[국내논문]순천만에 자생하는 염생식물의 뿌리로부터 분리된 내생진균의 유전적 다양성 Genetic Diversity of Endophytic Fungi Isolated from the Roots of Halophytes Naturally Growing in Suncheon Bay원문보기
순천만에 자생하는 2종의 염생식물의 뿌리로부터 내생 진균을 분리하였다. 사용 되어진 염생식물은 칠면초와 천일사초이며, 스트렙토마이신이 포함된 최소배지를 사용하여 내생진균을 배양한 후 순수 분리하였다. 분리된 15 내 생진균 균주 rDNA의 ITS 영역의 염기서열을 분석한 결과 칠면초에서 5속, 천일사초에서 7속의 내생진균이 확인되었다. 그리고 Shannon's diversity index(H')를 이용하여 칠면초와 천일사초로부터 분리된 내생진균들의 종 다양성은 각각 1.561과 1.889로 확인되었으며 유연관계를 확인하기 위하여 계통분석을 수행하였다. 순천만 자생식물인 칠면초와 천일사초의 내생진균에서 자낭균문 Pezizomycotina 아문이 많이 분포하고 있음을 알 수 있었으며, Pezizomycotina 아문 중에서도 Sordariomycetes 강, Dothideomycetes 강, Eurotiomycetes 강에 속하는 내생진균이 칠면초와 천일사초에 모두 분포는 것을 확인하였다.
순천만에 자생하는 2종의 염생식물의 뿌리로부터 내생 진균을 분리하였다. 사용 되어진 염생식물은 칠면초와 천일사초이며, 스트렙토마이신이 포함된 최소배지를 사용하여 내생진균을 배양한 후 순수 분리하였다. 분리된 15 내 생진균 균주 rDNA의 ITS 영역의 염기서열을 분석한 결과 칠면초에서 5속, 천일사초에서 7속의 내생진균이 확인되었다. 그리고 Shannon's diversity index(H')를 이용하여 칠면초와 천일사초로부터 분리된 내생진균들의 종 다양성은 각각 1.561과 1.889로 확인되었으며 유연관계를 확인하기 위하여 계통분석을 수행하였다. 순천만 자생식물인 칠면초와 천일사초의 내생진균에서 자낭균문 Pezizomycotina 아문이 많이 분포하고 있음을 알 수 있었으며, Pezizomycotina 아문 중에서도 Sordariomycetes 강, Dothideomycetes 강, Eurotiomycetes 강에 속하는 내생진균이 칠면초와 천일사초에 모두 분포는 것을 확인하였다.
Endophytic fungi were isolated from the roots of halophytes, Suaeda japonica and Carex scabrifolia in the Suncheonbay. The ITS region in rDNA of 15 endophytic fungal strains were amplified using PCR with universal primers ITS1 and ITS4, and those amplified fragments were sequenced. Based on ITS sequ...
Endophytic fungi were isolated from the roots of halophytes, Suaeda japonica and Carex scabrifolia in the Suncheonbay. The ITS region in rDNA of 15 endophytic fungal strains were amplified using PCR with universal primers ITS1 and ITS4, and those amplified fragments were sequenced. Based on ITS sequence, five fungal genera were identified in S. japonica and seven fungal genera were identified in C. scabrifolia. The Shannon's diversity index (H') of endophytic fungi isolated from S. japonica and C. scabrifolia was 1.561 and 1.889, respectively. In phylogenetic analysis, it was shown that Ascomycota and Pezizomycotina was widely distributed both in S. japonica and C. scabrifolia. Also, Sordariomycetes, Dothideomycetes and Eurotiomycetes were shown to be distributed in these halophytes used in this experiment.
Endophytic fungi were isolated from the roots of halophytes, Suaeda japonica and Carex scabrifolia in the Suncheonbay. The ITS region in rDNA of 15 endophytic fungal strains were amplified using PCR with universal primers ITS1 and ITS4, and those amplified fragments were sequenced. Based on ITS sequence, five fungal genera were identified in S. japonica and seven fungal genera were identified in C. scabrifolia. The Shannon's diversity index (H') of endophytic fungi isolated from S. japonica and C. scabrifolia was 1.561 and 1.889, respectively. In phylogenetic analysis, it was shown that Ascomycota and Pezizomycotina was widely distributed both in S. japonica and C. scabrifolia. Also, Sordariomycetes, Dothideomycetes and Eurotiomycetes were shown to be distributed in these halophytes used in this experiment.
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문제 정의
본 연구에서는 우리나라의 대표적인 해안 염습지로 잘 알려져 있는 순천만을 조사지로 선정하였으며, 순천만 자생식물인 칠면초와 천일사초의 뿌리에 공생하는 내생진균을 순수 분리하여 rDNA ITS 염기서열로 내생진균들 간의 유전적 유연관계를 규명하기 위하여 실시하였다.
제안 방법
, 2009). 결정된 염기서열은 ClustalX 프로그램을 사용하여 다중정렬을 수행한 후, Lasergene 7과 BioEdit 프로그램을 사용하여 염기서열을 정리하였다. 그리고 분석된 내생진균의 계통분석은 MEGA 4.
계통분석은 NCBI의 blastn 방법을 이용하여 다른 균주들과 비교하였다. 그리고 NJ 방법은 계통수 분석에서 많이 이용되고 있으며, 1000 bootstrap replicates 조건으로 분석하여 내생진균에 대한 계통수를 작성하였다(Fig. 1).
순천만에서 채취한 식물 시료의 토양을 모두 제거한 후, 계면활성제(Tween 80)를 첨가하여 10분간 처리한 후에 증류수로 세척하였다. 그리고 과염소산(Perchloric acid) 1%에 10분간 2회 처리하여 증류수로 세척하였으며, 3~4 cm로 절단하여 수분을 제거하였다. 내생진균들을 분리 하기 위하여 스트렙토마이신(streptomycin) 80 ppm이 포함된 Hagem minimal medium 을 사용하여 25℃에서 배양하였다(Vazquez et al.
, 2011). 그리고 증폭된 전기영동 단편들은 QIAquick PCR purification kit(Qiagen Inc., Germany)를 사용하여 정제하였고, ABI PRISM BigDye Terminator Cycle Sequencing Kit(PE Biosystems, Foster City, CA, USA)를 사용하였으며, 생산된 DNA 단편들은 ABI 310 DNA sequencer(Perkin Elmer, Foster City, CA, USA)를 사용하여 염기서열을 결정하였다(Khan et al., 2009a; Seo et al., 2009). 결정된 염기서열은 ClustalX 프로그램을 사용하여 다중정렬을 수행한 후, Lasergene 7과 BioEdit 프로그램을 사용하여 염기서열을 정리하였다.
1 unit의 Ex-Taq DNA polymerase(Takara)를 사용하였다. 반응 조건은 predenaturation(95℃, 2 min), denaturation(95℃, 30 sec), annealing(54.5℃, 1 min), extension(72℃, 1 min), total cycles(35 cycles), final extension(72℃, 7 min)으로 수행하여 증폭된 PCR 산물은 1.5% Agarose gel에서 전기영동 후, Ethidium bromide(EtBr)을 사용하여 15분 염색한 후, UV transilluminator를 이용하여 전기영동밴드를 확인 하였다(Park et al., 2010; You et al., 2011). 그리고 증폭된 전기영동 단편들은 QIAquick PCR purification kit(Qiagen Inc.
칠면초와 천일사초에서 순수 분리한 내생진균들을 배양하기 위하여 potato dextrose broth(PDB) 배지에 접종하여 25℃에서 7일간 진탕배양(shake culture) 하였고(Khan et al., 2009a), 균류배양액을 여과하여 내생진균의 균체를 확보하였다. 그리고 내생진균의 균체(mycobiont)는 균류의 동정을 위하여 동결건조를 수행하였다.
대상 데이터
, 2009c). Polymerase chain reaction(PCR) 조건은 최종농도 10 mM Tris-HCl(pH 8.5), 40 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 200 nM dNTPs이고, 10 pmol의 primer와 0.1 unit의 Ex-Taq DNA polymerase(Takara)를 사용하였다. 반응 조건은 predenaturation(95℃, 2 min), denaturation(95℃, 30 sec), annealing(54.
그리고 과염소산(Perchloric acid) 1%에 10분간 2회 처리하여 증류수로 세척하였으며, 3~4 cm로 절단하여 수분을 제거하였다. 내생진균들을 분리 하기 위하여 스트렙토마이신(streptomycin) 80 ppm이 포함된 Hagem minimal medium 을 사용하여 25℃에서 배양하였다(Vazquez et al., 2000; Yamada et al., 2001). 그리고 potato dextrose agar(PDA)에 계대배양(subculture)하여 순수 분리하였다(Khan et al.
53"E이다. 미생물시료는 순천만 자생식물 칠면초와 천일사초의 뿌리로부터 형태적으로 다른 내생진균을 선별하여 순수 분리 하여 실험 균주로 사용하였다.
순천만에 자생하는 2종의 염생식물의 뿌리로부터 내생진균을 분리하였다. 사용 되어진 염생식물은 칠면초와 천일사초이며, 스트렙토마이신이 포함된 최소배지를 사용하여 내생진균을 배양한 후 순수 분리하였다. 분리된 15 내생진균 균주 rDNA의 ITS 영역의 염기서열을 분석한 결과 칠면초에서 5속, 천일사초에서 7속의 내생진균이 확인되었다.
순천만에 자생하고 있는 칠면초와 천일사초를 채취하여 식물시료로 사용하였다. 식물시료를 채취한 지리적 좌표는 칠면초의 경우 34°52'27.
데이터처리
그리고 Shannon’s diversity index(H')를 이용하여 칠면초와 천일사초로부터 분리된 내생진균들의 종 다양성은 각각 1.561과 1.889로 확인되었으며 유연관계를 확인하기 위하여 계통분석을 수행하였다.
내생진균들의 분자적인 동정을 위하여 rDNA-ITS 영역의 염기서열을 blastn 프로그램을 이용하여 분석하였고, Shannon’s diversity index(H')를 이용하여 동정된 내생진균들의 종 다양성을 분석하였다(Pielou, 1975).
이론/모형
계통분석은 NCBI의 blastn 방법을 이용하여 다른 균주들과 비교하였다. 그리고 NJ 방법은 계통수 분석에서 많이 이용되고 있으며, 1000 bootstrap replicates 조건으로 분석하여 내생진균에 대한 계통수를 작성하였다(Fig.
결정된 염기서열은 ClustalX 프로그램을 사용하여 다중정렬을 수행한 후, Lasergene 7과 BioEdit 프로그램을 사용하여 염기서열을 정리하였다. 그리고 분석된 내생진균의 계통분석은 MEGA 4.1 프로그램의 Neighbor-Joining(NJ) 방법으로 분석하였다(Khan et al., 2009b; Park et al., 2010). 내생진균들의 분자적인 동정을 위하여 rDNA-ITS 영역의 염기서열을 blastn 프로그램을 이용하여 분석하였고, Shannon’s diversity index(H')를 이용하여 동정된 내생진균들의 종 다양성을 분석하였다(Pielou, 1975).
성능/효과
결론적으로, 본 연구에서는 순천만 자생식물인 칠면초와 천일사초의 내생진균에서 자낭균문 Pezizomycotina 아문이 많이 분포하고 있음을 알 수 있었으며, Pezizomycotina 아문 중에서도 Sordariomycetes 강, Dothideomycetes 강, Eurotiomycetes 강에 속하는 내생진균이 칠면초와 천일사초에 모두 분포하는 것이 확인되었다.
본 연구 결과로 얻어진 칠면초의 내생진균에 대한 계통 수는 자낭균문과 담자균문인 2 가지 문(phylum)으로 분류 할 수 있었으며(Table 2), 자낭균문은 Pezizomycotina 아문과, 담자균문은 Ustilaginomycotina 아문으로 분류되는 것이 확인되었다. 그리고 자낭균문 Pezizomycotina 아문에 속하며 Sordariomycetes 강에 속하는 Colletotrichum(2 균주)와 Dothideomycetes 강에 속하는 Paraconiothyrium(1), Westerdykella(1), 그리고 Eurotiomycetes 강에 속하는 Exophiala(1)가 확인되었고, 담자균문은 Ustilaginomycotina 아문에 속하며 Ustilaginomycetes 강에 속하는 Ustilago(1)가 확인되었다.
천일사초의 내생진균에 대한 계통수는 자낭균문인 1가지 문(phylum)으로 분류 할 수 있었으며, Pezizomycotina 아문으로 분류되는 것이 확인되었다. 그리고 자낭균문 Pezizomycotina 아문에 속하며 Sordariomycetes 강에 속하는 Hypocreales(1 균주), Lulwoana(1), Zalerion(1)과 Dothideomycetes 강에 속하는 Cladosporium(2), Phoma (1), Epicoccum(1), 그리고 Eurotiomycetes 강에 속하는 Penicillium(2)이 확인되었다. 그리고 칠면초와 천일사초로부터 분리된 내생진균들의 종 다양성은 각각 1.
칠면초 뿌리로부터 5속의 내생진균들이 확인되었으며, 자낭균문(Ascomycota)에 속하는 Colletotrichum(2 균주), Exophiala(1), Paraconiothyrium(1), Westerdykella(1)과 담자균문(Basidiomycota)에 속하는 Ustilago(1)이었다. 그리고 천일사초의 뿌리로부터 7속이 확인되었으며, 자낭균문(Ascomycota)에 속하는 Cladosporium(2 균주), Epicoccum (1), Hypocreales(1), Lulwoana(1), Penicillium(2), Phoma (1), Zalerion(1)이었다. 동정된 내생진균들의 서열은 GenBank에 등록하여 accession No.
그리고 자낭균문 Pezizomycotina 아문에 속하며 Sordariomycetes 강에 속하는 Hypocreales(1 균주), Lulwoana(1), Zalerion(1)과 Dothideomycetes 강에 속하는 Cladosporium(2), Phoma (1), Epicoccum(1), 그리고 Eurotiomycetes 강에 속하는 Penicillium(2)이 확인되었다. 그리고 칠면초와 천일사초로부터 분리된 내생진균들의 종 다양성은 각각 1.561과 1.889로 확인되었다.
본 연구 결과로 얻어진 칠면초의 내생진균에 대한 계통 수는 자낭균문과 담자균문인 2 가지 문(phylum)으로 분류 할 수 있었으며(Table 2), 자낭균문은 Pezizomycotina 아문과, 담자균문은 Ustilaginomycotina 아문으로 분류되는 것이 확인되었다. 그리고 자낭균문 Pezizomycotina 아문에 속하며 Sordariomycetes 강에 속하는 Colletotrichum(2 균주)와 Dothideomycetes 강에 속하는 Paraconiothyrium(1), Westerdykella(1), 그리고 Eurotiomycetes 강에 속하는 Exophiala(1)가 확인되었고, 담자균문은 Ustilaginomycotina 아문에 속하며 Ustilaginomycetes 강에 속하는 Ustilago(1)가 확인되었다.
사용 되어진 염생식물은 칠면초와 천일사초이며, 스트렙토마이신이 포함된 최소배지를 사용하여 내생진균을 배양한 후 순수 분리하였다. 분리된 15 내생진균 균주 rDNA의 ITS 영역의 염기서열을 분석한 결과 칠면초에서 5속, 천일사초에서 7속의 내생진균이 확인되었다. 그리고 Shannon’s diversity index(H')를 이용하여 칠면초와 천일사초로부터 분리된 내생진균들의 종 다양성은 각각 1.
889로 확인되었으며 유연관계를 확인하기 위하여 계통분석을 수행하였다. 순천만 자생식물인 칠면초와 천일사초의 내생진균에서 자낭균문 Pezizomycotina 아문이 많이 분포하고 있음을 알 수 있었으며, Pezizomycotina 아문 중에서도 Sordariomycetes 강, Dothideomycetes 강, Eurotiomycetes 강에 속하는 내생진균이 칠면초와 천일사초에 모두 분포는 것을 확인하였다.
천일사초의 내생진균에 대한 계통수는 자낭균문인 1가지 문(phylum)으로 분류 할 수 있었으며, Pezizomycotina 아문으로 분류되는 것이 확인되었다. 그리고 자낭균문 Pezizomycotina 아문에 속하며 Sordariomycetes 강에 속하는 Hypocreales(1 균주), Lulwoana(1), Zalerion(1)과 Dothideomycetes 강에 속하는 Cladosporium(2), Phoma (1), Epicoccum(1), 그리고 Eurotiomycetes 강에 속하는 Penicillium(2)이 확인되었다.
칠면초 뿌리로부터 5속의 내생진균들이 확인되었으며, 자낭균문(Ascomycota)에 속하는 Colletotrichum(2 균주), Exophiala(1), Paraconiothyrium(1), Westerdykella(1)과 담자균문(Basidiomycota)에 속하는 Ustilago(1)이었다. 그리고 천일사초의 뿌리로부터 7속이 확인되었으며, 자낭균문(Ascomycota)에 속하는 Cladosporium(2 균주), Epicoccum (1), Hypocreales(1), Lulwoana(1), Penicillium(2), Phoma (1), Zalerion(1)이었다.
질의응답
핵심어
질문
논문에서 추출한 답변
해안 염습지란?
해안 염습지는 강 또는 바다로부터 유기물이 침전되어 이루어진 해변과 하구에 발달하며 주기적으로 해수의 영향을 받으면서 관속 식물이 분포하는 곳이다(Chapman, 1974). 우리나라의 서·남해안에는 조석간만의 차가 크고, 수심이 얕으며, 경사가 완만하기 때문에 넓은 면적의 해안 염습지가 발달해 있다.
우리나라 서·남해안에, 넓은 면적의 해안 염습지가 발달한 이유는?
해안 염습지는 강 또는 바다로부터 유기물이 침전되어 이루어진 해변과 하구에 발달하며 주기적으로 해수의 영향을 받으면서 관속 식물이 분포하는 곳이다(Chapman, 1974). 우리나라의 서·남해안에는 조석간만의 차가 크고, 수심이 얕으며, 경사가 완만하기 때문에 넓은 면적의 해안 염습지가 발달해 있다. 그리고 우리나라의 대표적인 해안 염습지인 순천만은 람사르 습지(2006년)로 등재되었으며, 식생연구결과로 33 분류군의 염생식물(Halophyte)이 자생하고 있는 것으로 알려져 있고, 대표적인 염생식물로는 나문재(Suaeda asparagoides), 칠면초(Suaeda japonica), 갈대(Phragmites australis), 천일사초(Carex scabrifolia), 갯잔디(Zoysia sinica) 등이 알려져 있다(Ihm et al.
순천만에 자생하는 2종의 염생식물 뿌리로부터, 내생진균을 분리한 결과는?
889로 확인되었으며 유연관계를 확인하기 위하여 계통분석을 수행하였다. 순천만 자생식물인 칠면초와 천일사초의 내생진균에서 자낭균문 Pezizomycotina 아문이 많이 분포하고 있음을 알 수 있었으며, Pezizomycotina 아문 중에서도 Sordariomycetes 강, Dothideomycetes 강, Eurotiomycetes 강에 속하는 내생진균이 칠면초와 천일사초에 모두 분포는 것을 확인하였다.
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