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문제 정의
- 이 글에서는 생체분자에서 연구되고 있는 분자동역학 시뮬레이션의 다양한 적용 사례를 살펴보았다. 앞에서 설명한 바와 같이 단백질에 대한 분자동역학 시뮬레이션은 이제 매우 일반적으로 적용되는 기술로서 단백질뿐만 아니라 다른 생물학적 거대분자들에 대하여 적용 되고 있다.
- Nitrogen mustard 약물과 세포 내 이온 조절 단백질인 metallothionein 의 결합에 대한 상호작용의 연구는 가능한 결합 위치를 판단하기 위하여 세 가지 약물에 대한 궤적(trajec-tories)의 순열(series)들의 연구를 통하여 실험적 결과와 일치하는 결과를 Szilagyi와 Fenselau는 보고하고 있다. 현재 AIDS 치료의 주요 대상인 HIV-1 protease와 약물의 결합에 대한 연구는 docking과 분자동역학 시뮬레이션에 의하여 수행 되고 있으며(2)>, HIV-1 protease inhibitor들의 개발에 필요한 중요한 상호작용의 정보를 제공하고 있다㈣. 분자 동역학은 생약연구에 있어서 중요한 uncomplexed 분자들에 대하여도 수행되고 있으며, neurotransmitter들의 간단한 peptide들에서부터 viral capsid 단백질들인 complex protein assemblage들까지 그 범위가 다양하다.
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