하기도 감염 환아에서 분리된 Adenovirus 1, 2, 5 혈청형의 유전체형 분석 Genome Type Analysis of Adenovirus Serotypes 1, 2 and 5 Isolated from Children with Lower Respiratory Tract Infections in Korea원문보기
목 적 : DNA 제한 효소 분석법을 이용한 아데노바이러스의 유전체형 분석 방법은 많은 연구자들이 서로 다른 종류의 제한 효소와 명명법을 사용하여 분류함으로써, 아직까지 체계적인 분류 체계가 정립되어 있지 않다. 본 연구는 Li와 Wadell이 제안한 제한 효소 분석법과 명명법을 이용하여 국내에서 최근 14년 동안 분리된 아데노바이러스 혈청형 1, 2, 5형에 대한 유전체형을 분류하고, 그 분자 역학과 유전체형 상호 간의 연관성을 밝히고자 시행하였다. 방 법 : 1990년 11월부터 2003년 2월까지 하기도 감염으로 서울대학교병원 소아과에 입원하였거나, 인접 지역의 종합병원 소아과에 입원한 소아들로부터 채취한 비인두 흡인물을 검체로 하여 HEp-2 세포주에서 배양 후 간접면역형광검사로 확인하고, 분리된 아데노바이러스를 항혈청 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 11에 대한 세포독성 효과를 관찰함으로 혈청형을 결정하였다. 혈철형 1, 2, 5형을 대상으로 DNA를 추출하고 12가지 제한 효소 BamHI, BcI, BglI, BglII, BstEII, EcoRI, HindIII, HpaI, SalI, SmaI, XbaI, XhoI로 절단한 후 전기영동 시키고 나타나는 분절 형태를 각 혈청형의 표준주와 비교하여 분석하였다. 유전체형간의 상관성을 비교하기 위하여 PCRF 분석을 시행하였다. 결 과 : 아데노바이러스 분리주 382주를 대상으로 혈청형을 확인한 결과, 1형 33(9%), 2형 45(12%), 3형 107(28%), 4형 16(4%), 5형 24(6%), 6형 8(2%), 7형 116(30%), 11형 9(2%), 그 외의 형들이 24(6%)주로 각각 나타났다. 변이 유전체형은 혈청형 1형 18종류, 2형 25종류, 5형 10종류가 분류되었으며 Ad1p1-Ad1p7, Ad1a, Ad1b, Ad1b1-Ad1b3, Ad1c, Ad1d, Ad1e, Ad1e1, Ad1e2, Ad1f; Ad2p1-Ad2p11, Ad2a, Ad2a1-Ad2a6, Ad2b, Ad2c, Ad2d, Ad2e, Ad2e1-Ad2e3; Ad5p1, Ad5p2, Ad5a, Ad5a1-Ad5a7로 명명되었다. 본 연구에서는 표준주나 이전에 보고 된 유전체형과 일치하는 유전체형은 분리되지 않았다. 대부분의 유전체형은 전 연구기간 동안 1~2주만 분리되었고 일부 유전체형들은 산발적으로 2회 이상 반복 분리되었다. 유전체형 Ad1p5나 Ad5a1와 같이 유행성으로 분포하는 유전체형도 관찰되었다. 혈청형 1형 유전체형 간의 PCRF는 79~99%로 Genomic cluster 1과 2로 구분되었고, 2형과 5형은 각각 82~99%와 84~99%로 모두 80% 이상이었다. 결 론 : 본 연구를 통하여 국내에서 분리된 아데노바이러스 혈청형 1, 2, 5형의 다양한 유전체형을 체계적으로 분석할 수 있었다. 혈청형 1, 2, 5형이 주로 산발성 감염을 일으키는 것으로 알려져 왔으나, 유전체형에 따라 역학적 특징이 다르게 나타날 수 있으며, 이는 DNA의 변형에 의한 유전체형의 변화가 바이러스의 감염력과 생존력에 변화를 일으켰을 가능성을 시사한다. 본 연구 결과는 혈청형 1, 2, 5형의 비교 자료로 활용될 수 있을 뿐만 아니라, 변이 유전체형들에 대한 정보를 제공함으로써 백신 개발을 위한 기초 자료로 활용될 수 있을 것으로 기대된다.
목 적 : DNA 제한 효소 분석법을 이용한 아데노바이러스의 유전체형 분석 방법은 많은 연구자들이 서로 다른 종류의 제한 효소와 명명법을 사용하여 분류함으로써, 아직까지 체계적인 분류 체계가 정립되어 있지 않다. 본 연구는 Li와 Wadell이 제안한 제한 효소 분석법과 명명법을 이용하여 국내에서 최근 14년 동안 분리된 아데노바이러스 혈청형 1, 2, 5형에 대한 유전체형을 분류하고, 그 분자 역학과 유전체형 상호 간의 연관성을 밝히고자 시행하였다. 방 법 : 1990년 11월부터 2003년 2월까지 하기도 감염으로 서울대학교병원 소아과에 입원하였거나, 인접 지역의 종합병원 소아과에 입원한 소아들로부터 채취한 비인두 흡인물을 검체로 하여 HEp-2 세포주에서 배양 후 간접면역형광검사로 확인하고, 분리된 아데노바이러스를 항혈청 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 11에 대한 세포독성 효과를 관찰함으로 혈청형을 결정하였다. 혈철형 1, 2, 5형을 대상으로 DNA를 추출하고 12가지 제한 효소 BamHI, BcI, BglI, BglII, BstEII, EcoRI, HindIII, HpaI, SalI, SmaI, XbaI, XhoI로 절단한 후 전기영동 시키고 나타나는 분절 형태를 각 혈청형의 표준주와 비교하여 분석하였다. 유전체형간의 상관성을 비교하기 위하여 PCRF 분석을 시행하였다. 결 과 : 아데노바이러스 분리주 382주를 대상으로 혈청형을 확인한 결과, 1형 33(9%), 2형 45(12%), 3형 107(28%), 4형 16(4%), 5형 24(6%), 6형 8(2%), 7형 116(30%), 11형 9(2%), 그 외의 형들이 24(6%)주로 각각 나타났다. 변이 유전체형은 혈청형 1형 18종류, 2형 25종류, 5형 10종류가 분류되었으며 Ad1p1-Ad1p7, Ad1a, Ad1b, Ad1b1-Ad1b3, Ad1c, Ad1d, Ad1e, Ad1e1, Ad1e2, Ad1f; Ad2p1-Ad2p11, Ad2a, Ad2a1-Ad2a6, Ad2b, Ad2c, Ad2d, Ad2e, Ad2e1-Ad2e3; Ad5p1, Ad5p2, Ad5a, Ad5a1-Ad5a7로 명명되었다. 본 연구에서는 표준주나 이전에 보고 된 유전체형과 일치하는 유전체형은 분리되지 않았다. 대부분의 유전체형은 전 연구기간 동안 1~2주만 분리되었고 일부 유전체형들은 산발적으로 2회 이상 반복 분리되었다. 유전체형 Ad1p5나 Ad5a1와 같이 유행성으로 분포하는 유전체형도 관찰되었다. 혈청형 1형 유전체형 간의 PCRF는 79~99%로 Genomic cluster 1과 2로 구분되었고, 2형과 5형은 각각 82~99%와 84~99%로 모두 80% 이상이었다. 결 론 : 본 연구를 통하여 국내에서 분리된 아데노바이러스 혈청형 1, 2, 5형의 다양한 유전체형을 체계적으로 분석할 수 있었다. 혈청형 1, 2, 5형이 주로 산발성 감염을 일으키는 것으로 알려져 왔으나, 유전체형에 따라 역학적 특징이 다르게 나타날 수 있으며, 이는 DNA의 변형에 의한 유전체형의 변화가 바이러스의 감염력과 생존력에 변화를 일으켰을 가능성을 시사한다. 본 연구 결과는 혈청형 1, 2, 5형의 비교 자료로 활용될 수 있을 뿐만 아니라, 변이 유전체형들에 대한 정보를 제공함으로써 백신 개발을 위한 기초 자료로 활용될 수 있을 것으로 기대된다.
Purpose : The purpose of this study was to examine the molecular epidemiology and genetic variability of adenovirus(Ad) serotypes Ad1, Ad2, and Ad5 over 14 years in Korea. Methods : A total of 382 adenoviral strains isolated from the nasopharyngeal aspirates of children with lower respiratory tract ...
Purpose : The purpose of this study was to examine the molecular epidemiology and genetic variability of adenovirus(Ad) serotypes Ad1, Ad2, and Ad5 over 14 years in Korea. Methods : A total of 382 adenoviral strains isolated from the nasopharyngeal aspirates of children with lower respiratory tract infections in Seoul, Korea from November 1990 to February 2003 were serotyped by neutralization assay with type-specific antisera. Viral DNAs were extracted from infected cell lysates by the modified Hirt procedure. Genome type(GT) was determined by DNA restriction analysis with 12 restriction enzymess(BamHI, BclI, BglI, BglII, BstEII, EcoRI, HindIII, HpaI, SalI, SmaI, XbaI, and XhoI). To evaluate the genetic relatedness, pairwise comigrating restriction fragments(PCRF) analysis was performed. Results : Of 382 strains, 33 strains(9%) were Ad1, 45 strains(12%) were Ad2, and 24 strains(6%) were Ad5. Eighteen GTs(Ad1p1-Ad1p7, Ad1a, Ad1b, Ad1b1-Ad1b3, Ad1c, Ad1d, Ad1e, Ad1e1, Ad1e2, Ad1f) among Ad1, 24(Ad2p1-Ad2p11, Ad2a, Ad2a1-Ad2a6, Ad2b, Ad2c, Ad2d, Ad2e, Ad2e1-Ad2e3) among Ad2, and 10(Ad5p1, Ad5p2, Ad5a, Ad5a1-Ad5a7) among Ad5 strains were identified. One or two strains of the vast majority of GTs were isolated during the study period while a few GTs were identified sporadically with more than 2 strains. It is notable that some GTs such as Ad1p5 and Ad5a1 appeared in cluster during a short period. In analysis of genetic relatedness, the degree of PCRFs(pairwise comigrating restriction fragments) for Ad1 varied from 79 to 99%, for Ad2, 82 to 99%, and for Ad5, 85 to 99%. Conclusion : This study established the comprehensive nomenclature systems of Ad1, Ad2, and Ad5. Diverse GTs identified in this study have crucial implications in the genomic diversity and epidemiological characteristics of Ad1, Ad2, and Ad5.
Purpose : The purpose of this study was to examine the molecular epidemiology and genetic variability of adenovirus(Ad) serotypes Ad1, Ad2, and Ad5 over 14 years in Korea. Methods : A total of 382 adenoviral strains isolated from the nasopharyngeal aspirates of children with lower respiratory tract infections in Seoul, Korea from November 1990 to February 2003 were serotyped by neutralization assay with type-specific antisera. Viral DNAs were extracted from infected cell lysates by the modified Hirt procedure. Genome type(GT) was determined by DNA restriction analysis with 12 restriction enzymess(BamHI, BclI, BglI, BglII, BstEII, EcoRI, HindIII, HpaI, SalI, SmaI, XbaI, and XhoI). To evaluate the genetic relatedness, pairwise comigrating restriction fragments(PCRF) analysis was performed. Results : Of 382 strains, 33 strains(9%) were Ad1, 45 strains(12%) were Ad2, and 24 strains(6%) were Ad5. Eighteen GTs(Ad1p1-Ad1p7, Ad1a, Ad1b, Ad1b1-Ad1b3, Ad1c, Ad1d, Ad1e, Ad1e1, Ad1e2, Ad1f) among Ad1, 24(Ad2p1-Ad2p11, Ad2a, Ad2a1-Ad2a6, Ad2b, Ad2c, Ad2d, Ad2e, Ad2e1-Ad2e3) among Ad2, and 10(Ad5p1, Ad5p2, Ad5a, Ad5a1-Ad5a7) among Ad5 strains were identified. One or two strains of the vast majority of GTs were isolated during the study period while a few GTs were identified sporadically with more than 2 strains. It is notable that some GTs such as Ad1p5 and Ad5a1 appeared in cluster during a short period. In analysis of genetic relatedness, the degree of PCRFs(pairwise comigrating restriction fragments) for Ad1 varied from 79 to 99%, for Ad2, 82 to 99%, and for Ad5, 85 to 99%. Conclusion : This study established the comprehensive nomenclature systems of Ad1, Ad2, and Ad5. Diverse GTs identified in this study have crucial implications in the genomic diversity and epidemiological characteristics of Ad1, Ad2, and Ad5.
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문제 정의
, 그러나 혈청형 1, 2, 5형에 관한 연구는 흔치 않아서 아직까지 그 자료가 미비한 실정이다. 따라서 본 연구는 Li와 Wadell이 사용한 것과 동일한 12종류의 제한 효소(BamHI, BclI, BglI, BglII, BstEII, EcoRI, HindIII, HpaI, SalI, SmaI, XbaI, XhoI)를 사용하여 아직 이 방법으로 분류되지 않은 아데노바이러스 혈청형 1, 2, 5형을 대상으로 유전체형을 분류하여 새롭게 명명하고, 분류된 유전체형들의 분자역학 및 각 유전체형 간의 상관 관계를 밝히기 위하여 시행하였다.
DNA 제한 효소 분석법을 이용한 아데노바이러스의 유전체형 분석 방법은 많은 연구자들이 서로 다른 종류의 제한 효소와 명명법을 사용하여 분류함으로써, 아직까지 체계적인 분류 체계가 정립되어 있지 않다. 본 연구는 Li와 Wadell이 제안한 제한 효소 분석법과 명명법을 이용하여 국내에서 최근 14년 동안 분리된 아데노바이러스 혈청형 1, 2, 5형에 대한 유전체형을 분류하고, 그 분자 역학과 유전체형 상호 간의 연관성을 밝히고자 시행하였다.
본 연구에서는 아데노바이러스 혈청형 1, 2, 5형 총 102주를 대상으로 새로운 유전체형의 분류 방법 및 이들의 상관성을 체계적으로 정립하고자 하였으며, 혈청형 1, 2, 5형들의 발생 분포 양상과 유전체 형에 따른 역학적 특징을 분석하고자 하였다.
아데노바이러스 혈청형 1, 2, 5형의 유전체형 분류는 현재까지 보고된 연구 자료가 매우 제한적이고 분류 방법이 체계적으로 정립되어 있지 않다. 본 연구에서는 지금까지 보고된 혈청형 1, 2, 5형에 관한 연구들을 본 실험 결과와 비교해 봄으로써 이 세 가지 혈청형의 유전체형의 다양성 정도를 평가하였다. 먼저, 혈청형 1형에 관한 이전 연구 결과들을 살펴보면, 1985년 미국 시애틀에서 Fife 등16) 이 12주의 아데노바이러스 혈청형 1형을 5종류의 제한 효소 SmaI, EcoRI, HindIII, KpnI, HpaI을 사용하여 3개의 변이 유전체형을 발견하고 Ad1a, Ad1b, Ad1c로 명명하여 발표한 적이 있었고 1989년 브라질에서 Gomes 등17)이 아데노바이러스 혈청형 1, 3, 5형을 5종류의 제한 효소 BamHI, BglII, BstEII, EcoRI, HindIII를 이용하여 DNA 분석하고 앞의 Ad1a, Ad1b, Ad1c와 다른 변이 주 1개를 발견하여 Ad1d로 명명하여 보고하였다.
제안 방법
100 TCID50에 해당하는 바이러스 농도와 1 : 20으로 희석한 아데노바이러스 혈청형 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 11형에 대한 토끼 항혈청(Denka Seiken, Tokyo, Japan)을 동량 혼합하여 단층 배양한 A549 세포주 plate에 접종하고 37℃ 배양기에서 5일간 배양 후 세포병변 효과가 나타나는지 관찰하였다3, 10). 결과 판독은 형 특이 항체를 반응시킨 well에서만 세포병변 효과가 나타나지 않은 것으로 판단하였다.
12종류의 제한 효소에 의한 분절 형태를 조합하여 유전체형을 분류하고 Li와 Wadell의 명명법에 따라 변이 유전체형을 명명하였다. 그 결과 혈청형 1형 33주에서 18가지의 유전체형을 분리해 낼 수 있었다(Table 1).
1990년 11월부터 2003년 2월까지 하기도 감염으로 서울대학교병원 소아과에 입원하였거나, 인접 지역의 종합병원 소아과에 입원한 소아들로부터 채취한 비인두 흡인물을 검체로 하여 HEp-2 세포주에서 배양 후 간접면역형광검사로 확인하고, 분리된 아데노바이러스를 항혈청 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 11에 대한 세포독성 효과를 관찰함으로 혈청형을 결정하였다. 혈철형 1, 2, 5형을 대상으로 DNA를 추출하고 12가지 제한 효소 BamHI, BclI, BglI, BglII, BstEII, EcoRI, HindIII, HpaI, SalI, SmaI, XbaI, XhoI로 절단한 후 전기영동 시키고 나타나는 분절 형태를 각 혈청형의 표준주와 비교하여 분석하였다.
DNA 밴드는 ethidium bromide 용액으로 20∼30분간 염색한 후 자외선 투영기로 확인하고 염색된 젤은 Image analyzer System(Bio-Print 115; Vilber Lourmat Biotechnology, Marne la Valle, France)을 이용하여 영상을 얻은 후 컴퓨터 분석을 위해 컴퓨터에 저장하고 영상프린터로 출력하였다. 얻어진 자료는 Image analysis software(version 2004, Vilber Lourmat Biotechnology, Marne la Valle, France)를 이용하여 DNA 분절형태(fragment pattern)를각혈청형의 표준주의 분절 형태와 비교하여 분석하였다.
하기도 감염증 소아의 비인두에서 채취한 검체로부터 분리된 아데노바이러스 382주를 대상으로 하여 혈청형을 확인한 결과, 혈청형 1형 33(9%), 혈청형 2형 45(12%), 혈청형 3형 107(28%), 혈청형 4형 16(4%), 혈청형 5형 24(6%), 혈청형 6형 8(2%), 혈청형 7형 116(30%), 혈청형 11형 9(2%), 그 외의 형들이 24(6%)주씩 나타났다. 검체가 채취된 연구 기간 동안에 분리된 아데노바이러스 혈청형 1, 2, 5형 총 102주의 분포 형태를 관찰하기 위하여 바이러스가 분리되어진 시기에 따라 연도 별로 매 2개월 단위로 구분하여 도표에 나타내었다(Fig. 1). 혈청형 1, 2, 5형은 주기적으로 대규모 유행성 감염을 일으키는 혈청형 3형이나 7형에 비해 그 발생 빈도가 낮기는 하였지만 연중 산발적으로 발생하여 여전히 소아들의 호흡기 감염의 중요한 원인균임을 확인할 수 있었다.
우선 12종류의 제한 효소 중 가장 다양한 수의 분절 형태를 보인 제한 효소를 구별 제한 효소(discriminating enzyme)로 지정하고 나머지 제한 효소를 추가적으로 사용하여 나타나는 DNA 분절 형태를 비교 분석하였다. 구별 제한 효소에 의해 나타나는 각 혈청형의 표준주의 분절 형태는 ‘p(prototype)’로 표시하고 표준주(Adenovirus 71, Adenovirus 6, Adenovirus 75)와 모양이 다른 분절 형태들은 ‘a’, ‘b’, ‘c’ 등 알파벳순으로 해당 주들이 분리된 시간적 순서에 따라 지정하였다. 그 다음 추가적으로 사용된 제한 효소들에 의해 또 다른 유형으로 구별되는 분절 형태는 분리된 시간적 순서에 따라 아라비아 숫자를 그 문자 뒤에 추가하여 그 유전체형을 결정하였다.
구별 제한 효소에 의해 나타나는 각 혈청형의 표준주의 분절 형태는 ‘p(prototype)’로 표시하고 표준주(Adenovirus 71, Adenovirus 6, Adenovirus 75)와 모양이 다른 분절 형태들은 ‘a’, ‘b’, ‘c’ 등 알파벳순으로 해당 주들이 분리된 시간적 순서에 따라 지정하였다. 그 다음 추가적으로 사용된 제한 효소들에 의해 또 다른 유형으로 구별되는 분절 형태는 분리된 시간적 순서에 따라 아라비아 숫자를 그 문자 뒤에 추가하여 그 유전체형을 결정하였다.
12종류의 제한 효소 가운데 BglII가 가장 많은 수의 분절 형태를 보여 표준주 Adenovirus 71의 분절 형태 외에 6종류의 다른 분절 형태를 나타내었다. 따라서 제한 효소 BglII를 구별 제한 효소(discriminating enzyme)로 지정하고 나머지 11종류의 제한 효소를 추가적으로 사용하여, 나타나는 DNA 분절 형태를 비교 분석하였다. 분류된 유전체형 가운데 Ad1p5는 총 6주로서 가장 빈번히 분리되었는데 2000년 한 해 동안 5월 말부터 7월 초 사이에 가장 우세한 유전체형으로 집중되어 분리되고 이후로는 더 이상 분리되지 않은 점으로 보아 아마도 이 기간 동안 소규모의 유행이 있었던 것으로 추정된다.
12종류의 제한 효소 가운데 BglII가 가장 많은 수의 분절 형태를 보여 표준주 Adenovirus 6의 분절 형태 외에 5종류의 분절 형태를 나타내었다. 따라서 제한 효소 BglII를 구별 제한 효소로 지정하고 나머지 제한 효소를 추가적으로 사용하여 분석하였다. 분류된 유전체형 가운데 Ad2p3은 총 9주로서 가장 많이 분리되었는데 1991년 초에 연속적으로 3주가 분리된 후 전 연구기간 동안 산발적으로 분리되었고, Ad2a는 총 8주 분리되었는데 1992년 11월부터 전 기간에 거쳐 집단적 분포 없이 분리되었다.
바이러스 DNA는 바이러스가 감염된 세포로부터 Modified Hirt’s procedure법15)으로 추출하고 추출된 DNA는 6개의 염기서열을 인식하는 12종류의 제한 효소 BamHI, BclI, BglI, BglI, BstEII, EcoRI, HindIII, HpaI, SalI, SmaI, XbaI, XhoI(KOSCO Central Research Institute, Seoul, Korea; Roche Diagnostic GmbH, Manheim, Germany)을 이용하여 제조사의 지침 내용에 따라 DNA를 절단하였다. 절단된 DNA는 0.
에 따라 결정하였다. 우선 12종류의 제한 효소 중 가장 다양한 수의 분절 형태를 보인 제한 효소를 구별 제한 효소(discriminating enzyme)로 지정하고 나머지 제한 효소를 추가적으로 사용하여 나타나는 DNA 분절 형태를 비교 분석하였다. 구별 제한 효소에 의해 나타나는 각 혈청형의 표준주의 분절 형태는 ‘p(prototype)’로 표시하고 표준주(Adenovirus 71, Adenovirus 6, Adenovirus 75)와 모양이 다른 분절 형태들은 ‘a’, ‘b’, ‘c’ 등 알파벳순으로 해당 주들이 분리된 시간적 순서에 따라 지정하였다.
혈철형 1, 2, 5형을 대상으로 DNA를 추출하고 12가지 제한 효소 BamHI, BclI, BglI, BglII, BstEII, EcoRI, HindIII, HpaI, SalI, SmaI, XbaI, XhoI로 절단한 후 전기영동 시키고 나타나는 분절 형태를 각 혈청형의 표준주와 비교하여 분석하였다. 유전체형간의 상관성을 비교하기 위하여 PCRF 분석을 시행하였다.
까지 10배씩 계단 희석하여 접종하였다. 접종한 plate를 37℃에서 5일간 배양한 후 세포병변이 50% 나타나는 최대 희석 배수를 관찰하여 TCID50을 구하였다3, 10).
시험관 내에서 세포들이 단층 배양되면 37℃ CO2 배양기에 보관하면서 필요에 따라 사용하였다. 채취한 검체는 24시간 내에 HEp-2 세포 시험관 두 개에 접종하고 바이러스의 특징적인 세포병변 효과(cytopathic effect, CPE)가 나타날 때까지 3∼4주간 매일 관찰하였다. 아데노바이러스는 간접 면역 형광 검사법으로 확인하였다3, 10).
1990년 11월부터 2003년 2월까지 하기도 감염으로 서울대학교병원 소아과에 입원하였거나, 인접 지역의 종합병원 소아과에 입원한 소아들로부터 채취한 비인두 흡인물을 검체로 하여 HEp-2 세포주에서 배양 후 간접면역형광검사로 확인하고, 분리된 아데노바이러스를 항혈청 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 11에 대한 세포독성 효과를 관찰함으로 혈청형을 결정하였다. 혈철형 1, 2, 5형을 대상으로 DNA를 추출하고 12가지 제한 효소 BamHI, BclI, BglI, BglII, BstEII, EcoRI, HindIII, HpaI, SalI, SmaI, XbaI, XhoI로 절단한 후 전기영동 시키고 나타나는 분절 형태를 각 혈청형의 표준주와 비교하여 분석하였다. 유전체형간의 상관성을 비교하기 위하여 PCRF 분석을 시행하였다.
혈청형 1, 2, 5형 내의 각 유전체형 간의 상동성 (homogeneity)과 이형성(heterogeneity)을 비교하기 위하여 각 혈청형별로 변이 유전체형 간 분절편들의 PCRF 분석을 시행하여 그 결과를 토대로 unweighted pair group method with arithrometic averages(UPGMA) 방식으로 dendrogram을 작성하여 비교하였다.
대상 데이터
1990년 11월부터 2003년 2월까지의 기간 동안 급성 기관지염이나 급성 세기관지염 혹은 폐렴 등의 하기도 감염으로 서울대학교병원 소아과에 입원하였거나, 서울지역 타 종합병원 소아과에 입원하여 호흡기 바이러스 배양 검사를 위해 서울대학교 병원 소아과에 검사가 의뢰된 소아들로부터 채취한 비인두 흡인물(nasopharyngeal aspirate)을 검체로 하였으며, HEp-2 세포를 이용한 바이러스 배양 검사에서 분리된 아데노바이러스 382주 가운데 혈청형 1, 2, 5형 총 102주를 연구 대상으로 하였다. 표준 주로 혈청형 1형에는 71형, 혈청형 2형에는 6형, 그리고 혈청형 5형에는 75형을 선택하여 사용하였다14).
분리된 아데노바이러스는 -70℃ 냉동고에 보관하였다. American tissue culture collection(ATCC)로부터 구입한 HEp-2 세포주를 계대 배양하여 배양된 세포의 일부를 16×125 mm screw cap tube에 넣어 시험관 배양하였다. 시험관 내에서 세포들이 단층 배양되면 37℃ CO2 배양기에 보관하면서 필요에 따라 사용하였다.
3)에서 수평 전기영동 기구를 이용하여 8시간 동안 35 V로 전기영동 하였다10). DNA 분절편들의 분자량 크기를 측정하기 위하여 HindIII로 절단한 λ phage DNA를 사용하였다.
데이터처리
DNA 밴드는 ethidium bromide 용액으로 20∼30분간 염색한 후 자외선 투영기로 확인하고 염색된 젤은 Image analyzer System(Bio-Print 115; Vilber Lourmat Biotechnology, Marne la Valle, France)을 이용하여 영상을 얻은 후 컴퓨터 분석을 위해 컴퓨터에 저장하고 영상프린터로 출력하였다. 얻어진 자료는 Image analysis software(version 2004, Vilber Lourmat Biotechnology, Marne la Valle, France)를 이용하여 DNA 분절형태(fragment pattern)를각혈청형의 표준주의 분절 형태와 비교하여 분석하였다. 이중 밴드(double band)는 densitometry로 확인하였다.
혈청형 1, 2, 5형의 변이 유전체형 간의 상관성을 분석하기 위하여 image analyzer(BioNumerics, version 3.5, Applied-Maths, sint-Martens-Latem, Belgium)를 이용하여 각 혈청형별로 변이 유전체형 간 분절편들에 pairwise comigrating restriction fragments(PCRF) 분석6, 9)을 시행하여 비교하였다.
이론/모형
유전체형은 Li와 Wadell의 명명법7)에 따라 결정하였다. 우선 12종류의 제한 효소 중 가장 다양한 수의 분절 형태를 보인 제한 효소를 구별 제한 효소(discriminating enzyme)로 지정하고 나머지 제한 효소를 추가적으로 사용하여 나타나는 DNA 분절 형태를 비교 분석하였다.
성능/효과
혈청형 2형 45주에서는 25가지의 유전체형이 분리되었다(Table 2). 12종류의 제한 효소 가운데 BglII가 가장 많은 수의 분절 형태를 보여 표준주 Adenovirus 6의 분절 형태 외에 5종류의 분절 형태를 나타내었다. 따라서 제한 효소 BglII를 구별 제한 효소로 지정하고 나머지 제한 효소를 추가적으로 사용하여 분석하였다.
그 결과 혈청형 1형 33주에서 18가지의 유전체형을 분리해 낼 수 있었다(Table 1). 12종류의 제한 효소 가운데 BglII가 가장 많은 수의 분절 형태를 보여 표준주 Adenovirus 71의 분절 형태 외에 6종류의 다른 분절 형태를 나타내었다. 따라서 제한 효소 BglII를 구별 제한 효소(discriminating enzyme)로 지정하고 나머지 11종류의 제한 효소를 추가적으로 사용하여, 나타나는 DNA 분절 형태를 비교 분석하였다.
혈청형 1, 2. 5형의 유전체형에 대한 상관성 분석 결과에서 2형과 5형 유전체형 간의 PCRF 백분율이 모두 80% 이상으로 비교적 높은 상동성을 보인 반면, 혈청형 1형의 경우 각 genomic cluster 내에서의 PCRF 백분율 값은 높은 상동성을 유지하고 있었지만, 전체 유전체형들 간의 값은 80% 보다 더 낮게 나타났다. 이러한 결과는 혈청형 1형이 2형과 5형에 비하여 DNA의 다양성이 더 높음을 보여주는 결과로 생각된다.
혈청형 2형의 유전체형들 간의 PCRF 백분율 값은 82∼99%로 나타났다. Ad2b와 그 외의 유전체형들 간이 82%로 가장 낮았고 Ad2p1-Ad2p12, Ad2a, Ad2a1-Ad2a6, Ad2d 상호 간과 Ad2c, Ad2e, Ad2e1-Ad2e3 상호 간의 값은 모두 88% 이상으로 비교적 높은 상동성을 보였다. 혈청형 5형의 유전체형들 간의 PCRF 백분율 값은 85∼99%로 나타났는데 Ad5p의 변이 형들과 Ad5a의 변이형들 간의 값이 85%로 가장 낮았고, Ad5p의 변이형들 Ad5p1, Ad5p2 상호 간과, Ad5a의 변이형들 Ad5a, Ad5a1-Ad5a7 상호 간은 각각 98%, 93% 이상의 높은 상동성을 보였다.
PCRF 80%를 기준치로 하였을 때 18개의 유전체형은 2개의 Genomic Clusters(GCs), Cluster 1(GC1)과 Cluster 2(GC2)로 구분되었다. 각 Cluster 내에서의 PCRF 백분율은 GC1이 91∼99%, GC2가 87∼99%로 높은 상동성을 유지하고 있었다. 상동성 정도의 평가 기준치로 80%를 정하는 이유는 subgenus D에 속하는 혈청형 9형과 10형 간의 PCRF 백분율이 79%, subgenus C의 혈청형 2형과 6형 간이 77%, 혈청형 1형과 2형 간이 76%, 그리고 subgenus B의 혈청형 3형과 7형 간이 80%, 혈청형 34형과 35형 간이 78%로 나타난 결과에 근거한 것이다9) .
. 결과 판독은 형 특이 항체를 반응시킨 well에서만 세포병변 효과가 나타나지 않은 것으로 판단하였다.
먼저, 혈청형 1형에 관한 이전 연구 결과들을 살펴보면, 1985년 미국 시애틀에서 Fife 등16) 이 12주의 아데노바이러스 혈청형 1형을 5종류의 제한 효소 SmaI, EcoRI, HindIII, KpnI, HpaI을 사용하여 3개의 변이 유전체형을 발견하고 Ad1a, Ad1b, Ad1c로 명명하여 발표한 적이 있었고 1989년 브라질에서 Gomes 등17)이 아데노바이러스 혈청형 1, 3, 5형을 5종류의 제한 효소 BamHI, BglII, BstEII, EcoRI, HindIII를 이용하여 DNA 분석하고 앞의 Ad1a, Ad1b, Ad1c와 다른 변이 주 1개를 발견하여 Ad1d로 명명하여 보고하였다. 공통으로 사용된 제한 효소의 절단 유형을 비교하였을 때, 이들 변이 유전체형 중 Ad1a, Ad1b, Ad1c는 본 연구의 어떤 유전체형과도 일치하지 않는 유형이었다. Ad1d는 분절 형태가 명확히 기술되지 않아 본 연구의 결과와 정확한 비교를 할 수 없었다.
12종류의 제한 효소에 의한 분절 형태를 조합하여 유전체형을 분류하고 Li와 Wadell의 명명법에 따라 변이 유전체형을 명명하였다. 그 결과 혈청형 1형 33주에서 18가지의 유전체형을 분리해 낼 수 있었다(Table 1). 12종류의 제한 효소 가운데 BglII가 가장 많은 수의 분절 형태를 보여 표준주 Adenovirus 71의 분절 형태 외에 6종류의 다른 분절 형태를 나타내었다.
본 연구를 통하여 국내에서 분리된 아데노바이러스 혈청형 1, 2, 5형의 다양한 유전체형을 체계적으로 분석할 수 있었다. 혈청형 1, 2, 5형이 주로 산발성 감염을 일으키는 것으로 알려져 왔으나, 유전체형에 따라 역학적 특징이 다르게 나타날 수 있으며, 이는 DNA의 변형에 의한 유전체형의 변화가 바이러스의 감염력과 생존력에 변화를 일으켰을 가능성을 시사한다.
변이 유전체형은 혈청형 1형 18종류, 2형 25종류, 5형 10종류가 분류되었으며 Ad1p1-Ad1p7, Ad1a, Ad1b, Ad1b1-Ad1b3, Ad1c, Ad1d, Ad1e, Ad1e1, Ad1e2, Ad1f; Ad2p1-Ad2p11, Ad2a, Ad2a1-Ad2a6, Ad2b, Ad2c, Ad2d, Ad2e, Ad2e1-Ad2e3; Ad5p1, Ad5p2, Ad5a, Ad5a1-Ad5a7로 명명되었다. 본 연구에서는 표준주나 이전에 보고 된 유전체형과 일치하는 유전체형은 분리되지 않았다. 대부분의 유전체형은 전 연구기간 동안 1∼2주만 분리되었고 일부 유전체형들은 산발적으로 2회 이상 반복 분리되었다.
아데노바이러스 혈청형 1, 2, 5형은 전체적으로 특정 기간에 집단적으로 발생하는 뚜렷한 유행 양상은 관찰되지 않았고 전 연구기간에 걸쳐 연중 산발적 분포 형태를 이루며 발생하였던 것으로 나타났다. 각 혈청형별 유전체형들의 감염 발생 분포 양상은, 전 연구기간 동안 1∼2주만 분리되고 더 이상 분리되지 않는 경우가 대부분이었고, 일부 유전체형들은 전 기간에 걸쳐 산발적으로 수 주가 반복 분리되었다.
따라서 시간이 경과할 수록 새로운 감염 발생원이 되고 있는 바이러스들은 원형과는 매우 다른 변화된 DNA 염기 서열을 갖는 병원체가 되는 것이다. 이러한 바이러스 DNA의 변이는 본 연구에서 시행한 DNA 제한 효소 분석법으로 밝혀낼 수 있는데 제한 효소에 의해 절단된 DNA 분절 형태의 변화는 기존 바이러스의 DNA 염기 서열에 변화가 생겼다는 것을 의미하기 때문이다. 아데노바이러스 유전체형의 점진적 변이 현상은 혈청형 4형의 유전체형 연구 예에서도 증명된 바 있는데 새로운 유행 감염주의 유전체형은 원형과 그리고 그 혈청형의 백신 주와도 매우 상이한 형태를 보였다24, 25).
이상에서 살펴본 바와 같이 본 연구에서 분리된 유전체형들은 각 혈청형의 표준주와 비교하였을 때 12종류 제한 효소 모두에서 표준주와 동일한 분절 형태를 보인 주는 한 주도 발견되지 않았고, 이전에 보고 된 유전체형 가운데 본 연구 결과와 일치하는 유전체형도 관찰되지 않았다. 이러한 결과는 아데노바이러스 혈청형 1, 2, 5형이 분리 시기와 분리된 장소에 따라 다양한 변이를 나타낸다는 점을 시사한다.
1). 혈청형 1, 2, 5형은 주기적으로 대규모 유행성 감염을 일으키는 혈청형 3형이나 7형에 비해 그 발생 빈도가 낮기는 하였지만 연중 산발적으로 발생하여 여전히 소아들의 호흡기 감염의 중요한 원인균임을 확인할 수 있었다.
Ad2b와 그 외의 유전체형들 간이 82%로 가장 낮았고 Ad2p1-Ad2p12, Ad2a, Ad2a1-Ad2a6, Ad2d 상호 간과 Ad2c, Ad2e, Ad2e1-Ad2e3 상호 간의 값은 모두 88% 이상으로 비교적 높은 상동성을 보였다. 혈청형 5형의 유전체형들 간의 PCRF 백분율 값은 85∼99%로 나타났는데 Ad5p의 변이 형들과 Ad5a의 변이형들 간의 값이 85%로 가장 낮았고, Ad5p의 변이형들 Ad5p1, Ad5p2 상호 간과, Ad5a의 변이형들 Ad5a, Ad5a1-Ad5a7 상호 간은 각각 98%, 93% 이상의 높은 상동성을 보였다.
후속연구
혈청형 1, 2, 5형이 주로 산발성 감염을 일으키는 것으로 알려져 왔으나, 유전체형에 따라 역학적 특징이 다르게 나타날 수 있으며, 이는 DNA의 변형에 의한 유전체형의 변화가 바이러스의 감염력과 생존력에 변화를 일으켰을 가능성을 시사한다. 본 연구 결과는 혈청형 1, 2, 5형의 비교 자료로 활용될 수 있을 뿐만 아니라, 변이 유전체형들에 대한 정보를 제공함으로써 백신 개발을 위한 기초 자료로 활용될 수 있을 것으로 기대된다.
본 연구결과는 현재 전 세계적으로 이루어지고 있는 제한 효소 DNA 분석법을 이용한 아데노바이러스 연구자들에게 혈청형 1, 2, 5형의 비교 자료로 활용될 수 있을 뿐만 아니라 혈청형 내에 존재하는 변이 유전체형들에 대한 정보를 제공함으로써 향후, 아데노바이러스 감염의 역학 조사 및 새로운 백신 개발을 위한 기초 자료로 활용될 수 있을 것으로 기대된다.
질의응답
핵심어
질문
논문에서 추출한 답변
아데노바이러스 감염이 전체 호흡기 질환에서 차지하는 비율은?
아데노바이러스 감염은 전체 호흡기 질환의 2∼5%를 차지한다1). 소아에서 호흡기 감염의 비율은 보고에 따라 다르지만 2∼24%에 이른다.
아데노바이러스 감염의 발병률이 가장 높은 연령층은?
소아에서 호흡기 감염의 비율은 보고에 따라 다르지만 2∼24%에 이른다. 아데노바이러스 감염은 전 연령층에 나타날 수 있지만 주로 6개월에서 5세 미만의 유소아에서 가장 발병률이 높다. 국내에서는 1995년부터 1998년까지 아데노바이러스 3형과 7형에 의한 심한 소아기 폐렴이 대유행한 이후로 아데노바이러스의 호흡기 감염에 관한 연구에 관심을 갖게 되었다2, 3).
아데노바이러스의 면과 모서리에 존재하는 항원결정기를 가지는 세 가지의 단백은?
아데노바이러스 DNA의 전체 크기는 약 36 kb로 비피막형, 이중 나선형, DNA 구조로 되어 있으며, 바이러스의 외피를 구성하는 capsid는 20면체의 단백질로 이루어져 있고, 그 면과 모서리에 hexon과 penton base, fiber가 존재한다. 이 세 가지 단백은 중요한 항원을 제공하는 항원결정기를 가지고 있다1).
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