이 연구는 우리나라 남부지방에 발생하고 있는 보리 마일드모자익바이러스에 대한 기초 연구로서 발생 지역으로부터 바이러스를 순수분리하고 즙액접종에 의한 기주반응, 항혈청제조, 유전자구조등을 분석한 결과는 아래와 같다. 보리호위축바이러스 병징으로부터 barley mild mosaic virus(BaMMV-Kor)을 분리하여 전자현미경으로 관찰한 결과 폭 13nm 길이 250-300nm와 500-650nm의 사상형바이러스가 관찰 되었고, 면역전자현미경으로 관찰한 결과 BaMMV 항혈청에만 항체특이적인 반응이 관찰되었다. 순화한 바이러스로 토끼에 근육주사하여 생성된 항혈청의 역가는 680배로 높았으며, 한천겔 확산법에 의한 반응은 분리주 BaMMV-Kor은 BaMMV-Na1과는 반응분지가 형성되지 않았으나 BaMMV-Kal, BaMMV-M에서는 반응분지가 형성되었다. ELISA용 γ globulin은 1,600배, 효소 conjugate는 3,200배까지 희석하여도 반응이 일어났다. 분리된 BaMMV-Kor에 의한 즙액접종 결과는 New Golden, Ishukushirazu, Joshushirohadaka 및 Misato Golden에 감염되었고, Shiromugi 6와 Tosangawa 73에는 감염되지 않았다. 우리나라 맥류장려품종에 대한 기주반응은 겉보리에서는 대체적으로 양성반응을 보였으나 밀양겉보리, 새알보리, 알찬보리, 영남보리, 찰보리가 음성반응으로 나타났다. 특히 대진보리, 부농, 올보리에서는 심한 괴사현상을 볼 수 있었다. 쌀보리에서는 찰쌀보리와 흰찰쌀보리가 음성으로 나타났고, 나머지 품종에서는 양성반응을 보였다. 맥주맥에서는 모두가 양성반응을 보였다. 순화한 BaMMV-Kor로부터 RNA를 추출하여 ...
이 연구는 우리나라 남부지방에 발생하고 있는 보리 마일드모자익바이러스에 대한 기초 연구로서 발생 지역으로부터 바이러스를 순수분리하고 즙액접종에 의한 기주반응, 항혈청제조, 유전자구조등을 분석한 결과는 아래와 같다. 보리호위축바이러스 병징으로부터 barley mild mosaic virus(BaMMV-Kor)을 분리하여 전자현미경으로 관찰한 결과 폭 13nm 길이 250-300nm와 500-650nm의 사상형바이러스가 관찰 되었고, 면역전자현미경으로 관찰한 결과 BaMMV 항혈청에만 항체특이적인 반응이 관찰되었다. 순화한 바이러스로 토끼에 근육주사하여 생성된 항혈청의 역가는 680배로 높았으며, 한천겔 확산법에 의한 반응은 분리주 BaMMV-Kor은 BaMMV-Na1과는 반응분지가 형성되지 않았으나 BaMMV-Kal, BaMMV-M에서는 반응분지가 형성되었다. ELISA용 γ globulin은 1,600배, 효소 conjugate는 3,200배까지 희석하여도 반응이 일어났다. 분리된 BaMMV-Kor에 의한 즙액접종 결과는 New Golden, Ishukushirazu, Joshushirohadaka 및 Misato Golden에 감염되었고, Shiromugi 6와 Tosangawa 73에는 감염되지 않았다. 우리나라 맥류장려품종에 대한 기주반응은 겉보리에서는 대체적으로 양성반응을 보였으나 밀양겉보리, 새알보리, 알찬보리, 영남보리, 찰보리가 음성반응으로 나타났다. 특히 대진보리, 부농, 올보리에서는 심한 괴사현상을 볼 수 있었다. 쌀보리에서는 찰쌀보리와 흰찰쌀보리가 음성으로 나타났고, 나머지 품종에서는 양성반응을 보였다. 맥주맥에서는 모두가 양성반응을 보였다. 순화한 BaMMV-Kor로부터 RNA를 추출하여 전기영동을 하여본 결과 RNA 1과 RNA 2로 분리되었으며 분자량은 각각 7.5Kb 및 3.5Kb였고, 외피 단백질을 전기영동하여 본 결과 1개의 주 벤드와 몇개의 miner bend가 확인되었고 분자량은 33KDa였다. 추출한 RNA를 주형으로 oligo-dT primer를 이용하여 cDNA를 합성 2Kb 이상의 clone을 14개 얻었다. 이중 가장 큰 clone pKorKS 105(2.5Kb) 및 pKorKS 68(2.7Kb)을 선별하여 subclone을 만들고 sequencing하였다. 선별된 clone으로 northern-hybridization을 시켜 보았더니 clone pKorKS 105는 RNA 1과 pKorKS 68은 RNA 2와 반응하였다. pKorKS 105 clone은 3'말단 poly(A)를 제외한 2,500bp, pKorKS 68은 2,700bp의 염기 배열을 결정하였다. RNA 2의 5'말단 부위의 염기배열 결정은 특이하게 제작된 S50, S51 primer 및 5'-AmpliFINDER kit를 이용해 PCR증폭 및 clone하였다. 결과 0.82Kb의 clone을 다량 얻었고 이중 5개 clone을 가지고 염기를 결정 RNA 2의 전체염기 3,520bp를 해석하였다. Clone pKorKS 105의 염기 배열을 결정한 후 DNASIS 프로그램을 이용한 컴퓨터 분석 결과 1개의 ORF을 보여주었다. 3'말단의 UAG stop codon은 2,159bp 위치에 존재하였으며, ORF 부분 polypeptide는 720아미노산으로 이루어졌다. ORF중에 외피 단백질과 NIb 단백질의 cleavage site인 Q/S가 469아미노산 부분에 존재하였다. 외피 단백질은 251개의 아미노산으로 이루어졌고, NIb 단백질은 469개 아미노산부분까지 해석되었다. NIb 단백질의 469개 아미노산중 2개의 다른 BaMMV계통에서 볼 수 있는 바이러스 genome RNA의 RNA-dependent RNA polymerase 부분으로 생각되는 SGXXXTXXXNT 및 GDD가 각각 272-282 및 315-317 아미노산 위치에 존재하였다. Bymoviruses 및 rod-shaped viruses의 외피 단백질에서 볼 수 있는 2개의 conserved block인 NGTS 및 AFDF가 BaMMV-Kor 외피 단백질인 584-587 위치와 2번째 block의 첫 번째 아미노산 A가 V로 바뀌어 658-661 위치에 존재하였다. BaMMV-Kor RNA 1의 3'말단 비번역 영역은 모두 342개의 염기였으며, putative polyadenylation signal인 UAUGU가 2,415-2,419 염기위치에 존재하였다. BaMMV-Kor의 RNA 2는 3'말단 poly(A)를 제외하고 3,520 염기로 구성되었다. 5'말단 방향으로 2,822 염기부터 긴 ORF 구조를 보여주었다. ORF의 연속된 세개의 AUG 코돈은 142-150 부위에 존재하였으며, UAA의 stop coden은 2,823-2,825 염기 사이에 있었다. RNA 2의 ORF구조는 2,682 염기였으며, 894개 putative polyprotein으로 구성되었고 분자량은 98KDa였다. 아미노산 motif domain GFCY는 117-120 위치에 있었으며, putative cleavage G/A는 228-229 위치에 존재하였다. BaMMV-Kor의 RNA 2 polyprotein은 N말단 25KDa 단백질과 C말단 73KDa 단백질로 구성되어 있었다. 비번역 부분 5' 말단은 141개 염기, 3' 말단은 697개 염기로 이루어졌다. 3'말단 부위에 polyadenylation 시그날인 UAUGU가 3501-3,505염기 부위에 존재하였다. BaMMV-Kor의 외피단백질 유사성은 BaMMV-Na1과 97.2%, BaMMV-Ka1과 92%, BaMMV-G와 93.2%, BaMMV-UK와 92.8%였다. 외피단백질 251개 아미노산 배열의 비교에서는 BaMMV-Kor계통과 BaMMV-Na1은 6개부위, BaMMV-Ka1과는 19개 부위, BaMMV-G와는 18개 부위, BaMMV-UK와는 21개부위에서 차이가 있었다. 부분 NIb 단백질 상동성은 BaMMV-Na1과는 98.3%, BaMMV-Ka1은 97.4%였다. 3'말단 비번역영역 상동성은 BaMMV- Na1과 96.5%, BaMMV-Ka1과 92.1%, BaMMV-G와 91.8%, BaMMV-UK와 92.9%였다. BaMMV-Kor의 RNA 2 전체 유전자 3,520염기를 다른 BaMMV 계통과 비교해 보면 BaMMV-Na1 92.4%, BaMMV-UK-F 85.1%, BaMMV- ASL1 83.7%, BaMMV-UK-M 72.2% 및 BaMMV-M 72.6%였다. BaMMV-Kor RNA 2의 P1 단백질 유사성은 BaMMV-Na1 94.0%, BaMMV-UK-M 85.0%, BaMMV-ASL1 85.0%, BaMMV-M 85.3%과 BaMMV-UK-F 55.2%였다. BaMMV-Kor RNA 2의 P2 단백질 유사성은 BaMMV-Na1 91.7%, BaMMV-UK-F 85.1%, BaMMV-M 85.1%, BaMMV-UK-M 84.9%과 BaMMV-ASL1 83.7%였다. BaMMV-Kor RNA 2의 5'말단 유사성은 BaMMV-Na1 92.1%, BaMMV-UK-F 74.4%, BaMMV-UK-M 71.2%, BaMMV-ASL1 75.2%과 BaMMV-M 72.0%로 비교적 낮았다. BaMMV-Kor RNA 2의 3'말단 유사성은 BaMMV-Na1 96.8%, BaMMV-M 94.4%, BaMMV-UK-F 93.7%, BaMMV-UK-M 93.8%과 BaMMV-ASL1 93.8%였다. BaMMV-Kor RNA 2의 P2 단백질부분은 다른 계통에 비하여 deletion이 되지 않았음을 확인되었다.
이 연구는 우리나라 남부지방에 발생하고 있는 보리 마일드모자익바이러스에 대한 기초 연구로서 발생 지역으로부터 바이러스를 순수분리하고 즙액접종에 의한 기주반응, 항혈청제조, 유전자구조등을 분석한 결과는 아래와 같다. 보리호위축바이러스 병징으로부터 barley mild mosaic virus(BaMMV-Kor)을 분리하여 전자현미경으로 관찰한 결과 폭 13nm 길이 250-300nm와 500-650nm의 사상형바이러스가 관찰 되었고, 면역전자현미경으로 관찰한 결과 BaMMV 항혈청에만 항체특이적인 반응이 관찰되었다. 순화한 바이러스로 토끼에 근육주사하여 생성된 항혈청의 역가는 680배로 높았으며, 한천겔 확산법에 의한 반응은 분리주 BaMMV-Kor은 BaMMV-Na1과는 반응분지가 형성되지 않았으나 BaMMV-Kal, BaMMV-M에서는 반응분지가 형성되었다. ELISA용 γ globulin은 1,600배, 효소 conjugate는 3,200배까지 희석하여도 반응이 일어났다. 분리된 BaMMV-Kor에 의한 즙액접종 결과는 New Golden, Ishukushirazu, Joshushirohadaka 및 Misato Golden에 감염되었고, Shiromugi 6와 Tosangawa 73에는 감염되지 않았다. 우리나라 맥류장려품종에 대한 기주반응은 겉보리에서는 대체적으로 양성반응을 보였으나 밀양겉보리, 새알보리, 알찬보리, 영남보리, 찰보리가 음성반응으로 나타났다. 특히 대진보리, 부농, 올보리에서는 심한 괴사현상을 볼 수 있었다. 쌀보리에서는 찰쌀보리와 흰찰쌀보리가 음성으로 나타났고, 나머지 품종에서는 양성반응을 보였다. 맥주맥에서는 모두가 양성반응을 보였다. 순화한 BaMMV-Kor로부터 RNA를 추출하여 전기영동을 하여본 결과 RNA 1과 RNA 2로 분리되었으며 분자량은 각각 7.5Kb 및 3.5Kb였고, 외피 단백질을 전기영동하여 본 결과 1개의 주 벤드와 몇개의 miner bend가 확인되었고 분자량은 33KDa였다. 추출한 RNA를 주형으로 oligo-dT primer를 이용하여 cDNA를 합성 2Kb 이상의 clone을 14개 얻었다. 이중 가장 큰 clone pKorKS 105(2.5Kb) 및 pKorKS 68(2.7Kb)을 선별하여 subclone을 만들고 sequencing하였다. 선별된 clone으로 northern-hybridization을 시켜 보았더니 clone pKorKS 105는 RNA 1과 pKorKS 68은 RNA 2와 반응하였다. pKorKS 105 clone은 3'말단 poly(A)를 제외한 2,500bp, pKorKS 68은 2,700bp의 염기 배열을 결정하였다. RNA 2의 5'말단 부위의 염기배열 결정은 특이하게 제작된 S50, S51 primer 및 5'-AmpliFINDER kit를 이용해 PCR증폭 및 clone하였다. 결과 0.82Kb의 clone을 다량 얻었고 이중 5개 clone을 가지고 염기를 결정 RNA 2의 전체염기 3,520bp를 해석하였다. Clone pKorKS 105의 염기 배열을 결정한 후 DNASIS 프로그램을 이용한 컴퓨터 분석 결과 1개의 ORF을 보여주었다. 3'말단의 UAG stop codon은 2,159bp 위치에 존재하였으며, ORF 부분 polypeptide는 720아미노산으로 이루어졌다. ORF중에 외피 단백질과 NIb 단백질의 cleavage site인 Q/S가 469아미노산 부분에 존재하였다. 외피 단백질은 251개의 아미노산으로 이루어졌고, NIb 단백질은 469개 아미노산부분까지 해석되었다. NIb 단백질의 469개 아미노산중 2개의 다른 BaMMV계통에서 볼 수 있는 바이러스 genome RNA의 RNA-dependent RNA polymerase 부분으로 생각되는 SGXXXTXXXNT 및 GDD가 각각 272-282 및 315-317 아미노산 위치에 존재하였다. Bymoviruses 및 rod-shaped viruses의 외피 단백질에서 볼 수 있는 2개의 conserved block인 NGTS 및 AFDF가 BaMMV-Kor 외피 단백질인 584-587 위치와 2번째 block의 첫 번째 아미노산 A가 V로 바뀌어 658-661 위치에 존재하였다. BaMMV-Kor RNA 1의 3'말단 비번역 영역은 모두 342개의 염기였으며, putative polyadenylation signal인 UAUGU가 2,415-2,419 염기위치에 존재하였다. BaMMV-Kor의 RNA 2는 3'말단 poly(A)를 제외하고 3,520 염기로 구성되었다. 5'말단 방향으로 2,822 염기부터 긴 ORF 구조를 보여주었다. ORF의 연속된 세개의 AUG 코돈은 142-150 부위에 존재하였으며, UAA의 stop coden은 2,823-2,825 염기 사이에 있었다. RNA 2의 ORF구조는 2,682 염기였으며, 894개 putative polyprotein으로 구성되었고 분자량은 98KDa였다. 아미노산 motif domain GFCY는 117-120 위치에 있었으며, putative cleavage G/A는 228-229 위치에 존재하였다. BaMMV-Kor의 RNA 2 polyprotein은 N말단 25KDa 단백질과 C말단 73KDa 단백질로 구성되어 있었다. 비번역 부분 5' 말단은 141개 염기, 3' 말단은 697개 염기로 이루어졌다. 3'말단 부위에 polyadenylation 시그날인 UAUGU가 3501-3,505염기 부위에 존재하였다. BaMMV-Kor의 외피단백질 유사성은 BaMMV-Na1과 97.2%, BaMMV-Ka1과 92%, BaMMV-G와 93.2%, BaMMV-UK와 92.8%였다. 외피단백질 251개 아미노산 배열의 비교에서는 BaMMV-Kor계통과 BaMMV-Na1은 6개부위, BaMMV-Ka1과는 19개 부위, BaMMV-G와는 18개 부위, BaMMV-UK와는 21개부위에서 차이가 있었다. 부분 NIb 단백질 상동성은 BaMMV-Na1과는 98.3%, BaMMV-Ka1은 97.4%였다. 3'말단 비번역영역 상동성은 BaMMV- Na1과 96.5%, BaMMV-Ka1과 92.1%, BaMMV-G와 91.8%, BaMMV-UK와 92.9%였다. BaMMV-Kor의 RNA 2 전체 유전자 3,520염기를 다른 BaMMV 계통과 비교해 보면 BaMMV-Na1 92.4%, BaMMV-UK-F 85.1%, BaMMV- ASL1 83.7%, BaMMV-UK-M 72.2% 및 BaMMV-M 72.6%였다. BaMMV-Kor RNA 2의 P1 단백질 유사성은 BaMMV-Na1 94.0%, BaMMV-UK-M 85.0%, BaMMV-ASL1 85.0%, BaMMV-M 85.3%과 BaMMV-UK-F 55.2%였다. BaMMV-Kor RNA 2의 P2 단백질 유사성은 BaMMV-Na1 91.7%, BaMMV-UK-F 85.1%, BaMMV-M 85.1%, BaMMV-UK-M 84.9%과 BaMMV-ASL1 83.7%였다. BaMMV-Kor RNA 2의 5'말단 유사성은 BaMMV-Na1 92.1%, BaMMV-UK-F 74.4%, BaMMV-UK-M 71.2%, BaMMV-ASL1 75.2%과 BaMMV-M 72.0%로 비교적 낮았다. BaMMV-Kor RNA 2의 3'말단 유사성은 BaMMV-Na1 96.8%, BaMMV-M 94.4%, BaMMV-UK-F 93.7%, BaMMV-UK-M 93.8%과 BaMMV-ASL1 93.8%였다. BaMMV-Kor RNA 2의 P2 단백질부분은 다른 계통에 비하여 deletion이 되지 않았음을 확인되었다.
In this study, the barley mild mosaic virus (BaMMV-Kor) isolated from the southern part of Korea was characterized by mechanical inoculation onto barley cultivars, purification, production of antibody, and sequence analysis. Particles of BaMMV-Kor purified from the infected barley plants were filame...
In this study, the barley mild mosaic virus (BaMMV-Kor) isolated from the southern part of Korea was characterized by mechanical inoculation onto barley cultivars, purification, production of antibody, and sequence analysis. Particles of BaMMV-Kor purified from the infected barley plants were filamentous with a diameter of 13nm, and two model lengths of 250-300nm and 500-650nm. Antibody was produced in a rabbit by injecting the purified virus particles. The titer of the antibody was 1/680 in ring tests. In immuno-electromicroscopy, the purified virus particles reacted specifically with the antibody. In gel-diffusion tests with this antibody, BaMMV-Kor made no spur with a Japanese strain, BaMMV-Na1, but it formed spur with another Japanese strain BaMMV-Ka1 and a German strain BaMMV-M. However, BaMMV-Kor was distinguished from three other strains by ELISA. After mechnical inoculation with B aMMV-Kor, infected barley plants showed mosaic and yellowing symptoms. Among Japanese barley cultivars which had been used to discriminate BaMMV strains, BaMMV-Kor infected New Golden, Ishukushirazu (Ym3), Joshushirohadaka and Misato Golden (Ym), but it did not infect Shiromugi 6 or Tosangawa 73. Among barley cultivars recommended by Korean authority, it infected most of naked barley cultivars, but it did not infected Milyangketbori, Saealbori, Alchanbori, Yeongnambori and Chalbori. It infected all naked barley cultivars except Chalssalbori and Hinssalbori, and all malting barley cultivars tested. In agarose gel electrophoresis, RNA from the purified particles of BaMMV-Kor were separated into two bands of 7.5Kb (RNA 1) and 3.5Kb (RNA 2). In SDS-PAGE, the capsid protein from the BaMMV-Kor particles gave a major band of 33KDa. From the RNA extracted from the purified BaMMV-Kor particles strain, cDNA was synthesized by oligo dT-priming, and 14 clones greater than 2.0Kb were obtained. Among them, two large clones pKorKS 105 (2.5Kb) and pKorKS 68 (2.7Kb) were selected for sequence analysis. Northern hybridization showed that a pKorKS 105 reacted to RNA 1 and pKorKS 68 to RNA 2. Subclones were made from them and sequenced. Clone pKorKS 105 gave the sequence of 2,500 nucleotides excluding the 3'-terminal poly(A) and clone pKorKS 68 did 2,700 nucleotides excluding the 3'-terminal poly(A). The 5'-terminal portion of RNA 2 was cloned by the RACE method and sequenced. The sequence of 3'-terminal region of RNA 1, determined by pKorKS 105, contained an open reading frame (ORF), with a UAG stop codon at position 2,159, encoding a polypeptide of 720 amino acids. A possible cleavage site (Q/S) between the capsid and NIb proteins was found at amino acid position 469. The partial NIb protein consisted of 469 amino acids. It contained the two conserved stretches SGXXXTXXXNT and GDD, which are thought to form the core of RNA-dependent RNA polymerase, at positions 273-282 and 315-317. The capsid protein was comprised of 251 amino acids. The two conserved blocks NGTS and AFDF, which had been found in the capsid proteins of bymoviruses and other rod-shaped viruses, were also found in the capsid protein of BaMMV-Kor at positions 584-587 and 658-661 with a replacement of A by V in the second block. The 3'non-coding region(NCR) of BaMMV-Kor RNA 1 consisted of 342 nucleotides and contained the putative polyadenylation signal of UAUGU at position 2415-2419. The RNA 2 of BaMMV-Kor consisted of 3,520 nucleotides excluding the 3'-terminal poly(A) and contained a large ORF starting with triplicated AUG codons at positions 142-150 and a UAA stop codon at position 2,823-2,825. This ORF encodes a putative polyprotein of 894 amino acids (98KDa). The amino acid motif domain GFCY was located at 117-120 and a putative cleavage GA site located at 228-229. The polyprotein of BaMMV-Kor RNA 2 was thought to consist of a N-terminal protein (Pl: 25KDa) and a C-terminal protein (P2: 73KDa). The 5' NCR consisted of 141 nucleotides. The 3' NCR comprised 697 nucleotides, and contained a putative polyadenylation signal UAUGU at position 3,501-3,505. The capsid protein of BaMMV-Kor had 97.2% homology to BaMMV-Na1, 92% to BaMMV-Ka1, 93.2% to BaMMV-G, 92.8% to BaMMV-UK. The partial NIb protein of BaMMV-Kor showed slightly higher sequence identity with BaMMV-Nal (98.3%) than with BaMMV-Kal (97.4%). The 3' NCR of BaMMV-Kor also showed higher nucleotide sequence identity with BaMMV-Na1 (96.5%) than with BaMMV-Ka1 (92.1%), BaMMV-G (91.8%). or BaMMV-UK (92.9%). The whole 3,520 nucleotides of BaMMV-Kor RNA 2 had 92.4% homology to BaMMV-Na1, 85.1% to BaMMV-UK-F, 72.2% to BaMMV-UK-M, 83.7% to BaMMV-ASL1 and 72.6% to BaMMV-M. The P1 protein of BaMMV-Kor had 94.0% homology to BaMMV-Na1, 55.2% to BaMMV-UK-F, 85.0% to BaMMV-UK-M, 85.0% to BaMMV-ASL1 and 85.3% to BaMMV-M. The P2 protein of BaMMV-Kor had 91.7% homology to BaMMV-Na1, 85.1% to BaMMV-UK-F, 84.9% to BaMMV-UK-M, 83.7% to BaMMV-ASL1 and 85.1% to BaMMV-M. The 5' NCR of BaMMV-Kor RNA 2 had 92.1% homology to BaMMV-Na1, 74.4% to BaMMV-UK-F, 71.2% to BaMMV-UK-M, 75.2% to BaMMV-ASL1 and 72.1% to BaMMV-M. Thus this region shows a relatively low homology. The 3' NCR of BaMMV-Kor RNA 2 had 96.8% homology to BaMMV-Na1, 93.7% to BaMMV-UK-F, 93.8% to BaMMV-UK-M, 93.8% to BaMMV-ASL1 and 94.4% to BaMMV-M. The results suggest that BaMMV-Kor is most closely related to BaMMV-Na1. Although other mechnically- transmitted BaMMV isolates had deletions in their P2 proteins, no such deletion was found in that of BaMMV-Kor.
In this study, the barley mild mosaic virus (BaMMV-Kor) isolated from the southern part of Korea was characterized by mechanical inoculation onto barley cultivars, purification, production of antibody, and sequence analysis. Particles of BaMMV-Kor purified from the infected barley plants were filamentous with a diameter of 13nm, and two model lengths of 250-300nm and 500-650nm. Antibody was produced in a rabbit by injecting the purified virus particles. The titer of the antibody was 1/680 in ring tests. In immuno-electromicroscopy, the purified virus particles reacted specifically with the antibody. In gel-diffusion tests with this antibody, BaMMV-Kor made no spur with a Japanese strain, BaMMV-Na1, but it formed spur with another Japanese strain BaMMV-Ka1 and a German strain BaMMV-M. However, BaMMV-Kor was distinguished from three other strains by ELISA. After mechnical inoculation with B aMMV-Kor, infected barley plants showed mosaic and yellowing symptoms. Among Japanese barley cultivars which had been used to discriminate BaMMV strains, BaMMV-Kor infected New Golden, Ishukushirazu (Ym3), Joshushirohadaka and Misato Golden (Ym), but it did not infect Shiromugi 6 or Tosangawa 73. Among barley cultivars recommended by Korean authority, it infected most of naked barley cultivars, but it did not infected Milyangketbori, Saealbori, Alchanbori, Yeongnambori and Chalbori. It infected all naked barley cultivars except Chalssalbori and Hinssalbori, and all malting barley cultivars tested. In agarose gel electrophoresis, RNA from the purified particles of BaMMV-Kor were separated into two bands of 7.5Kb (RNA 1) and 3.5Kb (RNA 2). In SDS-PAGE, the capsid protein from the BaMMV-Kor particles gave a major band of 33KDa. From the RNA extracted from the purified BaMMV-Kor particles strain, cDNA was synthesized by oligo dT-priming, and 14 clones greater than 2.0Kb were obtained. Among them, two large clones pKorKS 105 (2.5Kb) and pKorKS 68 (2.7Kb) were selected for sequence analysis. Northern hybridization showed that a pKorKS 105 reacted to RNA 1 and pKorKS 68 to RNA 2. Subclones were made from them and sequenced. Clone pKorKS 105 gave the sequence of 2,500 nucleotides excluding the 3'-terminal poly(A) and clone pKorKS 68 did 2,700 nucleotides excluding the 3'-terminal poly(A). The 5'-terminal portion of RNA 2 was cloned by the RACE method and sequenced. The sequence of 3'-terminal region of RNA 1, determined by pKorKS 105, contained an open reading frame (ORF), with a UAG stop codon at position 2,159, encoding a polypeptide of 720 amino acids. A possible cleavage site (Q/S) between the capsid and NIb proteins was found at amino acid position 469. The partial NIb protein consisted of 469 amino acids. It contained the two conserved stretches SGXXXTXXXNT and GDD, which are thought to form the core of RNA-dependent RNA polymerase, at positions 273-282 and 315-317. The capsid protein was comprised of 251 amino acids. The two conserved blocks NGTS and AFDF, which had been found in the capsid proteins of bymoviruses and other rod-shaped viruses, were also found in the capsid protein of BaMMV-Kor at positions 584-587 and 658-661 with a replacement of A by V in the second block. The 3'non-coding region(NCR) of BaMMV-Kor RNA 1 consisted of 342 nucleotides and contained the putative polyadenylation signal of UAUGU at position 2415-2419. The RNA 2 of BaMMV-Kor consisted of 3,520 nucleotides excluding the 3'-terminal poly(A) and contained a large ORF starting with triplicated AUG codons at positions 142-150 and a UAA stop codon at position 2,823-2,825. This ORF encodes a putative polyprotein of 894 amino acids (98KDa). The amino acid motif domain GFCY was located at 117-120 and a putative cleavage GA site located at 228-229. The polyprotein of BaMMV-Kor RNA 2 was thought to consist of a N-terminal protein (Pl: 25KDa) and a C-terminal protein (P2: 73KDa). The 5' NCR consisted of 141 nucleotides. The 3' NCR comprised 697 nucleotides, and contained a putative polyadenylation signal UAUGU at position 3,501-3,505. The capsid protein of BaMMV-Kor had 97.2% homology to BaMMV-Na1, 92% to BaMMV-Ka1, 93.2% to BaMMV-G, 92.8% to BaMMV-UK. The partial NIb protein of BaMMV-Kor showed slightly higher sequence identity with BaMMV-Nal (98.3%) than with BaMMV-Kal (97.4%). The 3' NCR of BaMMV-Kor also showed higher nucleotide sequence identity with BaMMV-Na1 (96.5%) than with BaMMV-Ka1 (92.1%), BaMMV-G (91.8%). or BaMMV-UK (92.9%). The whole 3,520 nucleotides of BaMMV-Kor RNA 2 had 92.4% homology to BaMMV-Na1, 85.1% to BaMMV-UK-F, 72.2% to BaMMV-UK-M, 83.7% to BaMMV-ASL1 and 72.6% to BaMMV-M. The P1 protein of BaMMV-Kor had 94.0% homology to BaMMV-Na1, 55.2% to BaMMV-UK-F, 85.0% to BaMMV-UK-M, 85.0% to BaMMV-ASL1 and 85.3% to BaMMV-M. The P2 protein of BaMMV-Kor had 91.7% homology to BaMMV-Na1, 85.1% to BaMMV-UK-F, 84.9% to BaMMV-UK-M, 83.7% to BaMMV-ASL1 and 85.1% to BaMMV-M. The 5' NCR of BaMMV-Kor RNA 2 had 92.1% homology to BaMMV-Na1, 74.4% to BaMMV-UK-F, 71.2% to BaMMV-UK-M, 75.2% to BaMMV-ASL1 and 72.1% to BaMMV-M. Thus this region shows a relatively low homology. The 3' NCR of BaMMV-Kor RNA 2 had 96.8% homology to BaMMV-Na1, 93.7% to BaMMV-UK-F, 93.8% to BaMMV-UK-M, 93.8% to BaMMV-ASL1 and 94.4% to BaMMV-M. The results suggest that BaMMV-Kor is most closely related to BaMMV-Na1. Although other mechnically- transmitted BaMMV isolates had deletions in their P2 proteins, no such deletion was found in that of BaMMV-Kor.
AI-Helper
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.