본 연구의 목적은 상추의 EST-SSR 마커를 개발하고 이를 이용하여 품종식별 및 형태적 특성과의 상관관계를 분석하는 것이다. NCBI database에 공개된 81,330개의 상추 EST를 대상으로 4,229개의 singletons과 807개의 contigs를 탐색하였다. Singleton SSR 중 반복되는 염기 수는 trinucleotide (59.1%, 2,500개), dinucleotide (29.7%, 1,256개), hexanucleotide (6.6%, 280개) 순으로 나타났고, contig SSR 중 반복되는 염기 수는 trinucleotide (56.4%, 455개), dinucleotide (33%, 266개), hexanucleotide (5.2%, 42개) 순으로 나타났다. 4,229개의 singleton SSR 염기서열로부터 471개 EST-SSR primer를 제작하였고 807개의 contig SSR 염기서열로부터 710개 EST-SSR primer를 제작하였다. 상추의 품종식별에 효과적인 마커를 선발하기 위하여 기존에 제작된 81개의 primer와 본 연구를 통해 제작된 primer중 271개의 primer를 대상으로 156품종에 대한 품종식별력을 분석하였다. 352개의 EST-SSR primer로부터 ...
본 연구의 목적은 상추의 EST-SSR 마커를 개발하고 이를 이용하여 품종식별 및 형태적 특성과의 상관관계를 분석하는 것이다. NCBI database에 공개된 81,330개의 상추 EST를 대상으로 4,229개의 singletons과 807개의 contigs를 탐색하였다. Singleton SSR 중 반복되는 염기 수는 trinucleotide (59.1%, 2,500개), dinucleotide (29.7%, 1,256개), hexanucleotide (6.6%, 280개) 순으로 나타났고, contig SSR 중 반복되는 염기 수는 trinucleotide (56.4%, 455개), dinucleotide (33%, 266개), hexanucleotide (5.2%, 42개) 순으로 나타났다. 4,229개의 singleton SSR 염기서열로부터 471개 EST-SSR primer를 제작하였고 807개의 contig SSR 염기서열로부터 710개 EST-SSR primer를 제작하였다. 상추의 품종식별에 효과적인 마커를 선발하기 위하여 기존에 제작된 81개의 primer와 본 연구를 통해 제작된 primer중 271개의 primer를 대상으로 156품종에 대한 품종식별력을 분석하였다. 352개의 EST-SSR primer로부터 다형성과 재현성이 높고 밴드 패턴이 선명한 마커 60개를 선정하였다. 60개 EST-SSR 마커를 이용하여 156품종에 대한 SSR database를 구축한 결과 마커 당 대립유전자 수는 2개에서 9개로, 총 192개의 대립유전자 수를 나타내었고, 마커 당 평균 대립유전자 수는 3.2개를 나타내었다. 다형성 지수인 PIC는 0.013-0.788로, PIC 평균값은 0.419로 나타났다. 156품종의 유전적 거리는 0.29-1.00로 나타났고 계통도는 유사도 0.43을 기준으로 3개 그룹으로 구분되었다. 156품종 중 115품종이 60개 마커에 의해 구분되었다. 구분되지 않은 품종 중 명칭은 같으나 판매 회사가 다른 품종들의 경우 유사도가 100%로 나타났다. 또한 본 연구를 통해 개발된 30개 마커를 이용하여 16개 야생 유전자원이 식별 가능하였다. 유전적 유사도가 높은 7개 그룹 16품종에 대하여 30개 EST-SSR 마커와 29개 형태적 특성의 상관계수(r)는 0.78로서 기존에 보고된 값보다 매우 높았다. EST-SSR 마커 분석에 의해 유전적 유사도가 높은 품종들이 재배시험을 통한 특성검정의 유사도도 높게 나타났다. 따라서 본 연구에서 품종식별을 위해 개발된 EST-SSR 마커는 상추의 기존품종 관리와 출원품종의 대조품종 선정 등 DUS 검정에 유용하게 활용될 것으로 사료된다.
본 연구의 목적은 상추의 EST-SSR 마커를 개발하고 이를 이용하여 품종식별 및 형태적 특성과의 상관관계를 분석하는 것이다. NCBI database에 공개된 81,330개의 상추 EST를 대상으로 4,229개의 singletons과 807개의 contigs를 탐색하였다. Singleton SSR 중 반복되는 염기 수는 trinucleotide (59.1%, 2,500개), dinucleotide (29.7%, 1,256개), hexanucleotide (6.6%, 280개) 순으로 나타났고, contig SSR 중 반복되는 염기 수는 trinucleotide (56.4%, 455개), dinucleotide (33%, 266개), hexanucleotide (5.2%, 42개) 순으로 나타났다. 4,229개의 singleton SSR 염기서열로부터 471개 EST-SSR primer를 제작하였고 807개의 contig SSR 염기서열로부터 710개 EST-SSR primer를 제작하였다. 상추의 품종식별에 효과적인 마커를 선발하기 위하여 기존에 제작된 81개의 primer와 본 연구를 통해 제작된 primer중 271개의 primer를 대상으로 156품종에 대한 품종식별력을 분석하였다. 352개의 EST-SSR primer로부터 다형성과 재현성이 높고 밴드 패턴이 선명한 마커 60개를 선정하였다. 60개 EST-SSR 마커를 이용하여 156품종에 대한 SSR database를 구축한 결과 마커 당 대립유전자 수는 2개에서 9개로, 총 192개의 대립유전자 수를 나타내었고, 마커 당 평균 대립유전자 수는 3.2개를 나타내었다. 다형성 지수인 PIC는 0.013-0.788로, PIC 평균값은 0.419로 나타났다. 156품종의 유전적 거리는 0.29-1.00로 나타났고 계통도는 유사도 0.43을 기준으로 3개 그룹으로 구분되었다. 156품종 중 115품종이 60개 마커에 의해 구분되었다. 구분되지 않은 품종 중 명칭은 같으나 판매 회사가 다른 품종들의 경우 유사도가 100%로 나타났다. 또한 본 연구를 통해 개발된 30개 마커를 이용하여 16개 야생 유전자원이 식별 가능하였다. 유전적 유사도가 높은 7개 그룹 16품종에 대하여 30개 EST-SSR 마커와 29개 형태적 특성의 상관계수(r)는 0.78로서 기존에 보고된 값보다 매우 높았다. EST-SSR 마커 분석에 의해 유전적 유사도가 높은 품종들이 재배시험을 통한 특성검정의 유사도도 높게 나타났다. 따라서 본 연구에서 품종식별을 위해 개발된 EST-SSR 마커는 상추의 기존품종 관리와 출원품종의 대조품종 선정 등 DUS 검정에 유용하게 활용될 것으로 사료된다.
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.