인플루엔자 A 바이러스의 팬핸들 RNA는 3'말단에 12개, 5'말단에 13개의 보존된 염기서열이 부분 상보적으로 이루어진 구조를 갖고 있는데, 이는 바이러스가 숙주를 감염시키면서부터 일어나는 전사 및 복사에서 중요한 역할을 한다고 알려져 왔다. 이러한 팬핸들 RNA 중 전사 과정에서 수득률이 낮은 단일 자연 변이가 존재하는데, 이 변이는 원래 U28RNA와 28번째 위치의 염기가 U에서 C로 바뀐 것 외에는 염기서열상의 차이는 없다. 하지만 전사과정에서 이 RNA의 수득률이 저하된다는 사실은 인플루엔자 RNA polymerase가 두 유형의 팬핸들 RNA를 구별하여 반응한다는 것을 암시해준다. 따라서 이 논문에서는 단일 자연 변이(C28 RNA)의 ...
인플루엔자 A 바이러스의 팬핸들 RNA는 3'말단에 12개, 5'말단에 13개의 보존된 염기서열이 부분 상보적으로 이루어진 구조를 갖고 있는데, 이는 바이러스가 숙주를 감염시키면서부터 일어나는 전사 및 복사에서 중요한 역할을 한다고 알려져 왔다. 이러한 팬핸들 RNA 중 전사 과정에서 수득률이 낮은 단일 자연 변이가 존재하는데, 이 변이는 원래 U28RNA와 28번째 위치의 염기가 U에서 C로 바뀐 것 외에는 염기서열상의 차이는 없다. 하지만 전사과정에서 이 RNA의 수득률이 저하된다는 사실은 인플루엔자 RNA polymerase가 두 유형의 팬핸들 RNA를 구별하여 반응한다는 것을 암시해준다. 따라서 이 논문에서는 단일 자연 변이(C28 RNA)의 핵자기 공명 구조를 연구함으로써 U28 RNA와 어떤 구조적 차이가 있는지를 규명하고자 했다. 여러가지 핵자기 공명 분광법의 결과들은 두 RNA사이에 다소 구조적 차이가 있음을 보여주었는데, C28 RNA가 U28 RNA보다 bulge로 나온 염기들을 더 많이 가지고 있었으며, 또한 U28 RNA 에서는 보였던 stem부분의 두개의 G:U wobble염기쌍이 C28 RNA에서는 보이지 않았다. 이러한 사실들을 C28 RNA의 stem 부분의 염기쌍들이 U28 RNA와는 다른 서열을 이루고 있고, 한편 이러한 변화로 말미암은 새로운 G2-U31 염기쌍이 stem말단에 존재해야만 한다는 것을 의미한다. 따라서 지금까지의 결과로 볼 때, 전사과정에서 RNA polymerase가 두 유형의 RNA의 이러한 구조적인 차이를 구별함으로써 필요에 따라 두 RNA의 양을 조절하고 있다고 결론지을 수 있다. 앞으로 동위원소($^{13}C, ^{15}N$)가 치환된 팬핸들 RNA를 사용하여 Heteronuclear 자기 공명 분광법으로 분석한다면 이들 두 RNA의 구조적인 차이를 더욱 정확하게 설명할 수 있게 될 것이다.
인플루엔자 A 바이러스의 팬핸들 RNA는 3'말단에 12개, 5'말단에 13개의 보존된 염기서열이 부분 상보적으로 이루어진 구조를 갖고 있는데, 이는 바이러스가 숙주를 감염시키면서부터 일어나는 전사 및 복사에서 중요한 역할을 한다고 알려져 왔다. 이러한 팬핸들 RNA 중 전사 과정에서 수득률이 낮은 단일 자연 변이가 존재하는데, 이 변이는 원래 U28RNA와 28번째 위치의 염기가 U에서 C로 바뀐 것 외에는 염기서열상의 차이는 없다. 하지만 전사과정에서 이 RNA의 수득률이 저하된다는 사실은 인플루엔자 RNA polymerase가 두 유형의 팬핸들 RNA를 구별하여 반응한다는 것을 암시해준다. 따라서 이 논문에서는 단일 자연 변이(C28 RNA)의 핵자기 공명 구조를 연구함으로써 U28 RNA와 어떤 구조적 차이가 있는지를 규명하고자 했다. 여러가지 핵자기 공명 분광법의 결과들은 두 RNA사이에 다소 구조적 차이가 있음을 보여주었는데, C28 RNA가 U28 RNA보다 bulge로 나온 염기들을 더 많이 가지고 있었으며, 또한 U28 RNA 에서는 보였던 stem부분의 두개의 G:U wobble염기쌍이 C28 RNA에서는 보이지 않았다. 이러한 사실들을 C28 RNA의 stem 부분의 염기쌍들이 U28 RNA와는 다른 서열을 이루고 있고, 한편 이러한 변화로 말미암은 새로운 G2-U31 염기쌍이 stem말단에 존재해야만 한다는 것을 의미한다. 따라서 지금까지의 결과로 볼 때, 전사과정에서 RNA polymerase가 두 유형의 RNA의 이러한 구조적인 차이를 구별함으로써 필요에 따라 두 RNA의 양을 조절하고 있다고 결론지을 수 있다. 앞으로 동위원소($^{13}C, ^{15}N$)가 치환된 팬핸들 RNA를 사용하여 Heteronuclear 자기 공명 분광법으로 분석한다면 이들 두 RNA의 구조적인 차이를 더욱 정확하게 설명할 수 있게 될 것이다.
The genome of the Influenza A virus consist of the eight segments of the (-) single-stranded RNA. The RNA genomes encode 10 different viral proteins. During the life cycle of the virus, the viral genome (vRNA) is transcribed into mRNA and replicated into complementary RNA (cRNA). The control between...
The genome of the Influenza A virus consist of the eight segments of the (-) single-stranded RNA. The RNA genomes encode 10 different viral proteins. During the life cycle of the virus, the viral genome (vRNA) is transcribed into mRNA and replicated into complementary RNA (cRNA). The control between transcription and replication of vRNA is not well understood. But these two processes of RNA synthesis have been known not only to be performed by same RNA polymerase but also to be occurred at the same promoter in competition. Influenza A virus RNAs have conserved sequence of 12nt at the 3' terminus and 13nt at the 5' terminus which are partially complementary to each other and form a panhandle structure. The conserved sequence, which have a unique natural variation U or C at position 28 of the vRNA (U28 or C28 RNA in this study). It has been reported that the C28 residue is involved in down-regulation of transcription. In this work, structure of C28 panhandle RNA was studied to understand difference between transcription yields of C28 and U28 panhandle RNA. The NMR data show that C28 RNA has more bulged residues (U3, A4, C9, A10, G23, C24, G29, and C30) than U28 RNA, and also that C28 RNA has no G:U wobble pair unlike U28 RNA. Although spectral assignments were not complete due to spectral overlap, we could know that a single nucleotide variant (U28-->C28) changed structure of panhandle RNA of influenza A virus.
The genome of the Influenza A virus consist of the eight segments of the (-) single-stranded RNA. The RNA genomes encode 10 different viral proteins. During the life cycle of the virus, the viral genome (vRNA) is transcribed into mRNA and replicated into complementary RNA (cRNA). The control between transcription and replication of vRNA is not well understood. But these two processes of RNA synthesis have been known not only to be performed by same RNA polymerase but also to be occurred at the same promoter in competition. Influenza A virus RNAs have conserved sequence of 12nt at the 3' terminus and 13nt at the 5' terminus which are partially complementary to each other and form a panhandle structure. The conserved sequence, which have a unique natural variation U or C at position 28 of the vRNA (U28 or C28 RNA in this study). It has been reported that the C28 residue is involved in down-regulation of transcription. In this work, structure of C28 panhandle RNA was studied to understand difference between transcription yields of C28 and U28 panhandle RNA. The NMR data show that C28 RNA has more bulged residues (U3, A4, C9, A10, G23, C24, G29, and C30) than U28 RNA, and also that C28 RNA has no G:U wobble pair unlike U28 RNA. Although spectral assignments were not complete due to spectral overlap, we could know that a single nucleotide variant (U28-->C28) changed structure of panhandle RNA of influenza A virus.
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