2009년 5월부터 9월까지 전라도, 경기도, 인천광역시, 충청도, 강원도에서 총 4,612마리의 진드기를 채집하여 홍반열군 리케차의 보균여부 확인과 홍반열군 리케차의 종을 조사하고, 그 근거로 검출된 홍반열군 리케차의 정확한 동정을 위해서 연구하였다. 채집된 진드기는 전체 488개의 시료로 분류하였다. 17 kDa 유전자 염기서열프라이머를 이용하여 screening polymerase chain reaction (PCR)을 수행한 결과 양성으로 확인된 113개 시료를 대상으로 partial ompA, ompB, 그리고 sca4 유전자 염기서열을 증폭하는 프라이머로 PCR을 수행하였다. ompA 유전자 염기서열 PCR 결과 84개 (74.3%)시료, ompB 유전자 염기서열 PCR 결과 51개 (45.1%)시료, sca4 유전자 염기서열 PCR 결과 73개 (64.6%)시료에서 증폭산물을 보였다. 증폭된 PCR 산물들의 염기서열은 GenBank database에서 얻은 다양한 리케차 염기서열과 비교하여 유사성을 확인한 결과 ompA 염기서열은 R. heilongjiangensis (97.8∼98.8%, n=64), R. monacensis (99.2∼99.9%, n=8), ompB 염기서열은 R. heilongjiangensis (97.8∼99.0% n=45), R. hulinensis (97.5∼98.1%, n=3), 그리고 sca4 염기서열은 R. heilongjiangensis (98.3∼99.6%, n=46), Rickettsia sp. ...
2009년 5월부터 9월까지 전라도, 경기도, 인천광역시, 충청도, 강원도에서 총 4,612마리의 진드기를 채집하여 홍반열군 리케차의 보균여부 확인과 홍반열군 리케차의 종을 조사하고, 그 근거로 검출된 홍반열군 리케차의 정확한 동정을 위해서 연구하였다. 채집된 진드기는 전체 488개의 시료로 분류하였다. 17 kDa 유전자 염기서열프라이머를 이용하여 screening polymerase chain reaction (PCR)을 수행한 결과 양성으로 확인된 113개 시료를 대상으로 partial ompA, ompB, 그리고 sca4 유전자 염기서열을 증폭하는 프라이머로 PCR을 수행하였다. ompA 유전자 염기서열 PCR 결과 84개 (74.3%)시료, ompB 유전자 염기서열 PCR 결과 51개 (45.1%)시료, sca4 유전자 염기서열 PCR 결과 73개 (64.6%)시료에서 증폭산물을 보였다. 증폭된 PCR 산물들의 염기서열은 GenBank database에서 얻은 다양한 리케차 염기서열과 비교하여 유사성을 확인한 결과 ompA 염기서열은 R. heilongjiangensis (97.8∼98.8%, n=64), R. monacensis (99.2∼99.9%, n=8), ompB 염기서열은 R. heilongjiangensis (97.8∼99.0% n=45), R. hulinensis (97.5∼98.1%, n=3), 그리고 sca4 염기서열은 R. heilongjiangensis (98.3∼99.6%, n=46), Rickettsia sp. IRS 4 (99.4~100%, n=12)와 높은 유사성을 보였다. 이들 중 R. heilongjiangensis와 유사성을 보인 91번 시료와 R. monacensis와 유사성을 보인 372번 시료를 선택하여 ompA (small part, big part), ompB 그리고 sca4 유전자 염기서열을 증폭하는 프라이머로 세분화된 PCR을 수행하였다. 시료번호 91번에서 검출한 리케차의 경우, ompA small part 염기서열은 Rickettsia sp. FUJ98 (99.8%), ompA big part 염기서열은 R. heilongjiangensis (98.9%)와 R. japonica (98.9%), ompB 염기서열은 R. heilongjiangensis (98.4%), 그리고 sca4 염기서열은 R. japonica (97.6%)와 유사성을 보였다. 시료번호 372번에서 검출한 리케차의 비교 분석한 결과 ompA small, big part, ompB 염기서열은 R. monacensis (99.9%), 그리고 sca4 염기서열은 Rickettsia sp. IRS 4 (99.3%)와 유사성을 보였다. 따라서 시료번호 91번에서 검출한 리케차는 R. heilongjiangensis와 R. japonica와 매우 유사하지만, 그 어느 것과는 다른 새로운 종으로 여겨진다. 또한 시료번호 372에서 검출한 리케차는 R. monacensis인 것으로 확인되었다. 본 연구에서는 국내에 존재하는 홍반열군 리케차를 조사하기 위하여 리케차의 부분적인 염기서열을 조합함으로써 정확한 염기서열의 확보 및 분석을 수행하였다. 이를 통해 국내에 채집된 진드기에서 홍반열군 리케차를 확실하게 동정하였고, 새로운 종으로 기대되는 리케차의 존재를 확인함으로써 추후 연구에 도움이 될 것으로 생각된다.
2009년 5월부터 9월까지 전라도, 경기도, 인천광역시, 충청도, 강원도에서 총 4,612마리의 진드기를 채집하여 홍반열군 리케차의 보균여부 확인과 홍반열군 리케차의 종을 조사하고, 그 근거로 검출된 홍반열군 리케차의 정확한 동정을 위해서 연구하였다. 채집된 진드기는 전체 488개의 시료로 분류하였다. 17 kDa 유전자 염기서열 프라이머를 이용하여 screening polymerase chain reaction (PCR)을 수행한 결과 양성으로 확인된 113개 시료를 대상으로 partial ompA, ompB, 그리고 sca4 유전자 염기서열을 증폭하는 프라이머로 PCR을 수행하였다. ompA 유전자 염기서열 PCR 결과 84개 (74.3%)시료, ompB 유전자 염기서열 PCR 결과 51개 (45.1%)시료, sca4 유전자 염기서열 PCR 결과 73개 (64.6%)시료에서 증폭산물을 보였다. 증폭된 PCR 산물들의 염기서열은 GenBank database에서 얻은 다양한 리케차 염기서열과 비교하여 유사성을 확인한 결과 ompA 염기서열은 R. heilongjiangensis (97.8∼98.8%, n=64), R. monacensis (99.2∼99.9%, n=8), ompB 염기서열은 R. heilongjiangensis (97.8∼99.0% n=45), R. hulinensis (97.5∼98.1%, n=3), 그리고 sca4 염기서열은 R. heilongjiangensis (98.3∼99.6%, n=46), Rickettsia sp. IRS 4 (99.4~100%, n=12)와 높은 유사성을 보였다. 이들 중 R. heilongjiangensis와 유사성을 보인 91번 시료와 R. monacensis와 유사성을 보인 372번 시료를 선택하여 ompA (small part, big part), ompB 그리고 sca4 유전자 염기서열을 증폭하는 프라이머로 세분화된 PCR을 수행하였다. 시료번호 91번에서 검출한 리케차의 경우, ompA small part 염기서열은 Rickettsia sp. FUJ98 (99.8%), ompA big part 염기서열은 R. heilongjiangensis (98.9%)와 R. japonica (98.9%), ompB 염기서열은 R. heilongjiangensis (98.4%), 그리고 sca4 염기서열은 R. japonica (97.6%)와 유사성을 보였다. 시료번호 372번에서 검출한 리케차의 비교 분석한 결과 ompA small, big part, ompB 염기서열은 R. monacensis (99.9%), 그리고 sca4 염기서열은 Rickettsia sp. IRS 4 (99.3%)와 유사성을 보였다. 따라서 시료번호 91번에서 검출한 리케차는 R. heilongjiangensis와 R. japonica와 매우 유사하지만, 그 어느 것과는 다른 새로운 종으로 여겨진다. 또한 시료번호 372에서 검출한 리케차는 R. monacensis인 것으로 확인되었다. 본 연구에서는 국내에 존재하는 홍반열군 리케차를 조사하기 위하여 리케차의 부분적인 염기서열을 조합함으로써 정확한 염기서열의 확보 및 분석을 수행하였다. 이를 통해 국내에 채집된 진드기에서 홍반열군 리케차를 확실하게 동정하였고, 새로운 종으로 기대되는 리케차의 존재를 확인함으로써 추후 연구에 도움이 될 것으로 생각된다.
We investigated the presence of various rickettsia species from 4,612 ticks were collected from May to September 2009 in Gyeonggi, Incheon, Chungcheong, Gangwon and Jeolla Provinces. Genomic DNAs were extracted from ticks and used to detect the spotted fever group rickettsia. A total 113 out of 448 ...
We investigated the presence of various rickettsia species from 4,612 ticks were collected from May to September 2009 in Gyeonggi, Incheon, Chungcheong, Gangwon and Jeolla Provinces. Genomic DNAs were extracted from ticks and used to detect the spotted fever group rickettsia. A total 113 out of 448 pools including from one to 39 ticks were found to be positive in 17 kDa gene PCR assay. The 113 positive samples were analyzed by partial ompA, ompB, and sca4 gene nested PCR assays. The PCR product of ompA (74.34%, n=84), ompB (45.13%, n=51), and sca4 (64.6%, n=71) gene were purified, cloned, and their nucleotide sequences were determined. These were compared with those of rickettsial strains obtained from GenBank. The nucleotide sequences of these three rickettsial genes most closely aligned with the following rickettsiae: ompA: R. heilongjiangensis (97.8∼98.8%, n=64), R. monacensis (99.2∼99.9%, n=8); and ompB: R. heilongjiangensis (97.8∼99.0%, n=45), R. hulinensis (97.5∼98.1%, n=3); and sca4: R. heilongjiangensis (98.3∼99.6%, n=46), Rickettsia sp. IRS 4 (99.4~100%, n=12). Among them, sample number 91 (a representative candidate closely related to R. heilongjiangensis) and 372 (R. monacensis) were selected to classify as more accurate SFG rickettsia species by analyzing more long sequences of partial ompA (small part and big part), ompB, and sca4 gene. Phylogenetic analyses of partial ompA (small part and big part), ompB, and sca4 gene sequences confirmed that sample number 372 is SFG rickettsia closely related to R. monacensis (99.9%) and R. tamurae (99.3%). Phylogenetic analyses of partial ompA (small part and big part), ompB, and sca4 gene sequences confirmed that sample number 91 is closely related to R. heilongjiangensis (98.9%) and R. japonica (97.6%) but is a noble SFG rickettsia species that have never been reported in Korea. These results suggest that this will be helpful to further research in Korea.
We investigated the presence of various rickettsia species from 4,612 ticks were collected from May to September 2009 in Gyeonggi, Incheon, Chungcheong, Gangwon and Jeolla Provinces. Genomic DNAs were extracted from ticks and used to detect the spotted fever group rickettsia. A total 113 out of 448 pools including from one to 39 ticks were found to be positive in 17 kDa gene PCR assay. The 113 positive samples were analyzed by partial ompA, ompB, and sca4 gene nested PCR assays. The PCR product of ompA (74.34%, n=84), ompB (45.13%, n=51), and sca4 (64.6%, n=71) gene were purified, cloned, and their nucleotide sequences were determined. These were compared with those of rickettsial strains obtained from GenBank. The nucleotide sequences of these three rickettsial genes most closely aligned with the following rickettsiae: ompA: R. heilongjiangensis (97.8∼98.8%, n=64), R. monacensis (99.2∼99.9%, n=8); and ompB: R. heilongjiangensis (97.8∼99.0%, n=45), R. hulinensis (97.5∼98.1%, n=3); and sca4: R. heilongjiangensis (98.3∼99.6%, n=46), Rickettsia sp. IRS 4 (99.4~100%, n=12). Among them, sample number 91 (a representative candidate closely related to R. heilongjiangensis) and 372 (R. monacensis) were selected to classify as more accurate SFG rickettsia species by analyzing more long sequences of partial ompA (small part and big part), ompB, and sca4 gene. Phylogenetic analyses of partial ompA (small part and big part), ompB, and sca4 gene sequences confirmed that sample number 372 is SFG rickettsia closely related to R. monacensis (99.9%) and R. tamurae (99.3%). Phylogenetic analyses of partial ompA (small part and big part), ompB, and sca4 gene sequences confirmed that sample number 91 is closely related to R. heilongjiangensis (98.9%) and R. japonica (97.6%) but is a noble SFG rickettsia species that have never been reported in Korea. These results suggest that this will be helpful to further research in Korea.
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