한국에서 자생하고 있는 차나무과(Theacrae)의 5속 7수종에 대하여 RAPD와 ITS 방법을 이용하여 유연관계를 분석하였다. RAPD분석을 위하여 총 15개의 프라이머를 테스트 하였으며 그 중에서 선명하고 재현성이 높은 5개의 프라이머를 선발하였다. 총 3반복의 RAPD의 실험에서 재현성이 높은 총 105개의 밴드를 얻었다. 대부분의 밴드 크기는 290-4,000bp 사이였다. 분류군간에는 013-0.457의 유전적 ...
한국에서 자생하고 있는 차나무과(Theacrae)의 5속 7수종에 대하여 RAPD와 ITS 방법을 이용하여 유연관계를 분석하였다. RAPD분석을 위하여 총 15개의 프라이머를 테스트 하였으며 그 중에서 선명하고 재현성이 높은 5개의 프라이머를 선발하였다. 총 3반복의 RAPD의 실험에서 재현성이 높은 총 105개의 밴드를 얻었다. 대부분의 밴드 크기는 290-4,000bp 사이였다. 분류군간에는 013-0.457의 유전적 변이가 관찰되었다. UPGMA방법에 의하여 유연관계 계통도 작성한 결과 총 5개의 그룹으로 나누어 졌으며, 노각나무속과, 후피향나무속은 다른 집단과 떨어져 독립적인 그룹을 형성하였다. ITS영역의 분석에서 얻은 염기서열을 이용하여 Blast 검색을 실시하였다. 그 결과 대부분의 염기서열은 NCBI 유전자 은행에 보고된 차나무과 7수종들과 98% 이상이 높은 상동성을 가지고 있었다. 차나무과 7수종의 ITS1 영역을 alignment한 결과 34.9%의 상동성을 가지고 있었고, ITS2 영역은 43.7%였다. ITS1의 길이는 241-252bp 사이였고, ITS2는 210-239bp 사이였다. 거리지수를 이용하여 계산한 상사도 개체간의 유사도 지수는 0-0.330%의 범위였다. ITS 데이터를 바탕으로 구축된 유연관계 계통도에서 크게 세 그룹으로 나누어졌다. 차나무와 동백나무, 사스레피나무와 우묵사스레피나무는 각각 서로 같은 속에 속하는 것으로 나타났다. 하지만, 후피향나무는 하나의 독립적 그룹으로 떨어져 있었다. 본 연구에서 얻은 분자생물학적 데이터는 한국산 차나무과 5속 7종에 대한 유연관계를 이해하는데 중요한 정보들을 제공해줄 것으로 사료된다. 차나무과의 유연관계 및 유전변이에 대한 많은 이해를 얻기 위해서는 앞으로 종간 변이뿐만 아니라 종내의 유전적 변이에 대한 연구가 진행되어야 할 것으로 보인다.
한국에서 자생하고 있는 차나무과(Theacrae)의 5속 7수종에 대하여 RAPD와 ITS 방법을 이용하여 유연관계를 분석하였다. RAPD분석을 위하여 총 15개의 프라이머를 테스트 하였으며 그 중에서 선명하고 재현성이 높은 5개의 프라이머를 선발하였다. 총 3반복의 RAPD의 실험에서 재현성이 높은 총 105개의 밴드를 얻었다. 대부분의 밴드 크기는 290-4,000bp 사이였다. 분류군간에는 013-0.457의 유전적 변이가 관찰되었다. UPGMA방법에 의하여 유연관계 계통도 작성한 결과 총 5개의 그룹으로 나누어 졌으며, 노각나무속과, 후피향나무속은 다른 집단과 떨어져 독립적인 그룹을 형성하였다. ITS영역의 분석에서 얻은 염기서열을 이용하여 Blast 검색을 실시하였다. 그 결과 대부분의 염기서열은 NCBI 유전자 은행에 보고된 차나무과 7수종들과 98% 이상이 높은 상동성을 가지고 있었다. 차나무과 7수종의 ITS1 영역을 alignment한 결과 34.9%의 상동성을 가지고 있었고, ITS2 영역은 43.7%였다. ITS1의 길이는 241-252bp 사이였고, ITS2는 210-239bp 사이였다. 거리지수를 이용하여 계산한 상사도 개체간의 유사도 지수는 0-0.330%의 범위였다. ITS 데이터를 바탕으로 구축된 유연관계 계통도에서 크게 세 그룹으로 나누어졌다. 차나무와 동백나무, 사스레피나무와 우묵사스레피나무는 각각 서로 같은 속에 속하는 것으로 나타났다. 하지만, 후피향나무는 하나의 독립적 그룹으로 떨어져 있었다. 본 연구에서 얻은 분자생물학적 데이터는 한국산 차나무과 5속 7종에 대한 유연관계를 이해하는데 중요한 정보들을 제공해줄 것으로 사료된다. 차나무과의 유연관계 및 유전변이에 대한 많은 이해를 얻기 위해서는 앞으로 종간 변이뿐만 아니라 종내의 유전적 변이에 대한 연구가 진행되어야 할 것으로 보인다.
The genetic relationships among 5 genera, 7 species of Theaceae were examined through a random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis and internal transcribed spacer (ITS). In RAPD analysis, five of 15 arbitrary primers showed polymorphic bands, which were able to classify different genera and sp...
The genetic relationships among 5 genera, 7 species of Theaceae were examined through a random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis and internal transcribed spacer (ITS). In RAPD analysis, five of 15 arbitrary primers showed polymorphic bands, which were able to classify different genera and species of Theaceae. A total of 105 reproducible bands were generated and the amplified band varied from approximately from 290bp to 4,000bp of size. The genetic variations of Theaceae were from 0.031 to 0.484. The phylogenetic tree was constructed by the UPGMA method based on the genetic similarity of RAPD markers. The tree was branched into five major groups. Two groups, Ternstroemia and Stewartia genus, were clustered independently. In ITS analysis, the ITS sequences were analyzed using BLAST and showed high identities with sequences of Theaceae, seven species published in NCBI GenBank database, which ranged from 98 to 100%. Sequence alignment of seven species showed 34.9% identities for ITS 1 region and 43.7% for ITS 2 region. The length of ITS1 and ITS 2 ranged from 241 to 252 bp and 210 to 239 bp, respectively. The GC content of ITS1 ranged from 54.4 to 70.6% and that of ITS2 from 59.0 to 77%. Pairwise sequence divergences among seven species ranged from 0 to 0.330%. In phylogenetic tree, they were divided into three groups. Cl. japonica and C. sinensis belonged to the same genus and E. emarginata and E. japonica classified into the same genus. However, Ternstroemia genus was classified into independent group. In conclusion, the molecular data generated in the present investigation will help to understand the genetic relationships of Theaceae and also might be useful for further studies in intra-species, inter-species, and molecular evolution researches.
The genetic relationships among 5 genera, 7 species of Theaceae were examined through a random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis and internal transcribed spacer (ITS). In RAPD analysis, five of 15 arbitrary primers showed polymorphic bands, which were able to classify different genera and species of Theaceae. A total of 105 reproducible bands were generated and the amplified band varied from approximately from 290bp to 4,000bp of size. The genetic variations of Theaceae were from 0.031 to 0.484. The phylogenetic tree was constructed by the UPGMA method based on the genetic similarity of RAPD markers. The tree was branched into five major groups. Two groups, Ternstroemia and Stewartia genus, were clustered independently. In ITS analysis, the ITS sequences were analyzed using BLAST and showed high identities with sequences of Theaceae, seven species published in NCBI GenBank database, which ranged from 98 to 100%. Sequence alignment of seven species showed 34.9% identities for ITS 1 region and 43.7% for ITS 2 region. The length of ITS1 and ITS 2 ranged from 241 to 252 bp and 210 to 239 bp, respectively. The GC content of ITS1 ranged from 54.4 to 70.6% and that of ITS2 from 59.0 to 77%. Pairwise sequence divergences among seven species ranged from 0 to 0.330%. In phylogenetic tree, they were divided into three groups. Cl. japonica and C. sinensis belonged to the same genus and E. emarginata and E. japonica classified into the same genus. However, Ternstroemia genus was classified into independent group. In conclusion, the molecular data generated in the present investigation will help to understand the genetic relationships of Theaceae and also might be useful for further studies in intra-species, inter-species, and molecular evolution researches.
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