Production of infectious transcripts and complete nucleotide sequence analysis of genomic RNAs of Alfalfa mosaic virus : AMV의 감염성 AMV전사체의 제작과 게놈RNA 염기서열분석원문보기
하주희
(서울여자대학교 대학원
Department of Horticultural Science
국내박사)
고추를 감염시키는 AMV의 두 가지 한국 분리주가 각각 팥과 감자에서 분리되었고, 이들의 병원성과 게놈RNA의 염기서열에 관한 연구를 수행하였다. 두 AMV 분리주에 의한 병징은 고추, 담배 및 팥에서 구분되었다. 두 가지 분리주의 전체길이 게놈 RNA1, RNA2, RNA3에 상응하는 cDNA가 RT-PCR방법으로 증폭되었는데, 이 때, AMV 게놈 RNA에 특이적이고 T7프로모터 염기서열을 포함하는 ...
고추를 감염시키는 AMV의 두 가지 한국 분리주가 각각 팥과 감자에서 분리되었고, 이들의 병원성과 게놈RNA의 염기서열에 관한 연구를 수행하였다. 두 AMV 분리주에 의한 병징은 고추, 담배 및 팥에서 구분되었다. 두 가지 분리주의 전체길이 게놈 RNA1, RNA2, RNA3에 상응하는 cDNA가 RT-PCR방법으로 증폭되었는데, 이 때, AMV 게놈 RNA에 특이적이고 T7프로모터 염기서열을 포함하는 프라이머를 제작 사용하였다. RT-PCR로 증폭된 cDNA들을 각각 플라즈미드 DNA에 삽입하였고, 전체길이를 포함하는 cDNA 클론들을 선발하였다. RNA전사체들은 각 클론들로부터 기내에서 T7RNA 중합효소를 이용하여 합성되었고, 각 RNA전사체의 병원성여부는 각각의 RNA전사체로 이루어진 9개의 재조합체 세트를 담배 식물체에 접종하여 검정하였다. AMV 게놈 RNA에 대한 모든 조합체 세트는 Nicotiana benthamiana에 접종하였을 때 정상적으로 AMV의 외피 단백질을 합성하여 각각의 RNA전사체들이 병원성이 있음을 확인하였는데, 전사체 조합에 의해 유도된 병징은 AMV바이러스에 의해 유도된 병징과 일치하였다. 이 후에 감염성이 확인된 cDNA클론들의 전체 염기서열이 완전히 밝혀졌다. 그 결과, 팥 분리주(AMV-AZ)의 RNA1은 총 3,644개의 염기로 되어 있었고, 1,127개의 아미노산으로 구성된 P1단백질을 코드하는 큰 ORF를 갖고 있었으며, RNA2는 총 2,953개의 염기로 되어 있었고, 791개의 아미노산으로 구성된 P2단백질을 코드하는 ORF를 갖고 있었다. RNA3는 총 2,037개의 염기로 되어 있었고, 두 개의 ORF를 갖고 있었는데, 이들은 각각 301개의 아미노산으로 구성된 P3(이동 단백질)과 222개의 아미노산으로 구성된 외피단백질을 코드하였다. 감자 분리주(AMV-Kr)의 게놈 RNA의 구조와 염기의 길이는 팥 분리주의 그것과 동일하였다. 두 가지 한국 분리주의 외피단백질과 이동단백질의 뉴클레오타이드와 아미노산 수준에서의 동일성을 알아본 결과, 알려진 AMV의 23개의 분리주 중에서 비교해 보았을 때, 다른 21개의 분리주와 92.2%에서 99.2%수준의 동일성을 나타내는 것으로 밝혀졌다. 이 보고는 AMV의 한국분리주의 게놈 염기정보에 관한 첫번째 보고이다.
고추를 감염시키는 AMV의 두 가지 한국 분리주가 각각 팥과 감자에서 분리되었고, 이들의 병원성과 게놈RNA의 염기서열에 관한 연구를 수행하였다. 두 AMV 분리주에 의한 병징은 고추, 담배 및 팥에서 구분되었다. 두 가지 분리주의 전체길이 게놈 RNA1, RNA2, RNA3에 상응하는 cDNA가 RT-PCR방법으로 증폭되었는데, 이 때, AMV 게놈 RNA에 특이적이고 T7프로모터 염기서열을 포함하는 프라이머를 제작 사용하였다. RT-PCR로 증폭된 cDNA들을 각각 플라즈미드 DNA에 삽입하였고, 전체길이를 포함하는 cDNA 클론들을 선발하였다. RNA전사체들은 각 클론들로부터 기내에서 T7RNA 중합효소를 이용하여 합성되었고, 각 RNA전사체의 병원성여부는 각각의 RNA전사체로 이루어진 9개의 재조합체 세트를 담배 식물체에 접종하여 검정하였다. AMV 게놈 RNA에 대한 모든 조합체 세트는 Nicotiana benthamiana에 접종하였을 때 정상적으로 AMV의 외피 단백질을 합성하여 각각의 RNA전사체들이 병원성이 있음을 확인하였는데, 전사체 조합에 의해 유도된 병징은 AMV바이러스에 의해 유도된 병징과 일치하였다. 이 후에 감염성이 확인된 cDNA클론들의 전체 염기서열이 완전히 밝혀졌다. 그 결과, 팥 분리주(AMV-AZ)의 RNA1은 총 3,644개의 염기로 되어 있었고, 1,127개의 아미노산으로 구성된 P1단백질을 코드하는 큰 ORF를 갖고 있었으며, RNA2는 총 2,953개의 염기로 되어 있었고, 791개의 아미노산으로 구성된 P2단백질을 코드하는 ORF를 갖고 있었다. RNA3는 총 2,037개의 염기로 되어 있었고, 두 개의 ORF를 갖고 있었는데, 이들은 각각 301개의 아미노산으로 구성된 P3(이동 단백질)과 222개의 아미노산으로 구성된 외피단백질을 코드하였다. 감자 분리주(AMV-Kr)의 게놈 RNA의 구조와 염기의 길이는 팥 분리주의 그것과 동일하였다. 두 가지 한국 분리주의 외피단백질과 이동단백질의 뉴클레오타이드와 아미노산 수준에서의 동일성을 알아본 결과, 알려진 AMV의 23개의 분리주 중에서 비교해 보았을 때, 다른 21개의 분리주와 92.2%에서 99.2%수준의 동일성을 나타내는 것으로 밝혀졌다. 이 보고는 AMV의 한국분리주의 게놈 염기정보에 관한 첫번째 보고이다.
Two Korean pepper-infecting isolates of Alfalfa mosaic virus (AMV-AZ, AMV-Kr) were originally isolated from azuki bean and potato plants, respectively, and their pathological and genome RNA sequences were investigated. Symptoms caused by the two isolates were distinguishable on tobacco and red bean ...
Two Korean pepper-infecting isolates of Alfalfa mosaic virus (AMV-AZ, AMV-Kr) were originally isolated from azuki bean and potato plants, respectively, and their pathological and genome RNA sequences were investigated. Symptoms caused by the two isolates were distinguishable on tobacco and red bean plants. Full length cDNAs corresponded to RNA1, RNA2 and RNA3 for the two Korean isolates could be amplified using the long-template RT-PCR method with sets of AMV genome RNA-specific and T7 promoter anchored primers. PCR products corresponded to the three AMV genomic RNAs were cloned into the plasmids and full-length cDNA clones were selected. RNA transcrips were synthesized in vitro from each clones using T7 RNA polymerase and infectivity test of transcripts was performed in 9 assortment sets. All the transcripts were found to be infectious when inoculated onto Nicotiana benthamiana plants, perfectly. The genome of AZ isolate RNA1 was 3,644 nucleotides long that possesses one large ORF encoding P1 protein 1,127 amino acids. RNA2 was 2,593 nucleotides long encoding P2 protein (791 amino acids) and RNA3 was 2,037 nucleotides long that possesses two ORFs, encoding P3(movement protein; 301 amino acids) and coat protein(222 amino acids). The genome structure and nucleotide lengths of Kr isolate of AMV were identical to those of AZ isolate. The nucleotide and amino acid sequences of coat protein and movement protein for AMV-AZ and AMV-Kr revealed 92.2% to 99.2 % identity to those of known 23 isolates of AMV. This is the first genome sequence information of Korean isolates of AMV.
Two Korean pepper-infecting isolates of Alfalfa mosaic virus (AMV-AZ, AMV-Kr) were originally isolated from azuki bean and potato plants, respectively, and their pathological and genome RNA sequences were investigated. Symptoms caused by the two isolates were distinguishable on tobacco and red bean plants. Full length cDNAs corresponded to RNA1, RNA2 and RNA3 for the two Korean isolates could be amplified using the long-template RT-PCR method with sets of AMV genome RNA-specific and T7 promoter anchored primers. PCR products corresponded to the three AMV genomic RNAs were cloned into the plasmids and full-length cDNA clones were selected. RNA transcrips were synthesized in vitro from each clones using T7 RNA polymerase and infectivity test of transcripts was performed in 9 assortment sets. All the transcripts were found to be infectious when inoculated onto Nicotiana benthamiana plants, perfectly. The genome of AZ isolate RNA1 was 3,644 nucleotides long that possesses one large ORF encoding P1 protein 1,127 amino acids. RNA2 was 2,593 nucleotides long encoding P2 protein (791 amino acids) and RNA3 was 2,037 nucleotides long that possesses two ORFs, encoding P3(movement protein; 301 amino acids) and coat protein(222 amino acids). The genome structure and nucleotide lengths of Kr isolate of AMV were identical to those of AZ isolate. The nucleotide and amino acid sequences of coat protein and movement protein for AMV-AZ and AMV-Kr revealed 92.2% to 99.2 % identity to those of known 23 isolates of AMV. This is the first genome sequence information of Korean isolates of AMV.
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