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논문 상세정보

A Bayesian Multiple Testing of Detecting Differentially Expressed Genes in Two-sample Comparison Problem

Abstract

The Bayesian approach to multiple testing procedure for one sample testing problem proposed by Scott and Berger (2003) is extended to two-sample comparison problem in microarray experiments. The prior distribution of each gene's mean for one sample is given conditionally on the corresponding gene's mean for the other sample. Posterior distributions of interesting parameters are derived and estimated based on an importance sampling method. A simulated example is given for illustration.

참고문헌 (9)

  1. Benjamini, Y. and Hochberg, Y. (1995). Controlling the false discovery rate: A pratical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, Vol. 57, 289-300 
  2. Dudoit, S, Yang, Y., Callow, M., Speed, T. (2002). Statistical methods for identifying genes with differential expression in replicated cDNA microarray experiments. Statistica Sinica, Vol. 12, 111-139 
  3. Kerr, M. and Churchill, G. (2000). Analysis of variance for gene expression microarray data. Journal of Computational Biology, Vol. 7, 819-837 
  4. Tusher, V., Tibshirani, Rand Chu, C. (2001), Significance analysis of microarrays applied to transcriptional responses to ionizing radiation. Proceedings of the National Academy of Sciences, Vol. 98, 5116-5121 
  5. Westfall, P. and Young, S. (1993). Resampling-Based Multiple Testing: Examples and Methods for P-value Adjustment, Wiley, New York 
  6. Yang, Y., Buckley, M. and Speed, T. (2001), Analysis of cDNA microarray images, Briefings in Bionformatics, Vol. 2, 341-349 
  7. Efron, B., Tibshirani, R., Storey, J., Tusher, V. (2000). Empirical Bayes analysis of a microarray experiment. Journal of the American Statistical Association, Vol. 96, 1151-1160 
  8. Scott, J. and Berger, J. (2003). An exploration of aspects of Bayesian multiple testing. Technical Report, Institute of Statistics and Decision Sciences, Duke University, Durham, Available from: http://www.stat.duke.edu/~berger/papers/multcomp.pdf 
  9. Storey, J. (2002). A direct approach to false discovery rates. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, Vol. 64, 479-498 

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