지렁이 중장의 전사체 및 특이 유전자 분석에 관한 연구 Transcriptiptome analysis and identification of differentially expressed genes in the midgut of the earthworm, Eisenia andrei원문보기
Expressed sequence tag (EST) 분석을 지렁이 Eisenia andrei의 중장으로부터 추출된 mRNA를 사용하여 제작된 complementary DNA (cDNA)를 사용하여 수행하였다. 총 1,248개의 클론에 대해 BLAST search를 실시한 결과, 538개(43.1%)의 클론은 기존에 알려진 단백질과 유사성을 보인 반면 563개(45.1%)의 클론은 기존에 알려진 유전자와 유사성이 없는 것으로 나타났다. 나머지 147개(11.8%)의 클론은 짧은 ...
Expressed sequence tag (EST) 분석을 지렁이 Eisenia andrei의 중장으로부터 추출된 mRNA를 사용하여 제작된 complementary DNA (cDNA)를 사용하여 수행하였다. 총 1,248개의 클론에 대해 BLAST search를 실시한 결과, 538개(43.1%)의 클론은 기존에 알려진 단백질과 유사성을 보인 반면 563개(45.1%)의 클론은 기존에 알려진 유전자와 유사성이 없는 것으로 나타났다. 나머지 147개(11.8%)의 클론은 짧은 염기서열, 리보좀 및 미토콘드리아 염기서열로 분석대상에서 제외하였다. 기존에 알려진 유전자와 유사성을 보인 538개의 클론들 중에서 156개(29%)의 유전자는 singleton으로 분석되었으며, 382개(71%)의 유전자는 두 개 또는 그 이상의 빈도로 나타났다. 기능이 알려진 유전자들을 생물학적 기능에 따라 6개 그룹으로 분류하였다. 유전자 및 단백질 발현에 관련된 유전자가 35.3%로 가장 많은 빈도수를 보였으며, 대사와 관련된 유전자가 30.5%, 세포/유기체의 방어기작 및 항상성과 관련된 유전자가 23.0%, 세포의 구조 및 이동에 관련된 유전자가 5.4%, 세포의 신호전달과 관련된 유전자가 3.5%, 세포 분열과 관련된 유전자가 0.4%의 빈도수를 나타내었다. 가장 풍부하게 발현된 유전자는 fibrinolytic enzyme으로서 전체의 3.0%를 보였으며, 이는 중장에서 중요한 기능을 수행하고 있음을 시사한다. GenBank에 등록된 유전자 및 단백질과 유사성이 없는 것으로 나타난 유전자들은 중장 내에 새로운 기능을 가진 유전자가 많이 포함되어 있음을 시사한다. 지렁이의 중장에서 발현되는 유전자들의 동정은 유기물질의 분해 및 흡수, 선천성 면역계를 이해하는 데 중요한 단서가 된다. 중장-특이적으로 발현되는 유전자들을 동정하기 위하여 suppression subtractive hybridization (SSH) 방법을 사용하였다. 이 방법을 사용하여 12개의 유전자를 동정하였으며, 5`과 3` RACE를 이용하여 전체 염기서열을 결정하였다. 12개 유전자의 기본적인 특성은 기존에 발표된 유사성을 갖는 유전자와의 정렬을 통하여 분석하였다. SSH20021, SSH20047, SSH20031, SSH20162, SSH20036, SSH20012의 전체염기서열은 fibrinolytic enzyme으로, SSH20026은 serine proteinase로 예상되었다. SSH20023 유전자는 지렁이의 lipopolysacchride binding protein과 89%의 유사성을 가지고 있으며, SSH20090 유전자는 peptidoglycanrecognition protein과 유사성을 보였다. SSH20027 유전자는 박테리아에서만 순수분리된 PHB depolymerase와 많은 유사성을 보였으며, SSH20054 및 SSH20061 유전자는 carboxypeptidase A2와 carboxypeptidase B와 유사성을 보였다.
Expressed sequence tag (EST) 분석을 지렁이 Eisenia andrei의 중장으로부터 추출된 mRNA를 사용하여 제작된 complementary DNA (cDNA)를 사용하여 수행하였다. 총 1,248개의 클론에 대해 BLAST search를 실시한 결과, 538개(43.1%)의 클론은 기존에 알려진 단백질과 유사성을 보인 반면 563개(45.1%)의 클론은 기존에 알려진 유전자와 유사성이 없는 것으로 나타났다. 나머지 147개(11.8%)의 클론은 짧은 염기서열, 리보좀 및 미토콘드리아 염기서열로 분석대상에서 제외하였다. 기존에 알려진 유전자와 유사성을 보인 538개의 클론들 중에서 156개(29%)의 유전자는 singleton으로 분석되었으며, 382개(71%)의 유전자는 두 개 또는 그 이상의 빈도로 나타났다. 기능이 알려진 유전자들을 생물학적 기능에 따라 6개 그룹으로 분류하였다. 유전자 및 단백질 발현에 관련된 유전자가 35.3%로 가장 많은 빈도수를 보였으며, 대사와 관련된 유전자가 30.5%, 세포/유기체의 방어기작 및 항상성과 관련된 유전자가 23.0%, 세포의 구조 및 이동에 관련된 유전자가 5.4%, 세포의 신호전달과 관련된 유전자가 3.5%, 세포 분열과 관련된 유전자가 0.4%의 빈도수를 나타내었다. 가장 풍부하게 발현된 유전자는 fibrinolytic enzyme으로서 전체의 3.0%를 보였으며, 이는 중장에서 중요한 기능을 수행하고 있음을 시사한다. GenBank에 등록된 유전자 및 단백질과 유사성이 없는 것으로 나타난 유전자들은 중장 내에 새로운 기능을 가진 유전자가 많이 포함되어 있음을 시사한다. 지렁이의 중장에서 발현되는 유전자들의 동정은 유기물질의 분해 및 흡수, 선천성 면역계를 이해하는 데 중요한 단서가 된다. 중장-특이적으로 발현되는 유전자들을 동정하기 위하여 suppression subtractive hybridization (SSH) 방법을 사용하였다. 이 방법을 사용하여 12개의 유전자를 동정하였으며, 5`과 3` RACE를 이용하여 전체 염기서열을 결정하였다. 12개 유전자의 기본적인 특성은 기존에 발표된 유사성을 갖는 유전자와의 정렬을 통하여 분석하였다. SSH20021, SSH20047, SSH20031, SSH20162, SSH20036, SSH20012의 전체염기서열은 fibrinolytic enzyme으로, SSH20026은 serine proteinase로 예상되었다. SSH20023 유전자는 지렁이의 lipopolysacchride binding protein과 89%의 유사성을 가지고 있으며, SSH20090 유전자는 peptidoglycan recognition protein과 유사성을 보였다. SSH20027 유전자는 박테리아에서만 순수분리된 PHB depolymerase와 많은 유사성을 보였으며, SSH20054 및 SSH20061 유전자는 carboxypeptidase A2와 carboxypeptidase B와 유사성을 보였다.
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