[논문]Long non-coding RNA 예측을 위한 실험적-전산학적 방법

최서원; 남진우

Long non-coding RNA 예측을 위한 실험적-전산학적 방법 원문보기

정보과학회지 = Communications of the Korean Institute of Information Scientists and Engineers, v.32 no.10, 2014년, pp.33 - 37

최서원 (한양대학교) , 남진우 (한양대학교)

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문제 정의

따라서 추후의 연구에서는 좀 더 직접적인 번역의 신호를 알아내기 위해 ribosome과의 연관성을 하나의 염기마다 개별적으로 관찰하였다[27]. 그 결과 단백질 코딩 유전자에서는 ribosome과의 연관성이 3개 염기마다 높게 나타나는 현상을 목격하고 이를 이용하여 coding potential의 계산은 물론이고 짧은 ORF 까지 예측한 결과를 보고하였다. 이러한 3개 염기의 주기성은 이미 2010년에 관찰된 바 있으며 [28] (그림 3), ribosomeO] 번역을 진행할 때 보이는 3개의 염기로 이루어진 하나의 코 돈 단위의 움직임으로 보고되었다.
따라서 단순히 여러 세포주에서 IncRNA를동정하는 것뿐만 아니라, coding potential 예측을 위한 알고리즘 개발에 주력한 연구들도 다수 진행되었다. 본 리뷰 논문에서는 기계학습기법을 적용한 다양한 IncRNA 분류 알고리즘들을 소개하며, 특히 ribosome 신호를 이용한 다양한 IncRNA 분류기법에 대해서 소개한다.

제안 방법

Ribo-seqe cyclohexamide와 같은 약물로 번역을 억제시킨 다음, cold condition에서 세포에 RNase를 처리한 후 ribosome과 결합에 의해 분해되지 않은 RNA 조각들을 클로닝하여 시퀀싱하는 것으로, 이 데이터를 유전체에 대응시키면 ribosome과 결합되어 있던 부분을 알아낼 수 있다. 이를 이용하여 전사물의 ribosome과의 결합정도를 측정할 수 있는데, 초기에는 단순히 Ribo-seq에서 얻은 RPKM만을 측정에 사용했다 [24], 그러나 곧 세포 내에서의 전사물의 발현 정도에 따라 ribosome과의 결합 빈도가 달라지는 효과를 없애기 위해 RNA-seq에서 얻은 RPKM으로 보정하였고, 이를 번역 효율 (translation efficiency, TE) 로 사용하였다[25]. 하지만 알려진 일부 ncRNA들이높은 TE 값을 가지는 것이 보고되었고, 특히 몇몇 IncRNA들이 매우 높은 TE 값을 갖는 것으로 보여 [26-27], ribosome이 번 역 외의 다른 목 적으로 전사 물에 결합하였을 가능성이 제기되고 있다.

후속연구

하지만 알려진 일부 ncRNA들이높은 TE 값을 가지는 것이 보고되었고, 특히 몇몇 IncRNA들이 매우 높은 TE 값을 갖는 것으로 보여 [26-27], ribosome이 번 역 외의 다른 목 적으로 전사 물에 결합하였을 가능성이 제기되고 있다. 따라서 추후의 연구에서는 좀 더 직접적인 번역의 신호를 알아내기 위해 ribosome과의 연관성을 하나의 염기마다 개별적으로 관찰하였다[27]. 그 결과 단백질 코딩 유전자에서는 ribosome과의 연관성이 3개 염기마다 높게 나타나는 현상을 목격하고 이를 이용하여 coding potential의 계산은 물론이고 짧은 ORF 까지 예측한 결과를 보고하였다.

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표제어: PCR

동의어: Packet Collision Rate

용어 설명 출처 목록 (6)

용어 설명: PCR은 세균 특이성이 있는 primer를 이용하여 적은 수의 세균이 있을지라도 쉽게 검출할 수 있는 유용한 방법이며, 이를 이용하여 구강 내 치면세균막이나 타액에서 직접 세균을 검출할 수 있게 되었다[8].

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