 결과.
표 1220개의 spreading 배지에서 각각의 대표적 콜로니 형태별 streaking한 결과 (좌), 그 중 4개의 대표 fungi로 보이는 것들의 YPD에서의 incubation 결과(우).
표 5% chelex를 이용한 28S rRNAgene 지역 PCR gel 결과
표 부식질 분해능을 갖는 세균들의 Multicopper oxidase 확인.
표 PAMC 27299 균주 계통분석
표 PAMC 27299 genome features
표 Pedobacter sp. PAMC 27299 genome의 RAST를 이용한 functional profile 분석
표 26종 Pedobacter strain의 CAYz ORFs 분포 분석결과
표 남극 KS 1-2토양 sampling site
표 KS 1-2토양의 metagenomic DNA를 추출한 MOBIO Powersoil® DNA isolation kit protocol
표 전기영동 결과. lane 1- 100bp DNA ladder, lane 2- sample 1 DNA, lane 3-sample2 DNA
표 Ion torrent PGM을 이용한 V4 region 16S rRNA sequencing을 통한 KS 1-2 토양의 original community 분포
표 남극 토양 KS 1-2의 RDP classifier에 의한 미생물 군집분포 결과
표 남극 KS 1-2토양의 metagenome taxonomy origin (phylum level)
표 남극 KS 1-2토양의 metagenome taxonomy origin (order level)
표 남극 KS 1-2 metagenome KEGG 분석결과
표 남극 KS 1-2 metagenome COG 분석결과
표 M1, M3, M4에 해당하는 GH5 (Chitosanase, beta-mannosidase, cellulase) 이 발견된 Streptomycetales의 contig 내 gene 분포도
표 M2에 해당하는 GH43이 발견된 Pseudonocardiales contig 내 gene 분포도
표 M3에 해당하는 GH16이 발견된 Geodermatophilales contig 내 gene 분포도
표 M4에 해당하는 GH5 (Chitosanase, beta-mannosidase, cellulase) 이 발견된 Streptosporangiales contig 내 gene 분포도
표 남극 토양 metagenome의 9개 order의 GH, AA 효소에 의한 lignocellulose 분 해 경로 제시
표 M4 (degradation of glycan compounds)에 해당하는 GH31이 발견된 Burkholderiales의 contig내 gene 분포도
표 M1 (lignocellulose degradation)에 해당하는 GH9와 PF13472가 발견된 Xanthomonadales contig내 gene 분포도
표 M2 (xylan binding and xyloglucan degradation)에 해당하는 GH16이 발견된 Solirubrobacterales contig내 gene 분포도
표 M3 (pectin degradation)에 해당하는 PF13229가 발견된 Solirubrobacterales contig내 gene 분포도
표 M5 (structural components of the cellulosome-based degradation)에 해당하 는 PF07238이 발견된 Xanthomonadales contig내 gene 분포도
표 남극 Terra Nova Bay 장보고기지와 Gondwana 기지 근처 토양샘플링 위치와 항생제내성 유전자의 abundance

과제명(ProjectTitle) :	-
연구책임자(Manager) :	-
과제기간(DetailSeriesProject) :	-
총연구비 (DetailSeriesProject) :	-
키워드(keyword) :	-
과제수행기간(LeadAgency) :	-
연구목표(Goal) :	-
연구내용(Abstract) :	-
기대효과(Effect) :	-

내보내기 구분	파일저장 인쇄 메일전송
구성항목	기본정보 상세정보 관리번호, 제목(한글), 저자명(한글), 발행일자, 전자원문, 초록(한글), 초록(영문) 관리번호, 제목(한글), 제목(영문), 저자명(한글), 저자명(영문), 주관연구기관(한글), 주관연구기관(영문), 발행일자, 총페이지수, 주관부처명, 과제시작일, 보고서번호, 과제종료일, 주제분류, 키워드(한글), 전자원문, 키워드(영문), 입수제어번호, 초록(한글), 초록(영문), 목차
저장형식	Text(ASCII format) Excel format
메일정보	받는사람 (필수) @ 보내는사람 (선택) @ 제목 내용 KISTI 검색결과 이메일 서비스
안내	총 건의 자료가 검색되었습니다. 다운받으실 자료의 인덱스를 입력하세요. (1-10,000) 검색결과의 순서대로 최대 10,000건 까지 다운로드가 가능합니다. 데이타가 많을 경우 속도가 느려질 수 있습니다.(최대 2~3분 소요) 다운로드 파일은 UTF-8 형태로 저장됩니다. 파일의 내용이 제대로 보이지 않을실 때는 웹브라우저 상단의 보기 -> 인코딩 -> 자동선택 여부를 확인하십시오. ~ Text(ASCII format) Excel format

연합인증

남극 고유생물의 저온적응 기작 규명과 활용가치 발굴
Antarctic organisms: Cold-adaptation mechanism and it's application 원문보기

초록 ▼

목차 Contents

표/그림 (300)

표/그림 (300)

연구자의 다른 보고서 :

참고문헌 (25)

연구과제 타임라인

관련 콘텐츠

원문 보기

이 보고서와 함께 이용한 콘텐츠

연관된 기능

AI-Helper ※ AI-Helper는 오픈소스 모델을 사용합니다.

선택된 텍스트

연합인증

남극 고유생물의 저온적응 기작 규명과 활용가치 발굴 Antarctic organisms: Cold-adaptation mechanism and it's application 원문보기

초록 ▼

목차 Contents

표/그림 (300) 모든 표/그림 보기

표/그림 (300) 슬라이드로 보기

연구자의 다른 보고서 :

박현 (1) 김덕규 (7) 김한우 (3) 박미라 (3) 박하주 (4) 오태진 (1) 전숭종 (2)

참고문헌 (25)

연구과제 타임라인

전체(0) 논문(0) 특허(0) 보고서(0)

전체(0) 논문(0) 특허(0) 보고서(0)

관련 콘텐츠

원문 보기

이 보고서와 함께 이용한 콘텐츠

연관된 기능

AI-Helper ※ AI-Helper는 오픈소스 모델을 사용합니다.

선택된 텍스트

남극 고유생물의 저온적응 기작 규명과 활용가치 발굴
Antarctic organisms: Cold-adaptation mechanism and it's application 원문보기

표/그림 (300)

표/그림 (300)