동양달팽이의 EST 서열 4개의 클론을 어셈블리하여 추출되어진 NsCO-I (partial)서열의 코딩 영역은 852 bp, 284개의 아미노산으로 구성되어 있었다. BLAST 결과를 토대로 하여 유사도가 높은 68개의 서열을 추출 하였으며 MEGA6 프로그램을 통해 clustalW 엔진을 통해 다중서열정열을 수행하고 molecular phylogenetic analysis를 수행한 결과 Heterobranchia, Nudibranchia, Cephalaspidea, Sacoglossa, Pulmonata 등의 카테고리별로 잘 분류 되었으며 Mastigeulota kiangsinensis, Helix aspersa, Cepaea nemoralis, Elona quimperiana, Camaena cicatricosa, Cylindrus obtusus 등 육산패류들과 잘 묶인다는 사실을 확인 할 수 있었다.
동양달팽이의 EST 서열 4개의 클론을 어셈블리하여 추출되어진 NsCO-I (partial)서열의 코딩 영역은 852 bp, 284개의 아미노산으로 구성되어 있었다. BLAST 결과를 토대로 하여 유사도가 높은 68개의 서열을 추출 하였으며 MEGA6 프로그램을 통해 clustalW 엔진을 통해 다중서열정열을 수행하고 molecular phylogenetic analysis를 수행한 결과 Heterobranchia, Nudibranchia, Cephalaspidea, Sacoglossa, Pulmonata 등의 카테고리별로 잘 분류 되었으며 Mastigeulota kiangsinensis, Helix aspersa, Cepaea nemoralis, Elona quimperiana, Camaena cicatricosa, Cylindrus obtusus 등 육산패류들과 잘 묶인다는 사실을 확인 할 수 있었다.
Previously, we have reported expressed sequence tags (ESTs) analysis on the land snail, Nesiohelix samarangae (Ns). Of these ESTs, we have identified four partial fragments of N. samarangae cytochrome oxydase I (NsCO-I) gene which lead to obtain an 852 bp partial cDNA. Since NsCO-I is one of the bes...
Previously, we have reported expressed sequence tags (ESTs) analysis on the land snail, Nesiohelix samarangae (Ns). Of these ESTs, we have identified four partial fragments of N. samarangae cytochrome oxydase I (NsCO-I) gene which lead to obtain an 852 bp partial cDNA. Since NsCO-I is one of the best-known molecular phylogenetic markers, we have attempted to conduct comparative in silico analysis by using the NsCO-I gene. The combined results from BLAST analyses, multiple sequence alignment and molecular phylogenetic study of NsCO-I cDNA indicate that N. samarangae has similarity to three land snails such as Elona quimperiana, Euhadra herklotsi and Euhadra idzumonis.
Previously, we have reported expressed sequence tags (ESTs) analysis on the land snail, Nesiohelix samarangae (Ns). Of these ESTs, we have identified four partial fragments of N. samarangae cytochrome oxydase I (NsCO-I) gene which lead to obtain an 852 bp partial cDNA. Since NsCO-I is one of the best-known molecular phylogenetic markers, we have attempted to conduct comparative in silico analysis by using the NsCO-I gene. The combined results from BLAST analyses, multiple sequence alignment and molecular phylogenetic study of NsCO-I cDNA indicate that N. samarangae has similarity to three land snails such as Elona quimperiana, Euhadra herklotsi and Euhadra idzumonis.
* AI 자동 식별 결과로 적합하지 않은 문장이 있을 수 있으니, 이용에 유의하시기 바랍니다.
문제 정의
본 연구에서는 EST 분석을 통해 밝혀진 서열을 이용하여 고유종인 동양달팽이 (N. samarangae) 의 CO-I (NsCO-I) 유전자의 서열을 밝히고 이을 이용한 계통분류학적 분류를 통하여 유연관계를 알아보고 분자 계통학적 분류 위치를 파악하는데 그 목적을 두고 있다.
제안 방법
구축된 동양달팽이의 cDNA library는 AB-3730XL (Applied biosystem) 자동서열분석기를 통해 random sequencing 한 후 분석하여 염기서열을 결정하였다. EST (expressed sequence tags) 분석을 통해 얻어진 크로마토그램 파일은 phred 프로그램을 통해 phred score 20의 조건으로 base calling 하였으며, 각 read 별로 NR 데이터베이스 및 연체동물 전용 BLAST 서버 (http://www.malacol.or.kr/~blast)의 BLASTn 프로그램을 이용하여 annotation 작업을 실시하였다 (Lee et al., 2004). 분석 결과 찾아진 CO-I 서열들을 모두 모은 후 cap3 프로그램을 이용하여 assembly 작업을 수행 한 후 Emboss package 의 sixpack 프로그램을 활용하여 orf 및 아미노산 서열을 추출하였다.
구축된 동양달팽이의 cDNA library는 AB-3730XL (Applied biosystem) 자동서열분석기를 통해 random sequencing 한 후 분석하여 염기서열을 결정하였다. EST (expressed sequence tags) 분석을 통해 얻어진 크로마토그램 파일은 phred 프로그램을 통해 phred score 20의 조건으로 base calling 하였으며, 각 read 별로 NR 데이터베이스 및 연체동물 전용 BLAST 서버 (http://www.
분석 결과 찾아진 CO-I 서열들을 모두 모은 후 cap3 프로그램을 이용하여 assembly 작업을 수행 한 후 Emboss package 의 sixpack 프로그램을 활용하여 orf 및 아미노산 서열을 추출하였다. 추출되어진 아미노산 서열은 NR 데이터베이스에 BLASTp 분석을 하여 유사서열들을 수집하였다.
Absolutely mRNA Purification Kit (Stratagene, CA, USA) 를 사용하여 정제된 전체 RNA로부터 cDNA를 합성하였다. 합성된 cDNA와 cDNA Library Construction Kit (Stratagene, CA, USA) 를 이용하여 구축하였고, Gigapack Gold Ⅲ (Stratagene, CA, USA) packaging system으로 packaging하였다.
대상 데이터
동양달팽이의 EST 서열 4개의 클론을 어셈블리하여 추출되어진 NsCO-I (partial)서열의 코딩 영역은 852 bp, 284개의 아미노산으로 구성되어 있었다. BLAST 결과를 토대로 하여 유사도가 높은 68개의 서열을 추출 하였으며 MEGA6 프로그램을 통해 clustalW 엔진을 통해 다중서열정열을 수행하고 molecular phylogenetic analysis를 수행한 결과 Heterobranchia, Nudibranchia, Cephalaspidea, Sacoglossa, Pulmonata 등의 카테고리별로 잘 분류 되었으며 Mastigeulota kiangsinensis, Helix aspersa, Cepaea nemoralis, Elona quimperiana, Camaena cicatricosa, Cylindrus obtusus 등 육산패류들과 잘 묶인다는 사실을 확인 할 수 있었다.
, 2004), 국내 육산패류 중 가장 대형 종에 속한다. 본 실험에 사용되어진 재료는 2007년 7월 충청남도 태안군 가의도에서 채집하여 3일간 굶긴 후 사용하였으며, 크기는 각고 32 mm, 각경 39 mm 였다.
데이터처리
, 2004). 분석 결과 찾아진 CO-I 서열들을 모두 모은 후 cap3 프로그램을 이용하여 assembly 작업을 수행 한 후 Emboss package 의 sixpack 프로그램을 활용하여 orf 및 아미노산 서열을 추출하였다. 추출되어진 아미노산 서열은 NR 데이터베이스에 BLASTp 분석을 하여 유사서열들을 수집하였다.
이론/모형
유사서열들은 Clustalw 및 MEGA6 프로그램을 이용하여 multiple alignment 후 Maximum Likelyhood 방식을 통하여 phylodendrogram을 도식화하였다 (Tamura et al., 2013).
성능/효과
0 조건하에서 83% 상동성을 보였다. BLAST 결과 유사한 서열은 총 980개로 분석되었으며 strain은 다르지만 같은 종인 서열들을 정리한 결과, 368 종의 CO-I 서열과 상동성이 있음을 알 수 있었다. NsCO-I 의 아미노산 서열을 NCBI NR 데이터베이스에 BLASTp 프로그램을 이용하여 분석한 결과 연체동물문에 해당하는 서열 68개를 정리할 수 있었다.
동양달팽이의 EST 서열 4개의 클론을 어셈블리하여 추출되어진 NsCO-I (partial)서열의 코딩 영역은 852 bp, 284개의 아미노산으로 구성되어 있었다. BLAST 결과를 토대로 하여 유사도가 높은 68개의 서열을 추출 하였으며 MEGA6 프로그램을 통해 clustalW 엔진을 통해 다중서열정열을 수행하고 molecular phylogenetic analysis를 수행한 결과 Heterobranchia, Nudibranchia, Cephalaspidea, Sacoglossa, Pulmonata 등의 카테고리별로 잘 분류 되었으며 Mastigeulota kiangsinensis, Helix aspersa, Cepaea nemoralis, Elona quimperiana, Camaena cicatricosa, Cylindrus obtusus 등 육산패류들과 잘 묶인다는 사실을 확인 할 수 있었다.
BLAST 결과 유사한 서열은 총 980개로 분석되었으며 strain은 다르지만 같은 종인 서열들을 정리한 결과, 368 종의 CO-I 서열과 상동성이 있음을 알 수 있었다. NsCO-I 의 아미노산 서열을 NCBI NR 데이터베이스에 BLASTp 프로그램을 이용하여 분석한 결과 연체동물문에 해당하는 서열 68개를 정리할 수 있었다. 정리된 서열과 NsCO-I 서열들을 MEGA6 및 Clustalw 프로그램을 이용하여 다중서열분석을 실시한 결과 전반적으로 매우 유사도가 높았으며 이에 따라 보존된 서열들이 잘 관찰되었다 (Fig.
2). 또한 염기서열을 NCBI NR 데이터베이스에 BLASTn 검색을 실시한 결과 육산달팽이인 Elona quimperiana (AY345051.1), Euhadra herklotsi (AB267550.1) 및 Euhadra idzumonis (AB267494.1) 서열과 E-value 0.0 조건하에서 83% 상동성을 보였다. BLAST 결과 유사한 서열은 총 980개로 분석되었으며 strain은 다르지만 같은 종인 서열들을 정리한 결과, 368 종의 CO-I 서열과 상동성이 있음을 알 수 있었다.
3). 아미노산 레벨에서 molecular phylogenetic 분석을 실시한 결과 Heterobranchia (이새류), Nudibranchia (나새류), Cephalaspidea (두순류), Sacoglossa (낭설류), Pulmonata (유폐류) 등의 카테고리별로 잘 분류 되었다 (Fig. 4). 특히 NsCO-I 서열과 가장 가깝게 묶이는 그룹은 Mastigeulota kiangsinensis (YP_009059485.
NsCO-I 의 아미노산 서열을 NCBI NR 데이터베이스에 BLASTp 프로그램을 이용하여 분석한 결과 연체동물문에 해당하는 서열 68개를 정리할 수 있었다. 정리된 서열과 NsCO-I 서열들을 MEGA6 및 Clustalw 프로그램을 이용하여 다중서열분석을 실시한 결과 전반적으로 매우 유사도가 높았으며 이에 따라 보존된 서열들이 잘 관찰되었다 (Fig. 3). 아미노산 레벨에서 molecular phylogenetic 분석을 실시한 결과 Heterobranchia (이새류), Nudibranchia (나새류), Cephalaspidea (두순류), Sacoglossa (낭설류), Pulmonata (유폐류) 등의 카테고리별로 잘 분류 되었다 (Fig.
4). 특히 NsCO-I 서열과 가장 가깝게 묶이는 그룹은 Mastigeulota kiangsinensis (YP_009059485.1), Helix aspersa (AAR21554.2), Cepaea nemoralis (AAC09514.1), Elona quimperiana (AAR21551.15), Camaena cicatricosa (YP_009104591.1), Cylindrus obtusus (YP_006303184.1) 등의 육산달팽이들 이었다.
질의응답
핵심어
질문
논문에서 추출한 답변
미토콘드리아 DNA 중 CO-I의 장점은?
, 2007). 미토콘드리아 DNA 중 CO-I (cytochrome c oxidase subunit I) 는 연체동물문을 비롯한 많은 문에서 DNA 바코드로 종 판별 마커로 사용되고 있으며 유전정보가 다량으로 축적되어있어 마커 개발이 쉽고 종 내 또는 종 간의 진화적 유연관계를 밝히는데 유용하다 (Hebert et al., 2003).
미토콘드리아 DNA가 종 식별에 유용하게 이용되는 이유는?
, 2013). 미토콘드리아 DNA는 변이성이 높은 유전자 영역으로 종내 변이성이 종간 변이성에 비해 훨씬 낮은 특성을 갖고 있어 최근 종 식별에 유용하게 이용되고 있다 (Hebert et al., 2004; Kim et al.
동양달팽이의 NsCO-I 유전자 서열 분석 결과 어떤 종류의 육산패류들과 잘 묶인다는 사실을 확인하였는가?
동양달팽이의 EST 서열 4개의 클론을 어셈블리하여 추출되어진 NsCO-I (partial)서열의 코딩 영역은 852 bp, 284개의 아미노산으로 구성되어 있었다. BLAST 결과를 토대로 하여 유사도가 높은 68개의 서열을 추출 하였으며 MEGA6 프로그램을 통해 clustalW 엔진을 통해 다중서열정열을 수행하고 molecular phylogenetic analysis를 수행한 결과 Heterobranchia, Nudibranchia, Cephalaspidea, Sacoglossa, Pulmonata 등의 카테고리별로 잘 분류 되었으며 Mastigeulota kiangsinensis, Helix aspersa, Cepaea nemoralis, Elona quimperiana, Camaena cicatricosa, Cylindrus obtusus 등 육산패류들과 잘 묶인다는 사실을 확인 할 수 있었다.
참고문헌 (21)
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