초록
▼

■ 유전체 연구 - 초대용량 유전체 정보 분석을 위한 기반 기술 개발- 다중소스 유전체 정보의 결합 분석 및 네트워크 추론 기술 개발
■ 텍스트 마이닝 연구- 초대용량 바이오메디컬 학술논문의 객체 검색엔진 및 컨텍스트 파악 기술...

■ 유전체 연구 - 초대용량 유전체 정보 분석을 위한 기반 기술 개발- 다중소스 유전체 정보의 결합 분석 및 네트워크 추론 기술 개발
■ 텍스트 마이닝 연구- 초대용량 바이오메디컬 학술논문의 객체 검색엔진 및 컨텍스트 파악 기술 개발
■ 유전체 분석 기술과 초대용량 바이오메디컬 데이터 분석 기술로 구축된 생명정보 네트워크를 통합하여 context-aware 분석 시스템(MMIA, CAFFGENE, TRAP)개발
■ 추후 포항공대(유환조교수팀)와의 협력으로 시스템 확충 예정
■ 통합 생명정보 네트워크을 기반으로 새로운 지식 발굴 및 초대용량 정보 관리 기법 개발 예정
■ 최종적으로 맞춤의학 시대의 고(高)실용성·활용성 연구지원 시스템 구축 및 서비스 제공, 시스템의 관리 및 관련 SW도구의 소스코드 제공을 목표로 함
■ 연구지원 시스템을 웹 플랫폼 형태로 제공하여 공동 연구 기반 조성 및 실험-임상 중개 연구로 활용

(출처 : 보고서 요약서 3p)

Abstract
▼

Ⅳ. Research results
■ 1^st year – Development of a large scale next generation sequencing data analysis platform
F...

Ⅳ. Research results
■ 1^st year – Development of a large scale next generation sequencing data analysis platform
From the NGS data, we investigated and identified genetic and epigenetic biolocial entities, such as genes, mutation, miRNA, lncRNA and transcription factors. Using available tools and improved in-house algorithms, we constructed pipelines for performing short read mapping of RNA-seq, DNA methylation and ChIP-seq data. Especially, for the RNA-seq data, we developed advanced technology for identifying SNP, structural variation, copy number variation, alternative splicing and gene fusion.
Through the structure analysis we identified biomedical objects from the text and implemented a search engine that allows to browse such indexed objects. For indexing the objects, we used the type TF-IDF, date, source, confidence level and co-occuring biomedical objects of the literature as features.

■ 2^nd year – Development of an biomedical object based network and an integrated analysis platform for genetic and epigenetic data analysis
Based on the pipelines developed in the 1^st year, we implemented a system to measure DNA methylation, gene expression and correlation between miRNAs and their target genes. Also, we integrated sequence information from ChIP-seq and DNA methylation data into the system. Identificatin of piRNA clusters and piRNA transcripts, DEG selection algorithm and time series data analysis tools were also developed and made publicly available on the web.

■ 3^rd year – Development of biomedical context and large scale genomic sequence analysis methods
We analyzed SNP, transcription factor, DNA methylation and gene expression from multiple biological sources to measure correlation between genes and their target entities and construct an object relational network. The object relational network results acquired from 1^st and 2^nd year progresses were integrated in the current genomic analysis software to provide a context-aware analysis system. Afterwards, we will collaborate with Pohang University to integrate and improve the three context-aware systems.
To advance the current context-aware systems, the object relational network from the 2^nd year was included in the object relation database. Also mutation information from tmVar will be added as objects to aid in understanding the association between mutation and biomedical objects. For the functional annotation of mutations we investigated on context-based functional genomic annotation. Also, to search for relationships between two medical objects (e.g., disease-phenotype, disease-drugs) we developed a scoring scheme on words and co-occuring words in the search result.

(출처 : SUMMARY 8p)

목차
Contents
▼

• 표지 ... 1
• 제 출 문 ... 2
• 보고서 요약서 ... 3
• 요 약 문 ... 4
• SUMMARY ... 7
• CONTENTS ... 10
• 목차 ... 11
• 제1장 연구 개발과제의 개요 ... 12
• 제 1절 연구개발의 목적 ... 12
• 제 2절 연구개발의 필요성 및 범위 ... 12
• 제2장 국내외 기술개발 현황 ... 19
• 제 1절 국내외 관련 분야에 대한 기술개발 현황 ... 19
• 제 2절 연구결과가 국내외 기술개발현황에서 차지하는 위치 ... 20
• 제3장 연구개발수행 내용 및 결과 ... 22
• 제 1절 (1차년도) 초대용량 유전체 정보 분석을 위한 차세대 분석 기반 시스템 개발 ... 22
• 제 2절 (2차년도) 바이오메디컬 객체 네트워크 구축 및 유전체-후성 유전체 정보 결합 분석 기술개발 ... 29
• 제 3절 (3차년도) 바이오메디컬 컨텍스트 분석 및 대용량 유전체 서열 분석 기술 개발 ... 36
• 제 4장. 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ... 49
• 제 1절 (1차년도) 초대용량 유전체 정보 분석을 위한 차세대 분석 기반 시스템 개발 ... 49
• 제 2절 (2차년도) 바이오메디컬 객체 네트워크 구축 및 유전체-후성 유전체 정보 결합 분석 기술개발 ... 49
• 제 3절 (3차년도) 바이오메디컬 컨텍스트 분석 및 대용량 유전체 서열 분석 기술 개발 ... 51
• 제 4절 관련분야에의 기여도 ... 52
• 제5장 연구개발결과의 활용계획 ... 54
• 제 1절 추가연구의 필요성 ... 54
• 제 2절 다른 연구에의 응용 ... 55
• 제 3절 기업화 추진방안 ... 55
• 제6장 연구 개발과정에서 수집한 해외 과학기술정보 ... 56
• 제7장 참고문헌 ... 61
• 끝페이지 ... 65

표 / 그림 (15) 모든 표/그림 보기 슬라이드로 보기

참고문헌

• 전체(0)
• 논문(0)
• 특허(0)
• 보고서(0)