[학위논문]동물세포주에서 NGS 기반 RNA 바이러스 검출 시험법 확립을 위한 시료 전처리 방법 개발 Development of Sample Pre-treatment Method for NGS-Based RNA Virus Detection from Animal Cells원문보기
바이러스 백신, 재조합 단백질 치료제, 항체 치료제와 같은 포유류 세포 배양제(MCC)에 대한 제조 과정은 바이러스 오염의 위험이 있다. 바이러스 오염은 오염된 cell 라인, 오염된 원료 또는 생산 및 정화 과정의 GMP 시설 오류, 고장으로부터 발생할 수 있다. 안전을 보장하기 위해, 정부 규제는 제조업체가 MCC에서 유래 바이오 의약품은 외래 물질의 존재하지 않는다는 것을 입증하도록 요구한다. 이미 확립된 In vivo 및 In vitro 바이러스 , ...
바이러스 백신, 재조합 단백질 치료제, 항체 치료제와 같은 포유류 세포 배양제(MCC)에 대한 제조 과정은 바이러스 오염의 위험이 있다. 바이러스 오염은 오염된 cell 라인, 오염된 원료 또는 생산 및 정화 과정의 GMP 시설 오류, 고장으로부터 발생할 수 있다. 안전을 보장하기 위해, 정부 규제는 제조업체가 MCC에서 유래 바이오 의약품은 외래 물질의 존재하지 않는다는 것을 입증하도록 요구한다. 이미 확립된 In vivo 및 In vitro 바이러스 , 레트로 바이러스 실험, 전자 현미경 및 PCR 기반 시험법은 외래성 바이러스 같은 오염물질을 검출하기 위해 개발되었다. 그러나 이러한 방법은 검출 범위를 벗어난 바이러스뿐 아니라 매우 낮은 농도의 바이러스 오염을 감지하거나 오염물질의 종류를 식별하는 데 충분하지 않을 수 있다. 본 연구에서는, 감염성이 있는 바이러스에 대한 테스트를 하기 위해 NGS 기반의 바이러스 검출 방법을 개발하였다. 실험 샘플로부터 포유동물 세포 유래 DNA 또는 RNA를 최소화하기 위해 샘플 전처리 방법을 확립 하였다. 또한 바이러스 검출을 위한 생물 정보학 pipeline을 개발하기 위해 세포 주 참조 데이터베이스 및 바이러스 참조 데이터베이스가 구축되었습니다. 판독으로부터 포유동물 세포 게놈 서열을 여과, 제거하고 blast, 알고리즘 및 판독 Mapping에 의해 여과 된 판독을 할당 또는 식별하기 위한 생물 정보학 분석 기법이 개발되었다.
바이러스 백신, 재조합 단백질 치료제, 항체 치료제와 같은 포유류 세포 배양제(MCC)에 대한 제조 과정은 바이러스 오염의 위험이 있다. 바이러스 오염은 오염된 cell 라인, 오염된 원료 또는 생산 및 정화 과정의 GMP 시설 오류, 고장으로부터 발생할 수 있다. 안전을 보장하기 위해, 정부 규제는 제조업체가 MCC에서 유래 바이오 의약품은 외래 물질의 존재하지 않는다는 것을 입증하도록 요구한다. 이미 확립된 In vivo 및 In vitro 바이러스 , 레트로 바이러스 실험, 전자 현미경 및 PCR 기반 시험법은 외래성 바이러스 같은 오염물질을 검출하기 위해 개발되었다. 그러나 이러한 방법은 검출 범위를 벗어난 바이러스뿐 아니라 매우 낮은 농도의 바이러스 오염을 감지하거나 오염물질의 종류를 식별하는 데 충분하지 않을 수 있다. 본 연구에서는, 감염성이 있는 바이러스에 대한 테스트를 하기 위해 NGS 기반의 바이러스 검출 방법을 개발하였다. 실험 샘플로부터 포유동물 세포 유래 DNA 또는 RNA를 최소화하기 위해 샘플 전처리 방법을 확립 하였다. 또한 바이러스 검출을 위한 생물 정보학 pipeline을 개발하기 위해 세포 주 참조 데이터베이스 및 바이러스 참조 데이터베이스가 구축되었습니다. 판독으로부터 포유동물 세포 게놈 서열을 여과, 제거하고 blast, 알고리즘 및 판독 Mapping에 의해 여과 된 판독을 할당 또는 식별하기 위한 생물 정보학 분석 기법이 개발되었다.
Manufacturing processes for the mammalian cell cultures (MCC)-derived biopharmaceuticals such as virus vaccine, recombinant protein therapeutics, and antibody therapeutics have the risk of viral contamination. Viral contamination can originate from contaminated cell lines, contaminated raw materials...
Manufacturing processes for the mammalian cell cultures (MCC)-derived biopharmaceuticals such as virus vaccine, recombinant protein therapeutics, and antibody therapeutics have the risk of viral contamination. Viral contamination can originate from contaminated cell lines, contaminated raw materials, or from a GMP breakdown in the production and purification process. To ensure safety, government regulations require manufacturers to demonstrate that MCC-derived biopharmaceuticals are free of adventitious agents. Conventional virus testing methods such as In vivo and In vitro virus tests, retrovirus specific tests, electron microscopic evaluation, and PCR-based tests have been developed to detect contaminants of pre-established interest. However, these methods may not be sufficient to detect very low levels of viral contamination as well as viruses outside the scope of detection assays, or to identify the species of the contaminant. In this study, we developed NGS-based virus detection method for adventitious virus contamination testing. Sample pre-treatment methods were established to minimize mammalian cell-derived DNA or RNA from the test articles. Also cell line reference database and virus reference database were established in order to develop a bioinformatics pipeline for virus detection. Bioinformatics analysis tools to filter-out mammalian cell genome sequences from the reads and to assign or identify the filtered reads by blast algorism and read-mapping were developed.
Manufacturing processes for the mammalian cell cultures (MCC)-derived biopharmaceuticals such as virus vaccine, recombinant protein therapeutics, and antibody therapeutics have the risk of viral contamination. Viral contamination can originate from contaminated cell lines, contaminated raw materials, or from a GMP breakdown in the production and purification process. To ensure safety, government regulations require manufacturers to demonstrate that MCC-derived biopharmaceuticals are free of adventitious agents. Conventional virus testing methods such as In vivo and In vitro virus tests, retrovirus specific tests, electron microscopic evaluation, and PCR-based tests have been developed to detect contaminants of pre-established interest. However, these methods may not be sufficient to detect very low levels of viral contamination as well as viruses outside the scope of detection assays, or to identify the species of the contaminant. In this study, we developed NGS-based virus detection method for adventitious virus contamination testing. Sample pre-treatment methods were established to minimize mammalian cell-derived DNA or RNA from the test articles. Also cell line reference database and virus reference database were established in order to develop a bioinformatics pipeline for virus detection. Bioinformatics analysis tools to filter-out mammalian cell genome sequences from the reads and to assign or identify the filtered reads by blast algorism and read-mapping were developed.
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