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2008년 법인세법이 개정되어 연결납세제도가 도입되었으며 2010년 1월 1일이 속하는 사업연도분부터 적용되도록 되어 있다. 본고에서 연구자는 현행의 연결납세제도를 중립성의 관점에서 그 적용의 인적 범위, 손익통산 그리고 내부거래의 인식에 대해 분석하였다. 분석상 연결납세의 주요 계기를 주식의 포괄적 교환에 의한 완전지배로 설정하고 그것과 경제적 실질이 동일한 흡수합병을 상정한 후 각각에 대한 과세상 취급에 차이가 없어야 된다는 접근방법을 적용하였다. 연구의 결과 다음과 같은 제도 개선방안을 제시하고자 한다.
첫째, 연결납세의 인적 범위와 관련해서는 정부가 2009년 말 법인세법을 개정하여 합병대가 중 주식으로 교부해야 하는 비율을 95%에서 80%로 완화한 바 있으므로 연결납세의 범위도 완전지배로 한정할 것이 아니라 80% 수준까지 확대하는 것이 타당하다.
둘째, 내재손익과 관련해서는 완전자법인의 내재손실 손금산입 제한규정을 적용함에 있어서 대상 자산의 범위를 사업용 유형고정자산에 한정하지 않고 모든 자산으로 해석하여야 한다. 그리고 피합병법인의 자산이 장부가액으로 이전되는 경우 내재이익은 통산이 허용되지 않는 것으로 보아야 조세회피 방지의 본래의 목적을 다할 수 있을 것이다. 다만, 이에 관한 명문의 규정이 없으므로 관련 입법을 통해 이러한 원칙을 분명히 할 필요가 있을 것이다. 아울러 연결모법인이 보유하던 자산의 내재손익을 완전자법인의 소득과의 상계를 제한하는 입법을 할 필요가 있다.
셋째, 내부거래의 인식과 관련하여 연결재무제표의 작성을 하는 법인은 모든 내부거래에 따른 손익의 인식을 이연하도록 할 필요가 있다. 그리고 2009년 말 완전자법인의 결손금의 5년 상계제한규정은 내재손실에 관한 규정으로 개정됨으로써 부당행위계산 부인규정의 존재의의는 없게 되었으므로 해당 부분은 삭제되어야 한다. 아울러 소득과세상 인식하지 않는 거래를 부가가치세 과세상 인식하도록 할 경우 연결납세를 통해 중립성을 제고하고자 하는 연결납세제도 본연의 목적을 저해할 뿐 아니라 간편성의 가치에도 어긋날 것이므로 부가가치세 과세상으로도 기업그룹제도를 도입할 필요가 있다.
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