$\require{mediawiki-texvc}$

연합인증

연합인증 가입 기관의 연구자들은 소속기관의 인증정보(ID와 암호)를 이용해 다른 대학, 연구기관, 서비스 공급자의 다양한 온라인 자원과 연구 데이터를 이용할 수 있습니다.

이는 여행자가 자국에서 발행 받은 여권으로 세계 각국을 자유롭게 여행할 수 있는 것과 같습니다.

연합인증으로 이용이 가능한 서비스는 NTIS, DataON, Edison, Kafe, Webinar 등이 있습니다.

한번의 인증절차만으로 연합인증 가입 서비스에 추가 로그인 없이 이용이 가능합니다.

다만, 연합인증을 위해서는 최초 1회만 인증 절차가 필요합니다. (회원이 아닐 경우 회원 가입이 필요합니다.)

연합인증 절차는 다음과 같습니다.

최초이용시에는
ScienceON에 로그인 → 연합인증 서비스 접속 → 로그인 (본인 확인 또는 회원가입) → 서비스 이용

그 이후에는
ScienceON 로그인 → 연합인증 서비스 접속 → 서비스 이용

연합인증을 활용하시면 KISTI가 제공하는 다양한 서비스를 편리하게 이용하실 수 있습니다.

[국내논문] N과 X를 포함하는 DNA 서열을 위한 효율적인 지역정렬 알고리즘
An Efficient Local Alignment Algorithm for DNA Sequences including N and X 원문보기

정보과학회논문지. Journal of KIISE. 컴퓨팅의 실제 및 레터, v.16 no.3, 2010년, pp.275 - 280  

김진욱 (인하대학교 컴퓨터정보공학부)

초록
AI-Helper 아이콘AI-Helper

지역정렬(local alignment) 알고리즘은 주어진 두 서열에서 서로 유사한 부분 문자열을 찾아내는 알고리즘이다. DNA 서열은 A, C, G, T 외에 N과 X도 가질 수 있는데, N과 X는 DNA로부터 염기배열 정보를 뽑아낼 때 실험적인 이유로 혹은 다른 이유로 일부 배열 정보를 잃어버린 경우에 사용된다. 본 논문에서는 A, C, G, T 이외에 N과 X를 모두 갖는 DNA 서열의 affine gap penalty metric에 대한 지역정렬을 찾는 효율적인 알고리즘을 제시한다. 이는 N만 처리할 수 있는 Kim-Park 알고리즘을 N과 X를 모두 처리할 수 있도록 성공적으로 확장한 결과이며, 더불어 새로운 문자가 추가되더라도 바로 적용이 가능한 일반화된 결과이다.

Abstract ▼ AI-Helper 아이콘AI-Helper

A local alignment algorithm finds a substring pair of given two strings where two substrings of the pair are similar to each other. A DNA sequence can consist of not only A, C, G, and T but also N and X where N and X are used when the original bases lose their information for various reasons. In thi...

Keyword

#DNA 서열   #지역정렬  

참고문헌 (11)

  1. D. Gusfield, Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, New York, 1997. 

  2. P. Green, PHRAP, http://www.phrap.org. 

  3. E.W. Myers, G.G. Sutton, A.L. Delcher, I.M. Dew, D.P. Fasulo, et al., A Whole-Genome Assembly of Drosophila, Science, 287, pp.2196-2204, 2000. 

    상세보기 crossref

  4. A. Batzoglou, D.B. Jaffe, K. Stanley, J. Butler, et al., ARACHNE: A Whole-Genome Shotgun Assembler, Genome Research, 12, pp.177-189, 2002. 

    상세보기 crossref

  5. J. Wang, G.K. Wong, P. Ni, et al., RePS: A Sequence Assembler that Masks Exact Repeats Identified from the Shotgun Data, Genome Research, 12, pp.824-831, 2002. 

    상세보기 crossref

  6. J.W. Kim, K. Roh, K. Park, H. Park, J. Seo, MLP: Mate-Based Sequence Layout with PHRAP, Bioinformatics and Biosystems, 1(1), pp.61-66, 2006. 

    원문보기 상세보기

  7. T.F. Smith, M.S. Waterman, Identification of Common Molecular Subsequences, Journal of Molecular Biology, 147, pp.195-197, 1981. 

    상세보기 crossref

  8. O. Gotoh, An Improved Algorithm for Matching Biological Sequences, Journal of Molecular Biology, 162, pp.705-708, 1982. 

    상세보기 crossref

  9. J.W. Kim, K. Park, An Efficient Alignment Algorithm for Masked Sequences, Theoretical Computer Science, 370, pp.19-33, 2007. 

    상세보기 crossref

  10. NC-UIB, Nomenclature for Incompletely Specified Bases in Nucleic Acid Sequences. Recommendations 1984, The European Journal of Biochemistry, 150, pp.1-5, 1985. 

    상세보기 crossref

  11. J.W. Kim, A. Amir, G.M. Landau, K. Park, Computing Similarity of Run-Length Encoded Strings with Affine Gap Penalty, Theoretical Computer Science, 395, pp.268-282, 2008. 

    상세보기 crossref

활용도 분석정보

상세보기
다운로드
내보내기

활용도 Top5 논문

해당 논문의 주제분야에서 활용도가 높은 상위 5개 콘텐츠를 보여줍니다.
더보기 버튼을 클릭하시면 더 많은 관련자료를 살펴볼 수 있습니다.

관련 콘텐츠

저작권 관리 안내
섹션별 컨텐츠 바로가기

AI-Helper ※ AI-Helper는 오픈소스 모델을 사용합니다.

AI-Helper 아이콘
AI-Helper
안녕하세요, AI-Helper입니다. 좌측 "선택된 텍스트"에서 텍스트를 선택하여 요약, 번역, 용어설명을 실행하세요.
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.

선택된 텍스트

맨위로