배추는 배추속 식물의 A genome을 대표하는 모델로서 다양한 배추과 작물의 유전학 및 유전체학과 육종연구의 기반이 되는 중요한 작물이다. 최근 들어 배추 유전체 해독이 완료됨에 따라 유전체의 기능 연구가 보다 활발히 진행될 것으로 기대된다. 유전체 정보로부터 유전자의 구조를 예측하고, 기능을 분석하여 프로모터를 포함한 유용 유전자를 개발하기 위한 필수 재료로 이용되는 것이 다양한 조직 또는 실험 처리로부터 생성된 발현 유전자 데이터이다. 2011년 7월 현재 공공 데이터베이스에는 39개의 cDNA library로부터 분석된 147,217개의 배추 발현유전자가 보고되어 있다. 그러나 이들 발현 유전자들은 체계적으로 분석되거나 데이터베이스 형태로 정리되어 있지 않기 때문에 연구자들이 유전자 서열로부터 유용한 정보를 추출하여 사용하기 어려운 문제점이 있다. 따라서 해독 완료된 배추 유전체와 함께 발현 유전자 정보를 보다 잘 활용하기 위하여 배추의 조직 특이적 발현유전자 데이터베이스인 BrTED를 개발하였다. 데이터베이스는EST 서열 처리-정보 검색 단위와 조직특이성 발현 특성 분석 단위로 이루어져 있으며, 각 정보들은 상호 연결되어 유기적인 검색 환경을 제공하게 하였다. BrTED는 23,962개의 단일 조합 유전자서열을 포함하고 있으며, 각 서열들의 유전자 주석과 암호화하고 있는 단백질의 기능을 동시에 제공한다. 또한 각 단일 조합 유전자서열들의 조직별 발현 특이성을 통계 분석을 통해 조사하여 연구자의 검색 기준에 따라 제공한다. BrTED의 실효성을 검증하기 위하여 데이터베이스를 통해 조직 특이적 발현 유전자 29개를 선발하고, 이들의 발현 특성을 RT-PCR로 확인한 결과, 선발한 유전자 모두 목표한 조직에서 특이적이거나 강한 발현을 보였다. BrTED는 조직 특이적 발현유전자를 신속하게 선발할 수 있는 공공 데이터베이스로서 배추의 기능 유전체 연구뿐만 아니라 근연 배추속 작물의 유전학과 유전체학 연구에 유용한 공공 연구 자원으로 이용될 수 있을 것이다.
배추는 배추속 식물의 A genome을 대표하는 모델로서 다양한 배추과 작물의 유전학 및 유전체학과 육종연구의 기반이 되는 중요한 작물이다. 최근 들어 배추 유전체 해독이 완료됨에 따라 유전체의 기능 연구가 보다 활발히 진행될 것으로 기대된다. 유전체 정보로부터 유전자의 구조를 예측하고, 기능을 분석하여 프로모터를 포함한 유용 유전자를 개발하기 위한 필수 재료로 이용되는 것이 다양한 조직 또는 실험 처리로부터 생성된 발현 유전자 데이터이다. 2011년 7월 현재 공공 데이터베이스에는 39개의 cDNA library로부터 분석된 147,217개의 배추 발현유전자가 보고되어 있다. 그러나 이들 발현 유전자들은 체계적으로 분석되거나 데이터베이스 형태로 정리되어 있지 않기 때문에 연구자들이 유전자 서열로부터 유용한 정보를 추출하여 사용하기 어려운 문제점이 있다. 따라서 해독 완료된 배추 유전체와 함께 발현 유전자 정보를 보다 잘 활용하기 위하여 배추의 조직 특이적 발현유전자 데이터베이스인 BrTED를 개발하였다. 데이터베이스는 EST 서열 처리-정보 검색 단위와 조직특이성 발현 특성 분석 단위로 이루어져 있으며, 각 정보들은 상호 연결되어 유기적인 검색 환경을 제공하게 하였다. BrTED는 23,962개의 단일 조합 유전자서열을 포함하고 있으며, 각 서열들의 유전자 주석과 암호화하고 있는 단백질의 기능을 동시에 제공한다. 또한 각 단일 조합 유전자서열들의 조직별 발현 특이성을 통계 분석을 통해 조사하여 연구자의 검색 기준에 따라 제공한다. BrTED의 실효성을 검증하기 위하여 데이터베이스를 통해 조직 특이적 발현 유전자 29개를 선발하고, 이들의 발현 특성을 RT-PCR로 확인한 결과, 선발한 유전자 모두 목표한 조직에서 특이적이거나 강한 발현을 보였다. BrTED는 조직 특이적 발현유전자를 신속하게 선발할 수 있는 공공 데이터베이스로서 배추의 기능 유전체 연구뿐만 아니라 근연 배추속 작물의 유전학과 유전체학 연구에 유용한 공공 연구 자원으로 이용될 수 있을 것이다.
Brassica rapa is an A genome model species for Brassica crop genetics, genomics, and breeding. With the completion of sequencing the B. rapa genome, functional analysis of the genome is forthcoming issue. The expressed sequence tags are fundamental resources supporting annotation and functional anal...
Brassica rapa is an A genome model species for Brassica crop genetics, genomics, and breeding. With the completion of sequencing the B. rapa genome, functional analysis of the genome is forthcoming issue. The expressed sequence tags are fundamental resources supporting annotation and functional analysis of the genome including identification of tissue-specific genes and promoters. As of July 2011, 147,217 ESTs from 39 cDNA libraries of B. rapa are reported in the public database. However, little information can be retrieved from the sequences due to lack of organized databases. To leverage the sequence information and to maximize the use of publicly-available EST collections, the Brassica rapa tissue-specific EST database (BrTED) is developed. BrTED includes sequence information of 23,962 unigenes assembled by StackPack program. The unigene set is used as a query unit for various analyses such as BLAST against TAIR gene model, functional annotation using MIPS and UniProt, gene ontology analysis, and prediction of tissue-specific unigene sets based on statistics test. The database is composed of two main units, EST sequence processing and information retrieving unit and tissue-specific expression profile analysis unit. Information and data in both units are tightly inter-connected to each other using a web based browsing system. RT-PCR evaluation of 29 selected unigene sets successfully amplified amplicons from the target tissues of B. rapa. BrTED provided here allows the user to identify and analyze the expression of genes of interest and aid efforts to interpret the B. rapa genome through functional genomics. In addition, it can be used as a public resource in providing reference information to study the genus Brassica and other closely related crop crucifer plants.
Brassica rapa is an A genome model species for Brassica crop genetics, genomics, and breeding. With the completion of sequencing the B. rapa genome, functional analysis of the genome is forthcoming issue. The expressed sequence tags are fundamental resources supporting annotation and functional analysis of the genome including identification of tissue-specific genes and promoters. As of July 2011, 147,217 ESTs from 39 cDNA libraries of B. rapa are reported in the public database. However, little information can be retrieved from the sequences due to lack of organized databases. To leverage the sequence information and to maximize the use of publicly-available EST collections, the Brassica rapa tissue-specific EST database (BrTED) is developed. BrTED includes sequence information of 23,962 unigenes assembled by StackPack program. The unigene set is used as a query unit for various analyses such as BLAST against TAIR gene model, functional annotation using MIPS and UniProt, gene ontology analysis, and prediction of tissue-specific unigene sets based on statistics test. The database is composed of two main units, EST sequence processing and information retrieving unit and tissue-specific expression profile analysis unit. Information and data in both units are tightly inter-connected to each other using a web based browsing system. RT-PCR evaluation of 29 selected unigene sets successfully amplified amplicons from the target tissues of B. rapa. BrTED provided here allows the user to identify and analyze the expression of genes of interest and aid efforts to interpret the B. rapa genome through functional genomics. In addition, it can be used as a public resource in providing reference information to study the genus Brassica and other closely related crop crucifer plants.
* AI 자동 식별 결과로 적합하지 않은 문장이 있을 수 있으니, 이용에 유의하시기 바랍니다.
문제 정의
본 연구에서는 배추 발현유전자를 단일 조합 유전자서열(unigene)로 정리하고, TAIR와 MIPS, UniProt 데이터베이스에 대한 탐색, gene ontology(GO) 분석과 통계분석을 수행하여 배추의 조직 특이적 발현유전자를 발굴하고, 이를 연구자들이 쉽게 사용할 수 있는 공공 데이터베이스로 개발하였다. 배추의 조직 특이성 발현유전자 데이터베이스(The Brassica rapa tissue-specific EST database, BrTED)는 크게 발현유전자 서열 처리 및 정보 검색 단위와 조직 특이성 유전자 분석 단위로 구성되어 있다.
제안 방법
5U DNA polymerase로 만든 PCR 혼합액을 넣고 ddH2O로 최종 반응 부피를 30μL로 하였다. PCR은 프라이머의 조건에 따라서 Tm 값을 조절하였으며 유전자의 증폭 양에 따라 20-24 cycles로 반응하였다. RT-PCR에 사용된 프라이머는 Pickprimer 프로그램(Chung et al.
각 조직의 약 1μg의 RNA로부터 Reverse Transcription System(Fermentas, Burlington, Canada)를 이용하여 cDNA를 합성하였다.
005)에 따라 사용자가 조직 특이적 단일 조합 유전자서열을 검색할 수 있게 했고, 단독서열의 경우 각 서열의 조직 정보를 이용하거나 GenBank accession으로 직접 검색할 수 있게 하였다. 검색 결과는 서브 웹 페이지로 이동하여 각 조직 별 특이적 단일 조합 유전자서열에 대한 유전자 주석과 기능 예측 정보, 클러스터링된 EST들의 정보를 확인할 수 있게 하였다. 또한 GO와 FunCat, EC number, UniProt 데이터베이스에 연결되게 하여 보다 자세한 정보를 열람할 수 있게 구성하였다.
단일 조합 유전자서열 제작은 StackPACK v2.2 프로그램(South African National Bioinformatics Institute)을 이용하여 98% 일치도 기준으로 조립하였다. 배추 발현유전자 단일 조합 유전자서열 세트의 기능을 예측하기 위하여 BLAST 프로그램(Altschul et al.
데이터베이스를 이용하여 선발한 조직 특이적 유전자의 발현 양상을 검정하기 위하여 RT-PCR을 수행하였다. 지부 배추의 결구기 잎과 뿌리, 그리고 꽃 등 3개 조직의 시료약 5g을 각각 채취하여 액체질소 하에서 동결 분쇄한 후 Hybrid-R kit(GeneAll, Seoul, Korea)을 이용하여 전체 RNA를 추출하였다.
EST는 발현된 유전자의 단편으로 길이가 짧고 중복적인 서열을 다수 포함하고 있다. 따라서 각 조직에서 발현되는 특정 서열 조각들로부터 중복 서열을 제거하고, 중첩되는 서열을 조립하여 보다 긴 서열로 가공한 단일 조합 유전자 서열로 정리하였다. 배추는 전체 유전체가 3배수화되어 있기 때문에 paralog 유전자간에 서열 유사도가 높다(Mun et al.
검색 결과는 서브 웹 페이지로 이동하여 각 조직 별 특이적 단일 조합 유전자서열에 대한 유전자 주석과 기능 예측 정보, 클러스터링된 EST들의 정보를 확인할 수 있게 하였다. 또한 GO와 FunCat, EC number, UniProt 데이터베이스에 연결되게 하여 보다 자세한 정보를 열람할 수 있게 구성하였다. Download 페이지는 데이터베이스를 통해 분석한 모든 데이터를 내려 받을 수 있게 하였다.
, 2004). 또한 UniProt 및 EC peptide 데이터와 비교하여 단일 조합 유전자서열이 암호화하는 단백질 정보를 추론하였고 EC 번호에 따라 유전자를 분류하였다(Scheer et al., 2011; UniProt Consortium, 2009).
배추의 뿌리, 잎, 그리고 꽃에서 특이적으로 발현되는 공통 서열 단일 조합 유전자서열 29개를 p < 0.01 수준에서 선발하였고 이들 유전자들의 조직 특이성 발현 양상을 RT-PCR을 이용하여 조사하였다(Table 3 and Fig. 4).
, 2009). 이 점을 고려하여 중첩되는 서열간 서열 일치도 98% 수준에서 StackPACK 프로그램을 사용하여 EST 클러스터링(clustering)과 어셈블리(assembly)를 제작하였다(George, 2001). 그 결과 공통서열 14,779개와 단독서열 9,183개 등 총 23,962개의 단일 조합 유전자서열을 얻었다.
데이터베이스를 이용하여 선발한 조직 특이적 유전자의 발현 양상을 검정하기 위하여 RT-PCR을 수행하였다. 지부 배추의 결구기 잎과 뿌리, 그리고 꽃 등 3개 조직의 시료약 5g을 각각 채취하여 액체질소 하에서 동결 분쇄한 후 Hybrid-R kit(GeneAll, Seoul, Korea)을 이용하여 전체 RNA를 추출하였다. 각 조직의 약 1μg의 RNA로부터 Reverse Transcription System(Fermentas, Burlington, Canada)를 이용하여 cDNA를 합성하였다.
각 단위는 상호 연결되어 웹기반 검색 시스템으로 사용자들에게 제공된다. 한편 BrTED를 활용하여 발굴한 조직 특이성 발현유전자를 Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction(RT-PCR)로 확인함으로써 데이터베이스의 실효성을 검정하였다.
합성한 cDNA 1μL(0.05μg)에 각각 5μM의 상류와 하류 프라이머, 10X PCR buffer, 2mM의 dNTP 혼합액, 0.5U DNA polymerase로 만든 PCR 혼합액을 넣고 ddH2O로 최종 반응 부피를 30μL로 하였다.
대상 데이터
RT-PCR의 유전자 대조구로 배추 actin(BrACT)을 사용하였으며, 사용된 프라이머 서열은 BrACT-F는 5'-ATATCCGATCGAGCACGGTA-3'와 BrACT-R로서 5'-CGCCCACTAGCGTAAAGAGA-3'이다.
rapa ssp. pekinensis ESTs used in this study.
0을 사용하였다. 데이터베이스 웹 사이트는 http://BrTED.rna.kr이다.
배추 조직 특이적 발현유전자 데이터베이스는 메인 웹 페이지 5개와 서브 웹 페이지 4개로 구성하였다. 메인 페이지는 Introduction, Statistics, Tissue Specificity, Download, Contact 페이지로 이루어져 있다(Fig.
본 연구에서는 NCBI에 등록되어 있는 배추 발현유전자 147,217개를 사용하였다. 이중 127,144개 발현유전자는 국립농업과학원에서 다양한 조직과 발달 단계, 그리고 병 또는 스트레스 처리 후에 제작한 배추 cDNA library 28개로부터 개발되었으며, 나머지 20,073개 발현유전자는 NCBI dbEST (http://www.
데이터처리
2 프로그램(South African National Bioinformatics Institute)을 이용하여 98% 일치도 기준으로 조립하였다. 배추 발현유전자 단일 조합 유전자서열 세트의 기능을 예측하기 위하여 BLAST 프로그램(Altschul et al., 1990)을 이용하여 애기장대의 TAIR 유전자 모델(http://www.arabidopsis.org), GO 데이터, MIPS의 Functional Category(FunCat)에 비교 분석하였다(Carbon et al., 2009; Ruepp et al., 2004). 또한 UniProt 및 EC peptide 데이터와 비교하여 단일 조합 유전자서열이 암호화하는 단백질 정보를 추론하였고 EC 번호에 따라 유전자를 분류하였다(Scheer et al.
이론/모형
PCR은 프라이머의 조건에 따라서 Tm 값을 조절하였으며 유전자의 증폭 양에 따라 20-24 cycles로 반응하였다. RT-PCR에 사용된 프라이머는 Pickprimer 프로그램(Chung et al., 2011)을 이용하여 제작하였다. RT-PCR의 유전자 대조구로 배추 actin(BrACT)을 사용하였으며, 사용된 프라이머 서열은 BrACT-F는 5'-ATATCCGATCGAGCACGGTA-3'와 BrACT-R로서 5'-CGCCCACTAGCGTAAAGAGA-3'이다.
따라서 공통서열(tandem consensus) 단일 조합 유전자서열은 library의 식물체 조직 정보를 대상으로 p value 0.01 수준에서 포아송 분포(Poisson distribution)를 이용한 Audic’s test(Audic and Claverie, 1997)를 수행하여 조직 특이 유전자를 선발하였다.
성능/효과
A. Sequences were extracted from dbEST and were subjected to quality control screening (vector, E. coli, polyA, T, or CT removal, minimum length = 100 bp, < 3% N).
이 점을 고려하여 중첩되는 서열간 서열 일치도 98% 수준에서 StackPACK 프로그램을 사용하여 EST 클러스터링(clustering)과 어셈블리(assembly)를 제작하였다(George, 2001). 그 결과 공통서열 14,779개와 단독서열 9,183개 등 총 23,962개의 단일 조합 유전자서열을 얻었다. 전체 단일 조합 유전자서열과 발표된 배추 유전체 유전자 모델을 BLASTN(E-50, query coverage > 50%) 비교한 결과 90%의 단일 조합 유전자서열이 유전자 모델에 매핑되었으나 약 10%의 단일 조합 유전자서열은 유전자 모델과 일치하지 않아 현재까지 해독 완료된 유전체 이외의 영역에 존재하는 유전자를 반영하는 것으로 추정된다(Table 2).
뿌리 특이적 발현이 예상되는 10개의 유전자들 가운데 8개는 모두 뿌리 특이적인 발현을 나타냈다. 또한 2개 유전자(TC775와 TC1114)는 뿌리에서 가장 강한 발현을 보였으며, 잎에서도 약하게 발현되는 것을 확인할 수 있었다(Fig. 4A). 잎 특이적 발현이 예상된 9개의 유전자들은 모두 잎에서 가장 높은 발현을 보였으나 4개 유전자(TC900, TC2185, TC2691, 그리고 TC1003)가 꽃에서 약하게 발현되었다(Fig.
배추 단일 조합 유전자서열에 대한 조직 특이성 분석 결과 공통서열 단일 조합 유전자서열 중 2,289개의 유전자가 조직 특이적인 것으로 조사되었다(p < 0.01).
4C). 이상의 결과는 BrTED를 이용할 경우 특정 조직에서 발현되는 유전자를 성공적으로 선발할 수 있음을 나타낸다.
이 유전자들은 아마도 꽃의 꽃받침 잎에서 발현되거나 서열이 유사한 paralog들이 목표 조직 이외의 조직에서 발현되는 것으로 추정된다. 이에 반해 꽃에서 선발된 10개 유전자들의 경우 잎과 뿌리에서 선발된 유전자들과 달리 모두 꽃에서만 특이적으로 발현되는 것을 알 수 있었다(Fig. 4C). 이상의 결과는 BrTED를 이용할 경우 특정 조직에서 발현되는 유전자를 성공적으로 선발할 수 있음을 나타낸다.
4A). 잎 특이적 발현이 예상된 9개의 유전자들은 모두 잎에서 가장 높은 발현을 보였으나 4개 유전자(TC900, TC2185, TC2691, 그리고 TC1003)가 꽃에서 약하게 발현되었다(Fig. 4B). 이 유전자들은 아마도 꽃의 꽃받침 잎에서 발현되거나 서열이 유사한 paralog들이 목표 조직 이외의 조직에서 발현되는 것으로 추정된다.
전체 단일 조합 유전자서열과 발표된 배추 유전체 유전자 모델을 BLASTN(E-50, query coverage > 50%) 비교한 결과 90%의 단일 조합 유전자서열이 유전자 모델에 매핑되었으나 약 10%의 단일 조합 유전자서열은 유전자 모델과 일치하지 않아 현재까지 해독 완료된 유전체 이외의 영역에 존재하는 유전자를 반영하는 것으로 추정된다(Table 2).
제작된 단일 조합 유전자서열 데이터 세트의 유전자 정보 기능 예측을 위하여 TAIR의 애기장대 유전자와 UniProt 데이터베이스를 BLASTX(E-10, query coverage> 50%) 검색한 결과, 약 88%의 단일 조합 유전자서열이 이미 알려진 유전자와 동일한 기능을 하는 것으로 조사되었으며 약 33%는 EC 데이터베이스에 따라 효소 단위 단백질 번호를 부여할 수 있었다(Table 2).
후속연구
한편, 해독 완료된 배추 유전체의 단백질 암호화 유전자와 발현유전자를 BLAST 분석할 경우 유전체 유전자 모델과 일치하지 않는 발현유전자 서열이 존재한다(The Brassica rapa genome sequencing project consortium, 2011). 1회 염기서열 결정(single pass)에 따른 유전자 서열의 부정확성 또는 키메라 클론(chimera clone)의 생성 등 발현유전자 분석 방법의 문제점에도 불구하고 유전체 유전자 모델에서 예측되지 않는 발현유전자가 존재한다는 점은 배추 구조 및 기능 유전체 연구를 위해 발현유전자 분석이 지속적으로 필요하다는 점을 제시한다. 특히 조직 특이성 등 발현 특성에 따른 유전자의 분류와 발굴은 프로모터 등 유전자 지적재산권을 확보하는 출발점이 되고 있다.
단독서열은 발현유전자 조립 과정에서 다른 서열들과 중복되지 않는 독특한 서열이기 때문에 특정 조직 특이적인 발현유전자로 여겨진다. 그러나 발현유전자가 추가 분석될 경우 공통서열로 조립한 후 조직 특이성 통계분석을 수행해야 정확한 조직 특이성을 예측할 수 있을 것으로 판단된다(Fig. 2B).
본 연구를 통해 개발된 BrTED는 공공 데이터베이스로서 웹을 통해 연구자들에게 제공된다. 따라서 연구자들이 자유롭게 데이터베이스의 정보를 이용함으로써 배추 유전자를 손쉽게 선발하여 배추 기능 유전체 연구를 촉진할 수 있고, 나아가 배추를 포함한 근연 배추속 작물의 유전학, 유전체학 및 육종 연구의 효율을 더욱 높일 수 있을 것으로 기대한다.
조립 서열에 대한 유전자 예측(annotation) 결과 41,174개의 단백질을 암호화하는 염기서열이 발견되었다. 배추의 유전체 해독이 완료됨에 따라 유전자의 기능을 밝히고 유용 유전자를 발굴하여 신품종 개발 등 육종에 활용하기 위한 기능 유전체 연구가 활발히 진행될 것으로 기대된다.
제작된 단일 조합 유전자서열 데이터 세트의 유전자 정보 기능 예측을 위하여 TAIR의 애기장대 유전자와 UniProt 데이터베이스를 BLASTX(E-10, query coverage> 50%) 검색한 결과, 약 88%의 단일 조합 유전자서열이 이미 알려진 유전자와 동일한 기능을 하는 것으로 조사되었으며 약 33%는 EC 데이터베이스에 따라 효소 단위 단백질 번호를 부여할 수 있었다(Table 2). 유전자 기능이 예측되지 않은 약 12%의 단일 조합 유전자서열은 배추 특이적인 유전자일 것으로 추정되며 이들에 대한 연구가 더 진행되어야 할 것으로 판단된다.
질의응답
핵심어
질문
논문에서 추출한 답변
배추 조직 특이적 발현유전자 데이터베이스의 메인페이지는 무엇으로 구성되어 있는가?
배추 조직 특이적 발현유전자 데이터베이스는 메인 웹 페이지 5개와 서브 웹 페이지 4개로 구성하였다. 메인 페이지는 Introduction, Statistics, Tissue Specificity, Download, Contact 페이지로 이루어져 있다(Fig. 3).
배추의 무엇에 중요한 작물인가?
배추는 배추속 식물의 A genome을 대표하는 모델로서 다양한 배추과 작물의 유전학 및 유전체학과 육종연구의 기반이 되는 중요한 작물이다. 최근 들어 배추 유전체 해독이 완료됨에 따라 유전체의 기능 연구가 보다 활발히 진행될 것으로 기대된다.
배추 발현유전자 단일 조합 유전자서열 세트의 기능을 예측하기 위하여 어떤 프로그램을 이용하였는가?
2 프로그램 (South African National Bioinformatics Institute)을 이용하여 98% 일치도 기준으로 조립하였다. 배추 발현유전자 단일 조합 유전자서열 세트의 기능을 예측하기 위하여 BLAST 프로그램(Altschul et al., 1990)을 이용하여 애기장대의 TAIR 유전자 모델(http://www.
참고문헌 (11)
Altschul, S.F., W. Gish, W. Miller, E.W. Myers, and D.J. Lipman. 1990. Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. 215:403-410.
Carbon, S., A. Ireland, C.J. Mungall, S. Shu, B. Marshall, S. Lewis, AmiGO Hub, and Web Presence Working Group. 2009. AmiGO: online access to ontology and annotation data. Bioinformatics 25:288-289.
Chung, H., J.H. Mun, S.C. Lee, and H.J. Yu. 2011. Pickprimer: A graphic user interface program for primer design on the gene target region. Kor. J. Hort. Sci. Technol. 29:461-466.
Mun, J.H., S.J. Kwon, T.J. Yang, Y.J. Seol, M. Jin, J.A. Kim, M.H. Lim, J.S. Kim, S. Baek, B.S. Choi, H.J. Yu, D.S. Kim, N. Kim, K.B. Lim, S.I. Lee, J.H. Hahn, Y.P. Lim, I. Bancroft, and B.S. Park. 2009. Genome-wide comparative analysis of the Brassica rapa gene space reveals genome shrinkage and differential loss of duplicated genes after whole genome triplication. Genome Biol. 10:R111.
Mun, J.H., S.J. Kwon, and B.S. Park. 2010. The strategy and current status of Brassica rapa genome project. J. Plant Biotechnol. 37:153-165.
Ruepp, A., A. Zollner, D. Maier, K. Albermann, J. Hani, M. Mokrejs, I. Tetko, U. Guldener, G. Mannhaupt, M. Munsterkotter, and H.W. Mewes. 2004. The FunCat, a functional annotation scheme for systematic classification of proteins from whole genomes. Nucleic Acids Res. 32:5539-5545.
Scheer, M., A. Grote, A. Chang, I. Schomburg, C. Munaretto, M. Rother, C. Sohngen, M. Stelzer, J. Thiele, and D. Schomburg. 2011. BRENDA, the enzyme information system in 2011. Nucleic Acid Res. 39:670-676l.
The Brassica rapa Genome Sequencing Project Consortium. 2011. The genome of the mesopolyploid crop species Brassica rapa. Nat. Genet. 43:1035-1039.
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.