초록 ▼

○ 전복 표준유전체 지도 완성
- 스케폴드 80,032 (N50=202kb), total 1.88 Gb, N=14.7% 물리지도 완성(>90%)(Ver.0.1)
- 총 1,341개 마커를 이용한 1,010 cM의 18개의 연관 그룹과 연관 지도 초안 완성
- 스케폴드 및 연관지도 정보를 융합하여 18개 염색체 Pseudo-molecule 완성
- 전체 게놈의 4.2%에 해당하는 29,449개 유전자 확인
- BUSCO 분석에 의한 single copy orthologs 탐색: 87.7% 존재

○ 전복 표준유전체 지도 완성
- 스케폴드 80,032 (N50=202kb), total 1.88 Gb, N=14.7% 물리지도 완성(>90%)(Ver.0.1)
- 총 1,341개 마커를 이용한 1,010 cM의 18개의 연관 그룹과 연관 지도 초안 완성
- 스케폴드 및 연관지도 정보를 융합하여 18개 염색체 Pseudo-molecule 완성
- 전체 게놈의 4.2%에 해당하는 29,449개 유전자 확인
- BUSCO 분석에 의한 single copy orthologs 탐색: 87.7% 존재

○ 전복 유전체 데이터베이스 구축 및 게놈브라우저 개발
- 유전체 서열, 단백질 서열, 유전자 구조, 전사체 정보 등의 열람 및 다운로드 기능
- 유전체 내 유전자 정보 및 genetic element 정보의 시각화한 게놈브라우저 개발
- http://nifs.go.kr/abalone HDH/

○ 전복류 분류 유전자 마커 개발 및 전복 집단 분석
- 칼모듈린 유전자 SNP 정보 기반 전복류 분류용 probe 개발
- 미토콘드리아 전체 게놈 기반 전복류 분류용 primer kit 개발
- I3PPT 유전자 SNP정보(3 sites)를 이용한 전복 원산지 판별 마커 후보 개발

○ 전사체 분석을 통한 유용단백질 생산 유전자 특성 규명
- 주요 조직별, 초기발생단계별, 조건별(고수온·병원체인위감염) 전사체 확보 및 분석
- 전사체 차등발현 분석을 통한 유용단백질 생산 유전자 확보 및 분자 특성 규명
(ex) 항산화관련 유전자, 면역관련 유전자, 패각형성관련 단백질 생산 유전자

○ 비교유전체 분석을 통한 진화 특성 분석
- Ortholog gene 분석과 Gene family cluster 분석을 통해 전복 특이적으로 진화·확장된 유전자군 발굴: 패각형성관련 유전자군, 패각호흡공 형성 관련 유전자군, 섬모형성 및 운동관련 유전자군, 비타민A 대사관련 유전자군, 타우린 대사 관련 유전자군 등

(출처:보고서 요약 p.3)

Abstract ▼

Ⅳ. Results

1. Construction of an abalone reference genome map
- Physical Map: 80,022 scaffolds with N50=202 kb, total genome size 1.88 Gb with N=14.7%
- Genetic linkage Map: 18 linkage groups with a total of 1,341 MS and SNP markers
- 18 Pseudo-molecule chromosomes combined with scaf

Ⅳ. Results

1. Construction of an abalone reference genome map
- Physical Map: 80,022 scaffolds with N50=202 kb, total genome size 1.88 Gb with N=14.7%
- Genetic linkage Map: 18 linkage groups with a total of 1,341 MS and SNP markers
- 18 Pseudo-molecule chromosomes combined with scaffolds and linkage groups
- Prediction of 29,449 genes in total
- Quality check of gene annotation with BUSCO analysis: confirmation of 87.7% single copy orthologs

2. Construction of genome database and genome browser
- Searching and downloading the genome sequence, protein sequence, gene structure and transcript information
- Visualization of gene information and genetic element information though genome J-browser

3. Development of genetic markers for the classification of abalone species
- TaqMan probe derived from a SNP site of Calmodulin gene
- Primer kit based on IN/DEL sites of mitochondrial genome sequence of each abalone species

4. Identification and characterization of useful protein genes
- Collection of various transcript information such as each organs, early development stages, high-temperature condition and pathogen-infected condition
- Collection of useful gene with profiling analysis of mass transcripts: Anti-oxidant protein genes, immune-related genes and shell-formation related genes

5. Characterization of genome evolution through a comparative genome analysis
- Investigation of gene family extension with othologous gene set analysis and gene family group construction: 4,181 gene expansion and 7,211 gene reduction in abalone genome

(출처:SUMMARY p.7)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제출문 ... 2
• 보고서 요약 ... 3
• 요약문 ... 4
• SUMMARY ... 6
• 목차 ... 8
• Contents ... 9
• 그림목차 ... 10
• Figure Lists ... 11
• 표목차 ... 12
• Table Lists ... 13
• 제 1 장 연구개발과제의 개요 ... 14
• 제 2 장 국내외 기술개발 현황 ... 15
• 제 3 장 연구개발수행 내용 및 결과 ... 16
• 1. 유전체 해독 소재 발굴 및 연관지도 작성 ... 16
• 가. 표준유전체 핵심집단 확보 및 특성 분석 ... 16
• 나. 연관지도 작성용 유전자 마커 개발 및 특성 분석 ... 18
• 다. 유전자 연관지도 작성 ... 26
• 라. 전사체 대량 분석 ... 28
• 마. 전사체 발현 프로파일 분석 ... 30
• 바. 전복류 구별용 유전자 마커 개발 ... 39
• 사. 유용단백질 유전자 특성 규명 ... 41
• 2. 대용량 염기서열 분석 및 드노보 어셈블리 ... 51
• 가. NGS용 게놈 라이브러리 제작 ... 51
• 나. 대용량 염기서열 분석 ... 52
• 다. 대용량 염기서열 조립(Gap-filling 및 scaffold 구축) ... 53
• 라. 유전체 서열 및 구조 분석 ... 56
• 마. 유전자 주석 달기 ... 59
• 바. 유전체 정보 분석용 게놈 브라우저 구축 ... 62
• 사. 비교유전체 분석을 통한 진화유전학적 분석 ... 63
• 제 4 장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ... 68
• 제 5 장 연구개발결과의 활용계획 ... 68
• 제 6 장 참고문헌 ... 69
• 끝페이지 ... 70